细菌的分类及命名.pptx

细菌分类及命名一一、细细菌菌分分类类地地位位二二、细细菌菌命命名名三三、细细菌菌分分类类判判定定标标准准四四、细细菌菌分分类类体体系系五五、细细菌菌判判定定细菌的分类及命名1/31一、细菌分类学一、细菌分类学对细菌进行对细菌进行分类，分类，命名与判定命名与判定 一门学科。一门学科。任务：任务：在全方面了解在全方面了解细菌生物学特征细菌生物学特征基础上，基础上，研究它们研究它们种类种类，探索其，探索其起源起源，演化演化以及以及与与其它类群之间亲缘关系其它类群之间亲缘关系，进而提出能，进而提出能反应反应自然发展分类系自然发展分类系统，并将细菌加统，并将细菌加以以分门别类分门别类。细菌的分类及命名2/31细菌分类学细菌分类学包含分类，命名和判定包含分类，命名和判定1、细菌分类：、细菌分类：依据细菌各自特征，并按依据细菌各自特征，并按照照亲缘关系亲缘关系分类，以不一样等级分类，以不一样等级编排系编排系统统。分类有两种：。分类有两种：细菌生理生化分类法细菌生理生化分类法，包含有传统，包含有传统分类法和数值分类法。分类法和数值分类法。细菌核酸、蛋白质结构同源程度进细菌核酸、蛋白质结构同源程度进行分类法行分类法，称种系分类或自然分类。，称种系分类或自然分类。细菌的分类及命名3/312、细菌命名、细菌命名：在分类基础上，给每种：在分类基础上，给每种细菌一个细菌一个科学名称科学名称，便于交流并确保全，便于交流并确保全部科研工作者给予一样名称。部科研工作者给予一样名称。3、细菌判定：、细菌判定：将未知细菌按分类标准，将未知细菌按分类标准，确定细菌分类地位确定细菌分类地位。细菌的分类及命名4/31二、细菌分类地位1 1、过过去去属属于于植植物物界界，现现在在划划为为：原原核核生生物物在在兽兽医医微微生生物物中中，古古细细菌菌不不占占主主要要地地位位古菌古菌细菌细菌细菌的分类及命名5/312、细细菌菌还还包包含含衣衣原原体体、立立克克次次氏氏体体、霉霉形形体体、螺螺旋旋体体、放放线线菌菌等等对对动动物物和和人人含含有有致致病病作作用用蓝蓝细细菌菌、紫紫色色光光合合细细菌菌等等细菌的分类及命名6/31细菌的分类及命名7/31n界界 Kingdom(拉：拉：Regnum)n 门门 Phylum(拉：拉：Phylum)n 纲纲 Class (拉：拉：Classis)n 目目 Order(拉：拉：Ordo)n 科科 Family(拉：拉：Familia)n 属属 Genus（拉：（拉：Genus）n 种种 Species（拉：（拉：Species）3、细菌分类单元、细菌分类单元 细菌分类单元与动植物一样，依次为细菌分类单元与动植物一样，依次为科及科以上划分在细菌不太完善，且伴随科及科以上划分在细菌不太完善，且伴随研究深入科属划分会发生变动研究深入科属划分会发生变动细菌的分类及命名8/311、属属（genus）性性状状相相近近、关关系系亲亲密密若若干干菌菌种种组成一个菌属，与其它属有显著差异。组成一个菌属，与其它属有显著差异。2、种种（species）是是细细菌菌学学分分类类最最基基本本单单元元，生生物学性状基本相同细菌群体归成一个菌种物学性状基本相同细菌群体归成一个菌种。3、菌菌株株（strain）是是不不一一样样起起源源某某一一个个细细菌菌纯纯培养物。培养物。细菌的分类及命名9/31三、细菌命名1、细菌命名依据细菌命名依据“国际细菌命名法规国际细菌命名法规”(The International Code of Nomenclature of Bacteria)学名用拉丁文，遵照学名用拉丁文，遵照“双名法双名法”。每一个细菌拉丁文名称由属名和种名两部分组成每一个细菌拉丁文名称由属名和种名两部分组成如：如：产气荚膜梭菌产气荚膜梭菌（Clostridium perfringens）属名在前，字首属名在前，字首字母要大写字母要大写，其余小写其余小写整个属名及种名在出版物中应整个属名及种名在出版物中应排成斜体排成斜体汉字译名，种名在前，属名在后汉字译名，种名在前，属名在后细菌的分类及命名10/312、分类学文件中细菌拉丁文学名，属名分类学文件中细菌拉丁文学名，属名和种名之后，往往还要加上首次定名人和种名之后，往往还要加上首次定名人（加括号）、（加括号）、现名定名人和现名定名年现名定名人和现名定名年份份，这些均用，这些均用正体排字。正体排字。普通兽医学及医学微生物学文件中，普通兽医学及医学微生物学文件中，属名和种名之后部分均予省略属名和种名之后部分均予省略。