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AFLP分子标记实验
扩增片段长度多态性Amplified fragment length polymorphism（AFLP）是在随机扩增多态性（RAPD）和限制性片段长度多态性（RFLP）技术上发展起来的DNA 多态性检测技术，具有RFLP技术高重复性和RAPD技术简便快捷的特点，不需象RFLP分析一样必须制备探针，且与RAPD标记一样对基因组多态性的检测不需要知道其基因组的序列特征，同时弥补了RAPD技术重复性差的缺陷。同其他以PCR为基础的标记技术相比，AFLP技术能同时检测到大量的位点和多态性标记。此技术已经成功地用于遗传多样性研究，种质资源鉴定方面的研究，构建遗传图谱等。
其基本原理是：以PCR(聚合酶链式反应)为基础，结合了RFLP、RAPD的分子标记技术。把DNA进行限制性内切酶酶切，然后选择特定的片段进行PCR扩增(在所有的限制性片段两端加上带有特定序列的“接头”，用与接头互补的但3-端有几个随机选择的核苷酸的引物进行特异PCR扩增，只有那些与3-端严格配对的片段才能得到扩增)，再在有高分辨力的测序胶上分开这些扩增产物，用放射性法、荧光法或银染染色法均可检测之。

一、 实验材料
采用青稞叶片提取总DNA。

二、 实验设备
1.美国贝克曼库尔特CEQ8000毛细管电泳系统，
2.美国贝克曼库尔特台式冷冻离心机，
3.美国MJ公司PCR仪，
4.安玛西亚电泳仪等。

三、 实验试剂
1. 试剂：请使用高质量产品，推荐日本东洋坊TOYOBO公司的相关产品。
DNA提取试剂盒；
EcoRI酶,MseI酶，T4连接酶试剂盒；
Taq酶，dNTP, PCR reaction buffer；
AFLP引物；
琼脂糖电泳试剂：琼脂糖，无毒GeneFinder核酸染料替代传统EB染料；
超纯水（18.2MΩ·cm）
2．其他实验需要物品
微量移液枪（一套）及相应尺寸Tip头,PCR管,冰浴等。

四、 实验流程
1、 总DNA提取
使用DNA提取试剂盒提取植物基因组DNA，通过紫外分光光度计检测或用标准品跑胶检测。一般来说，100ng的基因组DNA作为反应模板是足够的。
2、 EcoR1酶消化（20ul体系/样品）
EcoR1 1ul (10U/ul)
10×Buffer 2ul 37℃ 2hrs 65℃ 30min终止反应
sample(总DNA) 5ul
ddH2O 12ul
3、 Mse1酶消化（20ul体系/样品）
Mse1 2ul（1U/ul）
10×Buffer 2ul
sample(EcoR1酶切产物) 15ul 65℃ 2hrs 80℃ 30min终止反应
ddH2O 1ul
4、 T4 DNA Ligase（20ul体系/样品）
T4 DNA Ligase 2ul(1U/ul)
10×Buffer 2ul
sample(双酶切产物) 10ul
Mse1 Adaptor 1ul 22℃ 3hrs 65℃ 10min终止反应
EcoR1 Adaptor 1ul
ddH2O 4ul
5、 预扩增（20ul体系/样品）
sample 4ul
Primer(Mse1/EcoR1) 1ul
AFLP Core Mix 15ul
* AFLP Core Mix 配方：
ddH2O 13.8ul
MgCl2 1.6ul
dNTPs(2.5mM) 1.6ul
Taq酶(1U/ul) 1ul
10×Buffer 2ul
预扩增程序：
94℃ 2min
94℃ 20s
56℃ 30s 20cycles
72℃ 2min
60℃ 30min
6、选择性扩增（20ul体系/样品）
sample 4ul(预扩增产物稀释20倍)
Primer(Mse1-XXX/EcoR1-XXX) 1ul
AFLP Core Mix 15ul
选择性扩增程序：
94℃ 2min
94℃ 20s
66℃ 30s 每循环降1℃，共10个循环
72℃ 2min
94℃ 20s
56℃ 30s 20个循环
72℃ 2min
60℃ 30min
7、产物电泳检测
上样液：Loading Buffer 20ul
Size standard-600 0.2ul
Sample 3ul(稀释10倍)

四、实验结果与分析
本实验使用贝克曼库尔特（BeckmanCoulter）公司CEQ8000遗传分析系统，运用先进的荧光标记技术和毛细管电泳分离技术进行实验，扩增产物在高分辨率毛细管中电泳分离，采用激光激发荧光采集数据，灵敏度极高，电泳结果通过软件自动统计分析并转换成“0、1”矩阵，便于对结果进一步深入分析研究，整个电泳、数据采集和数据分析过程由软件来控制完成，最大程度避免了人工操作造成的误差，提高了数据的可靠性。
产物电泳数据采集在CEQ8000遗传分析系统上进行（图1），得到的数据（图2）用第三方软件再进一步统计分析。
图1 AFLP分子指纹图谱

图2 AFLP“0、1”矩阵图

AFLP操作流程图：
总DNA

EcoR1酶切

Mse1酶切

连接接头

预扩增

选择性扩增
优化
电泳检测

数据分析

附录1：常用的8对AFLP选择性扩增引物：
E-AGG: 5-GACTGCGTACCAATTCAGG-3
E-ACG: 5-GACTGCGTACCAATTCACG-3
E-AAC: 5-GACTGCGTACCAATTCAAC-3
E-ACA: 5-GACTGCGTACCAATTCACA-3
E-AGC: 5-GACTGCGTACCAATTCAGC-3
E-ACT: 5-GACTGCGTACCAATTCACT-3
E-AAG: 5-GACTGCGTACCAATTCAAG-3
E-ACC: 5-GACTGCGTACCAATTCACC-3

M-CAA: 5-GAT GAG TCC TGA GTA ACAA-3
M-CAC: 5-GAT GAG TCC TGA GTA ACAC-3
M-CAG: 5-GAT GAG TCC TGA GTA ACAG-3
M-CTA: 5-GAT GAG TCC TGA GTA ACTA-3
M-CAT: 5-GAT GAG TCC TGA GTA ACAT-3
M-CTC: 5-GAT GAG TCC TGA GTA ACTC-3
M-CTG: 5-GAT GAG TCC TGA GTA ACTG-3
M-CTT: 5-GAT GAG TCC TGA GTA ACTT-3

附录2：AFLP传统垂直板电泳(银染法检测)介绍：
原理与方法同前，区别：1.选择性扩增引物不带荧光标记；2.电泳方法不同，采用测序胶垂直板电泳；3.电泳结果采用银染法，比较直观，但条带的统计与分析全人工化，工作量大，银染法灵敏度比荧光标记法要低。
示例：下图为玉米(maize)DNA的AFLP图谱。

Panel A: AFLP fingerprints of control maize DNA using EcoR1 primer E-AGG with eight Mse1 primers: M-CAA (1), M-CAC (2), M-CAG (3), M-CAT (4), M-CTA (5), M-CTC (6), M-CTG (7), and M-CTT (8).
Panel B: AFLP fingerprints of control maize DNA using Mse1 primer M-CAG with eight EcoR1 primers: E-AAC (a), E-AAG (b), E-ACA (c), E-ACT (d), E-ACC (e), E-ACG (f), E-AGC (g), and E-AGG (h).