白花重楼叶绿体基因组特征及系统发育分析.pdf

热带作物学报 2023,44(8):15511560 Chinese Journal of Tropical Crops 收稿日期 2022-09-01；修回日期 2022-10-11 基金项目 贵州省普通高等学校科技拔尖人才项目（黔教合 KY 字2019061）；六盘水市科技计划项目（No.52020-2019-05-05，No.52020-2022-PT-20）。作者简介 张书东（1979），男，博士，副教授，研究方向：植物分类和植物系统发育。*通信作者（Corresponding author）：凌立贞（LING Lizhen），E-mail：。白花重楼叶绿体基因组特征及系统发育分析 张书东1，凌立贞1*，谢丹丹1,2，刘祯珍1,2 1.六盘水师范学院/贵州西部民族药用植物资源研究与利用重点实验室，贵州六盘水 553004；2.大连大学生命健康学院，辽宁大连 116622 摘 要：白花重楼（Paris polyphylla var.alba）为藜芦科（Melanthiaceae）重楼属药用植物，为国家二级重点保护植物。随着重楼原料药需求量逐渐上涨，白花重楼野生资源遭到严重破坏。为保护白花重楼遗传资源和探讨该物种的系统位置，本研究对白花重楼的全基因组进行高通量测序，通过组装和注释获得其完整的叶绿体基因组序列。对其基因组结构特性和系统发育关系分析结果表明，白花重楼叶绿体基因组全长 163 944 bp，大单拷贝区（large single-copy,LSC）、小单拷贝区（small single-copy region,SSC）和反向互补重复区（inverted repeats,IR）长度分别为 84 179、12 967、33 399 bp，为典型的四分体结构。白花重楼叶绿体基因组共编码 134 个基因，包括 88 个蛋白质编码基因，38 个 tRNA 基因和 8 个rRNA 基因。白花重楼叶绿体基因组共检测到 645 个长重复序列和 97 个 SSR（simple sequence repeat）位点，长重复序列以正向重复和回文重复为主，SSR 以单碱基重复 A/T 类型为主。基于重楼属 34 种（含种下单位）叶绿体全基因组构建的系统进化树显示，重楼属为单系类群，可划分为 5 个大的分支，七叶一枝花各变种虽然均位于蚤休组，但并不构成单系，白花重楼与毛重楼亲缘关系最近。本研究通过二代测序数据组装获得了完整的白花重楼叶绿体基因组序列，明确了白花重楼在重楼属中的系统位置，为研究重楼属植物的系统进化、物种鉴定和资源保护提供科学依据。关键词：白花重楼；重楼属；藜芦科；系统发育；叶绿体基因组 中图分类号：S567.239 文献标识码：A Characterization and Phylogenetic Analysis of the Complete Chloro-plast Genome of Paris polyphylla var.alba(Melanthiaceae)ZHANG Shudong1,LING Lizhen1*,XIE Dandan1,2,LIU Zhenzhen1,2 1.Liupanshui Normal University/Key Laboratory of Liupanshui City for Study and Utilization of Ethnic Medicinal Plant Resources of Western Guizhou Province,Liupanshui,Guizhou 553004,China;2.College of Life and Health,Dalian University,Dalian,Liaon-ing 116622,China Abstract:Paris polyphylla var.alba,a medicinal plant of Melanthiaceae,is classed as the national second-grade pro-tected species of China.With the increasing demand for raw materials of Rhizoma paridis,the wild resources of P.polyphylla var.alba have been seriously damaged.In order to protect the genetic resources and clarify the systematic positon of this species,Illumina Hiseq X Ten platform was used to sequence the chloroplast(cp)genome.The structural characteristics of the complete cp genome sequence and phylogenetic relationship of P.polyphylla var.alba in Paris were analyzed.The results showed that the cp genome was 163 944 bp in length with a typical quadripartite structure with a large single-copy(LSC)region of 84 179 bp,a small single-copy(SSC)region of 12 967 bp,and a pair of 33 399 bp inverted repeats(IRs).The genome contained 134 genes,including 88 protein-coding genes(PCGs),38 