GelRed基本问答.doc

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GelRed/GelGreen基本问答
美国技术关于marker跑电泳出现分辨率不高现象：
经过比对多家的maker产品，证实Invitrogen's 1kb Plus DNA Ladder 与Gel Red匹配度最好。
Gel Red比EB分子大（也是由于大分子特性，所以不会透过细胞膜进入人体产生伤害，染料的结合原理都是一样的）。大分子的染料在预制胶中对DNA的迁移有一定影响，但是不确定对那种类型的DNA迁移影响严重。采用后染法，不会破坏胶中的DNA样本，保证了DNA迁移的真实水平。不同于EB，你不用在对染后的胶进行脱色。

针对预制胶电泳拖带、不清晰的建议：
1. 鉴于GelRed的高灵敏性，建议减少DNA的上样量。
2. 建议把GelREed再稀释一倍后使用，但过低会影响结果的灵敏性。
3. 用1XTBE缓冲液代替TAE，因为含硼酸盐的试剂导电性能更好。

GelRed＆GelGreen常见问题：

Q: 污染或微笑的DNA条带或错误的DNA迁移条带?
A: 许多客户为方便使用GelRed预制凝胶。但GelRed和GelGreen是为安全而设计的分子量较大的高效亲和型染料，在预制凝胶电泳中它们可以影响DNA的迁移。如一些限制性酶切的DNA样本，可能会在GelRed预制凝胶中异常迁移下列建议可能会提高预制凝胶中的条带分离效果。
1． 减少DNA上样量。污染和微笑条带往往是过量的DNA样本造成的。推荐的泳道和已知浓度的样品的上样量为50-200ng/泳道。对于未知浓度的样品，尝试1/2或1/3的常用上样量
2． 减少GelRed在凝胶中的总量，比如用0.5X的浓度来代替1X的浓度。
3． 制百分比浓度小的琼脂糖凝胶。高分子量的DNA在低百分比的琼脂糖凝胶分离效果比较好。
4． 更换电泳缓冲液。 TBE缓冲液比TAE缓冲液的效果更好。
5． 为了避免染料可能对DNA迁移的干扰，我们建议使用电泳后染胶。如果跑胶程序需要的上样量超过推荐量，建议使用电泳后染色法。

Q： 荧光弱，时间久染料性能降低，或使用后染法染料仍然在琼脂糖凝胶中。
A : 染料可能从溶液中沉淀。
1． 加热GelRed至45 - 50℃，2min，搅拌溶解。
2． 染料在室温下储存，以避免沉淀。

Q: 后染法需要去除染料的步骤吗？
A: 不需要，不过高背景的结果可以考虑适当脱色步骤

Q： GelRed和GelGreen可以用来染色单链DNA或RNA吗？
A: GelRed和GelGreen可用于单链DNA和RNA的染色，但GelRed染单链核酸效果比GelGreen敏感5倍左右。使用荧光酶标仪的滴定实验表明， GelRed绑定单链DNA和RNA荧光信号约是结合双链DNA的一半左右。

Q： 用那些仪器检测GelRed和GelGreen？
A: GelRed完美兼容标准（302或312nm）紫外透射成像仪。
GelGreen的吸光度在250-300 nm和吸收峰在500纳米左右。 GelGreen兼容254 nm的紫外透射或可见光激发的凝胶成像仪，如Dark Reader或488 nm凝胶激光扫描仪。

Q： 什么样的发射滤波片适合使用GelRed和GelGreen？
A: GelRed使用溴化乙锭滤片; GelGreen使用SYBR Green或黄色滤片。另外，长通道黄色滤片可用于GelRed或GelGreen。请查阅GelRed和GelGreen更多的特定波长的发射光谱。

Q: 可以提前制作GelRed / GelGreen凝胶，储存供以后使用吗？
A: 可以，GelRed和GelGreen染料是稳定的。在保证琼脂糖凝胶的完整性不会被破坏的前提下，你可以将预制的GelRed / GelGreen凝胶储存供以后使用。 我们建议在4℃避光贮存凝胶。

Q： GelRed / GelGreen在熔化的琼脂糖中稳定么？可以将GelRed / GelGreen储存在熔化的琼脂糖胶中，到用的时候在制备凝胶吗？
A: 可以，GelRed比GelGreen更加稳定。但我们不建议将GelRed放在熔化的琼脂糖中存放几天。

Q: GelRed /GelGreen的预制凝胶可以重复使用吗？
A: 不可以，我们不建议GelRed / GelGreen凝胶电泳后重复使用，因为连续电泳会减少染色强度。

