第一讲-创新药物设计与开发.ppt

单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,*,*,一、概 述,2025/10/19 周日,1,药物（,Drugs):,Chemicals that prevent disease or assistant in restoring health to diseased individuals.,药物化学（,Medicinal chemistry）：,Branch of science that provides these drugs either through discovery or through design.,古代：,经验（神农尝百草2个世纪前：,天然产物改造,上个世纪：,化学合成,当代药物化学：,“多学科协同作战”,2025/10/19 周日,2,药物发展的历史概述,2025/10/19 周日,3,许多世纪以来，人们化了很大的精力从草药中寻找治疗疾病的药物。19世纪，由于分析和合成化学的发展，标志着药物研究的重大转变，一些生物碱被纯化，一些简单的有机分子，如乙酰水杨酸(,acetylsalicylic acid，,阿司匹林)被合成。然而，真正现代药物的历史应从1930年代磺胺(,sulfonamide),药物用于抗菌开始。今天，相当一部分疾病能用化学药物治愈或控制细菌和真菌感染、肺炎、肠胃炎和心血管疾病，一部分癌症和一些白血病。,20世纪初，医生必须记住所有药的性能，今天没有人能记住所有药的特性，现有用于治疗疾病的药物大约有60008000种。,2025/10/19 周日,6,药物发现的历史可以追寻到远古时期，公元前2100年，亚美尼亚人用黏土做成片剂治疗疾病，他们用楔形文字写成了两栏型建议书。荷马时代的希腊，医生用藜芦(,hellebore),和小扁豆肉的汤治疗疾病。,医药之父希波克拉底(,Hippocrates,约公元前460-约公元前370)用油和草药汤剂治疗疾病,伽林(,Galen,古希腊名医及有关医术的作家，解剖学家、内科医生。他的理论奠定了欧洲医学的基础直至文艺复兴时期)也用类似的方法治疗疾病草药的药用性质和毒性逐渐被认识。普卢塔克(,Plutarch,古希腊传记作家和哲学家。他写的 希腊罗马名人比较列传，曾被莎士比亚用在他的古罗马戏剧中)描述了马可.奥里利乌斯(,Marcus Aurelius，,罗马皇帝兼斯多葛派哲学家,121-180)的军队的士兵吃了芜箐后全部死亡，芜箐含有乌头碱。,13世纪，威尼斯培养了第一批药剂师。中世纪，人们根据发源于希腊、发展于阿拉伯的方法选取药材，并且开始在园林中种植草药。1635年，路易斯三世在他的医生的建议下，建立了专门种植草药的皇家植物园，进行药物的理论和实践研究。,人们逐渐地掌握了比较精确的草药治疗方法，1882年法国出了一部药典，其中描述了52中草药的性质。,2025/10/19 周日,7,西药发展的历程,谈到西药发展的历程，不得不谈一谈19世纪现代化学，特别是有机化学发展的历史,拉瓦锡(1743-1794,法国化学家,氧发现者)奠定了现代化学基础，到19世纪化学获得了飞速发展，特别是分析化学和有机化学。,1845年,Kolbe,合成了乙酸，1856年,Berthelot,合成了甲烷，奠定了合成化学基础,生药学(,pharmacognosy,),被生理化学代替目的不是从全世界大量的植物中寻找药剂，而是从特定的药用植物中发现活性成分，植物化学得到发展。,1803年，德国药剂师,Friedrich,Sert,rner,从鸦片中提取获得了吗啡，这是第一个获得的纯生物碱。,1816年，法国药剂师,Pierre Pelletier,从,吐根树,中提取获得吐根碱(,emetine,，,用作催吐剂,祛痰剂和杀阿米巴剂)。,1819年,Pelletier,与同事,Joseph,Caventou,合作，获得了纯的番木鳖碱(,strychnine)、.,咖啡因(,caffeine)、,奎宁(,quinine)；1820,年他们又获得秋水仙碱(,colchicine,)。,1828,年，获得了烟碱(,nicotine)，1832,年可待因(,codeine,自鸦片中提取的碱质,用以镇痛,镇咳,催眠等)和阿托品(,atropine)。