MRIcro中文说明指导书专业资料.doc

MRIcro 使用阐明（人工翻译版）

MRIcro
系统 win95或者随后Linux系统
需求 x86,或SUN微系统x86 （我觉得这不是问题，支持32位就行）
硬件 支持16或24位色
当前版本 1.40 build 1（这阐明书有点老叻）
费用 免费
作者 Chris Rorden
描述：
把医疗图像转化为SPM和谐分析格式。（SPM，即Scanning Probe Microscopy，扫描探针显微）。
可以逐次分析查看分析格式图像。
创立分析格式头文献。
创立3D兴趣区域（通过计算容量和密度）
兴趣区域多层叠加。
旋转图像来符合SPM模版图像。
输出图像格式涉及BMP，JPEG，PNG，TIF。
结合图像：各种图像有关查看。（观测相似坐标PET或MRI扫描）

简介
MRIcro容许在装有windows和Linux系统电脑上浏览医疗图像。这是一种单机运营程序，这她包裹郑重补充SPM工具。MRIcro可以有效率浏览和输出脑图像。除此之外，它还能使神经生理学家鉴定故意义区域。MRIcro可以创立给其她平台输出脑图像分析格式头文献。
对其她Windows程序熟悉使用者将发现这个软件非常简朴好用。把鼠标停在按钮上一段时间将在这个按钮上浮现一种文字暗示。万不得已，咱们还揍了一种简要使用手册来描述基本功能。

加载图像和主信息面板
MRIcro可以浏览各种各样图像格式，涉及SPM分析格式。分析格式图像涉及两个某些：一种是涉及原始图像资料img格式文献和一种描述图像维度hdr格式文献。MRIcor住信息面板显示了头文献信息和一系列按钮这样你就可以打开浏览头文献。
Open Analyze format hdr/img pair这个按钮是你能有留言Analyze或者NIfTI格式图像。当你按下这个按钮时候，一种是你选取头文献去打开对话会浮现MRIcro这时候就会试图打开一种邮箱头名字图像文献。

图1 重要信息面板。

Show extended header information这个按钮可以打开一种窗口来显示当前打开头文献信息。

slice浏览面板
slice浏览面板是你可以选取加载映像文献表象。滑动选取要显示片。（你可以在滑动条右边编辑框编辑，或者请按Fn1/Fn2来观测持续上一种或者下一slice，也可以用鼠标滚轮来切换，如果有话~~）。

图2 slice浏览面板 当你浏览轴向面、横断面和冠状面视图时候，你通过独立地调节三个编辑框可以设立X，Y，Z三个坐标。

变化图像亮度和控制对比度值按钮在sun这个按钮旁边和反对比图像。这些数值描述了窗口中心和窗口显示宽度。窗口中心（window centre）指是显示中档灰度图像强度，同步窗口宽度描述范畴在亮白和完全黑色之间。点击“auto contrast”（显示是以一种黑色箭头指向一种有缺口白圈）设立图像1%为完全黑或完全白。自动平衡工作对MRI扫描来说较好用，但是对CT扫描来说普通不太好用，这时骨头显示比背景和脑组织都要亮。对CT扫描来说，你可以通过在“View”窗口选取一种“Contrast Preset[CT]”来做一种好设立。例如，“Bone”这个预设立把窗口中心设立在400到之间（这样相对合理某些），这普通对CT扫描中发亮骨是有效。

图3 你可以通过按住鼠标右键把需要调节对比度区域从图像中框出来，来调节这个区域对比度。亮度值（窗口中心）和对比度值（窗口宽度）调节与选区是成比例。注意：如果你选取了任何兴趣区绘图工具，这个就不论用（按下快捷键Fn10来取消）。

图4 这个柱状图从侧面显示了这个名为“IconT1”图像图像强度。顾客也可以自定义兴趣区域来创立条形图（看ROI某些详细简介）。注意：Mn临界值列出，这个可以用来设立目的图像图像强度比例来匹配一种SPM模版（详细请见指南某些）。