Q: 可以重新融化GelRed / GelGreen凝胶，再制备吗？
A: 是的，但最好再添加一些染料，保证重新制备凝胶的信号强度。

Q： GelRed和GelGreen用后应该如何处置？
A: GelRed和GelGreen通过EPA环保监管局22个指标测试。GelRed和GelGreen已经被相关部门批准，可以直接倾倒入下水道。然而，由于地方规定的差异，您可以请联系您当地的安全监管部门，获取相关条例。详情请查阅GelRed / GelGreen安全报告信息。

Q: GelRed及GelGreen与如克隆，连接和测序的下游扩增子兼容吗？
A: 可以。我们建议使用Qiagen公司或Zymoclean凝胶提取试剂盒，EXO-SAP方案，或酚氯仿抽提法去除DNA中的染料成分。由于GelRed/GelGreen与DNA结合比EB更为紧密，所以需要去除样品DNA中的GelRed/GelGreen染料,保证DNA的后续操作。

Q: GelRed / GelGreen安全性如何？
A: GelRed/ GelGreen经过埃姆斯AMS和相关测试，已经被证明是替代EB和SYBR染料更为安全的产品。不过，请使用这些试剂时，也要遵循实验室安全条例等。

Q: 哪里可以找到GelRed / GelGreen安全性相关信息？
A: 请访问我们的网站下载完整的安全报告。

Q: GelRed / GelGreen检测下限是什么？
A: GelRed/ GelGreen是超敏感的染料。有些用户反馈可以检测含量＜0.1ng的DNA。然而，染色的灵敏度取决于仪器的性能和曝光设置等。

Q: GelRed / GelGreen的结合机制是什么？
A: GelRed/ GelGreen作用原理通过静电及电荷相互作用的结合。

Q: GelRed / GelGreen迁移的方向？
A: GelRed和GelGreen相比于EB来说，不容易通过凝胶迁移。不需要在电泳缓冲液中添加额外的染料，凝胶也会比EB染色更均匀。

Q: GelRed/ GelGreen需要在黑暗中使用吗？
A: GelRed和GelGreen是稳定的染料。你可以在室内光线下使用。然而，我们建议将染料避光储存。

Q: GelRed / GelGreen的使用量？
A: 10,000×储备液用于1X预制凝胶使用量1:10000（例如，5 uL 用于50ml凝胶），或1:3333比例用于电泳后染色（15 uL 用于50 mL溶液）。

Q: GelRed / GelGreen电泳后染色可重复使用吗？
A: 可以。但，如果敏感度降低，则建议更换新鲜的染料溶液。

Q: GelRed可以被用于凝胶迁移电泳分析和脉冲凝胶电泳吗？
A: 可以。GelRed可用于EMSA和PFGE凝胶的电泳后染色。

Q: GelRed / GelGreen可以被用于Southern或Northern杂交吗？它会干扰转膜或杂交过程吗？
A: GelRed 可被用于Southern杂交（植物细胞报告DOI：10.1007/s00299-011-1150-7）。我们建议使用后染法。

Q GelRed可以被用于基于甲醛的RNA凝胶中？
A: 可以。

Q: GelRed可以被用于聚丙烯酰胺，DGGE技术，EMSA实验或PFGE（脉冲场）凝胶吗？
A: 可以。请使后染法。

Q: GelRed可以被用于彗星试验(单细胞凝胶电泳测定技术，它是一种敏感单链或双链DNA突变和破损的遗传测定方法)？
A: 是。

Q: GelRed是否用于碱性凝胶电泳缓冲液（30MM的NaOH，1mM的EDTA）？
A: 是。

Q: GelRed可被用于氯化铯梯度纯化的DNA染色吗？
A: 客户使用的结果显示可以。为了去除氯化铯梯度纯化的DNA中的GelRed，我们建议正丁醇萃取前添加SDS至终浓度0.1％。

Q: 建议用什么方案去除电泳后胶中的GelGreen / GelRed染料？
A: 客户报告中提到使用Zymo Research公司的ZymoClean 凝胶 DNA回收试剂盒，USB/Affymetrix 公司的ExoSap-It 试剂盒、Sigma的GenElute琼脂糖柱。Life Technologies 公司的PureLink快速凝胶回收试剂盒，GE Healthcare公司的Illustra GFX PCR DNA 和 凝胶条带纯化试剂盒、Roche 应用科学公司的高纯度PCR产物纯化试剂盒。

Q: 为什么有GelRed和GelGreen两种溶剂（二甲基亚砜DMSO和水）？在DMSO和水中的染料是否存在差异？
A: 水溶解的产品相对于储存在DMSO中，是一个全新的改良。由于DMSO会被皮肤吸收，我们建议染料溶于水，以避免处理二甲基亚砜存在的潜在危害。鉴于有些用户不希望改变实验方案，我们将继续提供储存在DMSO的染料。经过内部测试，两种溶剂方案的效果相似。

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