,2025/10/19 周日,8,1875年，英国医师和植物学家,William Withering,用毛地黄(,foxglove),治疗浮肿，早在1799年,Ferriar,发现毛地黄对心脏病有治疗作用；,Homolle,和,Quevenne,(1840)、,Nativelle,(1869)、Arnaud(1888),分别分离从毛地黄中分离得到了糖苷。,1860年，,Niemann,分离获得了可卡因(,cocaine)，,并发现能麻木他的舌头；1879年,Von,Arep,发现 皮下注射可卡因有麻醉作用，1884年,Hall,将其用于拔牙麻醉；1885年,Halstead,用于研究神经阻滞作用古代，毒扁豆(,Calabar,bean),被非洲人用于检验是否有罪如果吃了以后呕吐，就认为征兆消失，被审判者无罪。1864年分离获得了毒扁豆碱。,1875年，从,麦角蘑菇,分离到麦角素(,ergotinine,)。,2025/10/19 周日,9,1888年，,Bayer,公司的制药部门上市了镇痛药乙酰对氨苯乙醚(非那西汀)和第一个安眠药索佛拿，1899年上市了抗炎/镇痛药阿司匹林(,aspirin,乙酰水杨酸)。,1907年，,Paul Ehrlich,合成了撒尔佛散(,salvarsan,)，,引入了化学治疗的概念。撒尔佛散是治疗梅毒的特效药，它使,Ehrlich,获得1908年诺贝尔医学奖。,Ehrlich(1854-1915),德国细菌学家，他是横跨19世纪和20世纪最伟大的药学家之一，首次引入受体的概念，对化合物进行结构改造，开创了现代药物研究的新局面。我们将还会介绍他关于受体的工作。在受体方面作出贡献的还有,ernard,(,1813-1878,法国生理学,家,)、,Pasteur(,1822-1895,法国化学家,、,细菌学,家,)、,Koch(1843-1910,德国细菌学家,医学家,结核菌、霍乱菌发现者,曾获1905年诺贝尔生理学-医学奖)、,Lister(1827-1912,英国外科学家,近代无菌手术法的确立者)。,尽管发生了两次世界大战，制药工业依然发展蓬勃。1889年在巴黎世界博览会上，,Basel,制药公司展出了一系列药物：抗败血症药物、抗风湿药物、洋地黄和生物碱。并且，国际上第一次在制药工业中建立类似大学和研究所的研究部门。这种模式非常有效，主导了20世纪的药物研究。,19001934年，一系列药物上市：抗寄生虫药物、巴比妥酸(安眠药)、有机汞制剂(利尿)、高碘化合物(,X-,光造影剂，用于诊断)。,同一时期，发现了一系列内源性物质(,endogenous)：,神经递质、维生素、胆固醇、激素，并对部分化合物进行了全合成。,2025/10/19 周日,10,1933年，,Mietzsch,、,Klarer,、,Domagk,等发明了磺胺类抗菌药物，大大降低了感染疾病引起的死亡率，标志着药物研究一个新到代的开始。,1940年代是抗生素时代，抗生素的发展超过了磺胺药物，典型的代表有青霉素(,penicillin)、,四环素(,tetracycline)、,链霉素(,streptomycin)，,结束了肺结核危害人类的历史。在此期间，发明了20余种治疗心血管疾病、抗真菌感染和部分癌症、抗炎药物。,1950年代是精神系统药物时代。1950年，发现了镇定剂氯丙嗪(,chlorpromazine)；1954,年发现了安定药安宁(,mepromazine,，,氨甲丙二酯)；1960年，发现了另一类安定药利眠宁(,chlordiazepoxide,甲氨二氮草)第一个苯并二氮(,benzodiazepine,),类药物。,1960年，还发现了两类抗抗抑郁病药单胺氧化酶(,monoamine,oxidase,),抑制剂和丙咪嗪，人们终于有了抗精神分裂症和抗抑郁有用药物。,19501960年代发展比较慢但激动人心的领域是心血管药物。1952年发现了利血平(,reserpine,)，1960,年发现了降血压药甲基多巴(,methyldopa,)。1960,年代末70年代初是心血管药物的黄金时代,b,受体阻滞剂、钙拮抗剂、抗高血压药物相继发现,。