Histogram这个按钮（在面板左侧底部）显示立体像素在当前打开图像亮度分布。（见上图）
滑动条上面显示六个图标可以让你选取图像呈现方式：轴向，矢状，冠状，和投射（前面三个同步），自由旋转，多层面，三维渲染。如果这个图像跟选取按钮不匹配，图像也就不会保存为轴向格式。在投射视图中，三个编辑栏显示在slice浏览区靠上位置。可以使你独立设立你想要观测X，Y，Z坐标（也可以点击在图像上，来直接跳到鼠标所在坐标）。
如果你想同步观测一种以上图像（启动MRIcro不止一次），你可以“yoke”视图，这样同一种视图可以打开多次，成为每个图像（要用这种特性来进行工作，一方面保证“yoke”复选框是打勾）。Yoking将试图通过原图和原始坐标来匹配slice。这样你就可以比较一种图像和模版正常化限度（原意是normalisation），同步可以通过比较PET扫描和分量T1 MRI扫描图像来定位PET扫描构造。
如果要同步查看一系列横断和冠状slice，按下“multislice”按钮（有一种与一种箭头型slice紧挨着三轴向slice图标）。要运营这个功能，先要加载一种图像。每个slice可以在”options”窗口选取出，如这个手册“other commands”某些所说。
选取自由旋转按钮一起一种名为”Free Rotate”新窗口浮现（见下图）。这个窗口可以是你选取你想看那个斜剖某些。你可以独立选取查看，相片旋角（yaw），滚动，和倾斜度。
除此之外，你可以选取你想看那一片。“pivot”设立使你可以设立图像轴向旋转运动。你也可以”nudge”（这是一种键，推动意思）。（把图像放在框架中间） 。最后，你可以设立新图像尺寸。习惯视图可以保存为，绘图图像（用”file/save as picture“命令），打印图格式，或者按在自由旋转窗口下面”Save”按钮来创立一种8位由你旋转状态描述分析格式图片。注意，自由旋转工具中混合观测居中和物体居中，这两者坐标，也许会使你困惑。（mix viewer centered和object centered）。
此外，当自由旋转多重区域增益选定”interpolate”复选框，你也许会在这些区域周边看见一种轻微光晕。
你可以通过按”3D“这个按钮生成一种3D立体渲染图（显示出一种矢状大脑皮层描述）。这个功能描述细节在这个手册”volume rendering page“某些。

图5 自由旋转视角可以用来定制视图。

Mirror按钮（它在原则或者镜像文本中浮现显示字母”LR“，这取决于镜像与否被选取）使你可以翻转图像左或者右。如果你选取镜像，在镜像模式中会浮现一种消息提示你：它不是好编写区域。
有一种下拉菜单是选取颜色色彩对照表（LUT）。在默认状态下，MRIcro以黑白状态或者高温金属配色方案显示图片。然而，MRIcro也可以读取Osiris（欧西李斯）格式色彩对照表，它可以让你使用不同配色方案来查看图片。MRIcro支持（ship with）各种Osiris分布色彩对照表，并且你还可以自己制定习惯色彩LUTs。如果MRIcro在它自己目录内发现任何LUT格式文献，”drop-down”下拉菜单将会列出这些文献名字。从下拉菜单中选取你想要配色方案。
有一种下拉菜单使你可以通过不规则尺寸立体像素选取来决定MRIcro如何来显示图片。（例如你可以在X维上用2mm，Y上1mm立体像素来显示图片）。一方面，图像可以在“square”模式下浏览图像，这种状况下所有像素都是正方形，不论图像内部像素是什么维度。第二，亦可以在“stretch”状态下浏览图像，这种状况下使用“邻近估算法”（nearest neighbor approximation）”使立体像素尺寸跟slice内部维度成比例来浏览图像（尽管投射和多slice视图不是成比例）。最后你可以在“smooth”模式下浏览：立体像素尺寸是成比例并且使用“邻近估算法”（这就会创立一种24比特图像，投射视图是对的成比例）。
使用变焦因素功能（在slice浏览面板右下方）来设立图像比例，MRIcro容许你使用一倍到六倍比例，这取决与你图像尺寸和原始比例。这时你也许想要调节窗口尺寸了（通过拖曳视窗右下角）。

兴趣面板区域
MRIcro容许你涂画你感兴趣三维区域（ROIs）。这对注解受到伤害脑区是非常有用。除此之外，ROIs容量是计算过。换而言之，数个不同独立ROIs可以互相叠加（在脑图像上是以相似模版来原则化了），这样可以让神经生理学家来评估共同受损区域了。
ROIs可以存储到硬盘里以备将来查验。所有ROIs都涂画在MRI图像上方，而不是直接画在MRI图像上。这意味着既可以用ROIs查看脑图像也可以不用ROIs。
MRIcro提供了相称数量工具来生成和浏览ROIs。这些工具显示在“Region of interest”一系列按钮上。下面对这些按钮从左到右来一一简介。

