高斯(Gaussian)相关的免费软件 2nd version [2010-09-25].doc

献给初学高斯并挣扎的同志们…（经常总结确实能学到很多东西）

Gaussian相关的免费软件（Gaussview除外） 图形分析界面
(本文为免费文档，请勿将此文件强加任何收费限制 !!!! )
(Second edited by 废man 2010-09-25 12:39 )
欢迎大家继续补充，请在上面的括号内加上自己的名字并注明修改日期，并将补充的文字用红色字体标明，谢谢！
除了Gaussian使用的软件外， 提到了众多的分子模拟软件，欢迎大家去看看。

1. Molden http://www.cmbi.ru.nl/molden/ （免费）电子密度
是由荷兰的G Schaftenaar于1991年开发的从头算Gamess，Gaussian和半经验Mopac/Ampac接口的电子密度显示软件，通常运行于Unix环境下，Windows下需要安装X-WinPro来支持其运行。Molden可以显示分子轨道、电子密度等值线图或3D格点图等，同时可以输出postscript、XWindows、VRML、Povray、OpenGL、tekronix4014、hpgl和hp2392格式的文件，Molden可以读取chemx、PDB、mopac/ampac以及其它一些格式的文件。Molden有方便的Z矩阵编辑器，可以方便的对构建的分子进行操作。对于高斯而言，与Molden结合使用的时候需要使用IOP(6/7=3)关键字。
草氨酸钠静电势的例子参考http://www.chem.ucsb.edu/~kalju/chem226/public/task2A.html

2. Molekel http://molekel.cscs.ch/ （免费）
分子模型和电子结构显示的免费工具，支持的分子结构计算程序输出文件格式有：GAUSSIAN、GAMESS-US、ADF、ZINDO、MOS、HONDO, Jaguar, MOLPRO, HyperChem, Mopac, NWChem和QChem等和NBO等。支持Z-matrix格式、Chem3D直角坐标CACAO直角坐标和XYZ等多种格式的文件。Molekel通过读取相关的结果文件，可以制作分子的电子密度图、分子轨道图和静电势图等，为了显示高斯的结果，通常需要在输入文件中加入关键字“#P GFPRINT, POP=FULL, iop(6/7=3)”。支持分子轨道，电子密度，静电势等三维以及二维的切片和光谱显示等，具体操作可以参考网页的flash教程。
http://molekel.cscs.ch/wiki/pmwiki.php/ReferenceGuide/ElectronDensity
http://molekel.cscs.ch/wiki/pmwiki.php/ReferenceGuide/GridData
此外，(Molkel)Molekel还支持高斯的NBO结果，具体方法参考紫霞或厦大论坛Elizerbeth老鸟的教程：

用Molekel画轨道图形

3. GaussSum
（免费）
支持ADF，GAMESS(US)，GAMESS-UK，Gaussian，和PC-GAMESS的结果，包括UV-Vis/IR/Raman光谱，能级和分子轨道的贡献等，可以显示SCF收敛过程，结构优化过程的能量变化等，提取分子轨道信息，包括原子对分子轨道的贡献，特别的可以绘制态密度和部分态密度谱图，晶体轨道重叠布居(COOP)谱图，可以给出成键或反键信息，也可以显示UV-Vis跃迁的信息，包括原子电荷密度的变化等。

4. Arguslab, （免费）
由于静电势，电子密度，拉普拉斯电子密度，分子轨道的显示是大家关心的问题，而高斯手册关于这些内容的计算的说明并不是十分详细，而Arguslab提供了和Gaussian的使用接口，可以直接向高斯提交计算任务，其关于cube的计算设置非常方便，如下图所示，可以进行静电势，电子密度，拉普拉斯电子密度等计算。不熟悉的网友可以编辑好输入文件以后查看生成的gjf文件格式熟悉各种cube文件的制作。

此外，也可以通过Surface下拉菜单的Make Surface选项查看当前得到的cube文件的图形，具体操作方式请参考软件的帮助。

具体使用方法参考软件的说明。由于这一软件支持的基组有限，因此当前的版本还不能够用于有关的重原子的赝势基组的计算。除了Gaussian，这一软件还支持HyperChem的结果。注意，Arguslab只支持*.fch和*.log格式的高斯结果文件，并不支持*.out格式的高斯结果文件。

5. Gabedit （免费）
这个软件提供了多种软件的使用接口，包括GAMESS(US), GAUSSIAN, MOLCAS, MOLPRO , MPQC, OpenMopac, Orca, PCGamess, Q-Chem和ADF，其分子图形显示窗口支持的功能和文件类型如下：

6. VMD http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ （免费）
中文介绍
VMD是由美国Illinois州立大学Urbana-Champaign分校的理论和计算生物物理研究组开发并维护的一款用于3D分子显示和分析的软件。 VMD功能十分强大，可以识别很多模拟软件的分子模型文件格式和轨迹文件格式，允许用户直接生成电影文件和精美的3D分子图形。VMD支持的文件有ARMBER, CHARMM, AutoDock, CPMD, GRASP, GAMESS, Gaussian, Gromos, Gromacs, INSIGHTII, LAMMPS, NAMD, Tinker等软件的相关文件。对于高斯，支持*.cube或*.cub类型的文件，用于生成三维的曲面。

