PUBMED数据库检索方法课件.ppt

,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,PUBMED数据库检索方法,PubMed,是个什么样的数据库,?,PubMed,如何使用,?,检索技巧与操作,PubMed,数据库简介,我们检索的,PubMed,是学校购买的吗？,PubMed,是美国国立医学图书馆开发的生物医学信息书,目数据库,MEDLINE,的,免费,网络版,PubMed,包含多少种期刊，能覆盖全部的医学领域吗？,可检索,1950,年以来世界,70,多个国家和地区出版的,5,500,余种生物医学期刊上发表的文献,内容涉及基础医学、临床医学、环境医学、营养卫生、职业病学、卫生管理、医疗保健、微生物、药学、社会医学等领域。,NLM,National Library of Medicine(,美国国立医学图书,馆）,NCBI,National Center for Biotechnology Information,(,美国国家生物技术信息中心）,ENTREZ,PUBMED,Nucleotide,Structure,Genome,Popset,OMIM,Protein,PubMed,生物医学文献,Nucleotide,核苷酸序列数据库,Protein,蛋白质序列数据库,Structure,大分子三维蛋白质结构,Genome,完整的基因组汇编,Popset,以,DNA,和,Pro.,分析生物间的进化关系,Taxonomy,分类学数据库,OMIM,孟德尔人类遗传学数据库,Books,生物医学网络版图书,Probeset,基因表达选集,3D Domain,特定功能域三维结构,Entrez,系统包含的数据库,PubMed-as supplied by publisher,PubMed-in process,PubMed,PubMed-indexed for MEDLINE,属于,Medline,收录范围，建立,ti,、,au,、,ab,等基本书目信息。,（暂）不属于,Medline,收录范围，但也建立,ti,、,au,、,ab,等基本书目信息。,赋予,MeSH,、,PT,等字段并被,index,。,PubMed,数据库简介,PubMed,和,Medline,的区别？,PubMed,文献包括三部分,:,Medline,文献 占据绝大部分,OldMedline,1966,年以前的,Medline,文献,非,Medline,文献,Medline,收录期刊的非生物医学文献及最新文献。,PubMed,与,Medline,指标,检索系统,检索年限,收录范围,检索方法,检索结果,Medline,1965,上个月,Medline,(IM,、,IDL,、,INI,）,专业性,要求高,部分有全文链接,PubMed,1949,本周,Medline,、,Premedline,、,Publisher,简化,部分有电子期刊全文链接,检索词输入框,使用指南,使用工具,辅助检索,Nucleotide(DNA,序列,),数据库,Protein,氨基酸（蛋白质）序列,数据库,Genome(,基因组序列,),数据库，提供所有基因与染色体纪录与图片的查询服务，这个库中数以百万的基因序列是由庞大的基因排序工作得来的。,Structure,（分子结构模型）数据库，这个数据库保存的是由,X,线晶体成像、,NMR,分光光度法建立的三维分子结构。,OMIM(,人类孟德尔遗传学,),在线数据库。,PMC,可链接到,NCBI,提供的免费全文期刊。,检索途径与方法,基本检索,-Basic Search,高级检索,-Advanced Search,限定检索,-Limits Search,主题词检索,-MeSH Browser,特定文献查找,-Citation Matcher,临床查询,Clinical Queries,检索特点,检索运算符,AND,、,NOT,、,OR,必须大写。,(vitamin c OR zinc)AND common cold,支持截词检索（*），但对词组无效。,如,bacter*,可以检出以,bacter,为词干的单词,bacteria,、,bacterium,等最多,600,个单词。,截词检索时，系统的自动词语匹配功能和,MeSH,自动扩展功能将不再被执行，如：,heart attack,将不映射到,MeSH,词,Myocardial Infarction,。,截词检索可以,扩大检索范围,提高查全率。