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分子生物学笔记
第一章 基因的结构
第一节 基因和基因组
一、基因(gene)
是合成一种功能蛋白或RNA分子所必须的全部DNA序列.
一个典型的真核基因包括
1编码序列—外显子(exon)
2插入外显子之间的非编码序列—内合子(intron)
35'-端和3'-端非翻译区(UTR)
④调控序列(可位于上述三种序列中)
绝大多数真核基因是断裂基因(split-gene)，外显子不连续。
二、基因组(genome)
一特定生物体的整套(单倍体)遗传物质的总和，
基因组的大小用全部DNA的碱基对总数表示。
人基因组3X1 09(30亿bp)，共编码约10万个基因。
每种真核生物的单倍体基因组中的全部DNA量称为C值，与进化的复杂性并不一致(C-value Paradox)。
人类基因组计划（human genome project, HGP）
基因组学（genomics）,结构基因组学（structural genomics）和功能基因组学（functional genomics）。
蛋白质组（proteome）和蛋白质组学（proteomics）
第二节 真核生物基因组
一、真核生物基因组的特点: ，
1真核基因组DNA在细胞核内处于以核小体为基本单位的染色体结构中.
2真核基因组中，编码序列只占整个基因组的很小部分(2—3％)，
二、真核基因组中DNA序列的分类 ?
(一)高度重复序列(重复次数>lO5)
卫星DNA(Satellite DNA)
(二)中度重复序列
1.中度重复序列的特点
1重复单位序列相似，但不完全一样，
2散在分布于基因组中.
3序列的长度和拷贝数非常不均一，
④中度重复序列一般具有种属特异性，可作为DNA标记.
⑤中度重复序列可能是转座元件(返座子)，
2.中度重复序列的分类
1长散在重复序列(long interspersed repeated segments.) LINES
2短散在重复序列(Short interspersed repeated segments) SINES
SINES:长度<500bp，拷贝数>105.如人Alu序列
LINEs:长度>1000bp(可达7Kb),拷贝数104-105，如人LINEl
(三)单拷贝序列(Unique Sequence)
包括大多数编码蛋白质的结构基因和基因间间隔序列，
三、基因家族(gene family)
一组功能相似且核苷酸序列具有同源性的基因.可能由某一共同
祖先基因(ancestral gene)经重复(duplication)和突变产生。
基因家族的特点:1基因家族的成员可以串联排列在一起，形成基因簇(gene cluster)或串联重复基因(tandemly repeated genes)，如rRNA、tRNA和组蛋白的基因；
2有些基因家族的成员也可位于不同的染色体上，如珠蛋白基因；
3有些成员不产生有功能的基因产物，这种基因称为假基因 (Pseudogene).
Ψa1表示与a1相似的假基因.
假基因分类。加工过的假基因(processed pseudogene)。
典型的基因家族
1.tRNA基因
单倍体人基因组中1300个tRNA基因，tRNA基因簇.
2.rRNA基因
>l00copy.rRNA基因簇(重复单元28S、18S、5.8s-rRNA)
3.组蛋白基因
30-40copy.定位:7q32-q36
组蛋白基因簇(重复单位:H1，H2A，H2B，H3、H4)
特点:无intron，Poly(A)- RNA.
4.珠蛋白基因
α类:16p13，基因簇(24Kb):5’—ζ—Ψζ—Ψα1—α2—α1—3’
β类:11p15，基因簇(60Kb):5’— ζ—Gr—Ar—Ψβ—δ—β—3’
四、超基因家族(Supergene family ，Superfamily)
由基因家族和单基因组成的大基因家族，结构上有程度不等的同源性，但功能不同.
五、人类基因组中的重复序列标记
1、A1u序列
单倍体人基因组50万-100万拷贝，平均每隔3-6Kb就有一个Alu序列，
人A1u序列长300bp:
2X130bp重复序列；
+31bp间隔序列(中间)；
两侧7-21bp正向重复(direct repeats)，返座子?
Alu序列广泛散布于人基因组，约90%巳克隆的人基因合有Alu序列
Alu序列标志。
2、可变数串联重复 ? ， ?
Variable number tamdem repeat， VNTR.
又称小卫星DNA(minisatellite DNA)
由短重复单位(6-40bp)串联重复(6-100次以上)而成，多位于基因的非编码区，广泛分布。
VNTR多态性—分子标记—DNA指纹图（fingerprint）.
