化学图形处理软件介绍.pptx

Click to edit Master text styles,Second level,Third level,Fourth level,Fifth level,#,Click to edit Master title style,计算机图文处理技术,信息技术的发展,传统信息处理方式,计算机多媒体处理技术（图形图像、声音、文字等,),文字处理软件,Word,声音,Cooledit,图形图像,Photoshop,，,coreldraw,，,autocad,等。,视频编缉,化学及其相关学科中的图文处理,化学图形编辑软件,ACD/ChemSketch,加拿大的一家专门制作各种专业化学软件的公司AdvancedChemistry Development Inc.,简称,ACD),开发的免费软件，包括几十个绘图模板与一个,3D,显示软件。具有以下主要功能：,结构模式：画化学结构，计算其各种属性。,绘图模式：进行文本与绘图操作。,计算分子属性：自动计算分子量、原子百分组成、克分子折射率、克分子体积、折射率、表面张力、密度、介电常数、极化率。,ChemOffice,美国剑桥软件公司,ChemDraw,模块,-,化学结构绘图软件，是各论文期刊指定的格式。,Chem3D,模块,-,提供,3D,分子轮廓图及分子轨道特性分析，并和数种量子化学软件结合在一起。作为分子仿真分析的前端开发环境。,ChemPro,模块,-,预测,BP,、,MP,、临界温度、临界气压、吉布斯自由能、,logP,、折射率、热结构等性质。,ChemFinder,模块,-,化学信息搜寻整合系统，可以建立化学数据库、储存及搜索，或与,ChemDraw,、,Chem3D,联合使用，也可以使用现成的化学数据库。,ChemOffice WebServer-,化学网站服务器数据库管理系统您可将您的,ChemDraw,、,Chem3D,作品发表在网站上，使用者就可用,ChemDraw Pro Plugin,网页浏览工具，用,www,方式观看,ChemDraw,的图形，或用,Chem3D Std,插件中的网页浏览工具观看,Chem3D,的图形。,WebServer,还提供,250,000,种的化学品数据库，包含,Sigma,、,Aldrich,、,Fisher,、,Acros,等国外大公司。,Chemwindow 3.0,一个简便易用的化学分子式及立体结构的绘图软件，目前最新版本为,6.0,，但需要购买。,3.0,版是一个免费软件，而且使用的平台比较广，可用于,windows 3.x,windows 9x,，,windows2000.,体积小，无须安装，绿色软件。,使用过程中，默认保存为*,.cw2,文件。,与,Microsoft office,结合方便，可通过拷贝的方法直接转到,word,中，自动转为,office,绘图做成的图形，可以直接双击的方式在,Word,中编辑，不用启动,Chemwindow,也可以再拷贝回,Chemwindow,中编辑。,word,文档体积小，并且在制作,PowerPoint,幻灯片时，因为自动转变成,Office,图形，背景可自由改变。它也可以通过自带的转换器导入,Chem Draw,等其它分子式绘图软件的文件。,ISIS Draw 2.3,著名的画有机化合物结构的软件。功能非常强大、简单易用，其文件格式已得到多数化学软件支持,ACD/Sketch,使用简介,一、界面介绍,运行,结构模式,标题栏,(Title bar),.,缺省的文件名是,NONAMExx.SK2.,菜单栏,(,Menu bar),每一个词汇都与在,ChemSketch,中的结构模式中的命令相对应,.,通用工具条,(,General toolbar),-,在菜单键的下面,包括那些在结构和画图模式中都会用到的通用键,如,:,保存文件,打开文件,取消,/,重做操作,拷贝和粘贴,扩大与缩小,以及插入不同的模块。