,bacter*,TI,检索特点,强制检索：双引号 “”或限定字段,“,endocrine disruption,”,endocrine disruption,注意：所有的“”、*、,(),、,-,都必须是英文状态下输入。,单词检索,综述类文章总篇数,可免费获得全文数,cancer,检索出文章总篇数,词组检索,/,短语检索,特定字段检索,常用检索字段,检索格式：检索词,字段标识,电子出版日期,文献出版日期,数据加入,PubMed,日期,文献勘误,参考文献勘误,全部著者姓名,全部调研者姓名,作为文章主题的著者全称,文献相关注释,基金编号,基因符号,期编号,资助调研者,资助调研单位,国际标准期刊号,美国立医学图书馆识别号,期刊全称,最后修订日期,规范词表词,规范词确立日期,系统组织的文摘,版权拥有者,题录提供机构的识别号,病史相关与原始记录,其他关键词,提供其他关键词的机构,数据提供者机构,文章总页数,出版商提供数据时间,期刊出版国,数据库文献编号,作为主题词的个人姓名,出版状态,文献类型,出版模式（纸张或电子）,参考文献数,已撤回的文献,酶或化学物质代码,正在撤消中的文章,初版文献,修订和再版的文章,子专题文档,太空署提供的数据,二次文献数据库以及文章讨论的分子序列访问号,原文来源,引用了病例的文献内部处理代码,字段检索之题名检索,字段检索之刊名检索,字段检索之著者检索,自由词检索：检索某一作者发表的文献,作者姓名,书写格式,西方人姓名,书写格式：,First name,、,Middle Name,、,Last name,。,美国肯尼迪总统名为：,John Frank Kenedy,，,Kenedy,为,Last name,（姓）。,Frank,为,Middle name,，比较少看到，多看到,John F.Kenedy,，中间名缩写了。,如果看到姓名中间有逗号，则逗号前一定是姓。如：,Kenedy,John F.,基本检索：检索某一作者发表的文献,2,、作者姓名,书写格式,中国人姓名,格式：,Last name,、,First name,。如：钟世镇，就有如下拼写形式可供检索：,Zhong shi-zhen,；,Zhong,，,shi zhen,Zhong,，,shi-zhen,zhong sz,基本检索：检索某一作者发表的文献,Barry J.Marshall,J.Robin Warren,检索某作者发表的文献：,Marshall BJ,Warren JR,输入采用姓前名后，姓全拼，名缩写,02,年以后实现了作者姓名智能转换，可用全拼姓名检索（仅限于,02,年以后的文献）。,作者全名检索,在作者全名后加上字段标识符,fau,即可，有两种形式：,zou quanmingfau,或,quanming zoufau,第一作者检索,在作者姓名后加上字段标识符,1au,即可。检索彭曦以第一作者发表的文章。,如要检索肿瘤的诊断和治疗方面的文献，可以在基本检索输入框中输入：,cancer AND(diagnosis OR therapy),，点击“,Go”,进行检索。,复合检索式检索,(AND,、,OR,、,NOT),PUBMED,检索机制及规则,词汇的自动转换功能,PUBMED,具有,自动词语匹配,功能，系统将按顺序自动使用如下,3,种索引，对检索词进行转换后再进行检索。,Mesh,转换表、刊名转换表、著者索引,。如果在,Mesh,表找到相匹配的主题词，系统用,Mesh,词和,Text Word,进行,OR,组配,检索。,采用检索词自动转换系统，文本词和主题词各检索一次，查全率高，但是检索结果的相关性会下降！,aspirin,强制检索,十年间发表的人类乙肝疫苗临床试验研究的英文文献？,限定检索,限定检索,限定检索,条件限定检索,生物体和性别的限定,语种和子集的限定,文献类型和年龄组的限定,例：检索,2002-2008,年有关,2-12,岁儿童肺炎,(pneumonia),的综述文献,高级检索,通过作者、杂志、关键词（标题、摘要或全文）、发表年份、语种等方面，结合“,AND”,、“,OR”,进行限定性的检索。