,2025/10/19 周日,11,可以治愈和控制的疾病,霍乱(,cholera),白喉(,diphtheria),肺炎(,pneumonia),丹毒(,erysipelas),麻疹(,measles),流行性脑脊髓膜炎(,meningococcal meningit),百日咳(,pertussis),瘟疫(,plague),小儿麻痹症(,poliomyelitis),风湿热(,rheumatic fever),猩红热(,scarlet fever),天花(,smallpos),葡萄球菌败血病,(,staphylococcal septicaemia),亚急性细菌,心内膜炎,(,subacute,bacteria,l endocarditis),肺结核(,tuberculosis),伤寒typhoid fever),维生素缺乏(,vitamin deficiency),没有根本解决方案的疾病,2025/10/19 周日,12,可以缓解的疾病,哮喘(,asthma),糖尿病(,diabete),心脏病(,hert disease),精神分裂症(,schizophrenia),梅毒和其他性病(,syphilis,venereal),艾滋病(,AIDS),老年性痴呆(,Alzheimers disease),关节炎(,Arthritis),癌症(,cancer),硬化病(,cirrhosis),感冒(,common cold),生殖疱疹性咽峡炎(,genital herps),亨廷登硬化症(,huntingdons sclerosis),流行性感冒(,influenza),多样的硬化症(,multiple sclerosis),帕金森症(,parkinsons disease),肺部纤维化(,pulmonary fibrosis),老龄化问题(,Senility,geriatrin),没有根本解决方案的疾病,2025/10/19 周日,13,阿司匹林一个神奇药物的历史,柳树(,Willow),喜爱生长在潮湿的土壤里，其枝叶总是往地面长。,人们发现，生活在柳树环境中到人不易发烧。,1763年6月2日，英国,牧师,Edward Stone,在伦敦皇家学会讲了计划：他考虑用柳树叶皮退烧。与会者觉得比较合理，当事有人用秘鲁的,金鸡纳树,皮泡茶退烧，而来树皮与,金鸡纳树,皮有同样的苦味。烙印(,imprint),学说,实际上金鸡纳树皮和柳树皮退不同的烧，金鸡纳树皮退的是疟疾引起的烧。当事人们分不清疟疾和一般的发烧。,烙印(,imprint),学说，人们推测柳树皮能治疗风湿病，原因是”柳树的枝具有柔性的伸展性”,1829年药剂师,H,Leroux,(,Vitry,-le-Francois),从柳树中分离得到了水杨苷(,salicin,)，,实际上是一种水杨酸糖，后来人们从绣线菊属的灌木的花中分离得到了同样的物质。,Paenstecher,(,瑞士)、,Cahour,法国)和,Procter(,美国)将水杨苷转化为醛，再转化为水杨酸。1853年法国斯特拉斯堡的,Gerhardt,将水杨苷转化为乙酰水杨酸。,1853年，一个小孩患关节风湿病，服用水杨酸钠后高烧和关节痛消失。,2025/10/19 周日,14,1893年，,Bayer,公司的,Felix Hoffman,首次全合成了乙酰水杨酸，开始了大量生产乙酰水杨酸的历史。乙酰水杨酸给了一个商品名阿司匹林(,aspirinAcetyl+,Apirae,(meadowsweet,的拉丁名),)。,第二次世界大战后，,Bayer,公司失去了阿司匹林的拥有权。1983年，全世界生产了3万吨阿司匹林，制成了750亿片阿司匹林片剂。,一个偶尔的发现，产生了一个神奇药物。,有时药物的副作用也会导致好药的发现，伟哥就是一个典型的例子。,2025/10/19 周日,15,第一阶段,是古代传统医学的积累，用“神农尝百草”的方式发现治疗疾病的药物，可以看成是直接用人体作筛选模型，从自然界中发现药物。我国的传统中药就是这样发展的；,第二阶段,19,世纪末,20,世纪初，用传统化学和药理学方法，研究特定分子对整个生物体的影响，用这种方法发现了许多疗效显著的药物，典型的例子有阿斯匹林,(,Aspirin),和安定,(,Valium),；,第三阶段,是生物化学和分子生物学的发展，促进了蛋白质的分离、结构表征和靶点的确证出现了药物筛选方法，即用随机筛选或合理药物设计方法寻找与靶标蛋白结合的分子作为发展药物的候选物。在此期间，计算机辅助药物分子设计得到了前所未有的发展，成为创新药物研究的实用手段之一。用这类方法发展的典型药物有近年上市的,HIV,蛋白酶抑制剂;,2025/10/19 周日,16,第四种途径,(,第四阶段,),是利用遗传学方法研究生命的基本结构,(,Building Blocker),和疾病产生的根源，寻找和确证药物新靶点，表达相应的蛋白质，发展筛选方法，寻找与靶标蛋白特异性结合的分子，然后用进行传统药理学测试、临床前和临床研究。