《Cytoscape软件应用》教学大纲(本科).docx

Cytoscape软件应用
一、课程简介
Cytoscape是一款图形化显示网络并进行分析和编辑的软件，它支持多种网络描述格式，也可以 用以Tab制表符分隔的文本文档或Microsoft Excel文件作为输入，或者利用软件本身的编辑器模块直 接构建网络。Cytoscape还能够为网络添加丰富的注释信息，并且可以利用自身以及第三方开发的大 量功能插件，针对网络问题进行深入分析。
本课程设置的目的就是让学生通过本课程的学习料件专业的网络分析工具。在整个课程体系中， 本课程可以有助于学生毕设期间科研论文的撰写以及专业课学习过程中对生物网络的直观理解。
通过本课程的学习，学生需系统掌握使用Cytoscape进行网络处理，特别是获取外部数据，网络 相关数据的筛选和编辑等。本课程以理论和实验课穿插安排，训练学生的动手实践能力。
二、理论教学内容
1 .初识 Cytoscape
掌握内容：Java安装，Cytoscape安装,启动程序,菜单(file,editJayout,plugins,help),网络管 理，网络窗口排列。
了解内容：Cytoscape安装电脑的系统要求，网络概览窗。
2 .创立网络
掌握内容：导入确定格式的网络文件(从本地计算机上导入网络，从远程计算机上导入网络(URL导 入)，导入格式灵活的表格文件，支持的文件类型，基本操作，导入不带边的节点列表，修改属性 名称和类型，从Web服务导入网络，编辑新网络。
了解内容：网络操作的高级选项。
3 ,所支持的网络文件格式以及节点和边的属性
掌握内容：SIF格式，GML格式，系统生物学标记语言(Systems Biology Markup Language), BioPAX (BiologicalPAthwaysexchange)格式，纯文本格式和Excel格式，Cytoscape中节点的命名， 节点和边的属性。
了解内容：XGMML格式，PSI-MI格式。
4 .加载基因表达(属性矩阵)数据及网络编辑
掌握内容：数据文件格式，基本过程，实例，什么是视觉风格，节点和边的查找与过滤，网络 编辑。
了解内容：文件格式的详细说明，VizM叩per用户界面，Visual Styles,浏览和布局。
三、实验教学内容
1 .初识 Cytoscape
基本内容：安装Java, Cytoscape安装，文件的翻开'导入使用控制面板和创立并保存工作区。sif 文件的翻开'导入有两种方式，Layout菜单的功，Cytoscape从网上直接导入相互作用网络。
基本要求：能独立安装Cytoscape,并掌握数据的导入和基本菜单的使用。
2 .创立网络
基本内容：导入确定格式的网络文件(从本地计算机上导入网络，从远程计算机上导入网络(URL导 入)，导入格式灵活的表格文件，支持的文件类型，基本操作，导入不带边的节点列表，修改属性 名称和类型，从Web服务导入网络，编辑新网络。
基本要求：能够有效获得外部数据，并对数据进行处理。
3 ,所支持的网络文件格式以及节点和边的属性
基本内容：SIF格式，GML格式，系统生物学标记语言(Systems Biology Markup Language)，169
BioPAX (Biological PAthways exchange)格式，纯文本格式和Excel格式，Cytoscape中节点的命名， 节点和边的属性
基本要求：掌握软件支持的所有网络文件格式，并能进行导入和属性编辑。
4 .加载基因表达(属性矩阵)数据及网络编辑
基本内容：导入表达信息，根据表达量高低给节点上不同的颜色。用filter和Delete Selected Nodes and Edgeso然后用yFiles Organic layout查看剩下的连线。选择强烈诱导或抑制的节点及其直接相邻 节点，复制到新的相互作用图里便于查看。然后观察转录因子对不同蛋白的表达量的作用。
基本要求：掌握表达信息的导入以及处理，能够完成网络的查找和过滤。
四、参考资料
Cytoscape用户手册 中文版，2010年03月( ： )
五、学时分配
序号
教学内容
参考学时
总学时
理论学时
实验学时
1
初识 Cytoscape
4
2
2
2
创立网络
4
2
2
3
所支持的网络文件格式以及节点和边的属性
4
2
2
4
加载基因表达(属性矩阵)数据及网络编辑
4
2
2
合计
16
8
8
170