tRNA genes and 8 rRNA genes.A total of 645 long repeats and 97 simple sequence repeats(SSRs)loci were detected in the complete cp genome,in which forward and palindromic repeats were the mainly long repeat types,and most of SSRs had A/T base preference.Phylogenetic analysis based on the complete cp genomes showed that Paris formed a monophyletic 1552 热带作物学报 第 44 卷 group,and could be further divided into five major clades corresponding to five sections,respectively.The varieties of P.polyphylla are located in Sect.Euthyra,but are not clustered a monophyletic group,and P.polyphylla var.alba is closely related to P.mairei.This study would provide a scientific basis for studying the phylogeny,species identification and resource conservation of Paris.Keywords:Paris polyphylla var.alba;Paris;Melanthiaceae;phylogenetic analysis;chloroplast genome DOI:10.3969/j.issn.1000-2561.2023.08.004 重楼原隶属于百合科（Liliaceae），根据分子系统学研究结果，现归属于藜芦科（Melanthiaceae），为重楼属（Paris）植物的统称，全球约有 26 种1，主要分布于我国的西南各省（区）。重楼具有重要的药用价值，据记载，该属 11 个物种（包括种下单位，下同）的根茎可作药用，用于治疗损伤、中毒、腮腺炎等多种疾病2，滇重楼（P.polyphylla var.yunnanensis）和华重楼（P.polyphylla var.chinensis）更是被收录进 2020 年版的中国药典3。白花重楼（P.polyphylla var.alba）为七叶一枝花（P.polyphylla）的一个变种，主要分布于我国西南地区的云南、贵州、四川、重庆以及湖北等地4-5。白花重楼以根茎入药，用于治疗慢性气管炎、胃痛、扁桃体炎、腮腺炎、乳腺炎、毒虫咬伤和疮疡毒肿等病症6。近年来由于企业对重楼原料药需求量逐渐上涨，野生重楼遭到掠夺式采挖，致使部分未记录有药用价值的重楼属植物的野生资源也遭到严重破坏。根据最新发布的 国家重点保护野生植物名录7，重楼属除北重楼（P.verticillata）外均被列为国家二级重点保护植物，白花重楼同时还被世界自然保护联盟红色名录（IUCN）列为易危种。然而，到目前为止，有关白花重楼的研究还很少8-10。为更好地开展白花重楼遗传背景、种质资源保护及系统发育等方面的研究，本研究对白花重楼进行了全基因组建库测序，从中筛选并组装出完整的叶绿体基因组，并对白花重楼叶绿体基因组结构特征及其在重楼属的系统位置进行了分析。1 材料与方法 1.1 材料 采自云南省丽江市丽江高山植物园种质资源圃（10011E，2700N）的白花重楼新鲜健康叶片装入取样袋后立即加入变色硅胶进行干燥，室温保存。1.2 方法 1.2.1 基因组总 DNA 的提取和全基因组测序 取白花重楼硅胶干燥叶片，利用 CTAB 法11提取基因组总 DNA。分别采用琼脂糖凝胶电泳和NanoDrop-2000微量分光光度计检测总DNA质量和浓度。双端高通量测序由北京诺禾致源科技股份有限公司的 Illumina HiSeq X Ten 平台完成，测序总数据量为 6 Gb。1.2.2 叶绿体基因组的组装与注释 利用 SPAdes v3.6.112以默认参数对原始测序数据进行从头组装生成一系列 contigs。利用 Bandage13手动对生成的 contigs 进行编辑，生成可靠的完整叶绿体基因组。以金线重楼（P.delavayi，登录号：MN 125581）为参考基因组，利用 PGA14对序列进行功能注释。注释后的完整叶绿体基因组数据提交至 GenBank（登录号：MW980523）。利用 OGD-RAW15在线工具（http:/ogdraw.mpimp-golm.mpg.de/index.shtml）绘制白花重楼叶绿体基因组图谱。1.2.3 叶绿体基因组特征分析 利用 Geneious v8.0.216读取白花重楼基因组基本特征信息。利用 REPuter17鉴定叶绿体基因组中的长重复序列，最小重复设置为 30 bp，最小重复序列长度距离设置为 3。利用 MISA18对白花重楼叶绿体基因组进行微卫星（simple sequence repeats,SSR）位点检测，参数阈值设置为单碱基、二碱基、三碱基、四碱基、五碱基和六碱基最少重复次数分别为 10、5、5、5、5、5，2 个 SSR 位点间最小距离设置为 100 bp。1.2.4 密码子偏好性分析 利用 Geneious v8.0.216提取白花重楼叶绿体基因组蛋白质编码基因序列（coding sequence,CDS），并手工剔除一个 IR区的重复序列和基因长度1 时，表明该密码子使用频率较高；当RSCU=1 时，说明该密码子无偏好性；当 RSCU1 的密码子共 30 种，其中 29 种以 A/U 结尾（图 4），表明白花重楼叶绿体基因组对A/U结尾密码子的偏好性高于G/C结尾密码子。