7. Gopenmol http://www.csc.fi/gopenmol/ （免费）
该软件支持CHARMM, DL Poly, Gromacs, Gamess, Gaussian, HyperChem, Insight II, MPAC, Tinker等软件的相关文件，对于高斯，支持*.fch和*.cube或*.cub类型的文件。关于cube的显示请参考tangdy网友的用“gOpenMol”制作静电势立体图
http://www.mdbbs.org/redirect.php?tid=4217&goto=lastpost

8. Facio http://www1.bbiq.jp/zzzfelis/Facio.html （免费）
Facio是拉丁语中的一个习语，意为”I make”，该软件可用于制作Gaussian的输入文件,同时也可以显示 Gamess, MOPAC和TINKER等软件的结果，对于高斯，支持*.chk, *.fch, *.cube, *.out或*.log，支持gamess的*.inp, *.irc, *.out或*.log，支持Mopac的*.out等。软件支持原子或特定基团的添加或删除，显示结构优化过程的能量变化等，ONIOM层的编辑，显示分子轨道，cube文件，NMR屏蔽张量等，显示指定的键长键角二面角，改变分子的原点位置等操作。

Facio可视化教程可参考：http://www1.bbiq.jp/zzzfelis/Facio.html

9. Xvibs
http://www.chem.ac.ru/Chemistry/Soft/XVIBS.en.html（免费）振动谱， Linux下
主要功能为高斯等软件计算的谱学信息显示，此外也支持Aces2，Gamess，PC Gamess，Dalton，Jaguar和MOPAC的计算结果，输出结果以XYZ格式对每个原子显示简正模式矢量。

10. Mask http://www.ccmsi.us/mask/ （免费）轨道
1MB左右的小程序，支持Gaussian的*.out或*.log文件，从而绘制分子轨道图，但是需要在高斯的输入文件中加入”GFPRINT POP=FULL iop(6/7=3)”关键字。此外，软件也支持制作简单功能的gamess输入文件*.inp，也可以打开gamess的*.out或*.log文件。也可以添加删除原子，查询键长，键角和二面角等几何参数。

11. VMOdes http://www.d.umn.edu/~vnemykin/VMOdes/VMOdes.htm （免费）
该软件主要用于提取Gaussian或Gamess的*.out文件的分子轨道信息。

12. Viewmol
Viewmol是linux下的计算化学程序图形前端。用于计算的分子结构并显示计算结果，同时也可以创建和编辑分子，显示分子结构，跟踪几何优化或MD轨迹，动画显示简谐振动，并可保存为电影文件，绘制IR，Raman和非弹性中子散射谱，绘制MO能级或态密度，绘制基函数，分子轨道和电子密度，绘制指定格点的特性，对于某一构型，显示作用于每一原子的力，计算分子的热力学量，显示结果可保存为TIFF，PNG，HPGL或PostScript文件，支持大量的输入输出格式，并且用户也可很容易地添加。目前支持的有：Gaussian输出，Discover文件，DMol3输出，Gamess输出，Gulp输出，Mopac输出，PDB文件，PQS输出，Turbomole文件，以及OpenBabel支持的分子结构。Viewmol可以产生的输入文件有：Turbomole文件，Accelrys.car和.arc文件，Gaussian输入文件，MDL文件，以及OpenBabel支持的分子结构。

13. Yasara http://www.yasara.org/ （免费）
Python语言制作的软件包，支持高斯的*.cube, *.cub, *.chk, *.fch, *out文件，除此之外，也支持Dmol3, HyperChem, Gamess, Jaguar, Mopac, NWChem, QChem, ADF以及Viewmol等软件的相应格式文件。由于这一软件主要是针对蛋白质相关的模拟开发，因此推荐对于相关的蛋白质的分子模拟结果如研究序列，氢键，分子动力学结果等等使用，支持动力学的电影动画。

14. GsGrid （免费）
由sobereva老鸟编写的fortran程序用于*.cube或*.cub类型文件的处理，使用请参考：
http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=6550&highlight=gsgrid
以及emuch论坛Zhou2009前辈量子化学图形显示手册的帖子：

15. Chemcraft （免费150天）
支持高斯的*.cube, *.cub和*.out，此外也支持HyperChem的*.hin类型文件。可以用于cube文件的显示

16. AIMALL （免费）
AIMAll基于AIMPAC，对分子体系执行“分子中的原子”分析。通过计算，能够找到电子密度临界点的信息。其“标准运行模式”可以免费申请，限制为10个以下的原子，200个以下的原函数。“专业运行模式”需要购买许可文件。程序使用两种波函文件格式：Gaussian 03/09或GAMESS产生的WFN文件，以及Gaussian 03/09产生的格式化检查点文件。波函限制为S-，P-，D-，F-，G-Gaussian基函数类型。不支持ECP和半经验计算的波函。得到*.wfn文件需要在高斯的输入文件中加入output=wfn关键字。
可以参考MDBBS论坛tangsw911网友的帖子
http://www.mdbbs.org/redirect.php?tid=3260&goto=lastpost
关于wfn文件请参考sobereva老鸟在mdbbs上的帖子“高斯fch文件与wfn波函数文件的介绍及转换方法”：
http://www.mdbbs.org/thread-22397-1-2.html

17. XAIM http://www.quimica.urv.es/XAIM/ （免费）Linux下
对分子体系执行“分子中的原子”分析。

18. VESTA http://www.geocities.jp/kmo_mma/crystal/en/vesta.html
可以读入高斯的cube文件，用于分析。