小卫星DNA突变与肿瘤，H-Ras。
3、短串联重复（short tandem repeat,STR）
又称微卫星DNA（microstallite DNA）
2-6个核苷酸组成的重复单位串联重复(10-60次),两侧为特异的单拷贝序列，人基因组中每l0kb DNA序列至少一个STR序列。
{CA)n，50，000-100，000拷贝.
新一代遗传标记，人类基因组研究，肿瘤，遗传病.
第三节 线粒体基因组
人线粒体基因组的特点:
1、人线粒体基因组为16，569bp的双链闭环分子，一条链为重链(H链)，一条链为轻链(L链)，两条链均有编码功能，每个mtDNA分于编码13种蛋白质和24种结构RNA(22rRNA，2tRNA).
2、线粒体DNA为母系遗传.
3、结构基因不含内含子，部分区域有基因重叠，因此病理性mtDNA突变更易发生.
4、mtDNA突变频率更高.
5、线粒体DNA突变的表型表达与核DNA不同。
第四节 细菌和病毒基因组
一、细菌基因组的特点。
1.功能相关的几个结构基因往往串联在—起，受它们上游的共同调控区控制，形成操纵子结构，
2.结构基因中没有内含子，也无重叠现象。
3.细菌DNA大部分为编码序列。
二、病毒基因组的特点
1.每种病毒只有一种核酸，或者DNA，或者RNA；
2.病毒核酸大小差别很大，3X103一3X106bp；
3.除逆病毒外，所有病毒基因都是单拷贝的。
4.大部份病毒核酸是由一条双链或单链分子(RNA或DNA)，仅少数RNA病毒由几个核酸片段组成.
5.真核病毒基因有内含子，而噬菌体（感染细菌的病毒）基因中无内含子.
6.有重叠基因.
第五节 染色质和染色体
细胞分裂间期—染色质(chromatin)
分裂期—染色体(chromosome)
一、染色质的基本单位—核小体
(一)核小体(nucleosome)结构
DNA绕在组蛋白八聚体(H2A、H2B、H3、H4各一对)核心外1.8周(146bp),形成核小体核心颗粒。
两个核小体核心颗粒之间有Linker DNA(0-80bp)，
核小体核心颗粒+Linker=核小体(长180-210bp)
核小 体DNA Ladder.
(二)组蛋白(histone):一类小的带有丰富正电荷<富含Lys，Arg)的核蛋白，与DNA有高亲和力.
组蛋白分类:
1.核小体核心组蛋白，H2A，H2B，H3，H4。分子量较小(102-135aa)
作用:盘绕DNA形成核小体 。
2.H1组蛋白:较大(220aa)，作用:与Linker DNA结合后利于核小体稳定和更高级结构的形成? 。
二、染色质的高级结构
1、30nm染色质纤丝 ，
2、袢环结构(looped domain) 。
3、细胞分裂期染色体
分裂期染色体=一对姐妹染色单体（Chromatid)
有丝分裂中期46条染色体按大小和形状排列的的光学显微镜图像称为人的染色体核型(Karyotype)
三、染色体的结构要素 。
(一).着丝粒（centromere):细胞分裂时染色体与仿锤丝相连结的部位，为染色体的正常分离所必需。
(二).端粒(telomere):真核生物线状染色体分子末端的DNA区域
端粒DNA的特点:
1、由富含G的简单串联重复序列组成(长达数kb).
人的端粒DNA重复序列:TTAGGC。
2、端粒的末端都有一条12-16碱基的单链3’端突出。端粒的作用:防止DNA末端降解，保证染色体的稳定性和功能
（三）、复制原点
第二章 DNA的复制、修复和重组
第一节 DNA的复制(DNA Replication)
一、DNA复制的基本特性
1. 半保留性(Semi-Conservative)
Meselson-Stahl实验
2. 双向复制(一般)
复制起始点(origin)+两侧复制叉=复制单位(复制子, Replicon)
3.半不连续性(Semi-discontinuous)
前导链(leading strand)-连续合成
随从链(Lagging Strand)-不连续,由岗崎片段(okazaki fragment)连接而成.
二、DNA复制必需的成份(真核生物)
1.染色体DNA复制必需三种核苷酸序列1复制起点2着丝粒3端粒.
2. RNA引物(RNA Primer)
一般8-14nt.带游离3'-OH末端.