第 8 期 张书东等：白花重楼叶绿体基因组特征及系统发育分析 1555 表 2 白花重楼叶绿体基因组基因功能分类 Tab.2 Functional classification of genes in chloroplast genome of Paris polyphylla var.alba 功能分类 Functional classification 基因种类 Gene group 基因名称 Gene name 光系统 psaA,psaB,psaC,psaI,psaJ 光系统 psbA,psbB,psbC,psbD,psbE,psbF,psbH,psbI,psbJ,psbK,psbL,psbM,psbN,psbT,psbZ 细胞色素 b/f 复合体 petA,petBb,petDb,petG,petL,petN ATP 合酶 atpA,atpB,atpE,atpFb,atpH,atpI NADH 脱氢酶 ndhAb,ndhBa.b,ndhC,ndhD,ndhE,ndhF,ndhG,ndhH,ndhI,ndhJ,ndhK 光合作用相关基因 二磷酸核酮糖氧合酶/羧化酶亚基rbcL RNA 聚合酶 rpoA,rpoB,rpoC1b,rpoC2 核糖体小亚基 rps2,rps3,rps4,rps7a,rps8,rps11,rps12a,c,rps14,rps15,rps16b,rps18,rps19a 核糖体大亚基 rpl2a,b,rpl14,rpl16b,rpl20,rpl22a,rpl23a,rpl32,rpl33,rpl36 转运 RNA trnA-UGCa,b,trnC-GCA,trnD-GUC,trnE-UUC,trnF-GAA,trnfM-CAU,trnG-GCC,trnG-UCCb,trnH-GUGa,trnI-CAUa,trnI-GAUa,b,trnK-UUUb,trnL-CAAa,trnL-UAAb,trnL-UAG,trnM-CAU,trnN-GUUa,trnP-UGG,trnQ-UUG,trnR-ACGa,trnR-UCU,trnS-GCU,trnS-UGA,trnS-GGA,trnT-GGU,trnT-UGU,trnV-GACa,trnV-UACb,trnW-CCA,trnY-GUA 自我复制相关基因 核糖体 RNA rrn4.5a,rrn5a,rrn16a,rrn23a 成熟酶基因 matK 翻译起始因子 infA C 型细胞色素合成基因 ccsA 乙酰辅酶 A 羧化酶亚基 accD 包膜蛋白基因 cemA 其他基因 蛋白酶基因 clpPc 未知功能基因 保守开放性阅读框 ycf1a,ycf2a,ycf3c,ycf4 注：a为双拷贝基因，b为含 1 个内含子基因，c为含 2 个内含子基因。Note:a means double-copy gene,b means genes with one intron,c means genes with two introns.表 3 白花重楼长重复序列分析 Tab.3 Long repeat sequences in complete chloroplast genome of Paris polyphylla var.alba 类型 Type 数量 Number 总长度 Total length/bp 平均长度 Average length/bp正向重复 305 17 436 57.17 反向重复 21 680 32.38 互补重复 19 595 31.32 回文重复 300 50 178 167.26 总数 645 68 889 106.80 2.5 重楼属叶绿体基因组比较分析 将白花重楼与同属其他 33 种植物叶绿体基因组进行比较分析，结果显示，重楼属植物叶绿体基因组的 GC 含量均在 37%以上，基因组大小为 155 957163 944 bp，注释基因 133137 个，除白花重楼（88 个）外，蛋白编码基因均为 87 个，tRNA 基因为 3842 个，rRNA 基因数量保守均为8 个（表 4）。白花重楼叶绿体基因组有 2 个完整的 ycf1 基因（图 1），因此拥有最大的叶绿体基 图 2 白花重楼叶绿体基因组长重复序列分析 Fig.2 Long repeats of Paris polyphylla var.alba chloroplast genome 1556 热带作物学报 第 44 卷 图 3 白花重楼叶绿体基因组简单重复序列分析 Fig.3 Simple sequence repeat of Paris polyphylla var.alba chloroplast genome 因组序列长度。2.6 重楼属叶绿体基因组系统发育分析 基于 49 条完整的叶绿体基因组数据构建的藜芦科 ML 和 BI 系统进化树（图 5）可见，重楼属的 34 个种聚为一个分支，构成一个单系类群（BS/PP=100/1.0）。延龄草属与重楼属亲缘关系较近，构成重楼属的姐妹群。重楼属可进一步划分为 5 个支持率很高的分支（BS/PP=100/1.0），分别对应于 5 个组（蚤休组 Sect.Euthyra、五指莲组 Sect.Axialis、黑籽组 Sect.Thibeticae、日本重楼组 Sect.Kinugasa 和北重楼组 Sect.Paris）。七叶一枝花的几个变种均属于蚤休组，但并不构成一个单系群，其中白花重楼与毛重楼（P.mairei）具有较近的亲缘关系（图 5）。3 讨论 本研究通过高通量测序、生物信息学方法组装和注释获得了白花重楼完整叶绿体基因组，其全长为 163 944 bp，略长于该属已报道物种的叶绿体基因组28-29，但与被子植物叶绿体基因组已有数据一致30。