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《财政部关于进一步做好预算执行工作的指导意见》
预算执行审计是法律赋予审计机关的一项重要职能，是国家审计永恒的主题。其监督制衡作用日趋明显，成效和影响不断扩大，对于规范财政管理行为，健全财政管理制度，完善财政管理体制起到了积极的作用。为做好部门预算执行审计，可以从以下几方面入手：
一、开展审前调查，针对部门特点掌握被审计单位情况
为了摸清被审计单位的基本情况，一方面可以发放调查表，要求被审计单位按照调查事项如实填报情况，并提供有关文件及相关法律法规。另一方面还可以采用走访和召开座谈会的形式，进行审前调查。通过上述措施，可以对被审计单位的情况有初步的了解，为下一步开展审计工作奠定良好的基础。
由于各个单位的具体情况不同，特点不同，摸清家底的方法也不相同。在审计中，针对资金量大，来源渠道多，内部职能部门较多的单位，选择掌管项目多、资金使用量大的重点部门进行调查，核实其对项目的立项、资金管理的内控制度是否健全，在实际工作中是否严格执行；对下属单位较多，创收能力较强的单位，主要对其下级单位的收入来源及规模进行延伸审计调查，核实其是否如实缴纳国家税收，收入是否统一纳入单位预算管理，是否存在私设“小金库”的违法行为；对于人员较少，多数经济活动依托相关单位开展，财务上将资金拨付到外部相关项目承担单位的部门，到相关单位进行调查和核实。
二、采用有效的审计方法，搞清部门预算执行情况
在摸清基本情况的同时，还必须采用有效的审计方法，才能搞清部门预算的执行情况。
1、从被审计单位的内控制度入手，了解被审计单位各项内控制度是否健全，内部控制制度是否真正得到了贯彻执行。如会计、出纳是否分开，财权与事权是否分离，款项的拨付是否有严格的审批制度，经费的收支是否全部纳入了单位的预算管理等等。通过对内控制度的调查，从而确定被审计单位容易出现问题和舞弊的环节。这样做有利于突出审计重点，减少盲目性。
2、抓住被审计单位本级预算资金的分配和使用这一主线，沿着资金运动轨迹，一查到底，直到搞清楚资金的最终去向为止。目前在实行财政资金国库集中收付后，财政资金不再通过部门和单位的多重账户中转，减少了支拨的环节。按照资金流向进行延伸，弄清资金的真实用途和使用效益情况，将资金的最后使用者与部门及直属单位的审计结合起来。特别是要重视对时间较长的往来款项和异常业务往来的资金流向的审查，从中可以发现大案要案线索。
3、在审计环节上，要紧紧抓住预算执行的“过程”进行审计监督。审计人员应从立项审批、年度预算、资金收付、项目评价等各个环节着手，对照批复的预算，做到逐项、逐个环节的审查，看是否严格执行预算，是否不按预算和偏离预算的情况发生，进而跟踪预算执行的结果。要特别关注预算执行的结转、结余，因为这是预算执行质量的重要体现。针对结余资金过多的现象，还应从体制和制度上分析查找原因，促进其加强部门预算管理，提高财政资金使用效益。
三、注重分析研究，体现审计监督的建设性作用
过去我们实施预算执行审计，往往是就事论事，缺乏系统性和针对性，因而审计揭示的问题年年都是“老面孔”，所提建议也是微观的、一般性的，这已远远不能适应公共财政体系的要求。因此，要充分发挥审计监督的建设性作用，注重从政策措施以及体制、机制、制度层面发现问题，分析其深层次原因并提出审计意见和建议，促进深化改革，加强预算管理。首先，加强对被审计单位落实审计决定和采纳审计意见情况的监督检查。加大对被审计单位落实审计决定、采纳审计意见情况的督促检查，保证被审计单位积极落实审计决定和意见。其次，以规范预算管理为目标，加强被审计单位的制度建设和落实。通过审计，不但指出被审计单位内控中的薄弱环节，而且提出改进的建议和措施，促进被审计单位加强内控制度建设，改善经营管理和财务管理，最终提高经济效益。
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