抗癌药物,Herceptin,和,Gleevec,是用这一策略发展的上市新药的典型例子；,第五种途径？,化学基因组学,2025/10/19 周日,17,1、,创新药物研究现状,2025/10/19 周日,18,医药,：,全球经济发展的重要支柱产业,2200亿美元,1997年,3300亿美元,2000年,6000亿美元,2010年,世界医药市场的总销售额,2025/10/19 周日,19,从整体来说，我国的医药产业还缺乏自己的知识产权，生产的药物品种多数属仿制之列，产品附加值低，医药产业尚未拿到走向世界的“通行证”，在国内外市场的激烈竞争中，步履维艰。,我国医药产业面临严峻的形势和挑战,2025/10/19 周日,20,低水平重复现象严重，1996年批准新药申请307项，其中50%以上是重复品种改变剂型。同一品种多家申报，最多者达到280家。,2025/10/19 周日,21,另一方面，“洋药”大举涌入，挤占国产药品市场，控制了一部分民族医药工业。,2025/10/19 周日,22,“如果政府不干预，中国的医药市场将在五年内完全被国际医药大公司操纵!”,2025/10/19 周日,23,我国目前医药工业生产的药品大约97%是仿制外国的品种;,中药出口额仅占国际中草药市场的3%左右;,医药产业总体经济效益低下，难以承受国际竞争的强烈冲击。,造成这种状况的一个关键原因，是缺少具有自主知识产权的“重磅炸弹”式的创新药物（一般以年销售额大于5亿美元为标准）这种状况如不采取有力措施加以改变，势将威胁我国医药产业的生存和发展，最终影响到我国的经济安全和社会稳定!,2025/10/19 周日,24,商品名,一般名,公司名,适应症,作用机理,02,年销售,额,(,亿美元,),Lipitor,atorvastatin,Pfizer,降低胆固醇,HMG-CoA,抑制剂,86,Zocor,simvastatin,Merck,降低胆固醇,HMG-CoA,抑制剂,62,Losec,/Prilosec,omeprazole,AstraZeneca,治疗溃疡,质子泵抑制剂,52,Zypreza,olanzapine,Eli Lilley,抗精神病,神经系统受体拮抗剂,40,Norvasc,amiodipine,Pfizer,治疗高血压,钙拮抗剂,40,Erypo,/Procrit,Epoetin-,J&J(Amgen),红细胞生成素,-,人体赤蛋白,38,Ogastro,/Prevacid,Lansoprazole,TAP Pharma,治疗溃疡,质子泵抑制剂,36,Seroxat,/Paxil,paroxetine,GSK,抗抑郁,SSRI,33,Celebrex,celecoxib,Pfizer,抗炎,COX-2,抑制剂,31,Zoloft,sertraline,Pfizer,抗抑郁,SSRI,29,前,10,名药物销售总额,447,国际排行前十名药物,2025/10/19 周日,25,近期国外的权威机构根据国际药物的销售情况，对药物研发技术进行了评估。发现从1996年至今，美国,FDA,批准上市的新药逐年下降，从1996年的53个下降到2002年的17个。,2025/10/19 周日,26,Fail early Strategy,?!,2025/10/19 周日,27,I、,新药从发现到上市的一般过程,(药物设计、定向合成、,对收集的化合物、组合,化学库天然产物),筛选,初步生物活性评价,先导化合物结构鉴定,结构类似物的合成,生物活性评价,体外代谢研究,CADD,研究,先,导,化,合,物,From,Hit,to,Lead,(2 4 years),2025/10/19 周日,28,先,导,化,合,物,第二、三轮,活性评价,制剂,稳定性,研究,代谢和药物,动力学研究,毒理学,研究：急性、,亚急性毒性、,生殖毒性等等。