,高级检索（,advanced search),请在,PubMed,数据库中检索南方医院,(Nanfang Hospital,nan fang hospital),发表的篇名中含有糖尿病,(diabetes),的文献,高级检索（,advanced search),选择正确的检索式：,Nan fang hospital AND diabetes,Nan fang hospital AND diabetesti,Nan fang hospital OR nanfang hospitalad AND diabetesti,Nan fang hospitalad OR nanfang hospitalad AND diabetesti,(Nan fang hospitalad OR nanfang hospitalad)AND diabetesti,PubMed,主题检索,医学主题词表,数据库,(MeSH Database),医学主题词表是对生物医学文献进行主题分析、标引和检索的权威性词表，它的作用是使医学文献的主题标引和检索达到统一和一致，并指导用户高质量地检索医学文献。它可以指导用户从同义词发现主题词，告诉用户主题词如何使用，显示主题词之间的相互关系。,医学主题词表,数据库,(MeSH Database),利用主题词进行检索方法,:,1,、点击主页右下角的,MeSH Database,进入主题词检索界面；,2,、输入检索词后，点击,go,按钮，系统将显示与该词有关主题词；,3,、点击该主题词进一步显示该主题词的定义、树状结构、组配的副主题词；,4,、选择合适的主题词与副主题词后，点击,send to,按钮，进入检索表达式浏览,窗口；,5,、点击,Search PubMed,将显示检索结果。,PubMed,主题检索,主题词数据库,在,PubMed,首,页导航栏的右,下角,主题词数据库,PubMed,主题检索,输入普通词,查找对应主题词,MeSH,主题词检索可,以指导用户高,质量地检索医,学文献,PubMed,主题检索,一般一个主题,词还要配合一,个副主题词进,行组合检索,选择副主题词,PubMed,主题检索,Search Box with AND,点Sent to,将,检索词添加到,检索表达式浏,览窗口,PubMed,主题检索,Search PubMed,主题词检索可,以达到比较满,意的查全率和,查准率,PubMed,主题检索,主题词检索是,在有主题标引,的,Medline,数,据库中检索,主题词检索结果,PubMed,主题检索,普通词不是规,范化的主题词,检索结果相关,度低,普通,词检索结果,PubMed,主题检索,临床查询检索,“,Clinical queries”,是专门为临床医生研究设计的内置的临床方法学“过滤器”（,Clinical Methodology Filters,），这组检索策略模型是由加拿大临床流行病学和生物统计学研究人员,Haynes RB,等人在,1994,年提出来的，并进行了查全率和查准率分析。用户通过这一临床方法学检索过滤器，不需掌握复杂的检索策略，即可检索所需的临床研究文献。,使用方法,:,1,、点击主页左侧导航栏的,Clinical Queries,进入临床查,询页面；,2,、在检索框中输入检索词，并选择副主题词组配，指定,检索结果是查全,(sensitive),，还是查准,(specific),；,3,、点击,GO,按钮执行检索。,例如：检索“鼻咽癌,nasopharyngeal cancer,治疗方面的研究文献”,临床查询检索,临床查询在,PubMed,首,页导航栏的,中间部分,临床查询,临床查询检索,临床查询主要,用于检索临床,方面的研究文,献,临床查询检索,临床查询检索,临床查询主要,包括某种疾病,的治疗，诊断,病因和预后四,个方面,检索,结果,临床查询检索,在,PubMed,中检索一下信息，给出你的检索步骤,1,、十年间发表的人类艾滋病疫苗临床试验研究的英文文献（总计多少篇，能查到全文的多少，综述多少），写出题录（最新,5,篇）。,2,、检索有关紫杉醇（,paclitaxel,）用于肺癌（,lung cancer),治疗的文献（总计多少篇，能查到全文的多少，综述多少），写出最近,5,篇文献的题录。,3,、检索施一公以清华大学为第一作者单位发表的论文（总计多少篇，能查到全文的多少，综述多少），写出最近,5,篇文献的题录。,4,、,最近,5,年有关儿童白血病治疗方面的英文文献并写出最新,5,篇文献的题录,。,5,、,2005,年度诺贝尔医学奖授予了幽门螺杆菌的发现者,Barry J.Marshall(1951-),和,J.Robin Warren(1937-),，请检索两人合作发表的论文，记录最早的一篇和最近,2,篇的文献题录。,6,、了解有关疯牛病（,bovine spongiform encephalopathy,BSE,）起源（,origin,）的情况，最早（最老的文献）的报道在哪年，记录出处。检索有关疯牛病最新的文献,5,篇并注明题录。,