BMK-细菌泛基因组测序服务合同模板.docx

合同书

合同登记编号：

合同编号：

技术服务合同

项目名称：(单位简称)(数量)(物种)细菌泛基因组测序分析
委托方（甲方）：

受托方（乙方）：北京xx生物科技有限公司

签订地点
xx
签订日期
年月日
有效期限
年月日至年月日

2

合同书

填写说明
一、 本合同为中华人民共和国科学技术部印制的技术开发（委托/合作）合同示范文本，各技术合同登记机构可推介技术合同当事人参照使用。
二、 本合同书适用于一方当事人委托另一方当事人进行新技术、新产品、新工艺、新材料或者新品种及其系统的研究开发所订立的技术开发合同。
三、 本合同适用于当事人各方就共同进行新技术、新产品、新工艺、新材料或者新品种及其系统的研究开发所订立的技术开发合同。
四、 签约一方为多个当事人的，可按各自在合同关系中的作用等，在“委托方”、“受托方”项下（增页）分别排列为共同委托人或共同受托人。
五、 本合同书未尽事项，可由当事人附页另行约定，并可作为本合同的组成部分。
六、 当事人使用本合同书时约定无需填写的条款，应在该条款处注明“无”等字样。

技术服务合同

委托方（甲方）：

住所地：

法定代表人：

项目联系人：

联系方式：

通讯地址：

电话：

传真：

电子信箱：

受托方（乙方）：
北京xx生物科技有限公司（简称：xx）
住所地：
xx南法信府前街12号顺捷大厦5层
法定代表人：
xx
项目联系人：

联系方式：
xx
通讯地址：
xx南法信府前街12号顺捷大厦5层
电话：
xx
传真：
xx
电子信箱：
xx

本合同甲方委托乙方就(单位简称)(数量)(物种)细菌泛基因组测序分析进行专项技术服务，并支付相应的技术服务报酬。双方经过平等协商，在真实、充分地表达各自意愿的基础上，根据《中华人民共和国合同法》的规定，达成如下协议，并由双方共同恪守。
第一条定义:
除非另有约定，本合同使用的下列术语应具有如下界定的含义：
1. “合同”或“本合同”：指本合同正文和其附件，共同构成合同整体并相互补充；
2. “交付成果”：指乙方根据本合同规定交付的服务成果，包括文库、测序数据或分析结果等；
3. “技术障碍”：指在乙方现有条件下无法克服的技术问题，包括但不限于因合同约定的技术方法、技术路线、履行合同所使用的设备、仪器、软件等本身的缺陷或局限性、生物特性、生物个体差异性等导致的无法克服的技术问题；
4. 标题：仅为方便参考而设，不影响本合同的解释和意义。
第二条甲方委托乙方进行技术服务的内容如下：
1. 建库测序前样品的质检
(1) 乙方对甲方样品进行样品检测，样品质检标准见附件；
(2) 若样品不满足质检标准，乙方根据经验会给甲方提供合理建议，由甲方最终确认是否继续实验或是重新提供样品，乙方对于实验的最终结果不承担责任。
2. 技术服务内容及目标
样品检测合格后，构建DNA测序文库进行建库测序，并获得测序数据。
乙方采取以下技术路线进行细菌泛基因组测序分析：样品制备――上机测序――生物信息数据分析。
3. 技术服务的方式
最终提交测序数据和项目结题报告。
4. 分析结果具体包括以下几个方面内容

具体分析内容
备注
分析内容

1、数据质控
2、泛基因组组装
3、基因组情况评估
4、基因组组分分析
编码基因预测（Prodigal）；
重复序列注释；
非编码RNA预测
假基因预测
CRSPR预测
前噬菌体预测
5、基因功能注释
通用数据库注释：GO, KEGG, COG, Swiss-prot, Nr, pfam，TrEMBL；
专用数据库注释：CAZyme，ARDB，PHI，VFDB，TCDB；
信号肽蛋白、跨膜蛋白、分泌蛋白预测
6、个体间变异检测
SNP、InDel、SV检测；
水平基因转移；
7、比较基因组分析
核心基因家族和物种特有基因分析；
泛基因组组分分析；
系统发育树构建；
基因共线性分析；