如：如：Escherichia coli细菌的分类及命名11/31比比如如大大肠肠埃埃希希菌菌学学名名全全名名是是：Escherichia coli(Migula)Castellani et Chalmers l919 指指是是Migula于于1895年年命命名名此此菌菌为为Bacillu coli，Castellani及及Chalmers于于1919年年改改为为现现名名。细菌的分类及命名12/31金金黄黄色色葡葡萄萄球球菌菌学学名名为为：Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus Rosenbach 1884Rosenbach 1884属名葡萄球菌属名葡萄球菌种名金黄色种名金黄色命名人姓命名人姓命名年份命名年份金黄色葡萄球菌学名为金黄色葡萄球菌学名为细菌的分类及命名13/31Peptostreptococcus foetidus Peptostreptococcus foetidus（Veillon Veillon）SmithSmith属名消化链球菌属名消化链球菌种名恶臭种名恶臭原命名者原命名者更名者恶臭消化链球菌学名恶臭消化链球菌学名恶臭消化链球菌是由恶臭消化链球菌是由 Veillon 首先发觉和定名，首先发觉和定名，后后 Smith 重新定为现名。重新定为现名。细菌的分类及命名14/313、拉拉丁丁文文学学名名应应按按拉拉丁丁文文字字母母发发音音规规则则读读念念 4、属属名名重重复复出出现现时时，拉拉丁丁文文可可缩缩写写，用用第第一一个个字字母母，为为防防止止混混肴肴，也也可可用用2个个字字母母。大大肠肠杆杆菌菌(E.coli)细菌的分类及命名15/315、只确定属名、未确定种名某一株细菌，其拉丁文只确定属名、未确定种名某一株细菌，其拉丁文学名可在学名可在属名之后加属名之后加sp(正体字正体字)；假如；假如同属未定同属未定种名若干菌株种名若干菌株，则用，则用spp(species 缩写，缩写，sp.表示表示单数，单数，spp.表示复数表示复数)，如如 Micrococcus sp.表示微球菌属一个种，表示微球菌属一个种，Micrococcus spp.表示微球菌属一些种。表示微球菌属一些种。细菌的分类及命名16/316、假假如如是是新新种种，在在新新种种拉拉丁丁文文学学名名之之后后还还要要加加上上“sp.nov。”，nov是是novel缩缩写写。比比如如Lawsonia intracellularis genNov.sp.Nov.，译译为为：胞胞内内劳劳森森菌菌，新新属属新新种种。细菌的分类及命名17/317、亚亚种种用用subsp.(正正体体字字)表表示示，这这是是subspecies缩缩写写，比比如如Pasteurella multocida subspseptica，中中译译名名为为多多杀杀性性巴巴氏氏杆杆菌菌败败血血亚亚种种。细菌的分类及命名18/31四、细菌分类判定标准1、长久以来，细菌分类判定主要依据是其表型长久以来，细菌分类判定主要依据是其表型(phenotype)特征特征 这些表型特征对细菌判定和分类含有很主要作用，这些表型特征对细菌判定和分类含有很主要作用，尤其是在临床微生物学实中，至今仍有应用价值。尤其是在临床微生物学实中，至今仍有应用价值。形态形态染色染色培养培养细胞壁结构细胞壁结构生理生化生理生化抗原特征抗原特征细菌的分类及命名19/312、当当前前微微生生物物学学界界普普遍遍考考虑虑分分类类依依据据是是细细 菌菌 种种 系系 发发 生生 关关 系系(phylogenetic relationship)，即即分分析析其其基基因因特特征征从从而而确定分类地位。确定分类地位。研究细菌种系发生关系主要研究细菌种系发生关系主要采取三种方采取三种方法：法：1）测定测定DNA碱基碱基(G+C)mol2）核酸分子杂交核酸分子杂交3）16SrRNA寡核苷酸编目寡核苷酸编目细菌的分类及命名20/311）DNA碱基碱基G+C%百分比测定百分比测定u亲缘关系相近种比也相近，亲缘关系相近种比也相近，比差异大亲缘关系必定远比差异大亲缘关系必定远（G+C）%=100%A+T+G+CG+C简称简称GC比比u种内差距种内差距2.54.0,种间种间5%,属间属间差距差距10%细菌的分类及命名21/312）核酸分子杂交法）核酸分子杂交法DNA-DNA DNA-rRNA rRNA-rRNA 方法方法:u待测菌株待测菌株dsDNA-ssDNA