Flowjo 7.6.1使用方法.docx

Flowjo 7.6.1软件使用方法
1.在桌面上建立新的文件夹，将需要分析的样本复制到文件夹内（一个文件夹内放一个指标的所有样本，便于统一操作）；
2.运行软件
3.将桌面上的新建文件夹拖入Flowjo内（Drag Samples Here）
4两种方法处理
以Th17细胞（CD4/FITC，IL-17A/PE）为例
方法一：圈阳性细胞（更适用于两标记）
设置阴性对照样本
双击阴性对照样本（一般编号为001）出现以下窗口

4.1依次单击T→Use Log Axis,横轴、纵轴同样操作，出现细胞
4.2圈细胞：单击上面的正方形（或者椭圆或者四边形），在细胞上圈出较明亮的区域（无需更改命名）

4.3双击以上所圈细胞，弹出另一窗口
4.4选通道1：依次单击纵轴→Comp-FL1:: FL1 Log（1通道）
依次单击横轴FS:FS Lin，出现以下窗口

4.5圈CD4+T细胞细胞：用同样的方法在细胞群上方圈出CD4阳性区域），并命名为CD4，如下：

4.6圈IL-17A阳性细胞：双击以上所圈细胞，弹出另一窗口。用以上同样的方法圈出IL-17A阳性的T细胞，得到如下图

以上便为阴性对照的设置过程（注：因此样本为阴性对照，须保证双阳（CD4+ IL-17A）比率均小于1%（或2%））
5平行操作所有样本：将阴性对照的结果拖至上面的All Samples中，此时所有样本即被分析，如下：

方法二：画象限
设置阴性样本
4.1同上
4.2同上
4.3同上
4.4选通道1：依次单击纵轴→Comp-FL1:: FL1 Log（1通道）
选通道2：依次单击纵轴→Comp-FL2:: FL2 Log（1通道）
出现以下窗口：

4.5画象限：如下

注：保证双阳性区域值Q2小于1%（或2%）
5平行操作所有样本：将阴性对照的结果拖至上面的All Samples中，此时所有样本即被分析，如下：

（注：拖的是第一个样本标记的指标（CD4，IL-17A），而不是样本编号）
若为三种标记如Treg细胞（CD4/FITC,CD25/APC,Foxp3/PE），也应该用画象限的方法：先设置通道1，双击阳性区域后，在弹出的新窗口内设置通道2和通道4，这样就可以画象限找出三阳性区域了。
6.保存：依次点击File→Save to Excel以表格的形式保存到指定位置待作具体分析。

备注：1通道-FITC
2通道-PE
3通道-
4通道-APC
5通道-percyp7