生物信息学作业实验6.doc

广州大学学生实验报告
开课学院及实验室：生命科学学院 计机楼407 2013年 12 月 6 日
学 院
生命科学学院
年级、专业、班
生物工程10
姓名

学号
10142000
实验课程名称
生物信息学　
成绩

实验项目名称
　实验六 蛋白质序结构与预测
指 导 教 师

一、实验目的
1、掌握蛋白质序列检索的操作方法；
2、熟悉蛋白质基本性质分析；
3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测；
4、了解蛋白质结构预测。

二、实验内容
1、提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、motif结构分析以及二级结构和三维结构预测的结果；
2、总结进行上述分析所需注意的关键事项

三、实验步骤
1、提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、motif结构分析以及二级结构和三维结构预测的结果；

1、人脂联素蛋白质序列的检索：
（1）调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez)；
（2）在Search后的选择栏中选择protein；
（3）在输入栏输入homo sapiens adiponectin；
（4）点击go后显示序列接受号及序列名称；
（5）点击序列接受号NP_004788 (adiponectin precursor; adipose most abundant gene transcript 1 [Homo sapiens])后显示序列信息；
（6）将序列转为FASTA格式保存(参考上述步骤使用SRS信息查询系统检索人脂联素蛋白质序列)；

2、使用BioEdit软件对人脂联素蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和疏水性等基本性质分析：
打开BioEdit软件→将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列输入分析框→点击左侧序列说明框中的序列说明→点击sequence栏→选择protein→点击Amino Acid Composition→查看该蛋白质分子质量和氨基酸组成；
或者选择protein后，点击Kyte& Doolittle Mean Hydrophobicity Profile→查看该蛋白质分子疏水性水平；

3、人脂联素蛋白质序列的蛋白质同源性分析：
（1）进入NCBI/Blast网页；

（2）选择Protein-protein BLAST (blastp)；
（3）将FASTA格式序列贴入输入栏；
（4）点击BLAST；
（5）查看与之同源的蛋白质；

4、人脂联素蛋白质序列的motif结构分析：

（1）expasy-tools(http://cn.expasy.org/tools/)中的链接进入，或直接输入网址（http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan）进入网页。
（2）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏；
（3）在Prosite Profile前打钩，然后点击Search；
（4）查看分析结果（注意Prosite Profile中的motif information）；

5、人脂联素蛋白质序列的二级结构预测：
（1）可由expasy-tools(http://cn.expasy.org/tools/)中的链接进入，或直接输入网址（http://www.predictprotein.org/）进入；
（2）进入predictprotein页面后，先register（注册）；
（3）然后将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏，submission（提交）所要分析的蛋白序列
（4）分析结果。

PHD predictions结果： PROF predictions结果

6、人脂联素蛋白质序列的三维结构预测：
（1） 进入
http://www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html （SwissModel First Approach Mode）网页；
（2） 选择Automated mode （自动模式）；
（3） 进入Automated mode 界面后输入E-Mail地址和序列名称，将将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏，点击“submit modeling request”后，等待结果。
（4）下载蛋白PDB文件观看其三维结构图像。（注：需下载软件入rasmol查看三维图象）。

2、总结进行上述分析所需注意的关键事项

1、 对人脂联素蛋白质序列进行两种分析即基于NCBI/Blast软件的蛋白质同源性分析和motif结构分析。

2、 二级结构预测可大致分为二类：一是有关根据单一序列预测二级结构；二是有关根据多序列列线预测二级结构。

3、比对数据库中已知结构的序列是预测未知序列三级结构的主要方法。多种途径可进行以上这种比对。最容易是使用BLASTP程序比对NRL－3D或SCOP数据库中的序列。

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