u参考菌株，同位素标识参考菌株，同位素标识ssDNA检测杂合检测杂合DNA放射性强度放射性强度，参考菌株本身，参考菌株本身为为DNA复性放射性强度复性放射性强度100%uDNA-DNA杂交同源性性杂交同源性性 60%为同种为同种 70%同一亚种同一亚种 2060%为同一属为同一属细菌的分类及命名22/31细菌的分类及命名23/313）rRNA寡核苷酸编目分析寡核苷酸编目分析urRNA是细胞中是细胞中“活化石活化石”原核生物：原核生物：23s、16s、5s 真核生物：真核生物：28s、18s、5.8s u16s或或18s用作系统分类用作系统分类：（提出三域：（提出三域学说）学说）u生理功效主要又恒定、含量高易提取、生理功效主要又恒定、含量高易提取、核苷酸序列保守、分子质量适中、信息核苷酸序列保守、分子质量适中、信息量大易于分析量大易于分析细菌的分类及命名24/31五、细菌分类体系五、细菌分类体系 细菌分类体系主要是细菌分类体系主要是“伯吉氏系统细菌学手册伯吉氏系统细菌学手册”，Holt（美国）编共（美国）编共4卷。及卷。及“伯吉氏细菌判定手伯吉氏细菌判定手册册”国际系统与进化微生物学杂志国际系统与进化微生物学杂志是细菌分类命名世界公认权是细菌分类命名世界公认权威为期刊。威为期刊。国际公认菌种保藏权威机构是国际公认菌种保藏权威机构是“美国经典培养物保藏中心美国经典培养物保藏中心(ATCC)”以及以及“德国微生物及细胞保藏中心德国微生物及细胞保藏中心(DSM)”等。我等。我国兽医微生物菌（毒）种由国兽医微生物菌（毒）种由中国兽药检察所判定保留中国兽药检察所判定保留。细菌的分类及命名25/31五、细菌判定五、细菌判定 纯培养细菌纯培养细菌才能进行判定。才能进行判定。DNA分子水分子水平判定主要限于专业试验室；平判定主要限于专业试验室；常规细菌判定沿用表型特征检测方法；常规细菌判定沿用表型特征检测方法；有成套检测指标快速诊疗试剂盒有成套检测指标快速诊疗试剂盒商品化细菌判定试剂盒有商品化细菌判定试剂盒有Enteotube系系统、统、API系统、系统、Vitek系统等。系统等。有条件单位可用有条件单位可用PCR技术检测判定技术检测判定细菌的分类及命名26/311、分分类类方方法法数数值值分分类类法法：依依据据细细菌菌各各种种性性状状数数值值分分析析，借借助助计计算算机机，将将拟拟分分类类细细菌菌按按其其性性状状相相同同程程度度归归类类定定位位。细菌的分类及命名27/31在进行数值分类时在进行数值分类时需要选择需要选择分类单位分类单位（菌株、种或属）（菌株、种或属）将性状编将性状编码码按公式计算出相同度（按公式计算出相同度（S矩阵）矩阵）进行系统聚进行系统聚类类画出相同矩阵图画出相同矩阵图最终转绘树状普最终转绘树状普（dendrogam）计算相同度公式为：计算相同度公式为：S%=NS/（NS+ND）其中其中S为相同度，为相同度，NS为相同为相同性状，性状，ND为相异性状。为相异性状。此法应用时所选性状必须要多，越多准确性越高，此法应用时所选性状必须要多，越多准确性越高，最少高达最少高达100个，不然易误判。个，不然易误判。细菌的分类及命名28/312、常常见见动动物物致致病病菌菌判判定定已已形形成成固固定定程程序序。革兰氏阳性细菌革兰氏阳性细菌革兰氏阳性细菌革兰氏阳性细菌革兰氏阴性细菌革兰氏阴性细菌革兰氏阴性细菌革兰氏阴性细菌细菌的分类及命名29/31革兰氏阳性细菌球菌球菌杆菌杆菌丝状或树枝状丝状或树枝状葡萄球菌葡萄球菌链球菌链球菌粪肠球菌粪肠球菌微球菌微球菌MZN染色阴性染色阴性MZN染色阳性染色阳性牛放线菌牛放线菌粘性放线菌粘性放线菌星形奴卡菌星形奴卡菌刚果嗜皮菌刚果嗜皮菌产芽胞产芽胞无芽胞无芽胞抗酸染色阳性抗酸染色阳性抗酸染色阴性抗酸染色阴性梭菌梭菌芽胞杆菌芽胞杆菌炭疽杆菌炭疽杆菌分支杆菌分支杆菌牛分支杆菌和禽分支杆菌牛分支杆菌和禽分支杆菌鼠麻风杆菌鼠麻风杆菌副结核分支菌副结核分支菌棒状杆菌棒状杆菌化脓放线菌化脓放线菌马红球菌马红球菌产单核李氏杆菌产单核李氏杆菌猪丹毒杆菌猪丹毒杆菌细菌的分类及命名30/31革兰氏阴性细菌球菌球菌/球杆菌球杆菌杆菌杆菌MZN染色阴性染色阴性MZN染色阴性染色阴性弧状杆菌弧状杆菌中等大小杆菌中等大小杆菌螺旋状菌螺旋状菌丝状菌丝状菌弯曲菌弯曲菌弧菌弧菌耐瑟菌耐瑟菌生摩拉菌生摩拉菌不动杆菌不动杆菌肠杆菌科肠杆菌科假单胞菌假单胞菌波氏杆菌波氏杆菌放线杆菌放线杆菌嗜血杆菌嗜血杆菌巴氏杆菌巴氏杆菌拟杆菌拟杆菌钩端螺旋体钩端螺旋体蛇形螺旋体蛇形螺旋体密螺旋体密螺旋体疏螺旋体疏螺旋体坏死杆菌坏死杆菌布氏杆菌属布氏杆菌属鹦鹉热衣原体鹦鹉热衣原体细菌的分类及命名31/31