3.参加DNA复制的主要酶和蛋白质
1 DNA聚合酶(DNA Polymerase)
真核DNA复制的主要酶DNA Pol a/δ.
功能:从5'-3'方向延伸与模板互补的子代链.
2引发酶(Primase)
与其他多种蛋白组成多蛋白复合体-引发体(Primosome).催化RNA引物合成和复制起始.
3DNA连接酶(DNA Ligase)
催化一个双链DNA的5'磷酸与另一双链DNA的3'-OH形成磷酸二酯键.
④DNA解链酶(DNA Helicase),打开DNA双链.
⑤增殖细胞核抗原(Proliferating cell nuclear antigen.PCNA)
辅助催化前导链合成.
⑥端粒酶(Telomerase)
末端复制问题。
端粒酶负责染色体末端(端粒)复制,是由RNA和蛋白质组成的核糖核蛋白.其中的RNA成分是端粒复制的模板.(因此端粒是逆转录酶)
作用:维持端粒长度.
端粒酶活性可用基于PCR的“TRAP”（Telomerase repeat amplification protocol）法测定（Kim,N et al.,science,266,2011-2014(1994)
端粒与细胞寿命。
端粒、端粒酶与肿瘤的关系:绝大多数恶性肿瘤具有端粒酶活性但端粒缩短，但也有约5%的肿瘤无端粒酶活性且端粒较长。
端粒酶作为新的肿瘤标志和肿瘤治疗靶点.
第二节 DNA修复（DNA repair）
DNA修复是维持基因组完整性的重要机制，在保护基因组避免发生可能导致肿瘤或遗传疾病的突变中起关键的作用。
引起DNA损伤的因素:
1、 细胞内源性损伤因素:
DNA复制错误；自发损伤包括碱基互变异构、碱基脱氨（C→U、A→I）和碱基丢失等；氧化代谢副产物如活性氧物质（Reactive oxygen species，ROS）的攻击等。
2、 环境中的损伤因素:
辐射（含紫外线、X射线）产生胸腺嘧啶二聚体；化学致癌物（氧化脱氨，烷化剂或代谢活化物如苯并芘、黄曲霉素等产生碱基加合物）
一、碱基切除修复(Base excision repair、BER)
该途径中最关键的是必须通过一种糖苷酶(glycosylase)先除去变异碱基(如被氧化、烷基化或脱氨的碱基)，该糖苷酶催化连接损伤碱基与脱氧核糖之间的糖苷键水解，释放游离碱基并在DNA中产生一个去碱基位点，然后由去嘌呤/去嘧啶(AP)核酸内切酶、DNA聚合酶和DNA连接酶等利用相对的一条正常链为模板进行修补合成。
BER途径中的重要糖苷酶:
(1)尿嘧啶DNA糖苷酶(UDG)，从DNA中除去尿嘧啶碱基；
(2)3—甲基腺嘌吟(3MeA)DNA糖苷酶，可修复烷化剂产生的损伤；
(3)负责修复DNA氧化损伤的糖苷酶（如Fpg/MutM DNA糖苷酶）
BER是修复内源性DNA损伤(自发水解、烷基化和活性氧攻击)的主要途径，因此对于降低自发突变的频率、防止肿瘤发生有重要作用。
二、核苷酸切除修复(Nucleotide excision repair，NER)
首先由多聚体复合物识别损伤，再在损伤的两侧进行切除。随着DNA链被解开，包含损伤的单链片段释放出来，留下的缺口由DNA聚合酶填补，DNA连接酶封闭。该途径包括20种以上蛋白，可以修复紫外辐射诱导的环丁烷嘧啶二聚体(CPD)和(6—4)光产物((6—4)PPs)，以及一些化学物质产生的大加合物。
人的NER系统有关基因及其蛋白质产物功能。
NER系统缺陷与着色性干皮病（Xeroderm pigmentosum,XP）
NER可再分为二条子途径:
(1)全基因组修复(Global Genomic repair，GGR)途径:修复整个基因组内的损伤，其效率取决于损伤的化学特性、损伤部位的DNA序列和染色质结构。
(2)转录藕联修复(Trancsription—coupled repair，TCR，):特异地修复基因组中具有转录活性(即表达)的基因的被转录DNA链上的损伤，该途径的 特点是依赖RNA聚合酶II催化的转录，其中的一些蛋白是普通转录因子TFIIH 的亚基。
三、错配修复(Mismatch repair)
负责修复DNA复制过程中由于错误掺入而产生的错配。
STR序列复制-模板链的滑动产生小的环状突出(loop)- 重复序列扩张（expansion）或丢失:微卫星不稳定性（microsatellite instability）
