miRBase数据库简介.ppt

miRBase-microRNAmiRBase-microRNA序列序列数据库数据库目录目录microRNA简介miRBase简介miRBase的主要功能:1.miRNA注册2.miRNA搜索3.特定miRNA具体信息4.miRNA靶标预测5.数据下载microRNAmicroRNAmicroRNAmicroRNA简介简介简介简介microRNA(miRNA)是一类长约22个核苷酸的非编码小RNA分子，最早在线虫中发现，并广泛存在于许多真核生物和细胞中，包括植物、动物、单细胞藻类、病毒等。miRNA主要通过与靶mRNA的结合，在转录后水平介导mRNA降解(多见于植物)或翻译抑制(多见于动物)来调控基因表达。研究表明miRNA在动植物生长发育、动物细胞凋亡、癌症发生以及植物应答胁迫等方面发挥重要作用。microRNA的命名规则：1.将物种缩写置于miRNA之前，成熟miRNA用miR表示，miRNA的基因或初级转录本中预测的茎环结构则用mir表示；2.miRNA简写成miR，再根据其被克隆的先后顺序加上阿拉伯数字，并且编号是连续的;3.不同物种中同源的miRNA最好用同一个名字，同一物种中高度同源的miRNA在数字后加上英文小写字母；4.由不同染色体上的DNA序列转录加工而成的具有相同miRNA成熟序列而premiRNA序列不同的miRNA，则在后面加上阿拉伯数字以区分；5.如果一个前体的2个臂分别加工产生miRNA，则根据克隆试验，看看哪个是主要的成熟产物，次要的在后面加“*”号。miRBase18226 hairpin precursor miRNAs21643 mature miRNAs 168 speciesmiRBasemiRBase序列数据库是一个提供包括miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一；库中所有数据都可以从首页Download page或直接进入FTP站点下载。miRBase主要由三部分组成：miRBase database、miRBase Registry和miRBase Targets database。而miRBase Targets database则已经更名为microcosm，并托管于EBI。miRNAmiRNA注册注册提交所用的格式为Fasta格式。最终，提交的序列将会加入到miRBase Sequence Database中。miRNAmiRNA搜索搜索miRNAmiRNA搜索搜索miRNAmiRNA搜索搜索miRNAmiRNA搜索搜索hsa-let-7a-1 MI0000060 hsa-let-7a-1 MI0000060 UGGGAUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUUAGGGUCACACCCACCACUGGGAGAUAACUAUACAAUCUACUGUCUUUCCUA UGGGAUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUUAGGGUCACACCCACCACUGGGAGAUAACUAUACAAUCUACUGUCUUUCCUA miRNAmiRNA搜索搜索miRNAmiRNA搜索搜索特定特定miRNAmiRNA具体信息具体信息信息主要包括三部分：茎环结构，成熟序列(包括miRNA*)和参考文献。茎环结构和成熟序列的序列信息都可以通过“Get sequence”得到相应FASTA格式的序列。茎环结构部分除Accession、ID、Description、Stemloop信息之外，还包括Deep sequencing数据、Genome context、该基因相关的Database links、基因所属Gene family。成熟序列部分也包括Accession、ID、sequence和Deep sequencing信息，但还有试验证明(包括克隆、Northern以及Solexa测序等)和通过不同软件预测的靶标，并可通过链接查看。References部分列的主要是Pubmed中有关该miRNA文献的链接，这有利于用户对该miRNA进行全面了解。特定特定miRNAmiRNA具体信息具体信息茎环序列Deepsequencing信息特定特定miRNAmiRNA具体信息具体信息成熟序列Deep sequencing信息特定特定miRNAmiRNA具体信息具体信息参考文献miRNAmiRNA靶标预测靶标预测miRNA预测靶标的查询由Targets database负责，它主要针对动物miRNA靶标的查询。目前Targets database已更名为microCosm并托管于EBI。它运用的是miRanda算法，从多种物种基因组3UTR信息中找出潜在的miRNA靶标。用户可以通过主页链接或直接进入MicroCosm(http：wwwebiacukenright-srvmlcrocosmhtdeestargetsv5)查询。另外，动物miRNA条目页也提供了TargetSean、PicTar、DIANA-microT等软件预测的靶标链接。数据下载数据下载数据下载数据下载FTP站点