造成以上特征的原因是白花重楼一对 IR 区均较同属其他物种的长（白花重楼33 399 bp，其他种小于 28 000 bp）。白花重楼叶绿体基因组具有典型的环状四分体结构，包括 1个 LSC 区，1 个 SSC 区和 2 个 IR 区，其 GC 含量为 37.1%，与已报道的该属物种叶绿体基因组结构和 GC 含量相似，并且 LSC 区（35.7%）和 SSC区（32.2%）的 GC 含量显著低于 IR 区（39.7%），其原因与完全分布在 IR 区的 8 个 GC 含量较高的rRNA 基因有关（均在 48.5%以上）。白花重楼叶绿体基因组共编码 134 个基因，包括 88 个蛋白编码基因、38 个 tRNA 基因和 8 个 rRNA 基因。在重楼属已报道的叶绿体基因组中，蛋白编码基因和 rRNAs 是非常保守的，但 tRNAs 的数目在物种间存在差异，尽管 unique tRNAs 的数目都是 30个。ycf1 基因是叶绿体基因组中第二长的基因且存于大多数植物叶绿体基因组中31，但通常只有一个拷贝，白花重楼因为 IR 区的扩张导致注释 图 4 白花重楼叶绿体基因组同义密码子相对使用度 Fig.4 Relative synonymous codon usage of Paris polyphylla var.alba chloroplast genome 第 8 期 张书东等：白花重楼叶绿体基因组特征及系统发育分析 1557 表 4 重楼属植物叶绿体基因组结构特征比较 Tab.4 Comparison of structure and characters of Paris chloroplast genomes 物种 Species GenBank登录号 GenBank acces-sion number 基因组大小Genome size/bp 基因数目Number of genes 蛋白编码 基因数目 Number of pro-tein-coding genes转运 RNA 数目 Number of tRNA genes 核糖体 RNA 数目Number of rRNA genes GC 含量GC con-tent/%Paris axialis MN125591 156 821 133(113)87(79)38(30)8(4)37.4 P.bashanensis MN125580 157 320 135(113)87(79)40(30)8(4)37.7 P.birmanica MN125571 157 857 133(113)87(79)38(30)8(4)37.3 P.caobangensis MN125593 158 256 133(113)87(79)38(30)8(4)37.2 P.cronquistii MN125574 158 586 133(113)87(79)38(30)8(4)37.2 P.daliensis MN125579 158 118 133(113)87(79)38(30)8(4)37.3 P.delavayi MN125581 158 575 133(113)87(79)38(30)8(4)37.2 P.dulongensis MN125566 157 342 133(113)87(79)38(30)8(4)37.4 P.dunniana MN125592 158 256 133(113)87(79)38(30)8(4)37.2 P.fargesii MN125595 158 643 133(113)87(79)38(30)8(4)37.2 P.forrestii MN125565 157 198 133(113)87(79)38(30)8(4)37.4 P.incompleta MN125572 157 610 137(113)87(79)42(30)8(4)37.7 P.japonica MH796668 155 957 133(113)87(79)38(30)8(4)37.6 P.luquanensis MN125573 157 901 133(113)87(79)38(30)8(4)37.3 P.mairei MN125598 157 753 133(113)87(79)38(30)8(4)37.4 P.marmorata MN125597 157 740 133(113)87(79)38(30)8(4)37.4 P.polyphylla MN125589 158 130 133(113)87(79)38(30)8(4)37.3 P.polyphylla var.alba MW980523 163 944 134(113)88(79)38(30)8(4)37.1 P.polyphylla var.chinensis MN125588 158 060 133(113)87(79)38(30)8(4)37.3 P.polyphylla var.emeiensis MN125583 158 406 133(113)87(79)38(30)8(4)37.3 P.polyphylla var.stenophylla MN125590 157 833 133(113)87(79)38(30)8(4)37.3 P.polyphylla var.yunnanensis MN125587 157 874 133(113)87(79)38(30)8(4)37.3 P.qiliangiana MN125576 158 354 133(113)87(79)38(30)8(4)37.2 P.quadrifolia MN125594 157 350 135(113)87(79)40(30)8(4)37.7 P.rugosa MN125570 157 239 133(113)87(79)38(30)8(4)37.4 P.tengchongensis MN125584 157 150 133(113)87(79)38(30)8(4)37.4 