E coli中的MMR途径需要mutS,mutH,mutL和uvrD基因产物和特异性核酸外切酶、DNA聚合酶和DNA连接酶等。在酵母和人类已鉴定了mutS,mutH的多种同源物。遗传性非息肉性结肠癌（HNPCC）基因缺陷。
微卫性不稳定与肿瘤。新的肿瘤基因诊断标志。
四、重组修复(Recomhinant repair)
修复DNA的两条链均受损伤的部位的双链断裂或链间交连。
Further readings:
1 Wood RD，DNA repair in eukaryotes，Ann Rev Biochem，1996，65:135—167
2 Krokan HE,et a1., DNA glycosylase in the base excision repair of DNA.Biochem J，1997，325:1—16
3 Vrieling H，et a1., Transcription coupled repair and its impact on mutagenesis，Mutation Res，1998，400:135—142
第三节 重组(recombination)重组的本质是基因的重排或交换.即2个DNA分子间或一个DNA分子的不同部位间,通过断裂和重接,交换DNA片段从而改变基因的组合和序列.
一.同源重组(Homologous recombination)
指DNA同源序列间的重组,常发生于两个较长的同源DNA片段或同源染色体之间。 可通过同源重组将外源基因定位整合到细胞基因组中.
二.转座(transposition)
可移动的DNA元件(mobile DNA elements)
-转座元件(Transposable element).它是指那些可在DNA分子内
或DNA分子间转移的DNA片段.
转座元件的转移过程-转座
转座的特点:
1.转座后原来位置的转座元件序列仍然保留,但同时又把新合成的DNA 复本插入到另外一个位点.
2.转座过程需要转座酶(transposase).它催化断裂和重接两步连续的 过程(需要M2+)
3.转座元件插入位置的两茶有3-12bp的正向重复序列(靶序列),它是由于转座酶错位切割DNA造成的.这种短正向重复序列是存在转座元件的特征.
转座元件的分类
1转座子(transposon):通过DNA复制而转移的转座元件.
2逆转座子(retroposon)或返座子,通过RNA阶段实现转移的转座元件 (DNA→ RNA→ DNA→ 插入新位点)
逆转座子例:Alu.LINE1.逆假基因(retro-pseudogene)
转座的遗传效应-导致基因重排、插入、缺失。
第三章 基因表达的调控
基因表达:DNA→mRNA→蛋白质的遗传信息传递过程
基因表达的调控
第一节 基因的活化
基因的“开关”-染色质的活化
一、活性染色质的结构
间期核染色质:
异染色质(heterochromatin)，高度压缩(不转录)；
常染色质(euchromatin)，较为松散，
常染色质中约10%为活性染色质(更开放疏松)。
活性染色质→←非活性染色质
二、活性染色质的结构特点
(一)DNaseI敏感性
转录活性(或有潜在转录活性)的染色质对DNase I更敏感.
DNase I超敏感位点(DNase I HyperSensitive Sites，DHSS)
(二)组蛋白H3的CyS110上巯基暴露，
三、活性染色质结构的形成
（一)、核小体位相(Phased positioning)
1.核小体的旋转定位(rotational positioning)
指核小体核心与DNA双螺旋在空间结构中的相互关系，主要包括DNA双螺旋的大沟是面向还是背向核心结构. ‘
2.核小体的平移定位(translational positioning)
指核小体与特定DNA序列的结合位置和方式，特别是转录活性相关的DNA调控元件（启动子、增强子等）序列与核小体的相互位置关系。
(二)、组蛋白修饰
1.H1组蛋白磷酸化
促进染色体包装，影响转录活性，
2.核心组蛋白修饰
乙酰化:常发生在组蛋白的Lys，
一般活性染色质是高度乙酰化的。
（三)HMG蛋白结合
HMG（high mobility group)蛋白—高迁移率蛋白, 如HMG14/HMG17.
与核小体核心颗粒结合，有利转录。
四、DNA甲基化与基因表达 .
