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应用NCBI的Map viewer查找基因序列、mRNA序列、启动
时间:2011-06-08 22:23来源:生物吧 作者:刘浩 点击: 796 次
一步一步教你使用NCBI查找DNA、 mRNA 、cDNA、Protein、 引物设计 、BLAST 序列比对 等 (作者：urbest) 关键词: NCBI 使用方法 引物设计 序列比对 总共分为四个部分介绍一下NCBI的使用： Part one
一步一步教你使用NCBI查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、引物设计、BLAST序列比对等(作者：urbest)
关键词: NCBI 使用方法 引物设计 序列比对  
总共分为四个部分介绍一下NCBI的使用：
Part one 如何查找基因序列/mRNA/Promoter
Part two 如何查找连续mRNA/cDNA/蛋白序列
Part three 运用STS查找已经公布的引物序列
Part four 如何运用BLAST进行序列比对、检验
                       引物特异性

 Part one: 利用Map viewer查找基因序列、mRNA序列、启动子（Promoter）
[同一个页面即可显示基因序列和启动子]
        下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤
 一、打开Map viewer页面，网址为：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/index.html
        在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示： 

二、点击“GO”出现如下页面：

三、在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter，下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter，出现下图：
        说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说 基本相同。尽管你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界 范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。我也推荐大家使用这个序列。 

四、点击上述三条序列第一条序列（即reference）对应的“Genes seq”，出现新的页面，页面下方为：

 五、点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能，结果如图所示： 

        先对上面这张图做点简要的说明，在Sequence Format（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为FASTA格式，还有一个是GenBank格式。我推荐大家选择GenBnak格式，因 为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA格式只有基因序列。
六、在Sequence Format后选择GenBank，然后点击下面的Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。点击后如图所示（网页较大，只抓取一小部分以作示范）：

        在上述打开的网页中，你可以看到基因长度，基因序列，以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。 
        你会看到：mRNA join（3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..8394）这代表了从基因的3598位开始就是转录区了，即我们常说的mRNA片断，由于内含子的存在，所以mRNA在DNA序列上分成了几段。 
        CDS join（3660..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..7970）
        CDS代表编码序列，即蛋白编码区是从3660开始的（ATG），由于剪接作用所以CDS区也是不连续的。 
        说到这里，可能很多朋友都已经明白了promoter即启动子区域在哪里了。但我还是再唠叨几句：转 录起始位点前面是基因的调控区，启动子区没有明显的位置定义，大家也只是猜测它的大体位置，如果你要研究promoter区的话，建议你选择转录起始位点 前的2000个碱基进行研究，一般默认的是这样。当然你如果觉得长度太长不好研究的话，也可以只研究-1000到0这一千个碱基，因为一般情况下，启动子 区的变异都在这个区域内。 
        这样大家就可以找到自己的目的基因序列和启动子了，这种方法可能使用的人不是很多，但我个人比较喜欢，因为它最大的优点是可以找到启动子区域和其他调控区域。
(责任编辑：大汉昆仑王)