图6 兴趣区域面板涉及了诸多工具来标记病灶和特定区域。如果你选取了一种ROI，体积将显示在左下角，这里是2.6立方厘米。

“open roi”按钮它看起来好像是一种打开后浮现ROI文献夹）可以选取ROI[s]打开。如果你想打开各种ROIs，你可以按下“Ctrl”键选取你要打开各种ROI名字。
ROI信息按钮（它以一种“i”图标显示）可以显示图像“interest”区平均密度同步可以生成一种关于图像直方图（这与“slice浏览某些”直方图是同样）。
“save ROI”按钮（它是一种这样图标~~一种硬盘上叠加了一种ROI），这样你就能把你做ROI存到硬盘上了。
使用“delet ROI on this slice（删除这张slice上ROI）”按钮（好像一种铅笔橡皮）可以只移除当前所浏览slice上ROI。这个按钮在你做ROI时犯了一种描绘轮廓或者填充错误时是有用。
点击“delete entire ROI”(这个按钮像一种废纸篓)可以从内存里删掉当前所有ROI[s]。如果在你做一种新ROI之前，你已经打开了各种ROIs，你或许就会用到这个功能（你可以一次画一种ROI）。
“Delet entire ROI”按钮（是一种废纸篓上有一种ROI叠在上面图标）可以用来关闭一种ROI。
接下来，有一种下拉菜单来定义你接下来要画一种ROI颜色（在你同步看各种ROI时候会自动启用一种多色彩设立）。这个选取是红色，绿色，蓝色，白色，或者黑色。这可以使你选取一种明显色彩。在你把图像打印成黑白前你可以把ROI设立成黑白色。
在加载各种ROIs之后，你可以在“ROI”菜单选取“ROI density colorbar”这一项画出ROIs相叠加某些。这些颜色指出了互相叠加ROIs数目。最左边颜色（深紫色）显示单个ROI条目（即各个ROI自己不跟其她ROI重叠某些）。最右边颜色（深红色）显示则是重叠最多某些。这个功能如下图所示。

图7 这张图显示MRI有四个叠加ROIs多张slices。右上角色条值得是ROI强度（深紫色是一种ROI覆盖区域，深红色是四个ROI共同覆盖区域）。这四个图也示范了选取窗口显示右半球功能。-这里持续slices彼此叠加。多slices可以产生横断面slices（上面板）或者冠状面slices下面板）。

选取一种两种画笔中一种来勾描ROI轮廓。这里有俩画笔：“closed”画笔（快捷键Fn6）会自动接近你已经画任何轮廓线。“open”画笔（快捷键Fn7）不会自动接近轮廓线。“fill button”（涂料罐子图标，快捷键Fn8）可以用来填充你通过画笔所勾描ROI（两种：右击选取画笔）。在你做一种新ROI之前你需要加载图像，清除掉所有当前ROIs（使用“save ROI”或者“delete ROI”,这个上面说过），然后选取你要看横断面，冠状面，或者矢状面slice（你不能在自由移动状态下画ROI，也不能在投射视图和多视图下画ROI）。在你使用画笔或者填充时候，按住shift键可以在制作区域抹除ROIs。
在实践中，可以使closed pen来迅速画出ROIs（快捷键Fn6）然后用Fn1和Fn2键上翻或者下翻slice。使用pen+shift来修剪一种ROI不想要边沿。用左键来购苗ROI轮廓然后移动到ROI中间用右键来填充。画完用“Save ROI”储存。注意：ROI容量列在兴趣区旁边（以立方厘米cc或者立体像素数来衡量，当你切换slice或者存盘时候更新这些信息）。
巫师帽子这个图标可以暂时隐藏一种兴趣区域（快捷键Fn9）。通过迅速隐藏和浮现ROI，你可以懂得你所画这个ROI与否对的批示（map）了感兴趣区域。
当鼠标指针移到一种图像时候，两个有用比特信息会立即出当前兴趣区域面板下面。文本最左边显示是图像去鼠标位置，另个一种是鼠标所在图像位点密度。

旋转和剪裁面板
这个文献菜单包括一种“Save as…”为标签命令。当这条命令被选中时，在旋转和剪贴板左下角会浮现一种浮动面板，这个面板可以用来以SPM来原则化图像文献（把一种图像整合为一种原则模版）。

