法医DNA分型.ppt

单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,*,*,法医DNA分型,STR,遗传标记,DNA,分型技术生物学、方法学和遗传学的概况,生物学,方法学,遗传学,DNA提取,DNA定量分析,多STR遗传标记的PCR扩增,PCR产物的分离和检测,（STR等位基因）,样本基因型的判读,样本基因型与其他样本分型结果的比对,以随机匹配概率出具案件鉴定报告,如果匹配，DNA纹印与群体数据库计算比较,生物学,DNA,的提取：在分析,DNA,前，必须将,DNA,同其他细胞物质分离，细胞中包裹、保护,DNA,的细胞蛋白可抑制,DNA,分析,。,DNA,定量分析：是为了确保提取的,DNA,是来自人类而不是细菌之类的其他来源。,PCR,：聚合酶链式反应：是一种酶促反应，特定的,DNA,区域反复复制，产出大量特定的拷贝。,DNA分型,重复,DNA,:,中等长度的核心重复单位，有时称为小卫星或可变数目的串联重复,（VNTR）.,STR:,长度范围大约在,10-100,各碱基；包括,2-6,个碱基重复单位的,DNA,区域称为微卫星、简单序列重复,（SSR）,或者,（STR）,.,可分为两类,：,VNTR分型、STR分型,RFLP,:用限制性内切酶切割,VNTR,附近的,DNA,片段,称为限制性片段长度多态性技术,。,聚合酶链式反应处理微量和低量法医样本的能力强于,RFLP,技术,法医,DNA,分型使用的是,STR分型,STR,分型的优势：可实现自动化并使用灵敏的荧光检测技术，法庭科学家可快速地从这些遗传标记中收集到的数据。同过对多个染色体上的基因座进行分析，,STR,在无关个体甚至近亲个体中都具有很高的分辨率,。,方法学：STR,分型的流程图,数据收集,确定峰,颜色分离,标记峰,与ladder相比较,Genetype读取等位基因,分析者/检验者 浏览数据,由第二分析者/检验者确定结果,GeneScan or FMBIO,Analysis,软件,Genetyper of StaR Call,Gene Mapper I,D,软件,GeneMaker HID 操作一：输入数据：,选择数据对话框,（Open Data Files）,二：运行,Run,Template Selection,包括：,panel,、内标、内标的颜色（默认橙色）,panel,位置是理论上给出的每个基因座下面可能出现的所有等位基因的准确（以后提到的Bin）,内标,（Size Standard）:（试剂）用来转化从时间到碱基长度的一个标准,Size call,：主要是进行由时间到碱基长度的转化,Allele call:(1),选择分析范围,(2)设置峰的强度范围(50-30000),下一个对话框：,自动校正Panel,，,自动挑选最适合的,Ladder,选择阳性对照,Allele Peak分数阈值,混合样本判断阈值,名词解释：,1：Ladder:,等位基因分型标准物,（Allelic ladders）,是一个人为样本,。,某一,STR,遗传标记在人群中常见的等位基因的混合物。是检测每一个,STR,基因座的标准，它是对不同实验室因仪器和条件不同检测到的不同片段进行校正的表要保证.含有特定,STR,遗传标记的所有等位基因。,2：阴性对照：包含全部,PCR,混合物而不含有模板,DNA,，使用水或者缓冲液充当模板成分，用于评估,PCR,成分是否被,DNA,污染。,3：阳性对照：用于监控反应成分是否失效或缺失。阳性对照是一个已知序列的高质量的标准,DNA,。与其他参与扩增的样本使用相同引物同时扩增。目的 是确认反应成分和温度循环参数适宜扩增特,定 DNA,区域。,4,；,混合样本：,Ladder,当中列出了，一个样本基因座下可能出现的所有等位基因，即,STR,重复次数。但是一个样本下，一个基因座下面只可能出现一到二个峰，出现三个或者三个以上的即认为为混合样本。,检查与修正Size Call：,一般来说，需要检查分值80以下的样本,：,通过增加或者减少峰来完成，主要实现，由时间转化成长度之间的线性关系,。,检查,ladder,，,Panel Editor里面校正ladder,阳性对照和阴性对照：,All Color Browser,峰图：其中峰顶右边显示的小数表示的是杂合不平衡的比例。,（两个峰图高度的比值，最好采用面积的比值）,后面还有标注的3X是指的放大的比例。,正常的等位基因其名称为绿框灰底；对于普通样本，可疑的等位基因是黄底，失败的等位基因是红底。,编辑等位基因,输出CODIS 报告,CODIS：,DNA联合索引系统Combined DNA Index System是基于人类基因中13个地点连续DNA标记和人类基因谱。它被经常用于犯罪活动是罪恶的还是清白的。,联合检测13个 CODIS核心基因座，无关个体的平均随机匹配率大于万亿分之一。,Gene marker HID分析了16个基因座信息，其中包括已经规定的13个基因座，还包括一个性别基因座，两个额外的基因座。,将报告提交给实验室信息管理系统，即,LIMS（Laboratory,Information,Management System）,荧光定量信息：,典型的单一样本与混合样本的 STR分型存在差异。,杂合子样本STR分型图谱通常会出现“Stutter”峰，其峰高或峰面积小于相应峰的15%。另外，单一个体的分型图谱中，也就是较低峰的相对荧光单位（RFU）除以较高峰的（RFU）得到的数值，应该大于70%。因此，如果在某一STR基因座与最高峰的峰高比值在15%到70%之间时，提示样本可能是来自两个或多个个体的混合样本。,“Stutter”峰:仔细观察STR电泳图谱，通常会发现一些比每个等位基金峰少几个碱基的小峰，这些Stutter产物是在用DNA聚合酶对STR基因座进行PCR扩增的过程中产生的。Stutter产物又被称作影子带，或者DNA聚合酶滑脱产物。,混合样本的判别：,基因座下面出现等位基因的数目为3，4 2个个体的混合样本,基因座下面出现等位基因的数目为5，6 3个个体的混合样本,基因座下面出现等位基因的数目大于6 3个及3个以上个体的混合样本,Gene mapper ID,Gene mapper ID它拥有Gene Scan 与Genetyper分析数据 的能力。,GeneScan 软件根据内标分析计算DNA片段的大小（碱基值），,然后利用Genotyper软件将样品和Allelic Ladder比较，确定各位点分型的值。,使用 Gene mapper ID的操作步骤：,将panels和bins 输入到Panel Manager中,选择试剂盒模板,将提供的panels.txt 和bins.txt两个文件复制到panels文件夹中;启动Tools菜单下的Panel Manager,定义Size standard,定义Analysis Method,数据分析,分型,