,新药,研究,档案,建立,Pre-clinic Study,(13 years),2025/10/19 周日,29,I,期临床,II,期临床,III,期临床,慢性毒性,研究,注册,备案,新药,管理,Clinic Study,(,36 years),新药,研究,档案,建立,2025/10/19 周日,30,新药,上市,注册后事务活动,（批准注册）,Drug Development,（23 years),注册,备案,新药,管理,2025/10/19 周日,31,我国几乎缺乏具有自主知识产权的药物靶标,发现并拥有药物新靶标,是产生“重磅炸弹”式创新药物的源头,候选物,候选物,化合物筛选,I,期试验,II,期试验,III,期试验,化合物,创新药物体系,新药,药物靶标,2025/10/19 周日,32,Target Proteins and Drugs,Number of Drugs:Steep Increase Expected,2025/10/19 周日,33,例如：,胃组胺,H,2,受体的发现,治疗胃溃疡特效药：,西咪替丁,雷尼替丁,法莫替丁，等等,多年名列世界药物销售额榜首，1996年仅在美国销售额就达18亿美元，1999年达30亿美元,药物作用新靶标的研究,新的药物作用靶点一旦被发现，往往成为一系列新药发现的突破口。,2025/10/19 周日,34,已知治疗性药物靶标的分类,Nature Biotechnology,2001,2025/10/19 周日,35,人类基因组计划,2025/10/19 周日,36,Impact of“ome”and“omics”,GenomeGenomics,Structural genomestructural genomics,ProteomeProteomics,Structural proteomestructural proteomics,RNAomeRNAomics,MetabomeMetabomics,TranscriptomeTranscriptomics,ChemogenomeChemogenomics,UnknomeUnknomics,2025/10/19 周日,37,药物发现前景光明,Genomics,providing an opportunity to identify the best drug discovery targets that will lead to the best small-molecule drugs for many major diseases.,Combinatorial chemistryand,high-throughput screening(HTS),offer an unimaginably large and diverse chemical landscape.,2025/10/19 周日,38,2-3 年,3-4 年,随机筛选,10,000 20,000,化合物,药物候选物,临床前研究,临床研究,(phase I,II,III),上市,2-3 年,2-3 年,周期长,:10-12 年,耗资大,:,3.50-5.50,亿美元,风险高,:7个上市新药仅1个盈利,?,先导结构及优化,2025/10/19 周日,39,分子生物学,结构生物学,基因组、蛋白质组,组合化学和高通量筛选,计算机辅助药物设计,生物信息学与化学信息学(数据库学),化学生物学,化合物,药物候选物,加速,n.b.Innovation:translation of knowledge into,products/services,2025/10/19 周日,40,Gene Express Analysis,Genome Viewing,3-D Structure Predication or Determination,Protein-Ligand Interaction Analysis,Database Mining,Databases,CNPD,ACD,MDDR,Synthesis and Isolation,MediChem,Natural Products,CombiChem,Molecular Biology,Structural Biology,Bioinformatics,Chemoinformatics,Databics,Hits or Leads,HTS,High Throughput Chemistry and Screening,2025/10/19 周日,41,致病基因,编码蛋白,三维结构测定与预测,活性位点,先导结构,设计与优化,药物候选物,药,新,靶标确认,药物发展,2025/10/19 周日,42,基因组(化学、结构）：,药物作用新机理、新靶点.,组合化学：,大量化合物，高通量筛选,高性能计算：,生物信息学、化学信息学、药物设计.,药物研究的核心技术,2025/10/19 周日,43,化学基因组学与新药发现,2025/10/19 周日,44,化学基因组学,(,Chemical Genomics,Chemogenomics),功能基因组研究一种有效途径,创新药物研究的第五种途径,2025/10/19 周日,45,一系列化合物,一个靶标,传统药理学,化学基因组的雏形产生于,1994,年，,Tim Michison,提出了药理遗传学,(,Pharmacological Genetics,),概念，初衷是想用小分子作为探针，研究药理事件。