(一)、真核生物基因组DNA的甲基化(Methylation)
哺乳动物基因组中5%的C为甲基化(m C)，mC主要存在于CpG二核苷酸中.
CpG二核苷酸序列常成簇聚集并零散地分布于人基因组中，形成CpG岛(CpG islands).人基因组中约每10Kb就有一个CpG岛.
CpG岛常与基因相连(可作为寻找基因的标记)。
(二)DNA甲基化的转录抑制作用。
基因表达与甲基化呈负相关
基因甲基化状态:
1、高度甲基化: 基因为持续失活(如女性的一条X染色体；
2、诱导去甲基化:如组织或发育阶段特异性表达基因；
3、持续低水平甲基化:具有转录活性(如持家基因)。
持家基因(housekeeping gene): 是指对所有类型组织细胞在任何时候都需要其表达的基因，通常都是维持细胞基本生存所必须的基因，其表达常保持在固定的水平。又称为组成性基因(Constitutive gene)。
（三）甲基化与基因组印迹
基因组印迹(genomic imprinting):指基因表达活性只局限于来自双亲之一的基因版本。
被印迹(imprinted)的基因.
基因组印迹的机制--DNA高度甲基化
基因组印记与肿瘤.
第二节 转录水平的调控
转录水平的调控是基因表达调控中最重要的环节。
一、真核基因转录基本条件:
特异性基因转录的基本条件包括:
1启动子(特别是核心启动子)
2转录模板(转录起始点（+1）---终止点)
3RNA PolⅡ
④普通转录因子(GTFs)
(一)启动子(promoter)
与基因转录启动有关的一组DNA序列，一般位于RNA poII转录起始点上游100-200bp以内，其功能是决定转录的起始点和调控转录频率.
启动子区域包括核心启动子和启动子上游近侧序列:
1、核心启动子(core promoter)
是决定转录起始位置的关键序列，也是普通转录因子TFⅡD的结合位点，
1TATA盒(TATA box) 位于转录起始点上游-25～-30bp.2起始子(initiator，Inr) Inr是与转录起始位点重叠的短的较保守序列.
注:1不是所有基因都含有TATA盒或Inr序列.有的只有其中之一，有的两者都无.
2这些核心启动子的序列和它们之间的间隔多变
2、上游启动子元件(Upstream Promoter element，UPE)
位于较上游(-30一-110bp)，能较强影响转录起始的频率，如CAAT 盒和GC盒.其中GC盒是转录因子SPl的结合位点。
(二)RNA聚合酶Ⅱ
负责真核生物蛋白编码基因的转录(产物mRNA)，有7-10个亚基，最大亚基的羧基末端结构域(CTD)具有7个氨基酸(Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser -Pro-Set)的重复序列，其中有多个磷酸化位点.CTD磷酸化对调控基因转录有重要作用.
(三)基础转录因子(basal transcription factor)
真核基因转录除RNA聚合酶外还需要许多蛋白因子—转录因子参加，其中一些转录因子是RNA聚合酶Ⅱ转录起始必需的，并且可以维持基础水平的转录，因此称为基础转录因子或普通转录因子(general transcription factor)
1.RNA聚合酶 II的普通转录因子(TF II)
包括TFIID,TFⅡB,TFIIF，TFIIE，TFIIH，TFIIA等.
TFIID是由TATA盒结合蛋白(TATA binding protein，TBP)和8种TBP协同因子(TBP associated factor，TAF)组成的复合物，TFIID可识别和结合核心启动子(TATA盒和Inr)；
TFⅡB的C端与TFIID和DNA的复合物结合，N-端与TFⅡF协同作用募集RNA聚合酶II，再加上TFIIE,TFIIH形成完整的转录复合物.
TFIIH有蛋白激酶活性，可使RNA Pol最大亚基CTD磷酸化，使转录起始过渡到转录延伸.
TFIIA有助于TFIID与TATA盒核心启动子结合.
2、TAF的作用
TFIID中包括至少8种TBP协同因子,分子量为30—250kD,分别命名为TAFⅡ-30～250.
TAFⅡ150识别起始子(1nr)序列.
TAF是基因转录调控的辅助因子，它的作用是通过与多种转录调控因子（激活物或阻遏物）的转录调控结构域结合，而介导转录激活或抑制。
二、基因转录的顺式调控元件
顺式调控元件(cis-regulating element)是指对基因表达有调控活性的DNA序列，其活性只影响与其自身同处于一个DNA分子上的基因.
