生物信息学作业实验6.doc

广州大学学生实验报告开课学院及实验室：生命科学学院 计机楼407 2013年 12 月 6 日 学 院生命科学学院年级、专业、班生物工程10姓名学号10142000实验课程名称生物信息学成绩实验项目名称实验六 蛋白质序结构与预测指 导 教 师一、实验目的1、掌握蛋白质序列检索的操作方法；2、熟悉蛋白质基本性质分析；3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测；4、了解蛋白质结构预测。二、实验内容1、提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、motif结构分析以及二级结构和三维结构预测的结果；2、总结进行上述分析所需注意的关键事项三、实验步骤1、提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、motif结构分析以及二级结构和三维结构预测的结果；1、人脂联素蛋白质序列的检索：（1）调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址(http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez)；（2）在Search后的选择栏中选择protein；（3）在输入栏输入homo sapiens adiponectin；（4）点击go后显示序列接受号及序列名称；（5）点击序列接受号NP_004788 (adiponectin precursor; adipose most abundant gene transcript 1 Homo sapiens)后显示序列信息；（6）将序列转为FASTA格式保存(参考上述步骤使用SRS信息查询系统检索人脂联素蛋白质序列)；2、使用BioEdit软件对人脂联素蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和疏水性等基本性质分析：打开BioEdit软件将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列输入分析框点击左侧序列说明框中的序列说明点击sequence栏选择protein点击Amino Acid Composition查看该蛋白质分子质量和氨基酸组成；或者选择protein后，点击Kyte& Doolittle Mean Hydrophobicity Profile查看该蛋白质分子疏水性水平；3、人脂联素蛋白质序列的蛋白质同源性分析：（1）进入NCBI/Blast网页；（2）选择Protein-protein BLAST (blastp)；（3）将FASTA格式序列贴入输入栏；（4）点击BLAST；（5）查看与之同源的蛋白质； 4、人脂联素蛋白质序列的motif结构分析：（1）expasy-tools(http:/cn.expasy.org/tools/)中的链接进入，或直接输入网址（http:/myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan）进入网页。（2）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏；（3）在Prosite Profile前打钩，然后点击Search；（4）查看分析结果（注意Prosite Profile中的motif information）； 5、人脂联素蛋白质序列的二级结构预测：（1）可由expasy-tools(http:/cn.expasy.org/tools/)中的链接进入，或直接输入网址（http:/www.predictprotein.org/）进入；（2）进入predictprotein页面后，先register（注册）；（3）然后将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏，submission（提交）所要分析的蛋白序列；（4）分析结果。PHD predictions结果： PROF predictions结果 6、人脂联素蛋白质序列的三维结构预测：（1） 进入http:/www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html （SwissModel First Approach Mode）网页；（2） 选择Automated mode （自动模式）；（3） 进入Automated mode 界面后输入E-Mail地址和序列名称，将将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏，点击“submit modeling request”后，等待结果。（4）下载蛋白PDB文件观看其三维结构图像。（注：需下载软件入rasmol查看三维图象）。2、总结进行上述分析所需注意的关键事项1、 对人脂联素蛋白质序列进行两种分析即基于NCBI/Blast软件的蛋白质同源性分析和motif结构分析。2、 二级结构预测可大致分为二类：一是有关根据单一序列预测二级结构；二是有关根据多序列列线预测二级结构。3、比对数据库中已知结构的序列是预测未知序列三级结构的主要方法。多种途径可进行以上这种比对。最容易是使用BLASTP程序比对NRL3D或SCOP数据库中的序列。_11