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生物命名法规简介

BIOX.CN
2004-8-30 21:26:00
来源：大自然社区

根据国际规定，生物的各级名称即学名一律使用拉丁文或者拉丁化的文字。
属和属以上的分类单位用一个字表示，即单名法。
种用两个字表示，即双名法，物种的完整名称由属名和种名（也有人称种加名）共同构成。
亚种用三个字表示，即三名法，直接在种名后加上亚种名。
完整的学名后面还要有命名人和命名的时间，命名人和命名的时间之间加上都好“，”
有时候属名后还可以加上用括号括起的亚属名，而一般使用时不用写这些。
如果原来的命名有修正，则原命名人加上括号。
属名和命名人第一个字母要大写，种名和亚种名用小写，属名、种名和亚种都用斜体字，其它名称则用正体字。如果前面已经提到，后面的属名和种名可以用缩写，缩写的后面要加点“.”名称一行写不下要移行时，要按音节移行，不能将音节拆开，名且要加“-”连接。
比如：
猫科：Felidae Gray, 1821
豹属：Panthera Oken, 1816
虎：Panthera tigris (Linnaeus, 1758) 也可以写成Panthera (tigris) tigris (Linnaeus, 1758)
东北虎：Panthera tigris altaica (Termminck, 1845) 如果前面已经提到过华南虎，则东北虎的名字可简写为P. t. altaica
林耐Linnaeus最初为虎命名时归入的是猫属，虎的原名为Felis tigris Linaeus, 1758
东北虎的原名为Felis tigris altaica Termminck, 1845。现在虎则归入豹属，所以命名人加上了括号。
生物命名有一个基本原则称为优先率，即一个生物分类单位的有效名称，应以最早正式刊出的名称为准。如果发现同物异名或者异物同名的情况，应保留最早的名称，废除较晚的命名。 没有两个属的动物可以有相同的属名，也没有两个属的植物有相同的属名，一个属中也没有两个种有相同的种名。但是动物和植物可以有相同的属名，不同属中可以有相同的种名，但是亲缘关系切的属中应避免相同的种名，以免分类调整归为一属的时候发生混乱。
学名中还可以看到一些缩写和符号，比如
aff. 是affinis的缩写，写在种名前，意为亲近，翻译为近亲种，古生物比较常用，如原始扁鼻犬亲近种Simocyon aff. primigenius Roth et Wanger, 1855与原始扁鼻犬Simocyon primigenius Roth et Wanger, 1855有一定的亲缘关系。
cf. 是conformis的缩写，写在种名前，意为相似，翻译为相似种，比近亲种关系更为密切，古生物比较常用，如史前的似北豺Coun cf. alpinus （Pallas, 1811）与现生的北豺（即豺狗）Coun alpinus （Pallas, 1811）特征很相似，但是不能肯定就是这个种。
var. 是varietas的缩写，意为变种，写在写在种名后，变种名前，主要表示地理意义上的变种，也可用于其它意义的变种，比如我国的家鹅的名字Anser cypnoides var. domestica就是在鸿雁的学名后加上饲养构成的，即鸿雁驯化变种。
mut. 是mutatio的缩写，意为变种，表示时间意义上的变种，但时间意义上的变种也常用var.而不用mut.，mut.很少使用。
indet. 是indeterminata的缩写，表示属或种不能鉴定
emend. 是emendatio的缩写，表示修改、订正，一般在属、科以上使用
?表示有疑问、不确定，？放在属名前，表示属、种都可能有问题，？放在属名后，表示属名不能肯定，？放在命名人后，表示种名不能肯定。
et是和的意思，比如由两个人联合命名则在二人间加上et，比如泥河湾巨剑齿虎Megantereon nihowanensis Teilhard et Piveteau, 1930，如果命名认为三人以上，则在一个人后面加上et al. 如南雄阶齿兽Bemalambda nanhsiungensis Chow et al., 1973
gen.是属genus的缩写，sp.和spp.是种species的缩写，sp.是种的单数，spp.是种的复数，sp.写在属名之后，表示不能确定种名的未定种。
nov.是nova新的缩写gen. nov.表示新属，sp. nov.表示新种，gen. et. sp. nov.表示第一次发表的新种、新属。