定制化信息分析

分析内容由甲方提出并填写，由技术人员评估后给出价格及项目周期。
售后服务
甲方可以在分析完成日后的三个月内针对原有数据、结果、分析方法等方面的疑问咨询乙方，乙方在一个月内给甲方提供整理分析类服务，三个月内提供问题解答服务，咨询范围只限于合同中的服务内容。

注：乙方提供给甲方的分析内容以合同为准，任何口头承诺均无效。
第三条乙方应按下列要求完成技术服务工作：
1. 技术服务地点：北京xx生物科技有限公司
2 技术服务期限：2个月（样品数≤10；不包括高级及个性化分析时间）
3个月（样品数≤30；不包括高级及个性化分析时间）
4个月（样品数≤50；不包括高级及个性化分析时间）
3. 技术服务进度：
(1) 乙方在收到甲方样品及《样品信息单》后开始样品检测，DNA样品检测合格且预付款到位后的90个工作日内完成样品制备、全部测序反应及相应的信息分析；
(2) 乙方在甲方认可项目结题报告且尾款到位后的5个工作日内向甲方提供项目所有原始数据和分析结果；
(3) 甲乙双方沟通或等待对方反馈所花费的时间不包括在95个工作日内。
4. 技术服务质量：完成X样品的细菌泛基因组测序，平均每个样品测序深度≥100X。
第四条为保证乙方有效进行技术服务工作，甲方应当向乙方提供下列工作条件和协作事项：
1. 提供技术资料和工作条件：
(1) 甲方一次性提供乙方要求的DNA或菌体（确定样本类型），且达到乙方样品标准，具体标准见附件；
(2) 甲方需详细填写《样品信息单》，寄送样品时必须随同样品寄送纸质版信息单，并同时发送电子版给乙方。因样品信息单填写不完整、填写错误或不及时发送造成的检测错误、项目延期等后果，均由甲方承担；
(3) 按照第五条的条款约定支付乙方服务费用。
2. 甲方提供上述工作条件和协作事项的时间及方式：
在本合同签订5天内，以书面和电子邮件两种形式提供《样品信息单》。
3. 其他：无
第五条甲方向乙方支付技术服务报酬及支付方式为：
1. 技术服务费总额为：人民币贰拾万元整（¥200,000.00）；
2. 技术服务费由甲方分期（一次或分期）支付乙方。
具体支付方式和时间如下：
(1) 合同生效的5个工作日之内，甲方把相当于协议金额的80%预付款人民币拾陆万元整（¥160,000.00）转入乙方帐户；
(2) 完成全部项目且达到合同指标要求后，乙方5个工作日内提交项目结题报告，甲方把相当于协议金额的20%尾款人民币肆万元整（¥40,000.00）转入乙方帐户；
(3) 乙方合同盖章后，在邮寄合同时，预付款发票与合同一起邮寄。开具单位与合同中甲方名称保持一致，发票开具内容为测序技术服务费；
(4) 如因甲方样品不合格而造成合同终止，乙方向甲方收取实际已发生费用：样品检测费用￥200.00/样本/次。如果合同继续，每个样品免费检测2次，超出的部分，按照￥200.00/样本/次收费；
(5) 若甲方需要乙方进行样品提取，则甲方需要向乙方支付提取费用￥200.00/样本。
乙方开户银行名称、地址和帐号为：
开户银行：中国工商银行股份有限公司北京顺义支行
帐号： 0200005909200203276
第六条双方确定因履行本合同应遵守的保密义务如下：
甲方：
1. 保密内容: 未经乙方书面同意，甲方不得将本项目的任何技术资料等涉及乙方机密的信息泄漏给第三方；
2. 涉密人员范围: 除乙方外的所有人员或单位；
3. 保密期限：自合同生效日起3年；
4. 泄密责任：违反合同约定，擅自将有关技术资料或涉及乙方机密的技术引用、发表或提供给第三方，应支付数额为报酬总额100％的违约金，并且承担由此带给乙方的一切经济损失。
乙方：
1. 保密内容: 未经甲方的书面同意，乙方不得将本项目的任何研究材料等涉及甲方科研内容或成果的相关资料泄露给第三方；
2. 涉密人员范围: 除甲方外的所有人员或单位；
3. 保密期限：自合同生效日起3年；
4. 泄密责任：违反合同约定、擅自将有关资料或涉及甲方研究内容或本项目的研究成果引用，发表或提供给第三方，应支付数额为报酬总额100％的违约金，并且承担由此带给甲方的一切经济损失。