P.tetraphylla MN125596 156 567 133(113)87(79)38(30)8(4)37.5 P.thibetica MN125569 157 389 133(113)87(79)38(30)8(4)37.4 P.undulata MN125586 158 286 133(113)87(79)38(30)8(4)37.2 P.vaniotii MN125567 156 846 133(113)87(79)38(30)8(4)37.4 P.verticillata MH796669 157 946 137(113)87(79)42(30)8(4)37.6 P.vietnamensis MN125575 158 101 133(113)87(79)38(30)8(4)37.3 P.xichouensis MN125585 158 225 133(113)87(79)38(30)8(4)37.3 P.yanchii MN125582 157 918 133(113)87(79)38(30)8(4)37.3 注：基因数量统计中，括号外的数字为基因总数，括号内的数字为去除重复基因后的基因数目。Note:In gene quantity statistics,the numbers outside the brackets are the total number of genes,and the numbers inside the brackets are the number of genes after removing duplicate genes.出 2 个完整的 ycf1 基因（均全部位于反向重复区），从而使其比同属其他种多出 1 个蛋白编码基因。白花重楼叶绿体基因组共检测到 645 条长重 1558 热带作物学报 第 44 卷 节点上数值分别代表最大似然法靴带支持率（1000 次重复）和贝叶斯推论后验概率。Numbers at nodes correspond to ML bootstrap percentages(1000 replicates)and Bayesian inference(BI)posterior probabilities.图 5 基于 49 个物种叶绿体基因组序列构建的藜芦科最大似然树 Fig.5 Maximum likelihood tree of 49 species from Melanthiaceae inferred from the complete chloroplast genome sequences 复序列，包括了全部 4 种重复类型，但以正向重复比例最高，其次是回文重复、反向重复和互补重复比例较低，这与其他重楼属物种一致，而与同科其他属物种的结果不同（未发表），说明物种的亲缘关系与长重复序列的种类及数量存在一定的相关性。白花重楼叶绿体基因组 97 个 SSR 位点以单核苷酸和二核苷酸 SSR 为主，且含有较高的 AT 含量，与前人报道的植物叶绿体基因组中SSR 位点多以 A/T 碱基出现相符。这些重复序列可为重楼属物种遗传多样性研究及物种和产品鉴定提供一定的参考信息。密码子偏好性是物种在长期的进化过程中受外界环境和内部因素共同作用的结果，密码子偏好性分析可为研究生物进化、蛋白结构、基因功能和外源基因转录和翻译提供理论依据。本研究分析表明，亮氨酸（Leu）是白花重楼叶绿体基因组中占比最高的氨基酸，并且RSCU1 的 30 种密码子均以 A/U 结尾，这与之前发表的重楼属植物基本相似32-33。基于叶绿体基因组的系统发育分析结果表明，重楼属分为 5 个主要分支，分别对应蚤休组、五指莲组、黑籽组、日本重楼和北重楼组，这与最新的分子系统学研究结果一致28-29，但与基于形态学的分类结果存在一定的分歧。本研究对七叶一枝花的 6 个变种的系统位置进行了研究，结果显示七叶一枝花的所有变种均位于蚤休组，但并不构成一个单系群，白花重楼与毛重楼具有较近的亲缘关系。基于现有的分子系统学研究结果，七叶一枝花种下的各分类单元需进一步的分类修订。第 8 期 张书东等：白花重楼叶绿体基因组特征及系统发育分析 1559 参考文献 1 JI Y H.A monograph of Paris(Melanthiaceae):morphology,biology,systematics and taxonomyM.Beijing:Science Press,2020.2 刘玉雨,徐福荣,范敏,段宝忠.重楼属植物在少数民族医药中的应用J.世界科学技术-中医药现代化,2019,21(3):449-456.LIU Y Y,XU F R,FAN M,DUAN B Z.Application of Paris(Melanthiaceae)in Chinese minority traditional medi-cineJ.Modernization of Traditional Chinese Medicine and Materia Medica-World Science and Technology,2019,21(3):449-456.(in Chinese)3 国家药典委员会.中华人民共和国药典(一部)M.北京:中国医药科技出版社,2020.National Pharmacopoeia Commission.Pharmacopoeia of the Peoples Republic of China(part one)M.Beijing:China Medical Science and Technology Press,2020.(in Chinese)4 LIANG S Y,VICTOR G S.Flora of China(vol.24)M.Beijing:Science Press,St.Louis:Missouri Botanical Garden Press,2000:89.5 尹鸿翔,文飞燕,陈铁柱,张浩.