植物命名法规概要

BIOX.CN
2004-9-20 23:09:22
来源：生命经纬

   “国际植物命名法规”（International Code of Botanical Nomenclature）是1867年8月在法国巴黎举行的第一次国际植物学会议中，德堪多的儿子（Alphonso di Candolle）曾受会议的委托，负责起草植物命名法规（Lois de la Nomenclature Botanique），经参酌英国和美国学者的意见后，决议出版了上述法规，称为巴黎法规或巴黎规则。该法规共分7节68条，这是最早的植物命名法规。1910年在比利时的布鲁塞尔召开的第三次国际植物学会议，奠定了现行通用的国际植物命名法规的基础。以后在每6年召开一次的国际植物学大会上都要对法规进行修订和补充。1999年，第十六届美国圣路易斯国际植物学大会也召开了命名会议。我国正式翻译的有蒙特利尔法规（匡可任译）和列宁格勒法规（赵士洞译这是目前我国植物命名的主要参考文献。
    国际植物使名法规是各国植物分类学者对植物命名所必须遵循的规章。现将其要点简述如下：
    1．植物命名的模式和模式标本
    科或科级以下的分类群的名称，都是由命名模式来决定的。但更高等级（科级以上）分类群的名称，只有当其名称是基于属名的也是由命名模式来决定的。种或种级以下的分类群的命名必须有模式标本根据。模式标本必须要永久保存，不能是活植物。模式标本有下列几种：
    （1）主模式标本（全模式标本、正模式标本）（holotype）是由命名人指定的模式标本，即著者发表新分类群时据以命名、描述和绘图的那一份标本。
    （2）等模式标本（同号模式标本、复模式标本）（isotype）系与主模式标本同为一采集者在同一地点与时间所采集的同号复份标本。
    （3）合模式标本（等值模式标本）（syntype）著者在发表一分类群时未曾指定主模式而引证了2个以上的标本或被著者指定为模式的标本，其数目在2个以上时，此等标本中的任何1份，均可称为合模式标本。
    （4）后选模式标本（选定模式标本）（lectotype）当发表新分类群时，著作未曾指定主模式标本或主模式已遗失或损坏时，是后来的作者根据原始资料，在等模式或依次从合模式、副模式、新模式和原产地模式标本中，选定1份作为命名模式的标本，即为后选模式标本。
    （5）副模式标本（同举模式标本）（paratype）对于某一分类群，著者在原描述中除主模式、等模式或合模式标本以外同时引证的标本，称为副模式标本。
    （6）新模式标本（neotype）当主模式、等模式、合模式、副模式标本均有错误、损坏或遗失时，根据原始资料从其他标本中重新选定出来充当命名模式的标本。
    （7）原产地模式标本（topotype）当不能获得某种植物的模式标本时，便从该植物的模式标本产地采到同种植物的标本，与原始资料核对，完全符合者以代替模式标本，称为原产地模式标本。