,2025/10/19 周日,46,化学生物学,一个化合物,一系列靶标蛋白,Stuart Schreiber,提出化学遗传学,(,Chemical Genetics,),思想,(,现在有人也称化学遗传学为化学生物学,(,Chemical Biology,),；,化学生物学的主要目标是为,化学家和生物学家,设置的：发现与基因表达蛋白特异性结合的小分子化合物，然后反过来利用这些化合物作为工具“药物”，进行功能基因组、细胞调控和药理学研究，为发现新药先导结构奠定基础。,2025/10/19 周日,47,化学基因组学,将,DNA,芯片或蛋白质芯片与创新化学合成结合起来，进行集群式高通量筛选方法，寻找靶点蛋白小分子结合,(,作用,),对,(,protein-small molecule interaction pairs,),；,所谓集群式的高通量筛选，是针对靶标蛋白阵列,(,Array),筛选化合物样品库，而不是针对一个靶标进行高通量筛选。这些新方法可以发展成针对基因组的筛选方法。,2025/10/19 周日,48,第一阶段,是古代传统医学的积累，用“神农尝百草”的方式发现治疗疾病的药物，可以看成是直接用人体作筛选模型，从自然界中发现药物。我国的传统中药就是这样发展的；,第二阶段,19,世纪末,20,世纪初，用传统化学和药理学方法，研究特定分子对整个生物体的影响，用这种方法发现了许多疗效显著的药物，典型的例子有阿斯匹林,(,Aspirin),和安定,(,Valium),；,第三阶段,是生物化学和分子生物学的发展，促进了蛋白质的分离、结构表征和靶点的确证，出现了药物筛选方法，即用随机筛选或合理药物设计方法寻找与靶标蛋白结合的分子作为发展药物的候选物。在此期间，计算机辅助药物分子设计得到了前所未有的发展，成为创新药物研究的实用手段之一。用这类方法发展的典型药物有近年上市的,HIV,蛋白酶抑制剂;,2025/10/19 周日,49,第四种途径,(,第四阶段,),是利用遗传学方法研究生命的基本结构,(,Building Blocker),和疾病产生的根源，寻找和确证药物新靶点，表达相应的蛋白质，发展筛选方法，寻找与靶标蛋白特异性结合的分子，然后用进行传统药理学测试、临床前和临床研究。抗癌药物,Herceptin,和,Gleevec,是用这一策略发展的上市新药的典型例子；,第五种途径？,化学基因组学,2025/10/19 周日,50,计算机化学基因组学与新靶点和先导结构的发现,2025/10/19 周日,51,计算化学与计算生物学,2025/10/19 周日,52,2025/10/19 周日,53,IBM 10,亿美元 1000万亿次/每秒,“,蓝色基因,”,专门用于深入研究蛋白质的结构和功能关系、寻找疾病的成因和可能的疗法、研制新药和阐明细菌及病毒的抗药性等。,Deep Computing for the Life Science,2025/10/19 周日,54,万亿次计算时代的分子生物医药,Opportunities in Molecular Biomedicine in the Era of Teraflop Computing,蛋白质与蛋白质和蛋白质与核酸的识别和组装,plaque formation in Alzheimers,transcription factor function,大系统，整个功能单元,membrane proteins,signal,transduction,metabolic pathways,virus,capsids,;molecular basis of disease and drug action,长时间（微妙）模拟,conformational transitions,protein folding,ion conduction through channels,结合量子力学和分子力学,培养计算生物学家,2025/10/19 