顺式调控元件中的短核心序列:共有序列或一致序列（consensus sequence)。
(一)启动子(promoter)
(二)增强子(enhancer)
能显著提高基因转录效率的一类顺式调控元件（其核心序列常为8-12bp).
增强子的作用特点:
1.能(通过启动子)提高同一条链上的靶基因转录速率；
2.增强子对同源基因或异源基因同样有效；
3.增强子的位置可在基因5’-上游、基因内或3’下游序列中；
4.自身没有5’-或3’-方向性；
5.增强子可远离转录起始点(最多30Kb)；
6.增强子一般具有组织或细胞特异性.
(三)负调控元件—沉寂子
负调控元件是能抑制基因表达的序列.如沉寂子(silencer)
(四)其它顺式调控元件1.应答元件(responsive elements)
真核细胞中对某些特定的环境作出应答的基因，常具有相同的顺式元件—应答元件.
应答元件能被在一些特定情况下表达的调控因子识别(又称为可诱导的顺式调控元件/反式作用因子)。
2.转座元件对基因表达的调控， 。
三、基因转录的反式作用因子
转录水平的调控主要是通过与多种DNA元件结合的蛋白因子来实现.
反式作用因子(trans-acting factor)是通过识别和结合顺式调控元件的核心序列而调控靶基因转录效率的一组蛋白质.
反式作用因子对基因表达的调控可正(激话)可负(阻遏).
(一)反式作用因子的结构:
结构域(domain)是指蛋白质中可以具有独立的超二级结构的部分。通常由一个基因外显子编码，并可具有特定的功能。在较大的蛋白质中， 多个结构域间可通过较短的多肽柔性区互相联接.
基序(motif):一般指构成任何一种特征序列的基本结构.作为结构域中的亚单元，其功能是体现结构域的多种生物学作用.
1.反式作用因子的DNA结合结构域(DNA binding domain)中的几种常见基序:
1螺旋/转角/螺旋（Helix-turn-helix,HTH）基序
两段螺旋被一短的转角结构分开，其中一段螺旋为DNA识别螺旋.
同源异形结构域(Homeodomain，由同源异形盒编码)中含有HTH基序。具有Homeodomain的转录调控蛋白在胚胎发育和正常细胞分化的基因表达调节中有重要作用。
2锌指(Zinc finger)基序
由肽链的保守序列中的一对组氨酸加一对半胱氨酸(His2/Cys2)或2对半胱氨酸(cys2/cys2)与一个锌离子形成配位键，这些氨基酸对之间的多肤链成环状突出并折迭成指形结构，多个指结构常串联重复。
锌指族转录因子以二聚体形式同DNA上的顺式调控元件结合。
含锌指基序的转录因子:与GC盒结合的SPl、类固醇激素受体家族，抑癌蛋白WT1等。
3亮氨酸拉链(Leucine-Zipper)基序
由一段每隔6个a a 就有一个Leu的伸展肽链组成，这些周期性出现的Leu都位于α—螺旋的同—侧面，因此两条均含Leu拉链基序的蛋白质通过亮氨酸侧链的相互作用形成二聚体。
具有亮氨酸拉链基序的转录因子:原癌基因C-Jun/C-fos(APl家族)
④螺旋-环-螺旋(Helix-loop-Helix，HLHt)基序.
由2个α螺旋间隔一个非螺旋的环(loop)组成.
如原癌基因产物C-myc及其结合蛋白Max.
含HLH和Leu-拉链基序的转录因子的相似性:
1均至少含有一个α螺旋，其中都有一侧亲水面和一侧疏水面，因此这两种基序又称为两亲α—螺旋基序.
2两类转录因子均依靠α螺旋氨基端附近的碱性区（带正电荷aa区）与DNA结合，因此又分别称为bzip和bHLH （b=basic，碱性)
3两类转录因子活性都依赖于二聚体化
2、反式激活结构域(Transactivation domain) ‘
是反式作用因子的转录调控结构域，一般由DNA结合结构域外的30-100个aa组成.
常见的反式激活域有以下几种:
1酸性α谨螺旋结构域(acidic a-Helix domain)如Jun；
2富含谷氨酰胺结构域(glutamine—rich domain)如SPl.