2．每一种植物只有1个合法的正确学名，其他名称均作为异名予以废弃。如土茯苓 Smilax glabra 是Roxb.1832年发表的，但后来的学者对该物种又发表了几个学名（ S. hookeri Kunth(1850), S. trigona Warb(1900 ), 按法规规定，Roxb.发表的种名是土茯苓的正确学名，其余的均作为异名处理。
    3．学名包括属名和种加词，最后附加命名人之名。
    4．学名之有效发表和合格发表。根据“法规”，植物学名之有效发表条件是发表作品一定要是印刷品，并可通过出售、交换或赠送，到达公共图书馆或者至少一般植物学家能去的研究机构的图书馆。仅在公共集会上、手稿或标本上以及仅在商业目录中或非科学性的新闻报刊上宣布的新名称，即使有拉丁文特征集要，均属无效。自1935年1月1日起，除藻类（但现代藻类自1958年1月1日起）和化石植物外，1个新分类群名称的发表，必须伴随有拉丁文描述或特征集要，否则不作为合格发表。自1958年1月1日以后，科或科级以下新分类群之发表，必须指明其命名模式，才算合格发表。例如新科应指明模式属；新属应指明模式种；新种应指明模式标本。
    5．优先律原则
    植物名称有其发表的优先律（priority）。凡符合“法规”的最早发表的名称，为唯一的正确名称。种子植物的种加词（种名）优先律的起点为1753年5月1日，即以林奈1753年出版的《植物种志》（Species plantarum ed. 1）为起点；属名的起点为1754及1764年林奈所著的《植物属志》（Genera plantarum）的第5版与第6版开始。因此，1种植物如已有2个或2个以上的学名，应以最早发表的名称为合用名称。例如，银线草有3个学名，先后分别被发表过3次：
    Chloranthus japonicus Sieb., in Nov. Act. Cur. 14(2):681. 1829.
    Chloranthus mandshuricus Rupr. Dec. Pl. Amur. t. 2. 1859.
    Tricercandra japonica (Sieb.) Nakai, F1. Sylv. Koreana 18:14. 1930
    按命名法规优先律原则，Chloranthus iaponicus Sieb.发表年代最早，应作合法有效的学名，后两名称均为它的异名（synonym）。
    6．学名之改变
    由于进行了专门的研究，认为一个属中的某1种应转移到另1属中去时，假如等级不变，可将它原来的种加词移动到另1属中而被留用，这样组成的新名称叫“新组合”(combination nova)。原来的名称叫基原异名（basonym）。原命名人则用括号括之，一并移去，转移的作者写在小括号之外。例如，杉木最初是1803年由Lambert定名为Pinus lanceolata Lamb.。1826年，Robert Brown又定名为Cunninghamia sinensis R. Br. ex Rich.。1827年，Hooker在研究了该名的原始文献后，认为它属于Cunninghamia属。但Pinus lanceolata Lamb.这一学名发表早，按命名法规定，在该学名转移到另一属时，种加词“lanceolata”应予保留。故杉木的合用学名为Cunninghamia lanceolata (Lamb.) Hook. 其他两个学名成为它的异名，而Pinus lanceolata Lamb.称为基原异名。
    7．保留名（nomina conservanda）
    对不符合命名法规的名称，但由于历史上惯用已久，可经国际植物学会议讨论通过作为保留名。例如某些科名，其拉丁词尾不是-aceae, 如豆科Leguminosae（或为Fabaceae）；十字花科Cruciferae (Brassicaceae)；菊科Compositae (Asteraceae)等。
    8．名称的废弃
   凡符合命名法规所发表的植物名称，不能随意废弃和变更。但有下列情形之一者，不在此限。
    （1）同属于一分类群而早已有正确名称，以后所作多余的发表者，在命名上是个多余名（superfluous name），应予废弃。
     (2) 同属于一分类群并早已有正确名称，以后由另一学者发表相同的名称，此名称为晚出同名（later homonym），必须予以废弃。
     (3) 将已废弃的属名，用作种加词时，此名必须废弃。
     (4) 在同一属内的两个次级区分或在同一种内的两个种下分类群，具有相同的名称，即使它们基于不同模式，又非同一等级，都是不合法的，要作为同名处理。
    （5）种加词如有下述情形时，即用简单的语言作为名称而不能表达意义的、丝毫不差地重复属名者、所发表的种名不能充分显示其为双名法的，均属无效，必须废弃。

9．杂种 
    杂种用二个种加词之间加 X 表示，如 Ｃalystegia sepium  X  silvatica 为C. Sepium和C.  Silvatica 之间的杂交种，但也可另取一名，用X分开，如Calystegia X lucana。
    栽培植物有专门的命名法规，1969年有新版。基本的方法是在种级以上与自然种命名法相同，种下设品种 cultivar(CV.)。

