出具肿瘤靶向治疗研究报告用OKR很OKcomressed演示课件.pptx

The world leader in serving science出具出具肿肿瘤靶瘤靶向向治治疗疗研研究究报报告告，用用OKR很很OK！OKR 诞Th前景OKR 秘制性能OKR 报告概览出具肿瘤靶向治疗研究报告，用OKOKR R很OKOK！For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.2OKR 诞Th前景OKR 秘制性能OKR 报告概览出具肿瘤靶向治疗研究报告，用OKOKR R很OKOK！For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.3今日挑今日挑战战越来越多的肿瘤生物标志物需要进行验证，发掘其潜在的临床应用价值全球信息多，但是数据信息杂乱且不规范通过新一代测序（NGS）的变种需要快速筛选出准确的相关信息肿肿瘤研究中的分子瘤研究中的分子标记标记目前的方法很目前的方法很费时费费时费力，需要从多个来源力，需要从多个来源进进行广泛的研究，行广泛的研究，以便将相关信息映射到以便将相关信息映射到变变体。体。For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.4IonIon Torrent Oncomine Torrent Oncomine研究分析流研究分析流程程NGS测测序序肿肿瘤瘤样样本本文文库库制制备备从从FFPE样样本中提取本中提取DNA和和RNA包括小样品，如细针抽吸简单简单灵活的灵活的测测序方案序方案使测序变得更加简单准确简单简单快速的文快速的文库库制制备备低至10 ng的输入量Ion AmpliSeq technologyFormalin-fixed,paraffin-embedded (FFPE)Ion GeneStudio S5 and Ion PGM Systems测测序数据分析序数据分析Ion Reporter Software and Ion Torrent Oncomine Knowledgebase Reporter定定义义突突变变挖掘变异，创建自定义报告For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.5IonIon Torrent Oncomine Torrent Oncomine数据分析流数据分析流程程Streamlines sequencing runs and creates BAM files开始目标测序分析Links variants to relevant,published evidence快速生成自定义报告Calls variants;identifies and annotates cancer drivers识别可能的驱动变异Torrent Suite SoftwareOncomine Knowledgebase ReporterIon Reporter Software with Oncomine plug-inTh成自定成自定义报义报告告序列分析序列分析注注释释和和过滤过滤For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.6自自动动化的数据分析服化的数据分析服务务器器 IonIon ReporterReporter 服服务务器器友好可友好可视视化界化界面助力数面助力数据据注注释释内置主流的生物信息分析软件,可通过界面分析数据或后台linux界面分析数据自动化分析ampliseq靶向测序数据，对变异信息进行常见数据库注释(GO,MAF,OMIM等)进行cnv及fusion分析支持客户自定义数据库For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.7自自动动化的数据分析服化的数据分析服务务器器 IonIon ReporterReporter 服服务务器器Ion Reporter内置丰富内置丰富的的Th物物学知学知识识库库帮帮助注助注释释和和过滤过滤数数据据Annotation5000 exomesGene panelPhylopPAllele coverageGene setPolyPhen-2Allele frequencyGenetic categoryReferenceAmino acid changeGenotypeReference/variant coverageGenetic categoryGene OntologySIFTClinVarGrantham scoreSizeCodingHotspot informationTranscript setCopy numberIngenuityTypeCOSMICLocationVariant effectCoverageLocusVariant KBCustomMAFCytogenetic bandMother genotypedbSNPNamed VariantsDrugBankOMIMFather genotypep-valueGene modelsPfamFor Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.8Oncomine KnowledgebaseOncomine Knowledgebase ReporterReporter问问：什么：什么是是OKROKR？答：可以拯救您的靶向治疗研究报告的新星产品！将驱动遗传突变与已公布的治疗方案和临床试验信息相结合。For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.9OKR 诞Th前景OKR 秘制性能OKR 报告概览出具肿瘤靶向治疗研究报告，用OKOKR R很OKOK！