用PhyML构建系统发育树.ppt

单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,*,PhyML,系统发育树构建,2012-11-28,1,PhyML,简介,PhyML,是采用最大似然法估计核苷酸或氨基酸序列系统发生分析的软件。,2,PhyML 3.0:new algorithms,methods and utilities,www.atgc-montpellier.fr/phyml/,3,PhyML,可以在线使用了,4,PhyML,分析序列步骤,一、输入的序列格式要求,二、,PhyML,中各项参数的设置及程序的运行,三、结果解释,5,一、输入的序列格式要求,要求为,phylip,格式，扩展名为“,.phy,”。序列可通过软件,ClusterX,或网页直接生成。将,fasta,格式的文件直接拷贝到网页上，即能形成。网址为：,www.ebi.ac.uk/cgi-bin/readseq.cgi,，,有两种序列展示方式，一种为交互式的，即,interleaved,，另一种为顺序式的，即,sequential,。如下图。一定要注意。因为后面的,PhyML,设置中，需要这一项参数设置。,6,二、,PhyML,中各项参数的设置及程序的运行,有四大步，进行参数的设置。如下。其中,Input Data,的格式要求见上一页。,7,下面几步以张延明做的为参考，自己做时，先用,jModelTest,算出最佳替代模型，如,GTR+I,。,其它的参数设置见下，并做相应的调整。,只是其中的,alpha,不知道是怎么得来的。,jModelTest,中，相应的,GTR+I,中没有,alpha,值。,对于其中的各参数的设置意义，见说明书。,8,数据输入,9,进入,Menu,：,Input Data,界面,此选项为序列信息：包括,DNA,或蛋白序列以有序列为交互或连续（？）。,不用设置,，输入,+,进入下一个,menu,10,进入,Menu,：,Substitution model,界面,这一步设置,进化模型,。,phyML3.0,可直接提供数种模型，每一个模型均代表一种碱基替代类型。,除,GTR,外，其它模型均可设置其中的具体参数,。同时还可以自已订置替代模型。,其中自己订置替代模型一般为通过,modeltest3.7,获得的最佳模型。,Ts/tv ratio,（,fixed/estimated,）,只在,K80,HKY85 or TN93 models,中选择才有意义。,Proportion of invariable sites(fixed/estimated),默认为,0.,The gamma shape,parameter can be fixed by the user or estimated via maximum-likelihood.,11,根据,modeltest3.7,软件选择出的最佳模型，需要自己定制进化模型，键入,M,多次将选项改为,custom,12,Custom,详细设置说明,这个选项为是否优化各碱基的比率，可以选是也可选否，影响不大,这个选项为自己设置或让程序自己估计碱基的比率，一般可以自己根据,modeltest3.7,获得的最佳模型修改。,以下为自己设置的方法及结果，先键入,E,，然后根据,AIC,标准选择模型提供的碱基比例依次键入。,13,四个碱基比例键入后，,E,选项变为,user defined,14,键入,K,，设置进化模型，为自己定制的模型起名字,15,根据,modeltest,结果依次键入碱基替代模型,16,自定义碱基替代模型成功,17,这一步设置可变位点的比例。,18,这一步设置碱基替代的类别数，默认为,4,，最佳一般为,6,*,这一步为设置是否优化替代参数，自己订置一定要选为,no,否则最终替代参数会与设置的有差异。,19,根据,modeltest3.7,获得的最佳模型中的数据修改,20,Substitution model,最终设置好示意图,21,进入,Menu,：,Tree Searching,界面,22,是否优化树的结构，选,Yes,起始树的类型，有三种，选默认,最优树的寻找方法的设置，有三种：,NNI,（最省时），,SPR,（最费时，但最能反应种的关系）,，,BEST,（上面两者的平衡），这个设置我们选,SPR,S,选项设置为,SPR,后出现,R,选项，更改为,Yes,23,进入,Menu,：,Branch Support,界面,24,对构建的系统发育树进行统计分析，也相当重要。,A,：表示用本软件自已的,3,个方法对结果进行统计分析（速度较快，但应用不广）（不推荐用）,B,：,bootstrap,分析，应用最广，相当费时，但可以接受，一般设置为,100,次。,25,Menu,：,Branch Support,选项设置完成,26,设置好后，输入,Y,，开始构建系统发育树。,27,系统发育树构建完成后文件夹内会多出以下文件。用,TreeView,软件打开,trees,文件查看系统发育树,28,我自己的运行结果文件如右图，说明见下：,29,Treeview,软件中打开生成的树，如下：,Treeview,软件下载：,taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html,30,