四川重楼属植物地理分布新记录J.西北植物学报,2013,33(4):832-834.YIN H X,WEN F Y,CHEN T Z,ZHANG H.New records of Paris L.from SichuanJ.Acta Botanica Boreali-Occi-dentalia Sinica,2013,33(4):832-834.(in Chinese)6 云南省怒江傈僳族自治州卫生局.怒江中草药M.昆明:云南科技出版社,1991.Health Bureau of Nujiang Lisu Autonomous Prefecture.Nu-jiang herbal medicineM.Kunming:Yunnan Science and Technology Press,1991.(in Chinese)7 鲁兆莉,覃海宁,金效华,张志翔,杨庆文,洪德元,李德铢,李开凡,袁良琛,周志华.国家重点保护野生植物名录调整的必要性、原则和程序J.生物多样性,2021,29(12):1577-1582.LU Z L,QIN H N,JIN X H,ZHANG Z X,YANG Q W,HONG D Y,LI D Z,LI K F,YUAN L C,ZHOU Z H.On the necessity,principle,and process of updating the List of National Key Protected Wild PlantsJ.Biodiversity Science,2021,29(12):1577-1582.(in Chinese)8 周玲.神农架三个多叶重楼变种的形态结构及光合生理研究D.荆州:长江大学,2018.ZHOU L.The study on morphological structure and photo-synthetic physiology of three varieties of Paris polyphylla smith in ShennongjiaD.Jingzhou:Yangtze University,2018.(in Chinese)9 吴喆,王元忠,张霁,杨绍兵,张金渝,徐福荣.基于红外光谱法的云南重楼及其近缘种的亲缘关系研究J.中草药,2017,48(11):2279-2284.WU Z,WANG Y Z,ZHANG J,YANG S B,ZHANG J Y,XU F R.Study on genetic relationship of Paris polyphylla var.yunnanensis and its wild relatives based on infrared spectroscopyJ.Chinese Traditional and Herbal Drugs,2017,48(11):2279-2284.(in Chinese)10 刘维暐,陈翠,和荣华,许琨.四种重楼属植物光合作用特征J.植物分类与资源学报,2013,35(5):594-600.LIU W W,CHEN C,HE R H,XU K.Photosynthesis char-acteristics of four Paris(Trilliaceae)speciesJ.Plant Diver-sity and Resources.2013,35(5):594-600.(in Chinese)11 DOYLE J J,DOYLE J L.A rapid DNA isolation procedure for small amounts of fresh leaf tissueJ.Phytochem Bulletin,1987,19:11-15.12 PRJIBELSKI A,ANTIPOV D,MELESHKO D,LAPIDUS A,KOROBEYNIKOV A.Using SPAdes de novo assem-blerJ.Current Protocols in Bioinformatics,2020,70(1):e102.13 WICK R R,SCHULTZ M B,ZOBEL J,HOLT K E.Ban-dage:interactive visualization of de novo genome assem-bliesJ.Bioinformatics,2015,31:3350-3352.14 QU X J,MOORE M J,LI D Z,YI T S.PGA:a software package for rapid,accurate,and flexible batch annotation of plastomesJ.Plant Methods,2019,15:50.15 GREINER S,LEHWARK P,BOCK R.OrganellarGe-nomeDRAW(OGDRAW)version 1.3.1:expanded toolkit for the graphical visualization of organellar genomesJ.Nu-cleic Acids Research,2019,47:W59-W64.16 KEARSE M,MOIR R,WILSON A,STONES-HAVAS S,CHEUNG M,STURROCK S,BUXTON S,COOPER A,MARKOWITZ S,DURAN C,THIERER T,ASHTON B,MEINTJES P,DRUMMOND A.Geneious basic:an inte-grated and extendable desktop software platform for the or-ganization and analysis of sequence dataJ.Bioinformat