For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.1011OncomineOncomine KnowledgebaseKnowledgebase Reporter:Reporter:最全面的癌症基因最全面的癌症基因组组注注释释数据数据库库热点突变10,000 10,000 exomes exomes+COSMICCOSMIC database database Hotspot enrichmentHotspot enrichment analysisanalysis插入/缺失突变10,000 10,000 exomes,COSMIC database exomes,COSMIC database Indel Indel+nonsense enrichmentnonsense enrichment analysisanalysis拷贝数变异 30,00030,000 array-basedarray-based genomes genomes Minimal Minimal common common regionregion analysisanalysis基因融合 8,000 transcriptomes8,000 transcriptomes +COSMIC COSMIC Proprietary Proprietary fusionfusion analysisanalysisTHE ONCOMINE KNOWLEDGEBASEThe Oncomine Knowledgebase是世界上最大的整合癌症基因组数据库，数据来源于公共数据库资源、同行评议的文献和发表的临床试验。OncomineOncomine KnowledgebaseKnowledgebase Reporter:Reporter:强强大全面的大全面的临临床床证证据据库库For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.12注注释释数据数据类类型：型：基因突基因突变变、扩扩增、缺失和融合增、缺失和融合只有与其治只有与其治疗疗相关的生物相关的生物标记标记*单克隆抗体*小分子抑制剂，包括HDAC和蛋白酶抑制剂*激素疗法和免疫疗法*化疗疗法只有在结合上述任何一种治疗方法的情况下才行。批准的治疗方案Approved therapies美国食品药品监督管理局（FDA）美国（USA）欧洲药品管理局（EMA）欧洲（Europe）临床指南Clinical Guidelines美国国立综合癌症网络（NCCN）美国（USA）欧洲肿瘤内科学会（ESMO）欧洲（Europe）全球临床测试Clinical TrialsCiteline Trail Trove非洲 亚洲澳大利亚欧洲北美南美西亚/中东OncomineOncomine KnowledgebaseKnowledgebase Reporter:Reporter:全球全球临临床床试验试验广泛覆广泛覆盖盖65个国家和地区个国家和地区阿根廷香港大韩民国澳大利亚匈牙利罗马尼亚奥地利印度俄罗斯联邦比利时印度尼西亚沙特阿拉伯波黑爱尔兰塞尔维亚巴西以色列新加坡保加利亚意大利斯洛伐克加拿大日本斯洛文尼亚智利拉脱维亚南非中国黎巴嫩西班牙哥伦比亚立陶宛瑞典克罗地亚马来西亚瑞士塞浦路斯墨西哥台湾捷克共和国摩洛哥泰国丹麦荷兰突尼斯埃及新西兰土耳其爱沙尼亚挪威乌克兰芬兰秘鲁阿拉伯联合酋长国法国菲律宾大不列颠联合王国佐治亚州波兰美国德国葡萄牙越南希腊波多黎各For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.13OncomineOncomine KnowledgebaseKnowledgebase ReporterReporter：针对针对23种种实实体体肿肿瘤瘤和和13种血液种血液肿肿瘤瘤For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.14癌症癌症类类型型包含的包含的亚亚型型实体肿瘤膀胱癌包括移行细胞或膀胱移行细胞癌。癌，鳞状细胞癌，小细胞癌与腺癌乳腺癌宫颈癌结直肠癌包括结肠癌、直肠癌和肛门癌子宫内膜癌食管癌包括胃食管连接部、鳞状细胞癌和腺癌胃癌包括胃食管连接处和胃腺癌胃肠道间质瘤胶质母细胞瘤头颈癌肾癌包括肾细胞癌和移行细胞癌肝癌黑色素瘤间皮瘤非小细胞肺癌骨肉瘤卵巢癌胰腺癌前列腺癌皮肤基底细胞癌小细胞肺癌软组织肉瘤睾丸癌癌症癌症类类型型包含包含亚亚型型血液肿瘤急性髓性白血病急性早幼粒细胞白血病慢性粒细胞白血病加速期慢性粒细胞白血病厌倦期慢性粒细胞性白血病慢性期慢性粒细胞白血病慢性粒单核细胞白血病幼年型粒单核细胞白血病骨髓增生异常综合征骨髓增殖性肿瘤原发性血小板增多症真性红细胞增多（症）原发性骨髓纤维化OncomineOncomine KnowledgebaseKnowledgebase ReporterReporter：将将肿肿瘤突瘤突变变和和临临床床药药物信息物信息连连接起来接起来For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.15证据肿瘤类型肿瘤突变用药指导FDA Approved Labels乳腺癌ERBB2 amplificationPertuzumab（帕妥珠单抗）,trastuzumab（曲妥珠单抗）结直肠癌KRAS mutationCetuximab(西妥昔单抗),panitumumab contraindicated(帕尼单抗)胃癌ERBB2 amplificationtrastuzumab（曲妥珠单抗）黑色素瘤BRAF mutationDabrafenib(达拉非尼),trametinib(曲美替尼),vemurafenib(维莫非尼)非小细胞肺癌ALK fusioncrizotinib(克唑替尼),alectinib(艾乐替尼)，brigatinib(布格替尼)非小细胞肺癌EGFR mutationAfatinib(阿法替尼),erlotinib(厄洛替尼)，gefitinib(吉非替尼),osimertinib(奥希替尼)NCCN Guidelines胃肠道间质瘤PDGFRA mutationDasatinib(达沙替尼)结直肠癌NRAS mutationcetuximab(西妥昔单抗),panitumumab contraindicated(帕尼单抗)非小细胞肺癌BRAF