⑧富含脯氨酸的结构域(proline-rich domain)。
(二)反式作用因子家族
同一类序列特异性转录因子一般由基因家族编码，它们的蛋白结构同源，并结合特异的顺式调控元件，这些蛋白组成一个反式作用因子家族。
1.POU家族
这一家族中都有一个独特的DNA结合结构域-POIJ结构域.
POU结构域包括:
N端POU特异结构域(POUs)+C端POU同源异形结构域(POUH）.
POU结构域是Pit1，octl/oct2和unc86等反式作用因子共有的保守区，因此这类蛋白统称为POU结构域蛋白。
2、类固醇激素受体家族
包括:糖皮质激素受体(GR），性激素受体(ER/AR)，甲状素激素受体 (TR)，维甲酸受体(RAR)，VitD3受体(VD3R).
这些受体位于胞质或核内，通过激活基因转录起作用.这些受体的DNA结合结构域都含有2个Cys2/Cys2型锌指基序，(分别由2个外显子编码)，可识别DNA上的激素应答元件(HRE:Hormone responsive elements)
3、NF-κB家族
包括RelA(P65)，P60，RelB，C-Rel，P50五种.主要是P50/RelA异二聚体.
胞质中P50/RelA?Iκ B抑制蛋白(失活状态)→释放Iκ B而被激活→易位至核内→激活转录。
第三节 转录后加工
在细胞核内对基因产物(mRNA前体)进行各种修饰、剪接和编辑，使编码蛋白质的外显子部分连接成为一个连续的开放读框(open reading frame，ORF)的过程称为转录后加工.
一、mRNA前体加工的分子机制 -
核内mRNA前体—异质性核RNA(heterogeneous nuclear RNA，hnRNA)，
hnRNA与蛋白质结合形成核异质性核糖核蛋白(hnRNP), mRNA前体的加工在hnRNP上进行.
(一)5’-端加帽(capping)
—mRNA前体的5’-端加甲基化鸟苷(m7pppN)
5’端m7G帽子结构的作用:
1.使mRNA更稳定
2.增加蛋白质合成的效率
3.帽子结构对mRNA前体的剪接是必需的
（二)3’-端接多聚腺苷(poly(A))
—在mRNA前体3’端接上一个约200—250个腺嘌呤核苷酸(A)的尾巴。
poly(A)尾巴的作用:
1.有利于mRNA通过核孔；
2.参与稳定mRNA；
3.增强翻译效率。
（三)mRNA前体的剪接
剪接(sp!icing)—剪除内含子，并将外显子连接
1.真核内含子的序列特征:
真核内含子总是由Gu开始，以AG结束，
内含子的5’-端剪接点(供位)和3’-端剪接点(受位)，以及内含子中的一个内部序列分支点（branch site)是mRNA前体正确剪接所必需的。
2.mRNA前体的剪接机制
-剪接过程由二步连续的转酯反应组成.该过程中产生一个套索状中间体（ lariat intermediate)，结果使2个原先被分隔的外显子连接。
3.剪接体(spliceosome)细胞核内的小分子RNA(一般≤300碱基)—SnRNA（small nuclear RNA)，包括U1—U6等。 snRNA与特异的蛋白质形成复合物-SnRNP.mRNA前体与snRNP形成的复合物—剪接体.mRNA前体的剪接通过剪接体进行。
U2，U6，U4/U6 SnRNP等是活性剪接体的主要成份.
(四)RNA编辑(RNA editing)
是一种与mRNA剪接不同的加工方式，指mRNA在转录后因插入、缺失或核苷酸的替换，改变了DNA模板来源的遗传信息，从而翻译出氨基酸序列不同的多种蛋白质，
RNA编辑的例子:apo—B的编辑:C→U替换。
二、内含子的选择性剪接
选择性剪接(alternative splicing):在mRNA前体的剪接过程中，参加剪接的外显子可以不按其线性次序剪接，内含子也可以不被切除而保留，即一个外显子或内含子是否出现在成熟mRNA中是可以选择的，这种剪接方式称为选择性剪接。此外，不同的启动子或不同的poly(A)加尾位点的选择，也可看作选择性剪接.
选择性剪接的主要方式。
由来自一个基因的mRNA前体因选择性剪接而产生多种mRNA，并翻译出的不同蛋白质，称为同源异构体(isoform).
