基因启动子序列的查找.ppt

,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,.,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,.,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,.,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,.,*,基因启动子序列的查找,.,一、基因序列查找,NCBI,选择“,Gene,”,输入基因的名字（,eg.p53,）,-Search,.,基因序列查找,选择特定物种的,p53,基因,eg.TP53(human),.,基因序列查找,获得,TP53,基因的详细信息：基因名称、全称、别名、类型等。,下拉获得更多详细信息,.,基因序列查找,基因组结构：不同版本中，此基因在染色体中的位置、转录方向等。,.,基因序列查找,基因组区域，转录，产出：,p53,基因在不同转录本中的信息,点击,GenBank,.,GenBank:,获得基因详细信息：位置、定义、登录号、版本、特征、碱基序列等。,.,基因序列查找,FASTA:,获得基因的全部序列（包括非转录区序列）。,.,启动子序列的查找,1,、在,NCBI,中查找所需的基因（以,p53,为例）,查找,P53,的基因序列；,.,启动子序列的查找,1,、在,NCBI,中查找所需的基因（以,p53,为例）,选择特定物种的,P53,基因，例如,human.,.,启动子序列的查找,1,、在,NCBI,中查找所需的基因（以,p53,为例）,获得,human p53,基因的详细信息,.,启动子序列的查找,2,、确定此基因在染色体上的位置和转录方向（正向,/,反向）；,在染色体上的位置：Chromosome 17-NC_000017.11,转录方向：从右向左，反向转录，说明启动子区与第一外显子区位于此段基因的右侧。,.,启动子序列的查找,3,、确定启动子区与第一外显子区的长度；,获得,FASTA,格式的序列信息，右侧为此段基因的长度：,7668402-7687550bp.,启动子区位于基因,5,端,2000bp,，即,7687550-7689550bp,.,启动子序列的查找,3,、确定启动子区与第一外显子区的长度；,查找第一外显子的位置：在,p53,基因的详细信息页面中查找,mRNA,的详细信息，确定其在基因序列中的位置。,.,启动子序列的查找,3,、确定启动子区与第一外显子区的长度；,进入,P53,基因,mRNA,的详细信息界面,.,启动子序列的查找,3,、确定启动子区与第一外显子区的长度；,进入,P53,基因,mRNA,的详细信息界面，找到,exon,（第一外显子）的位置：,1-174bp,.,启动子序列的查找,3,、确定启动子区与第一外显子区的长度；,进入,P53,基因,FASTA,信息的界面，确定第一外显子的长度：,第一外显子位于基因,5,端,1-174bp,的位置，由于基因为从右向左反向转录，第一外显子位于启动子（,7687550-7689550bp,）的左侧,174bp,：,7687376-7687550bp,；,第一外显子,+,启动子：,7687376-7689550bp,.,启动子序列的查找,4,、下载启动子区与第一外显子区的序列；,数据保存为,FASTA,格式,.,启动子序列的查找,4,、下载启动子区与第一外显子区的序列；,数据保存为,FASTA,格式，用,word,打开。,.,启动子序列的查找,4,、下载启动子区与第一外显子区的序列；,去除序列中的段落标记：,Word-,查找替换,-,特殊格式,-,段落标记,-,全部替换,.,THE END!,.,