mutationdabrafenib(达拉非尼),vemurafenib(维莫非尼)非小细胞肺癌ERBB2 mutationafatinib(阿法替尼)非小细胞肺癌MET amplificationCrizotinib(克唑替尼）非小细胞肺癌RET fusionCabozantinib(卡博替尼)非小细胞肺癌ROS1 fusioncrizotinib(克唑替尼）OncomineOncomine KnowledgebaseKnowledgebase Reporter:Reporter:临临床信息不断更新床信息不断更新Oncomine Knowledgebase Reporter v3.1（更新日期：2017/12/11）Oncomine Knowledgebase Reporter v3.0（更新日期：2017/09/20）For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.16OncomineOncomine KnowledgebaseKnowledgebase Reporter:Reporter:数据数据转转化信息流程概化信息流程概览览Robust,curated,and verified knowledgebase癌症相关数据的高效、准确和彻底分析基基 因因变变 异异+自定义实验室生成报告突变扩增和缺失 融合驱动基因4标签和指南的来源65参加试验的国家和地区15个个基基基因因因28指南53标签1,073全球临床试验10种种语语言言Data behind Oncomine Knowledgebase Reporter*Oncomine Knowledgebase ReporterDecember 201748个基因个基因147个基因个基因For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.17Ion Reporter workflow*VCF 文件生成生成实验实验室室报报告告*研究研究实验实验室室Oncomine Knowledgebase Reporter*US-FDA 治疗药物信息US-NCCN 临床指南EMA l治疗药物信息ESMO 临床指南全球临床试验遗传变异关联相关的信息发布的治疗方案 和全球临床试验Previously approved under ID 24306No changeOncomineOncomine KnowledgebaseKnowledgebase ReporterReporter：数据数据库库本地化，信息本地化，信息不不易外易外泄泄For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.18THANK YOUSUCCESS2024/5/8 周三19可编辑OncomineOncomine KnowledgebaseKnowledgebase ReporterReporter：操作流程操作流程上上传传文件文件vcf 格式文件或其zip压缩包仅支持oncomine 品牌试剂盒过滤您的报告并检查内容过滤过滤生成自定义报告生成生成报报告告For Research Use OnlyNot for use in diagnostic procedures.20OncomineOncomine KnowledgebaseKnowledgebase ReporterReporter：支持支持给给出靶向治出靶向治疗疗建建议议Oncomine Knowledgebase Reporter不同不同类类型型肿肿瘤瘤样样本全本全覆覆盖盖!Oncomine Focus AssayOncomine Comprehensive AssayOncomine Solid TumorAssayOncomine Pan-CancerCell-Free AssayOncomine cfDNA Assays for Lung,Breast,ColonOncomine Tumor Mutation Load AssayIon AmpliSeq Immune Repertoire Assay Plus,TCR Oncomine Immune Response Research AssayOncomine Lung cfTNA Research AssayOncomine Breast cfDNAResearch Assay v2FFPE-basedHeme-oncologyLiquid biopsyImmuno-oncologySolutions+Solutions+Solutions+solutions（组织检测）（血液肿瘤）（液体活检）(免疫治疗相关)Oncomine Myeloid Research AssayNEW!NEW!NEW!Oncomine BRCA Research AssayFor Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.21OncomineOncomine KnowledgebaseKnowledgebase ReporterReporter：三大三大优优点点快快耗耗时时短：短：3分钟内可生成一份报告上手快：上手快：易学，易于使用的 图形用户界面易用，仅3步 操作（上传、过滤、生成报 告），即使实验工作者和医 生，都能迅速分析数据狠狠严严格格细细致致的的数数据据管管理理：两个 独立的资深评审专家共同审 查整合四大数据库信息直面解直面解决决客客户户生信生信短板短板问问题题：成熟的分析流程帮助客户大 力节省生信成本实实验验数数据据绝绝对对保保密密：本地服 务器操作，无需担心实验数 据外泄问题准准使使用用的的全全球球信信息息：将你的样 本分别与认证药品、临床指 南和全球临床试验相匹配，报告内容丰富，可信度高季季度度更更新新：放心享用最新靶 向治疗临床信息标标准准化化工工作作流流程程：为实验室 或研究环境中每个操作员的 一致输出创建标准化工作流 和模板For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.22OKR 诞Th前景OKR 秘制性能OKR 报告概览出具肿瘤靶向治疗研究报告，用OKOKR R很OKOK！