>5%的人基因可在不同的组织或生理状态下，通过选择性剪接产生不同的蛋白质异构体，这是造成真接生物高度异质性的基础。
第四节 翻译水平调控
一、翻译起始因子(IF)的调节:可逆磷酸化的作用.
1.eIF-4F的磷酸化激活蛋白质的合成.
2.eIF-2的磷酸化引起翻译起始受阻，降低蛋白质的生物合成水平
二、mRNA结构与翻译控制 ，
（一)5’-UTR结构
1、mRNA5’端m7G帽有增强翻译水平的作用.
2、“上游AUG密码子”(位于起始AUG上游的其他AUG密码子)的存在往往抑制下游开放读框的翻译效率.
3、起始AUG旁侧序列对翻译效率的影响.Kozak序列:GCCAUGG
(二)3’-UTR结构
1.poly(A)尾增加翻译效率
2.富含UA序列抑制翻译。
三、mRNA稳定性与翻译控制
mRNA稳定性主要取决于3’—UTR结构
1.poly(A)尾增加mRNA稳定性，
2.3’-UTR中UA序列导致mRNA不稳定.
四、翻译后修饰
1、 氨基酸侧链的共价修饰:乙酰化、磷酸化、糖基化（N-、O-）；
2、 蛋白质前体的切割和成熟。Proprotein→protein.例:胰岛素的成熟。
五、蛋白质的分泌和胞内定位
信号肽:作为蛋白质定位信号的短肽序列，指导蛋白质运输到正确位置，定位结束后通常被特异的信号肽酶切除。
常见几种信号肽的特点:
1内质网和细胞分泌信号:N-端约20个左右氨基酸，疏水。
2 线粒体定位信号:N-端，一面为正电残基另一面为疏水残基的两亲α螺旋。
3 核定位信号:内部，常为碱性氨基酸加脯氨酸链两部分构成。第四章 原癌基因与抑癌基因
第一节 概述
病毒致癌作用，病毒癌基因Viral oncogene，V-onc).。
细咆癌基因(cellular oncogene ，c-onc)或原癌基因(protoncogene)
—正常细胞中与v-onc同源的基因，
抑癌基因(tumor suppressor gene):是指由于其存在和表达而抑制细胞癌变的基因。
原癌基因与抑癌基因生物学性质差异:
1.功能:抑癌基因在细胞生长中起负调节作用，抑制增殖、促进分化成熟与衰老，或引导多余细胞进入程序性细胞死亡(PCD)，原癌基因的作用则相反.
2.遗传方式:原癌基因是显性的，激活后即参与促进细胞增殖和癌变过程，而抑癌基因为隐性，只有发生纯合失活时才失去抑癌功能.
3.突变的细胞类型:抑癌基因突变不仅可发生在体细胞中，也可发生在生殖系(germ 1ine)细胞中，并通过其遗传突变，而原癌基因只在体细胞中产生突变。
第二节 原癌基因
原癌基因是细胞的正常基因，其表达产物对细胞的生理功能极其重要，只有当原癌基因发生结构改变或过度表达时，才有可能导致细胞癌变。
一、原癌基因表达的特点:
l、正常细胞中原癌基因的表达水平一般较低，而且是受生长调节的，其表达主要有三个特点:1具有分化阶段特异性；2细胞类型特异性； 3细胞周期特异性。
2、肿瘤细胞中原癌基因的表达有2个比较普遍和突出的特点:
1一些原癌基因具有高水平的表达成过度表达?
2原癌基因的表达程度和次序发生紊乱，不再具有细胞周期特异性。
3、细胞分化与原癌基因表达 .
在分化过程中，与分化有关的原癌基因表达增加，而与细胞增殖有关的原癌基因表达受抑制。
二，原癌基因的结构改变与其表达激活
(一)点突变
C--ras:12、13、61位密码子点突变，存在于多种肿瘤.
C-ras编码蛋白(21kD,P21):RAS，是一种GTP结合蛋白，具GTP酶活性，是重要的信号转导分子.
(二)染色体易位
染色体易位(translocation):是染色体的一部分因断裂脱离，并与其它染色体联结的重排过程。
因染色体易位造成的原癌基因激活:
1、 因易位使原癌基因与另一基因形成融合基因，产生一个具有致癌活性的融合蛋白，
如t(9:22)使c-abl与bcr融合，产生一个致癌的P210蛋白
2、因易位面使原癌基因表达失控，如t(8:14)易位使c-