人类基因命名的规则和过程

杨泉胜, 杨岐生
(浙江大学, 杭州310027)
关键词：人类基因；命名；GDB/HUGO
1. 概述
如今, 至少已有10000多条人类基因被发现, 而且每天约有9条新基因登录。在下一个10年中, 人类的所有基因将被发现。这些基因的命名往往在它的结构功能阐明以前就要进行, 因此如果要求基因的命名能表明其功能就不可能。而且, 当一个基因的功能已相当清楚时, 一些习用的命名仍在使用, 这就容易引起误解。白介素转化酶相关蛋白酶就是一个典型的例子。按命名者的偏好, 这个酶曾被使用过FILCE、MACH、Mch5、ICErelⅡ、ICH-2和TX等名字, 现在则统一命名为caspase, 依据该酶是一个在“天冬氨酸后切断的半胱氨酸蛋白酶”(cysteine protease with ability to cleave after aspartic acid)。因此建立一个统一命名规则及命名程序就显得非常迫切［1～3］。人类基因命名由人类基因命名委员会(Committee of Human Gene Nomenclature, 网址http：//www.gene. ucl.ac.uk/nomenclature)管理。
2. 获得一个人类新基因命名符号的过程
2.1 根据人类基因命名规则命名一个基因 命名的原则将在本文第3节中详细说明。
2.2 查找GDB(genome database)数据库 GDB网址http：//gdbwww.gdb.org。通过查找GDB以确定命名的新基因名在GDB数据库中没有出现过。要注意的是, 新基因名在GDB中没有出现过不仅是指新基因的全名在GDB数据库中没有出现过, 而且新基因符号的词根在GDB中也要没有出现过。如要命名一个基因为“PTGG1”, 虽然在GDB数据库中没有出现过“PTGG1”, 但“PTGG1”仍不能作为基因符号, 因为“PTG”已用于代表前列腺素(prostaglandin),用“PTGG1”将干扰已用“PTG”为头命名的基因系列：
PTGDR  前列腺素D2受体基因
PTGDS 前列腺素D2合酶基因
PTGER1 前列腺素E受体1基因
PTGER2 前列腺素E受体2基因
PTGER3 前列腺素E受体3基因
PTGER4 前列腺素E受体4基因
PTGIR 前列腺素I2受体基因
PTGIS 前列腺素I2合酶基因

此外, 如果一个要命名的新基因已有一些相关的基因符号存在, 则新基因的命名应借鉴相关基因的命名模式, 这就是“平行规则”。如前列腺素I2合酶基因不能用基因符号“PIS”来命名, 而应根据平行规则命名为“PTGIS”。
2.3 查询人类基因命名数据库(网址http：//www.gene.ucl.ac.uk/cgibin/nomenclature/searchgenes.pl) 确认命名的基因没有与基因家族的基因符号相冲突。有些基因家族和超家族有自己专门的命名小组。例如, 细胞色素P450基因超家族［4］用“CYP”为头命名所有超家族成员, 以数字区分家族成员, 再用字母加数字表示亚家族成员, 如CYP2C38等。其它一些有自己专门命名规则的还有HLA［5］、CD抗原［6］及磷酸二酯酶［7］等。
2.4 将命名的基因符号递交给HUGO/GDB 基因符号如果得到确认, 将进入GDB数据库, 网址http：//www.gene.ucl.ac.uk/nomenclature /submit.html。
通过以上步骤就获得了一个基因的命名符号。
3. 人类基因命名规则［8］
3.1 一般规则
(1)基因符号应为大写的拉丁字母或大写的拉丁字母和阿拉伯数字的组合。基因符号为了有使用的价值应尽可能地简洁, 而且不要试图它包含一个基因所有的已知信息。理想的符号应不超过6个字符。基因符号在书写时应用斜体或加下划线, 但在目录中例外。新的基因符号不能与已存在的基因符号重复。
(2)基因符号的第一个字符必须是字母, 随后的字符可以是字母或字母与数字的组合。
(3)基因符号在书写时应在同一行, 不允许在基因符号中使用上标或下标。
(4)不能使用罗马数字。在以前使用的基因符号中的罗马数字应改成相应的阿拉伯数字。
(5)不能使用希腊字母, 所有的希腊字符应改成相应的拉丁字母。希腊拉丁字母互换表请查阅网页http：//www. gene. ucl.ac.uk/nomenclature/ guidelines.html
(6) 在以希腊字母打头的基因符号中须将它改成相应的拉丁字母并放在基因符号的后面。如GLA(galactosidase, alpha)、GLB(galatosidase, beta)。
(7)基因符号应简洁和特异, 并能传达基因的功能或特性。
3.2 基因符号的构建建议
3.2.1 等级符号, 基因家族和系列
(1)为了方便一批相关基因从计算机数据库中获取, 应尽量使用等级方式。