For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.23OncomineOncomine KnowledgebaseKnowledgebase ReporterReporter：用用药药指指导报导报告告报告内容包括：变异及治疗方案概要，相关治疗方案汇总,每种药物具体信息,全球临床试验信息。For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.24报报告：告：样样本癌症本癌症类类型型+突突变汇总变汇总+变变异异详细详细信息信息实实体体肿肿瘤瘤报报告的告的页页眉和眉和页页脚：脚：可自定义公司名称、公司图标和联系方式等。样样本癌症本癌症类类型型索引索引&报报告重点：告重点：索引：索引：目录报报告重点：告重点：驱动性突变、可用疗法和临床试验的数目实实体体肿肿瘤突瘤突变汇总变汇总：报告中会显示所有基因变异的相关信息、癌症类型信息的来源以及全球临床试验状况。变变异异详细详细信息：信息：基因名、氨基酸改变、编码、变异ID、基因座（突变 位置）、等位基因频率、转录、变异影响等。For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.25报报告：告：样样本癌症本癌症类类型型+突突变汇总变汇总+变变异异详细详细信息信息血液血液肿肿瘤瘤血液病突血液病突变汇总变汇总：报告中会显示所有基因变异在该癌症类型和其他癌症类型中的靶向治疗方案以及临床试验的数目；靶向治疗方案的适用和禁忌症会通过颜色进行区分；髓系癌症类型有额外的标记类型：治疗、风险分层和癌症分 类。For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.26报报告：基因告：基因变变异相异相应应靶向治靶向治疗疗方案方案汇总汇总对对于每一个基因于每一个基因变变异，异，每每个信个信息息来源来源公公布的布的治治疗疗 方案都提供一个方案都提供一个证证据据标标签签：在当前癌症类型中在其他癌症类型中在当前及其他癌症类型中 禁忌症适用及禁忌症无证据全球全球临临床床试验试验也被也被标记标记，并并标标注注出其出其最最新新测测试试的的分期分期For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.27报报告：目前来源的靶向告：目前来源的靶向药药物信息物信息对于每一个基因变异，每种治疗方法都有一个摘要信息因数据来源而异：美国食品药品监督管理局（FDA）美国国立综合癌症网络（NCCN）欧洲药品管理局（EMA）欧洲肿瘤内科学会（ESMO）全球临床测试（Clinical Trials）For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.28报报告：目前来自告：目前来自FDA靶向靶向药药物信息物信息美国食品药品监督管理局（FDA）癌症类型标签日期基因变异分类适应症及用法参考文献For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.29报报告：目前来自告：目前来自N C C N 靶向靶向药药物信息物信息美国国立综合癌症网络（NCCN）癌症类型基因变异分类NCCN推荐类别人群范围（治疗人群）参考文献For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.30报报告：目前来自告：目前来自E M A 靶向靶向药药物信息物信息欧洲药品管理局（EMA）癌症类型标签日期基因变异分类参考文献For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.31报报告：目前来自告：目前来自E S M O 靶向靶向药药物信息物信息欧洲肿瘤内科学会（ESMO）癌症类型基因变异分类ESMO推荐类别人群范围（治疗人群）参考文献For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.32报报告：目前来自告：目前来自Clinical Trails靶向靶向药药物信息物信息全球临床测试（Clinical Trails）测试编号和测试名称癌症类型基因变异分类其他识别信息人群范围分期治疗地点联系信息For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.33Create Filter Preset报报告：目前来自告：目前来自Clinical Trails靶向靶向药药物信息物信息For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.34随心选择仅自己感兴趣的国家或地区的临床试验，并生成报告！Create Filter Preset报报告：目前来自告：目前来自Clinical Trails靶向靶向药药物信息物信息（https:/clinicaltrials.gov/ct2/home）For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.35Create Filter Preset报报告：目前来自告：目前来自Clinical Trails靶向靶向药药物信息物信息For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.36出具出具肿肿瘤靶向治瘤靶向治疗疗研究研究报报告，告，用用OKROKR很很OKOK！OKR软件方便、快捷、简单：成熟流程，图形化操作界面，简单3步操作，节省成本和时间。OKR数据库来源广且全：4个权威数据库（药物标签和用药指南）与65个国家和地区的临床试验，季度更新。OKR可作为您分析强有力的后盾：严格筛选靶向临床信息，帮助客户节省生信成本，保证实验数据不用走出实验室。For Research Use Only.Not for use in diagnostic procedures.37THANK YOUSUCCESS2024/5/8 周三38可编辑