在不涉及泄漏技术秘密及科研内容、研究成果的前提下，乙方可以将本合同用于技术服务合同的认定。
第七条本合同的变更必须由双方协商一致，并以书面形式确定：
但有下列情形之一的，一方可以向另一方提出变更合同权利与义务的请求，另一方应当在 15个工作日内予以答复；逾期未予答复的，视为同意：
1. 甲方提供的工作条件不符合乙方要求，但甲方坚持要求履行合同；
2. 因不可克服的技术障碍导致合同无法正常履行。
第八条双方确定以下列标准和方式对乙方的技术服务工作成果进行验收：
1. 乙方完成技术服务工作的形式：最终提交所有原始数据，分析结果及项目结题报告；
2. 技术服务工作成果的验收标准：达到第三条第4点的质量标准；
3. 技术服务工作成果的验收方法：甲方通过对乙方提供的测序数据及分析结果进行书面或邮件确认；
4. 验收的时间和地点：年月日，北京。
第九条双方确定成果归属按照以下方式：
1. 在本合同有效期内，甲方利用乙方提交的技术服务工作成果所完成的新的技术成果，归甲（甲、双）方所有。
2. 在本合同有效期内，乙方利用甲方提供的技术资料和工作条件所完成的新的技术升级与软件开发，归乙（乙、双）方所有。
第十条双方确定，按以下约定承担各自的违约责任：
1. 如因甲方样品、资料不合格或未能按时到位等原因导致的项目延误等损失由甲方承担责任；
2. 如因乙方原因不能按时完成项目，由乙方承担责任。乙方应及时与甲方沟通协商项目延期方式；
3. 样品经检测不合格，若甲方仍坚持进行项目，则甲方需按正常价格付费，乙方将不保证约定的技术指标。由此而造成的损失，乙方不承担责任；
4. 签约各方理解，生物技术服务带有不确定性和技术风险。如因不可克服的技术障碍导致本项目不能完成，签约各方协商后中止项目，按照乙方实际已完成的工作量计算费用，双方各承担50%的损失；
5. 如因不可抗拒的客观因素导致的项目延误或不能继续履行时，双方各承担已发生成本费用的50%。不可抗拒力包括地震、洪水、战争、军事行动、法律或政府政策等相关因素。
第十一条双方确定，在本合同有效期内，甲方指定为甲方项目联系人，乙方指定为乙方项目联系人。项目联系人承担以下责任：
1. 项目进展的及时沟通；
2. 项目进行过程中遇到问题共同协调解决；
3. 及时提供协议双方所必须的工作条件。
一方变更项目联系人的，应当及时以书面形式通知另一方。未及时通知并影响本合同履行或造成损失的，应承担相应的责任。
第十二条双方确定，出现下列情形，致使本合同的履行成为不必要或不可能的，可以解除本合同：
1. 发生不可抗力；
2. 因对方违约使合同不能继续履行或没有必要继续履行且征得对方同意。
第十三条双方因履行本合同而发生的争议，应协商、调解解决。协商、调解不成的，确定按以下第1种方式处理：
1. 提交北京仲裁委员会仲裁；
2. 依法向人民法院起诉。
第十四条与履行本合同有关的下列技术文件，经双方以书面方式确认后，为本合同的组成部分：
附件《DNA测序样品要求及注意事项》
第十五条双方约定本合同其他相关事项为：
1. 数据提交
在项目过程中产生的数据和相关生物信息分析结果文件，如果小于20G乙方可提供云盘下载；大于20G的数据，由甲方提供移动硬盘，乙方提供移动硬盘传输服务。
2. 数据保存
为方便甲方测序数据的使用，乙方承诺在最终数据提供后，继续保留数据3个月若甲方未在届满期前书面提出继续保留数据，乙方将在届满期后自动删除；如果甲方在届满期前书面提出继续保存数据，则需签订补充协议并根据实际存储数据量与存储时间进行计费。
3. 样品保存
为方便甲方样品管理，乙方承诺在提交项目结题报告和数据提交后，继续保留数据3个月，若甲方未在届满期前书面提出返还样品，乙方将在届满期后自动处理；如果甲方在届满期前书面提出返还样品，则需填写《样品返还信息表》并提交给相应的客服人员进行样品返还事宜。
第十六条本合同一式6份，具有同等法律效力。由甲、乙双方各持3 份。