(2)当不同的基因编码具有类似功能的基因产物时, 基因位点的命名应紧跟在基因符号后加阿拉伯数字, 字母和数字之间不能使用空格, 如ADH1、ADH2、ADH3(三个乙醇脱氢酶基因位点)。但是, 如果它们已在历史上存在, 单个字母的后缀也可来命名这些基因位点, 如LDHA、LDHB、LDHC(三个乳酸脱氢酶位点)。
(3)基因符号的最后一个字符可用来指定基因的某一特性。在历史上曾用组织分布指定基因特性, 但如今更倾向于使用阿拉伯数字。因为以前认为的组织特异性在后来证实基因可能并不局限在这些组织中表达。
3.2.2 同源基因
(1)在不同脊椎动物中的同源基因应有相同的命名。
(2)如果一个基因先在其它物种中发现, 然后发现它在人中的同源基因, 则人的基因不应以H开头予以命名。
(3)为了区分来自不同物种的同源基因, 可在基因符号前加由人类细胞遗传学标准化委员会(Committee on Standardization in Human Cytogenetics)制定的三字母代码(物种缩写表请查阅网页http：//www.gene.ucl.ac.uk/nomenclature/guidelines.html)。但要注意的是, 这三字母代码仅用作出版, 而不作为基因符号的一部分。这个物种代码是加在基因符号前。如HAS代表人类(Homo sapiens), MMU代表家鼠(Mus musculus)。使用这些物种符号的基因符号的例子如(HSA)G6PD、(HSA)HBB、(MMU)A1b。
(4)如果与非脊椎动物或原核生物同源, 人类基因可用这些同源基因的名字, 并可在后面加L表示类似的(like)和加上数字编号(如果在人中有多个同源基因)。用H来表示同源的方法已不推荐, 将被停止使用。
3.2.3 酶和蛋白质 酶和蛋白质的命名应参照国际生物化学和分子生物学联盟命名委员会(Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology, 网址http：//alpha.qmw.ac. uk/～ugca000/iupac/jcbn)的推荐［9］。
3.2.4 一些具有特殊用途的保留字 一些字母或字母的组合放在基因符号的最后一个字母的后面表示特定的意义, 如P代表假基因(但要注意BP代表结合蛋白), L代表类似的, R代表受体或调节因子, N或NH代表抑制子。在其它场合应避免使用这些字母或字母的组合。
4. DNA片段的命名
DNA片段的命名一般由四部分组成。第一部分用D表示DNA；第二部分用0、1、2、．．．22、X、Y、XY表示DNA片段所在的染色体位置, 其中0代表还不知染色体位置, 而XY表示片段在X和Y染色体上都有该片段；第三部分表示用探针检测到的DNA片段的复杂程度, S代表这是一条独一无二的DNA片段, Z代表在染色体一个单一位置重复出现的DNA片段, F代表在多条染色体上都存在同源序列但还没有定义家族的DNA片段；第四部分为区分不同的DNA片段加上一个数字编号, 比如微卫星DNA标签(microsatellite DNA marker)DXS990表示在X染色体上独一无二的编号990的DNA片段。如果DNA片段是一个表达序列, 可在上述四部分后加一个后缀E。
5. 推测基因的命名
推测基因包括从EST簇或染色体序列中推测而来的基因、假基因及通过交叉杂交(crosshybridization)或计算机搜索序列数据库而来的基因三种。从EST簇或染色体序列中推测得来的基因的命名是在基因所在染色体的编号后加一个绝对数字编号。假基因是指该序列自己不转录但是与转录的结构基因在序列上高度同源的基因。为了表示假基因与结构基因的对应关系, 假基因的命名是在结构基因后加一个P表示, 如ACTBP2(actin beta pseudogene 2)。通过交叉杂交或计算机搜索序列数据库得来的基因的命名一般是在已知基因后加一个L以表示类似的。

6. 基因命名的发展趋势
人类基因的命名不仅仅只与人类基因相关。基因通过同源性分析而来的同源基因往往借用其它物种中同源基因的名字。一些基因家族和超家族有自己专门的命名体系。因此不同物种命名委员会之间及命名委员会与家族或超家族命名体系间的相互协调对于提高命名有用性, 减少命名的管理费用及方便用户查询是必不可少的［10］。
参考文献
［1］White BJ et al. Nature, 1999, 401： 411
［2］Nature, 1999, 401：411
［3］White BJ. Nature, 1997, 390：397
［4］Nelson DR et al. Pharmacogenetics, 1996, 6(1)：1--2
［5］Tissue Antigen, 2000, 55(1)：100
［6］Bull World Health Organ, 1997, 75(4)：385--387
［7］http：//depts. washington. edu/pde/
［8］White JA. Genomics, 1997, 45：468--471
［9］Webb EC. FASEB J, 1993, 7：1192--1194
［10］White JA et al. Genomics, 1999, 62：320--323
(本文原刊登在《生命的化学》2000年第4期)

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