图8 旋转剪辑面板

这个clip上下两个区域可以用来刮掉一种扫描顶部或底部（例如，用SPM原则化整顿一种有带多脊髓扫描避免浮现问题）。“Format”列框表可以用来把冠状或矢状分析格式图像转化为轴向格式（这时对SPM自然而然偏爱,,）。要决定你图像采用什么养典型格式，点击“axial[flat] view”这个按钮在slice浏览面板，这将显示扫描本机格式（例如，如果平面格式显示是一种矢状图像，文献就是矢状格式）。“flip left/right”复选框能反向生成图像。
你也可以选取“data”类型来保存图像。普通把图像保存为它源格是明智选取。Down-sampling（向下采样）一种图像（例如，把一种16-bite整体文献保存为一种8-bite文献）这样可以用来节约硬盘空间（这也许会影响图像强度质量）。Up-sampling（向上采样）一种图像（例如，把一种16-bite文献保存为32-bite文献），当别程序需要一种特殊格式文献时候，这个功能就显得有用了。如果你已经在slice浏览面板调节了对比设立，程序就会询问你是不是想把最亮和最暗立体像素剪切掉，然后你就可以自定义输出对比度了。

图9 MRIcro 可以自动显示剪切选取数量，以这个为例，上面5个和下面10个slices将会被剪切掉。这个图还呈现了“Hot Metal”色彩查找表。

如果你想在旋转之前把图像保存一下，你可以按下“preview”（预览）按钮来检查你设立。预览功能可以让你看到旋转先后两个slice。如果你旋转是适当，预览功能会向你呈现两张横断slice（左边一张比右边一张更接近腹侧）。检查保证左右镜像设立是对的。
如果你选取了想要剪切和复选框选项，按下位于窗口底部三个保存文献按钮中一种来保存。“Save[Sun]”和“Save[Intel]”这两个按钮会把文献保存问分析格式图像。SPMwin、SPM99、SPM2和MRIcro这些软件都可以读取大或者小字节分析格式文献，虽然SPM96规定图像格式跟机器使用相似。更多简介详见technical某些。如果原始图像是一种多卷图像（例如，img文献包括各种MRI扫描，这些扫描在相似维度），MRIcro将会把每个卷并且把它保存为一种分开分析文献格式hdr后缀图像文献（由于SPM不能读取多卷文献，这很有用）。“Save Dicom”按钮会把图像保存为DICOM格式图像（在这个手册DICOM某些描述）。注意：不论原始数据格式是怎么选取，DICOM格式图像都是8-bite（如果这是原始文献格式）或者16-bite图像格式。

Overlays[记录地图]
“Overlay”菜单容许你在一张图像上叠加另一张图像。这对显示功能记录地图（普通这都是通过SPM软件从PET、fMRI或者SPECT数据实现）。Overlays也可以用来检查两张图片配准限度。在使用一种overlay之前，你应当一方面选取一张你想使用主图像（例如，从从菜单栏使用“Open”命令选取你解剖学图像）。然后，在Overlay菜单使用“Load overlay”命令选取你想重叠图像。Overlay功能不需要重新调节到跟解剖学图像相似维度：MRIcro会自动调节data维度（只要想要叠加图像和原始图像维度是互相对的标定）。Overlay菜单也可以选取overlay颜色亦或overlay是透明还是不透明。下面图像显示左边功能区overlay和overlay功能原则化使用。更多细节，请访问overlay和volume rendering页面。

左边：功能成果可以覆盖叠加。右边：你可以在原则化后使用覆盖图来校准齐整度。

选取坐标
View菜单中“Select MNI/Talairach Coordinate”命令可以用来制定你想要浏览脑区。在slice浏览面板，你可以选取你想要看图像中哪一种slice。与此相比，坐标命令可以键入神经影像学立体坐标，这个命令只在你图像已经原则化状况下是有用（拉伸、旋转、居中来匹配一种可供参照原则神经学框架构造）。这里有两个普及脑神经学参照框架：MNI空间（通过SPM来使用）和Talairach空间（Talairach和Torneaux地图中使用）。坐标窗口中复选框可以用来设立你想要使用参照框架（Talairach坐标估算匹配，使用是Matthew Brett’s handy mni2tal and tal2mni惯例）。

