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增值税专用发票管理中问题的处理
(一)关于对代开、虚开增值税专用发票的处理
代开发票是指为与自己没有发生直接购销关系的他人开具发票的行为，虚开发票是指在没有任何购销事实的前提下为他人、为自己或让他人为自己或介绍他人开具发票的行为。代开、虚开发票的行为都是严重的违法行为。对代开、虚开专用发票的，一律按票面所列货物的适用税率全额征补税款，并按《税收征管法》的规定按偷税给予处罚。对纳税人取 得代开、虚开的增值税专用发票不得作为增值税合法抵扣凭证抵扣进项税额。代开、虚开发票构成犯罪的，按全国人大常委会发布的《关于惩治虚开、伪造和非法出售增值税专用发票犯罪的决定》处以刑罚。
(二)纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理
1依据国税发[1997] 134号文件规定，纳税人取得虚开的增值税专用发票的处理是:
( 1 )受票方利用他人虚开的专用发票，向税务机关申报抵扣税款进行偷税的，应当依照 《税收征管法》及有关规定追缴税款，处以偷税数额5倍以下的罚款;进项税金大于销项税金的，还应当调减其留抵的进项税额。利用虚开的专用发票进行骗取出口退税的，应当依法追缴税款，处以骗税数额5倍以下的罚款。
(2)在货物交易中，购货方从销售方取得第三方开具的专用发票，或者从销货地以外的地区取得专用发票，向税务机关申报抵扣税款或者申请出口退税的，应当按偷税、骗取出口退税处理，依照《税收征管法》及有关规定追缴税款，处以偷税、骗税数额5倍以下的罚款。
(3)纳税人以上述第( 1 )条、第(2)条所列的方式取得专用发票未申报抵扣税款，或者未申请出口退税的，应当依照《发票管理办法》及有关规定，按所取得专用发票的份数，分别处以1万元以下的罚款;但知道或者应当知道取得的是虚开的专用发票，或者让他人为自己提供虚开的专用发票的，应当从重处罚。
(4)利用虚开的专用发票进行偷税、骗税，构成犯罪的，税务机关依法进行追缴税款等行政处理，并移送司法机关追究刑事责任。
2.依据国税发[2000]182号文件，有下列情形之一的，无论购货方(受票方)与销售方是否进行了实际的交易，增值税专用发票所注明的数量、金额与实际交易是否相符，购货方向税务机关申请抵扣进项税款或者出口退税的对其均应按偷税或者骗取出口退税处理:
( 1 )购货方取得的增值税专用发票所注明的销售方名称、印章与其进行实际交易的销售方不符的，即国税发[1997]134号文件第二条规定的"购货方从销售方取得第三方开具的专用发票"的情况。
(2)购货方取得的增值税专用发票为销售方所在省(自治区、直辖市和计划单列市)以外地区的，即国税发[1997]134号文件第二条规定的"从销货地以外的地区获得专用发票" 的情况。
(3)其他有证据表明购货方明知取得的增值税专用发票系销售方以非法手段获得的，即国税发[1997] 134号文件第一条规定的"受票方利用他人虚开的专用发票，向税务机关申报抵扣税款进行偷税"的情况。
3.根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》(国税发[2000] 187号)的规定:
( 1 )购货方与销售方存在真实的交易，销售方使用的是其所在省(自治区、直辖市和计划单列市)的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符，且没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的， 对购货方不以偷税或者骗取出口退税论处。但应按有关规定不予抵扣进项税款或者不予 出口退税;购货方已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税，应依法追缴。
(2)购货方能够重新从销售方取得防伪税控系统开出的合法、有效专用发票的，或者取得手工开出的合法、有效专用发票且取得了销售方所在地税务机关已经或者正在依法对销售方虚开专用发票行为进行查处证明的，购货方所在地税务机关应依法准予抵扣进项税款或者出口退税。
(3)如有证据表明购货方在进项税款得到抵扣或者获得出口退税前知道该专用发票是销售方以非法手段获得的，对购货方应按《国家税务总局关于纳税人取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》(国税发[1997J134号)和《国家税务总局关于〈国家税务总局关于纳税人取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知〉的补充通知》(国税发[2000] 182号) 的规定处理
4.根据国税函[2007 ] 1240号文件规定，纳税人善意取得虚开的增值税专用发票被依法追缴已抵扣税款的，不再加收滞纳金。
(三)失控增值税专用发票的处理
在税务机关按非正常户登记失控增值税专用发票后，增值税一般纳税人又向税务机关申请防伪税控报税的，可通过防伪税控报税子系统的逾期报税功能受理办报税。购买方主管税务机关对认证发现的失控发票，属于销售方已申报纳税的，可由销售方主管税务机关出具书面证明，可作为购买方抵扣增值税进项税额的凭证。
十一、关于辅导期增值税一般纳税人增购增值税专用发票预缴增值税的处理
(一)纳税人在辅导期内增购专用发票，继续实行预缴增值税的办法，预缴的增值税可在本期增值税应纳税额中抵减，抵减后预缴增值税仍有余额的，应于下期增购专用发票时，按次抵减。
(二)主管税务机关应加强对纳税人预缴税款抵减的审核工作。
1纳税人发生预缴税款抵减的，应自行计算需抵减的税款并向主管税务机关提出抵减申请。
2.主管税务机关接到申请后，经审核，纳税人缴税和专用发票发售情况无误，且纳税人预缴增值税余额大于本次预缴增值税的，不再预缴税款可直接发售专用发票;纳税人本次 预缴增值税大于预缴增值税余额的，应按差额部分预缴后再发售专用发票。
(三)主管税务机关应在纳税人辅导期结束后的第一个月内一次性退还纳税人因增购 专用发票发生的预缴增值税余额。