1、MEGA 的使用
产生背景及简介
随着不同物种基因组测序的快速发展，产生了大量的 DNA 序列信息，这时就需要一种简便而快速的统计分析工具来对这些数据进行有效的分析，以提取其中包含的大量信息。MEGA 就是基于这种需求开发的。MEGA 软件的目的就是提供一个以进化的角度从 DNA 和蛋白序列中提取有用的信息的工具，并且，此软件可以免费下载使用。
现在我们使用的是 MEGA4 的版本。它主要集中于进化分析获得的综合的序列信息。使用它我们可以编辑序列数据、序列比对、构建系统发育树、推测物种间的进化距离等。此软件的输出结果资源管理器允许用户浏览、编辑、打印输入所得到的结果而且所得到
2、的结果具有不同形式的可视化效果。此外，该软件还能够得出不同序列间的距离矩阵，这是他不同与其他分析软件的地方。在计算矩阵方面有一些自己的特点：
1. 推测序列或者物种间的进化距离
2. 根据 MCL(Maximum Composite Likeliood method)的方法构建系统发育树
3. 考虑到了不同碱基替换的不同的比率，考虑到了碱基转换和颠换的差别。
4. 随时可以使用标注：所以的结果输入都可以使用标注，而且标注的内容可以被保存，复制。
具体使用
我们以分析 20 个物种的血红蛋白为例来具体说明此软件的具体使用情况。
一．启动程序
1. 运行
3、环境：在 Windows 95/98, NT, ME, 2000, XP, vista 等操作系统下均可使用。
2. 下载安装：可以直接登陆 进行下载安装，另外还可以从 中的链接进去。
3. 双击桌面快捷方式图标，进入主界面；或者从开始菜单，单击图标启
动。
二．序列分析。
1.启动
单击后，会出现如下界面：
这里有三个选项，分别对应三种不同的情况：以下分别予以介绍：
Create a new alignme
4、nt ：是在你没有任何比对的时候使用，比如你只有一个 fasta 格式的序列就可以选择这个选项。
Open a saved alignment session：使用它可以打开一个我们已经比对好的序
列文件；
Retieve a sequence from a file ：这种情况同第一种情况相似，只是不用选择
是 DNA 还是蛋白质序列比对，选择的也是 fasta 格式的文件，打开后的界面都是一样的。
以第一种情况为例说明。点击如出现下界面：
Caas08s3 张志想 王升正 周建桥 钟增明
这里我们分析的是蛋白序列所以选择 No。点击出现如下界面
5、
然后从 data 菜单选择输入数据文件如图：
选择你保存的 fasta 格式序列后就会出现：
Caas08s3 张志想 王升正 周建桥 钟增明
下面介绍菜单的使用：
Data：
Creat a new ：创建一个新的数据比对
6、文件，也就是说当我们比对完一组后，想接着比对另一组，那么使用它就可以不用退出直接把数据文件导入；
Open：打开先前已经比对并保存好的文件，它包含两个子菜单：retive sequence from file 和 saved aligment session ；
Close: 关闭当前的比对数据文件； Save session：保存当前比对结果，可以给比对的结果一个文件名；
Export alignment：将当前的序列比对结果输出到指定文件，有两种输入格式
可供选择：MGTA 和 FASTA.
DNA sequence：使用它来选择输入的数据 DNA 序列，这里需要说明
7、的是如果你输入的数据是氨基酸序列的话，比对窗口只显示一个标签，若是 DNA 序列的话则显示两个标签，一个是 DNA 序列的，另一个是氨基酸序列的。如图：
Caas08s3 张志想 王升正 周建桥 钟增明
Protein sequences：选择输入的氨基酸序列，选择后，所以的位点就被当作氨基酸残基位点来对待。
Translate/untranslate：只有比对的序列是编码蛋白的 DNA 序列的时候才可用。
它可以根据指定的遗传密码表将 D
8、NA 序列翻译成特定的氨基酸序列。
Select genetic code table：使用它将编码蛋白的 DNA 翻译成特定的蛋白序列。
Reverse complement：将选择的一整行的 DNA 序列变为与之互补配对碱基序列。
Exit alignment explorer：退出序列比对的资源管理窗口。
Edit 菜单：
使用这个菜单可以对我们的比对序列进行想要的一些编辑工作具体为Undo：撤销上一步操作；Copy：复制；cut：剪切；Paste：粘贴；前面三个操作都可以只针对一个碱
基或氨基酸残基也可以是一段甚至是整个序列；Delete：从比对表格中删除一段序列；
Delete gaps：去掉序列中的空缺； Insert blank sequence：重新插入一空行；标签和序列都是空的；
Insert sequence from file：从已保存的文件中插入新的序列；
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