周日,55,Why Run Large Scale MD Simulations?,Three different conformational states of nuclear receptor ligand-binding domains,H12 pay a key effect by conformation change,Peroxisome Proliferator Activated Receptor,(,PPAR,),2025/10/19 周日,56,Molecular Dynamic Study HIV-1 RT Conformational Motions,Open,/,Close,2025/10/19 周日,57,Binding Mechanism Hypothesis,2025/10/19 周日,58,分子对接方法,锁匙原理的直接应用,虚拟筛选,发现新先导结构的有效途径,2025/10/19 周日,59,At the,in silico,laboratory,researchers use,Computational Methods,to evaluate,Virtual libraries,(,databases,),against,Virtual receptors,(,targets,),Speeding up drug discovery,2025/10/19 周日,60,T.N.Doman,et al.,J.Med.Chem,.,2002,45:2213-21,VS,vs.,HTS,Doman et pared the performance of random high throughput screening(HTS)and molecular docking in searches for inhibitors of,(protein tyrosine phosphatase 1B PTP1B),a target for type 2 diabetes.The result indicated that docking enriched the hit rate by 1,700-fold over random screening.,2025/10/19 周日,61,Li,el al,.(,Protherics Molecular Design Ltd.,)demonstrated the high efficiency of docking in ranking hits by their,DockCrunch project against estrogen receptor.,2025/10/19 周日,62,WHY,H,igh,T,hroughput,V,irtual,S,creening?,2025/10/19 周日,63,有机化学发展一百多年来，人们合成和从天然动植物中提取的有机化合物约有,1600,多万个，其中进行过药物筛选的化合物不超过,1%,，从中发现了,5000,多个药物。,这,1600,多万个化合物是一个新药发现的丰富资源,。但是如果针对不同的靶点筛选所有的化合物，所花费的资金和时间是不可想象的。如果平均每个化合物收集,10,mg,样品花费,200,美元，收集,1600,多万个样品需花费,32,亿,美元；平均筛选一个化合物需花费,1,美元,(,最节约的高通量筛选,),，筛选,20,个模型需要,3.2,美元。高通量筛选平均每天筛选,10,万个化合物，筛选,20,个模型需,10,年时间,。只有大规模高通量虚拟筛选方法能解决这一问题。,2025/10/19 周日,64,16 Million,Org.Mols.,7000 Drugs,500,targets,5000,targets,2030k Drugs?,A Mine of Leads,1%,Why VS?,2025/10/19 周日,65,结构测定,药物设计,有机合成,药理研究,抑制剂活性,1997,1998,1999,2000,100,M,7,M,14,nM,9,nM,研究进展,以计算机药物设计为,龙头,，多学科紧密合作的现代创新药物研究的新模式,新药发现,化合物,石杉碱甲,结构生物学,2025/10/19 周日,66,Protein Data,Bank(PDB),Small Molecule,Databases,Parallel-DOCK,High