其她命令
“File”菜单中包括“save as picture”命令，这个命令容许你对当前图像进行截图保存。支持格式涉及：BMP、JPEG、PNG和TIF格式。File菜单中“Print”可以打印当前显示图像。
ROI菜单包括命令可以输出ROIs为big-endian（Sun）或者little-endian（Intel）分析格式图像。这些命令能保存当前显示兴趣区域为一种8-bite分析格式图片，这个图片可以作为一种SPMmask蒙片（容许对大面积损伤脑图像进行合理原则化）。注意：蒙片值只有0（unmasked）或者100（masked），并且蒙片强度分度值设立为0.01（因此SPM使用蒙片像素值只是0和1）。
ROI菜单中“Export Image as ROI”功能会把分析格式图像转化为MRIcro习惯性ROI格式。注意：ROI格式是二进制-ROI不会保存图像强度信息。选取这个命令之前先装载你想要转化图像。在你选取了这个条目时候，会浮现一种选取ROI强度阈值窗口。对着你调节阈值，图像会预览包括在ROI中图像一某些。如果你对这一某些满意话你可以按下“Save as ROI”按钮来创造新ROI。
除此之外，你可以在两个不同维度图像之间转移一种兴趣区。一种此命令范例是拟定一种PET扫描中皮质区域。使用“File/Transfer ROI”命令你可以在T1解剖学MRI扫描上做一种ROI然后把它复制到相应PET扫描上。
Etc菜单中命令“Options”可以调节许多MRIcro参数。一方面，你可以在按下“mutisilice”按钮状况下，选取你想要显示slice。这有12个数据区域，容许同步浏览12个slice。设立为0区域不会浮现，这可以使你展示少于12个slice。你也可以选取 multislice按钮来产生冠状面或横断面图像。在窗口底部“defaults”按钮可以选取一组通用已经跟SPMT1模版原则化过有用slice来浏览图像。“include sagittal”复选框选取，当“multislice”按钮按下时候矢状视图与否浮现。选取窗口也包括许多额外描述多层视图如何列出复选框。几种非直观选取如下图所示，如果你选取了盼望选项，你可以按下”ok”来把你选取保存下来，或者“Cancel”来直接无视你变化。许多这一类选项在指南中简介，尚有某些如下图所示。

图10 如果选取窗口“Cumulative ROI boxed [CT]”选项选定了，矢状面图将会从选取slices中推断区域（左侧面板）。这种状况下，你只需要在slices上画出ROIs就可以了。否则话，矢状视图将会给每个slice独自显示ROIs。

图11 右击multislice按钮可以给一种图像添加热点。热点被定义为一种文本文献，这个文本文献涉及要叠加图像X Y Z坐标和colour/shape（色彩/形状）。这个功能可以用来比较一种脑病病人病灶和fMRI/PET热点来进行研究。以此为例，许多热点可以画在额叶ROI上。这张图也解释了“translusent ROI”（ROI半透明）功能。更多细节见MRIcro FAQ

图12 上面显示了两个轴向面slicesROIs —一张重要是皮层下，而另一张重要是皮层。当选取窗口“Cumulative only true overlap”选定期候，矢状视图将依照ROIs真密度来显示ROI密度（中间）。如果这个选项没有选定，矢状视图将共计所有ROIs而不以来她们爱X轴位置（右边）。注意

浏览医学图像
除了分析格式文献外，MRIcro还可以浏览许多各种原则医学图像文献，一种完整这些格式列在本指南技术细节某些。MRIcro将会自动发现你图像，而无论它是不是分析格式，DICOM或者其她格式。打开一种医学图像最简朴办法是把这个依序图像文献图标拽或者拖曳到MRIcro上。除此之外还可以，选取“Import”菜单“Open foreign…”命令，选取你图像。对这个规则而言只有一种例外，ECAT图像：MRIcro不能辨认ECAT图像，并且只能辨认某些ECAT7文献。对ECAT文献来说，你应当把文献转化为分析格式文献（如下某些所讲）。
把医学图像转化为分析格式
SPM，Analyze，mri3dX和MRIcro都可以使用分析格式来作为她们本地图像格式。然而，许多扫描仪保存图像格式都是DICOM或者她们自己文献格式。工艺某些将简介MRIcro和其她程序能转化为分析格式文献格式。
当你把医学图像转化为分析格式，你可以选取一系列可以重叠2D图像，并把它们保存为一种单独批准3D格式分析格式文献。选取”Import”菜单中“Convert foreign to Analyze”命令将会产生一种新窗口可以来描绘图像。我指南仔细描述了这个过程。ECAT图像可以被转化，通过选取import菜单中“Convert ECAT to Analyze”命令。ECAT图像可以保存为原始数据或扩展数据（把校准和比例因子考虑在内）-通过选取“Etc/Options”设立和设立“ECAT convert”值。最后，你可以使用“Import/SPMwin VHD to Analyze”命令。
MRIcro也可以把分析格式图像转化为DICOM格式。“Save as…”可以把一种要转变图像转变为DICOM格式图像保存。按下“Save DICOM”转化为DICOM格式时候会产生Img格式文献。图像也许不会严格遵守DICOM原则指南。然而，这种图像应当被大多数DICOM图像浏览器所接受。产生DICOM文献只能是8-bite或者16-bite，并且是“anonymized”-分析头文献没有包括更多细节（例如：“病人名字，扫描日期，等”）
卸载（360，管家都可以卸干净。）