生成氢键列表.docx

1. 先在.ins中加
HTAB
(加在UNIT后面和FVAR之前的任何地方)
2. 从.lst中 查看可能的氢键, 
一般会看到如下
Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.
D-H           d(D-H)   d(H..A)    2.969    O4 [ -x, -y, -z ]
O21-H6         0.857    1.949   144.74    2.695    O27 [ -x, -y, -z+1 ]
3. 在 .ins中, 加以下行
ACTA
BOND $H
HTAB
HTAB O25 O21
EQIV $1 -x, -y, -z
EQIV $2 -x, -y, 1-z
HTAB O19 O4_$1
HTAB O21 O27_$2
(加在UNIT后面和FVAR之前的任何地方)
4. 精修n轮到收敛
5. 那么, 在.lst中
你会看到
Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H)
  D-H          H...A        D...A        <(DHA)
  0.90         2.34         3.151(8)     149.0        O25-H13...O21
  0.86(2)      2.17(4)      2.969(8)     154(8)       O19-H3...O4_$1
  0.86(2)      1.95(6)      2.695(7)     145(8)       O21-H6..O27_$2
5. 而在 .cif中,
你会看到以下信息. 注意一下 symmtry code的对应关系. 
比如3556 表示 -x, -y, 1-z
_symmetry_cell_setting            monoclinic 
_symmetry_space_group_name_H-M    P2(1)/n 
loop_ 
_symmetry_equiv_pos_as_xyz 
'x, y, z' 
'-x+1/2, y+1/2, -z+1/2' 
'-x, -y, -z' 
'x-1/2, -y-1/2, z-1/2' 
(这是P21/n空间群相对应的四个symmetry operations)
loop_ 
_geom_hbond_atom_site_label_D 
_geom_hbond_atom_site_label_H 
_geom_hbond_atom_site_label_A 
_geom_hbond_distance_DH 
_geom_hbond_distance_HA 
_geom_hbond_distance_DA 
_geom_hbond_angle_DHA 
_geom_hbond_site_symmetry_A 
O25 H13 O21  0.90 2.34 3.151(8) 149.0 . 
O19 H3 O4  0.86(2) 2.17(4) 2.969(8) 154(8) 3 
O21 H6 O27  0.86(2) 1.95(6) 2.695(7) 145(8) 3_556

问题二: 如何查看不常见的氢键?, 
用别的程序算出来的氢键, 其acceptor的symmetry code对称码与shelx算的不一致怎么办?
象C-H...O这类氢键, Shelx好象不给计算, 至少是我不知道如何算. 那么怎么算呢?
方法一: 用Platon, 或者PWT中的Platon 其中有Calc H-bond或Calc all的命令
方法二: 用Material Studio可以检查, 但要把C设为donor
但是, 根据一些虫子的报道, Platon算出来的氢键, 其对称操作码会和XP和shelx 算出来的不一致. 
这个, 据我查看, 好象是Platon计算时, 有时会把你的文件中的有些原子坐标做个平移.(是不是这个原因, 要请熟悉Platon的人说说). 
而要注意的是, 有时候, XP中的symmetry code (用SYMM指令)和最终CIF中的 也会有所不同, 比如 P2(1)/n, 在XP中, 就把-x, -y, -z排在2, 而在cif中是在3. 
我的看法, 如果你的结构是用Shelx或Shextl解的, 可以用Platon计算非常规氢键, 但不要相信platon所给的对称操作码, 因为platon做计算时可能把有些原子的坐标平移了. 
这时候, 要回过头来用XP来查对正确的对称操作码. 
比如我举的上述例子, 用Platon算的, 有个氢键是
O(21) --H(6)   ..O(27)  [  2545.07]       0.86       1.95     2.6946        145
那你用XP打开.ins,
fmol后,
arad 0.2 2 2 O21
envi o21
你就会发现与O21距离是2.6946对应的O27的symmetry code是2556, 
symm 一下, 发现 
2 对应的是-x, -y, -z
所以, O27的对称操作是-x, -y, 1-z
而要注意的是, 在CIF中, -x, -y, -z是排在第三个的, 所以O27的symmetry code 最后在CIF中应为3556. 

所以, 关键是要明白symmetry code的含义. 
然后要以CIF中的为准. 

问题三: 对称操作的含义
关于对称操作码的含义, 举个例子:

比如 P21/n 这个空间群, 
在CIF中有
_symmetry_cell_setting            monoclinic 
_symmetry_space_group_name_H-M    P2(1)/n 

loop_ 
_symmetry_equiv_pos_as_xyz 
'x, y, z' 
'-x+1/2, y+1/2, -z+1/2' 
'-x, -y, -z' 
'x-1/2, -y-1/2, z-1/2' 

上面四个就是P21/n这个空间群对应的对称操作.

如果你有个氢键是: 
O21 H6 O27  0.86(2) 1.95(6) 2.695(7) 145(8) 3_556

就表明: O27的坐标是在 -x, -y, 1-z的位置.

其中3表示空间群P21/n的第三个对称操作, 即'-x, y, -z' ; 也就是在_symmetry_equiv_pos_as_xyz 中排第三的那个操作.
而556表示在a, b ,c方向上的平移. 5不平移. 6是往正方向平移一个单胞, 即+1, 4是-1.

注意一下, 在.ins中, 对称操作数目对有心的空间群来说是减半的, 而且x, y, z这个操作也不会出现. 比如
上述P21/n,  在.ins中, 就只出现 0.5-X, 0.5+Y, 0.5-Z
具体举例如下:

TITL NONE in P2(1)/n  
CELL 0.71073   1.0000   1.0000   1.0000  90.000  90.000  90.000
ZERR    1.00   0.0002   0.0002   0.0002   0.000   0.030   0.000
LATT  1
SYMM 0.5-X, 0.5+Y, 0.5-Z