第十七条本合同经双方法定代表人或项目联系人签字盖章后生效，声明：xx法定代表人xx委托宋军行使合同审批权和签署权。

甲方：（盖章）
法定代表人／委托代理人：　　　　　　　　（签名）　
年月日

乙方：（盖章）
法定代表人／委托代理人：　　　　　　　　（签名）
年月日

登记机关审查登记栏：

经办人： 技术合同登记机关（专用章）
年 月 日

附件《DNA测序样品要求及注意事项》
1. 样品要求：
样本类型
样品量(单次)
样品质量
DNA
浓度≥50ng/µL
总量≥2µg
（Qubit）
OD260/280=1.7-2.2；260吸收峰正常；
主带清晰，无降解或轻度降解；
无蛋白质、RNA污染或肉眼可见的杂质污染。
菌体
细菌泛基因组送样量：体积≥2ml
A. 菌液类：挑取单菌落于一定体积（50-100 mL）液体培养基中适宜温度下培养过夜，至菌体处于旺盛生长的对数生长期（此时菌液 OD600一般达0.6-0.8），而后转入无菌的 50 mL离心管，用 parafilm 膜封好，外层用塑胶袋包裹以防止管子破裂液体渗漏，冰袋或干冰寄送。
B. 菌体类：将按照以上方法培养好的菌液，2) 将适量体积的菌液转移至2 mL 旋盖尖底离心管（无菌，无核酸酶）中，于室温下14000 X g 离心1 min，弃尽培养基，将细菌沉淀迅速置于液氮中冷冻3-4小时，然后转移至-80℃或液氮中长期保存；用 parafilm 膜封好样品管管口，若放置于50mL离心管中或封口袋中，里面添加棉花等固定（切勿在 50 mL 管内或其他支撑物内加入液氮等危险品），干冰运输。
C. 平板类：涂布平板培养的微生物，用 parafilm 膜封好，外层用塑胶袋包裹，以平板方式活菌送样即可；寄送时添加海绵或泡沫做减震处理，常温或冰袋寄送。
电泳要求：主带清晰，无降解或轻度降解，无蛋白或多糖污染。(请尽量保证DNA片段的完整性，距送样日最近的电泳结果)
合格样品如下图：

19329bp
7743bp
4254bp
3472bp

6223bp

2. 样品信息：
请附加一份详细的样品信息单，尽可能涵盖上述样品要求的所有信息和图片。
3. 提取及检测注意事项：
（1） DNA提取：
1) 请尽量使用新鲜的纯培养菌液或菌落(确保无杂菌污染，且处于对数生长中期最佳)提取DNA。
2) 请使用专用的细菌或真菌DNA提取试剂盒，以获得足量且高纯度DNA样品。
（2） DNA检测：
1) 琼脂糖电泳上样量：200-500ng，若上样体积较小建议用ddH2O补至5 µl。
2) Marker：λDNA/HindIII或其它有20Kb以上条带的DNA Ladder。
3) 琼脂糖凝胶浓度：0.8~1%
4) 电泳条件：电压3~4V/cm，时间40min。
（3） Nanodrop检测：
1) 预实验评估样品DNA的浓度和纯度，可将DNA浓度调整到100-500 ng/µl所得读数较为准确。若原液浓度不足100 ng/µl则该样品不合格，若大于500 ng/µl，则可取部分样品进行稀释调整用于检测。
2) 使用DNA的溶解Buffer做为背景调零。
设3个或3个以上重复，即同一样品取样稀释/测定3次或以上，取其浓度、A230、A260和A280的平均值进行计算。
4. 备注
如果条件允许，为了项目的顺利进行，请您尽量自行提取DNA，谢谢合作！
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