基因检测技术在肺癌精准治疗中的应用-靶向捕获测序与ddPCR比较只是分享.ppt

单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,*,基因检测技术在肺癌精准治疗中的应用 靶向捕获测序与ddPCR比较,PCR,技术也经历了,3,代的进化,1987,年，,KRAS,基因突变在当时,50%,的肺腺癌患者中被发现。,2004,年，,EGFR,突变作为新的肺腺癌驱动基因被发现。,2014,年，随着,TCGA,计划的完成，肺腺癌的基因突变图谱被进一步完善。,对,NSCLC,驱动基因的认知随着分子检测技术的进步在不断深入,Ashley J.Vargas et al,，,Nature Reviews Cancer,16,525537(2016),遗传易感性,早期筛查,伴随诊断用药指导,复发与疾病进展监控,血液,组织,良恶性判断,NGS,在肿瘤临床领域的应用,遗传易感性,早期筛查,伴随诊断用药指导,复发与疾病进展监控,良恶性或分子分型,非小细胞肺癌,NGS,在肺癌临床领域的应用,NGS,+,ddPCR,NGS,+,ddPCR,NGS,肿瘤的异质性对传统分子组织诊断提出了挑战,NGS,和,ddPCR,都是通过计算，看检测出多少带有突变的,DNA,（突变型），和检测到的所有的,DNA,（野生型,+,突变型）的比值来确定等位基因突变频率（,AF,）。,等位基因突变频率,=4/14=28.5%,未突变的,DNA,来自正常组织或肿瘤中的其他亚克隆,NGS,和,ddPCR,都能够报告等位基因突变频率，反映不同亚克隆的比例关系,EGFR L858,通过等位基因突变频率在结合样本病理评估中的肿瘤细胞占比，我们能够对肿瘤内部带有不同驱动基因的肿瘤细胞亚克隆有一个大致的比例上的了解。对了解肿瘤异质性有帮助。,NGS,和,ddPCR,都可分辨分子顺式,/,分子反式,K.S.Thress,et al.Nat Med,2015.,21,(6):p.560-562,.,有研究发现,T790M,和,C797S,突变分子顺式,/,分子反式信息影响,EGFR TKI,治疗疗效；,NGS,和,ddPCR,都能够提供,EGFR,突变的,in cis/in tran,信息，具有重要的临床意义，传统,PCR,检测则会遗漏这一信息；,基于靶向捕获的,NGS,能够同时检测已知突变和未知突变,ddPCR,Capture NGS,热点,1,热点,2,热点,3,热点,4,检测基因,NCCN,指南建议初诊患者进行多靶点平行检测,针对非小细胞肺癌的,8,个基因,NGS,可以完全覆盖,NGS,与,ddPCR,在肺癌,8,基因检测对比,检测基因型,NGS,组织,NGS,血液,ddPCR,组织,ddPCR,血液,EGFR,突变,检测已知,+,未知,检测已知,+,未知,已知,已知,ALK,融合,检测已知,+,未知,检测已知,+,未知,已知,难（已知）,HER2,突变,检测已知,+,未知,检测已知,+,未知,已知,已知,BRAF,突变,检测已知,+,未知,检测已知,+,未知,已知,已知,MET,扩增,可以,难,很好,好,MET14,外显子跳读,检测已知,+,未知,检测已知,+,未知,已知,已知,ROS1,融合,检测已知,+,未知,检测已知,+,未知,已知,难（已知）,KRAS,突变,检测已知,+,未知,检测已知,+,未知,已知,已知,MET 14 exon skipping,，,HER2 20 exon insertion,等情况复杂的突变,EGFR,等热点基因的非热点突变位点,ALK,等热点基因的非常见融合方式,约,3/4 ALK,融合为经典的,EML4-ALK,融合，但有,1/4,为与其他基因的融合，包括：,STRN-ALK,CATSPERB-ALK,ACVR1-ALK,CLIP1-ALK,DPH6-AS1-ALK,KIF5B-ALK,RP11-320M2.1-ALK,UGP2-ALK,罕见的,EGFR-19Del,可能会造成,PCR,方法假阴性,NGS,能够覆盖传统方法和,ddPCR,无法检测的突变种类,NGS,能够发现新的耐药机制,15,例患者一代,TKI,进展，,T790M+,，应用,AZD9291,后耐药，经检测发现三种类型,：,6,例出现,C797S,5,例仍保持,T790M,，无,C797S,T790M,消失,Thress KS et al,Nat Med.2015 Jun;21,发现,AZD9291,获得性耐药机制,-C797S,突变,与,EGFR,不同,ALK-TKI,的耐药机制更加复杂,NGS,检测,EGFR,和,ALK,的耐药位点都没有问题。,ddPCR,只能做,T790M,这种比较集中出现的耐药位点检测。,随着建库技术和生物信息分析策略的进步,NGS,液体活检敏感性已经远超,ddPCR,在肿瘤克隆进化的过程中，劳拉替尼耐药相关亚克隆,L1198F,重拾对克唑替尼的敏感性,Shaw AT et al,N Engl J Med.2016;374(1):54-61.,Bordi P et al,N Engl J Med.2016;374(18):1790.,评论：相比反复活检在临床面临的巨大挑战，,ctDNA,动态随访是对肿瘤克隆进化监控的最佳方式,NGS,检测能够帮助分析肿瘤克隆的进化,N.Rizvi et al,Science,vol 348,2015,全外显子测序结果有助于评估接受免疫治疗的患者预后,Delpu et al.,Int.J.Mol.Sci.,(2013),PNAS,基于,NGS,的血液,DNA,甲基化检测能够满足肺癌早诊的需求,感谢聆听,此课件下载可自行编辑修改，仅供参考！感谢您的支持，我们努力做得更好！谢谢,