Throughput Screening,in Silico,Accurate Evaluation,of Activity for the Hits,AFM-EGO,NWChem,Ligand-Receptor Binding,Simulation with MD and QM,Molecular Dynamics,CombiBuild,Virtual Library Design,Chemistry and,Bioassay,A System for New Drug Discovery and Design,2025/10/19 周日,67,Structural,genomics,Bioinformatics,Chemoinformatics,Databaics,从天然产物中发现线索,我们能做什么？,2025/10/19 周日,68,研究的靶标(192+,Genomics),TK(anti-cancer),COX-1&COX-2(anti-inflammation),AChE,-,Secretase,(anti-Alzheimer),K,+,Ion Channel(anti-arrhythmia),MMPs,GPRs,(,CCRs,),CD54,GLP-1(anti-diabetes),PPAR,g,2025/10/19 周日,69,2025/10/19 周日,70,降糖药物,CNPD,TCM of Anti-diabetes,2025/10/19 周日,71,PDB,CNPD,P,1,P,2,P,3,.,P,n,K,11,K,12,K,13,.,P,1n,K,21,K,22,K,23,.,P,2n,.,.,.,.,.,K,m1,K,m2,K,m3,.,P,mn,C,1,C,2,.,C,m,矩阵结构,数据库间的交叉融合,好的计算方法,Parallel-DOCK,Parallel-AutoSock,超级计算机神威、曙光,充分利用天然产物生物多样性和基因组序列信息，同时发现靶标和先导,2025/10/19 周日,72,P,1,P,2,P,3,.,P,n,K,11,K,12,K,13,.,P,1n,K,21,K,22,K,23,.,P,2n,.,.,.,.,.,K,m1,K,m2,K,m3,.,P,mn,C,1,C,2,.C,m,类药性数据库,天然产物,NP-Like,库,虚拟筛选,实验验证,基因,小分子,PDB,结构,基因组序列+高通量结构预测,2025/10/19 周日,73,K,11,K,12,K,13,.,P,1n,K,21,K,22,K,23,.,P,2n,.,.,.,.,.,K,m1,K,m2,K,m3,.,P,mn,C,1,C,2,.,C,m,作用途径,TCM,成分,活性化合物,主要靶点,代谢功能,P,1,P,2,P,3,.,P,n,药物基因组,蛋白质组,中药活性成分作用途径,生物信息学、化学生物学研究,2025/10/19 周日,74,中草药有效成分筛选新模式,配体“垂钓”技术建立,2025/10/19 周日,75,中草药有效成分传统获得方法,分离,纯化,筛选,鉴定,造成大量,浪费，从,总体上说，,效率低下,。,2025/10/19 周日,76,PPAR,Raw Isolation,Ligand Fishing System,Ligand-receptors complexes,Buffer,dissociation,LC-MS,CNPD,Ligand Identification,4,KinM,2025/10/19 周日,77,Discovering Agonists of Peroxisome Proliferator Activated Receptor,(,PPAR,),2025/10/19 周日,78,2025/10/19 周日,79,2025/10/19 周日,80,2025/10/19 周日,81,PPAR,g-,DDDC-863-01-0001 complexes,Structural Biology,2025/10/19 周日,82,分子生物学、细胞生物学、结构生物学、生物物理学创新药物核心技术相互结合。药物靶点对有效成分的“直接垂钓”，,避免“盲目筛选”,；,利用,CNPD,和高分辨质谱相结合，对天然产物有效成分,实施快速准确的结构确证,；,由于直接应用了药物靶标与小分子作用检测技术，据此可以,探索和评价中草药有效成分的毒副作用,。,筛选