,ChemBasic,功能键,(,ChemBasic toolbar),-,在一般功能键的下面,它们是可选功能,包括附件和其他,ChemBasics,的功能,结构模式功能栏,(,Structure toolbar),只有结构模式有这些功能键,包括画化学结构和相关功能,.,原子功能键,(Atoms,toolbar),包括原子名称和改变原子性能的键,(,电荷,电子层等,).,参考 功能键,(Reference toolbar),.,此外,您还可以从此处进入,ACD,字典,.,工作区域,(Workspace),结构式将在这里显示,.,调色板,(Color Palette),用来将原子和化学键等涂上颜色,(,只要在相应的颜色上点击既可,).,状态栏,(,Status bar)-,显示对当时状态有用的信息,:,打开的,SK2,文件名,SK2,文件的页码,化学结构的分子式,以及化学结构的一些性质,而且您也可以从这里进入,I-Lab.,画图模式,标题栏,(Title bar),.,缺省的文件名是NONAMExx.SK2.,菜单栏,(,Menu bar),每一个词汇都与在,ChemSketch,中的画图模式中的命令相对应,.,通用工具条,(General toolbar),包括那些在结构和画图模式中都会用到的通用键,如,:,保存文件,打开文件,取消,/,重做操作,拷贝和粘贴,扩大与缩小,以及插入不同的模块。,ChemBasic,功能键,(,ChemBasic toolbar),-,在通用工具条的下面,它们是可选功能,包括附件和其他,.,编辑工具条,(Editing toolbar),位于通用工具条的下面,只适用于画图模式,包括编辑动画物体的功能键,.,画图工具条,(Drawing toolbar),包括画各种物体和文字的功能键,.,工作区域,(Workspace)-,在中间的区域,图画与文字将在这里显示,.,调色板,(Color Palette),用来将物体等涂上颜色,(,只要在相应的颜色上点击既可,).,状态栏,(Status bar),-,显示对当时状态有用的信息,:,打开的,SK2,文件名和,SK2,文件的页码等,退出,二、画简单的结构,画原子,化学键,(,单键,双键,三键,共价键,等等,),和标签,.,翻转分子结构式,.,选择,旋转和扩大与缩小结构图,将结构式输出至文件夹,文件及打印机,.,清理屏幕,.,画原子,化学键和标签,在画图模式,(Draw Mode),下从原子工具条选择碳原子。,单击空白处，画出,CH4,。,单击,CH4,以增加一个,CH3,集团，并以标准键长连接。再双击同一个碳原子，画出。,单击,Set Bond Vertically,将从上一步得到的结构旋转至。,单击结构工具栏中常用画图工具。,单击最右边的碳原子，画出。,重复以上步骤，画出一些结构,和。,双键和三键,恢复键,(Undo),改变原子,单击原子工具条下的元素周期表,(,Periodic Table),键,打开元素周期表,(,Periodic Table of Elements),单击元素周期表中的氟,(,Fluorine,),键,注意现在氟,(,Fluorine,),键出现在原子工具条中单击最左边的碳,(Carbon),用氟原子替代碳原子,使用连续画图工具,使用,“,清洁,”,(Clean),命令,Clean,命令不仅使键长和角度平均化，令结构看上去更好看，更使该结构符合于化学意义。例如循环结构，它将,SP2,轨道上的碳原子的键按,120,度分布，将,SP,轨道上的碳原子的键按,180,度分布。当画平面和立体异构体时，,Clean,命令保持以上特性将键长和角度平均化。,使用立体键、配位键和非定义化学键工具,在立体结构中,远离您的键,在立体结构中,指向您的键,配位键,非定义键,编辑原子标签,使用画链工具,翻转结构,选择、旋转和,3D,旋转,输出,三、画复杂结构,使用基团表,删除原子和化学基团,改变局部布局,标定电荷和定义阳离子与阴离子,改变原子性质,双击需要改变性质的原子,(,或者可以编辑,/,改变整个分子,),选择原子性能,以下是各个键的功能：,C-,原子符号,(Atom symbol),H-,伴随的氢原子,(attendant hydrogens),n-,伴随的氢原子数,(index of the attendant hydrogens),q-,电荷,(charge),V-,化合价,(valence),同位素质量,(isotopic mass),N-,分子中的原子编号,(numbering of atom in the overall molecule),四、画超级结构,PheLeuOrnVal,Pro Pro,ValOrnLeuPhe,简化线性分子式,从简化线性分子式,(SMILES Notations),创建结构式,3D,优化,创建双,2,，,2,，,2,环己烷结构,