1、1、将数据调整为如图1格式，具体方法：将比对后利用DnaSp输出的NEXUS数据按如图1（tcs模板）格式进行调整，需要重新比对分析，然后将序列拷贝到模板中。其中ntax为个体数，nchar为碱基数，即最大碱基数。“-”为缺失碱基位点。
图1
2、打开jModelTest软件，点击file→Load DNA alignment Meta+O,找到保存的*.nex文件。
3、点击Analysis→Compute likelihood Scores Meta+L，这一步根据数据量不同需要消耗一定时间。
4、步骤3运行结束后，点击Analysis→Do AIC Calculations.
2、Meta+I
5、运行结束后可以将结果复制出来，另存为txt文本格式。找到如图2所示位置，该位置给出了最佳模型。其中Model = TPM3uf+G为模型公式。以下参数为PHYLM建树数据
partition = 012012
-lnL = 3504.7670
K = 226
freqA = 0.3290
freqC = 0.2576
freqG = 0.1626
freqT = 0.2508
R(a) [AC] = 0.8931
R(b) [AG] = 13.5661
R(c) [AT] = 1.0000
R(d) [CG] = 0.8931
R(e) [CT] = 13.5661
R(f) [GT] = 1.0000
gamma shape = 0.2170
图2
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