微生物的分类与鉴定.pptx

Chap.12微生物的分类和鉴定微生物的分类和鉴定.1.1通用分类单元通用分类单元通用分类单元通用分类单元.2.2微生物在生物界的地位微生物在生物界的地位微生物在生物界的地位微生物在生物界的地位.3.3各大类微生物的分类系统纲要各大类微生物的分类系统纲要各大类微生物的分类系统纲要各大类微生物的分类系统纲要.4.4微生物的鉴定微生物的鉴定微生物的鉴定微生物的鉴定 Chap.12微生物的分类和鉴定微生物的分类和鉴定微生物分类学（微生物分类学（microbialtaxonomy）分类分类:在研究微生物相似性的基础上，把每一微生物编在研究微生物相似性的基础上，把每一微生物编排在一定的分类单元中，制定出检索表。排在一定的分类单元中，制定出检索表。鉴定：运用现代分类系统，通过具体菌株描述，给鉴定：运用现代分类系统，通过具体菌株描述，给未知物一个具体的分类位置。未知物一个具体的分类位置。命名：按照国际命名法规，给每个新的分类群一个命名：按照国际命名法规，给每个新的分类群一个新的学名。新的学名。（一）种的概念（一）种的概念种种(species)：微生物的基本分类单位，具有许多共：微生物的基本分类单位，具有许多共同特征的菌株的集合。同特征的菌株的集合。典型菌株（典型菌株（typestrain）模式种（模式种（typespecies）亚种亚种型、菌株型、菌株.1通用分类单元通用分类单元细菌新种发表的要求细菌新种发表的要求1）在）在IJSB上发表上发表2）国内发表应送副本给）国内发表应送副本给IJSB编辑，以获编辑，以获有效目录公布有效目录公布3）提供模式种）提供模式种4）符合命名法规要求）符合命名法规要求5）符合优先律）符合优先律菌种保藏中心与菌种目录菌种保藏中心与菌种目录ATCC：美国典型菌种保藏中心：美国典型菌种保藏中心CCTCC：中国典型菌种保藏中心：中国典型菌种保藏中心：-下设：下设：CCGMC、ACCC、CICC、CMCC等等6个中心个中心-菌种目录及菌种保藏和购买菌种目录及菌种保藏和购买二、学名的命名及有关法规二、学名的命名及有关法规 双名法：双名法：Bacillus subtilis三名法：三名法：Acetobacter pasteurianussubsp.pasteurianus名字的应用：名字的应用：Bacillus subtilis CMCC63501Bacillus subtilis Cohn1874Bacillus sp.Bacillus spp.缩写：缩写：B.subtilis.2微生物在生物界的地位微生物在生物界的地位五界系统：五界系统：三域学说三域学说真核生物起源的内共生学说真核生物起源的内共生学说古细菌生物学特征：古细菌生物学特征：.3各大类微生物的分类系统纲要各大类微生物的分类系统纲要一、细菌、古生菌分类系统纲要一、细菌、古生菌分类系统纲要BergeysManualofSystematicBacterialogy1,2版版BergeysManualofDeterminativeBacterialogy19版版1.古生菌：古生菌：系统手册系统手册（二版）（二版）原核生物原核生物-古生菌界（古生菌界（2门门63属属208种）种）-泉古生菌门泉古生菌门-广古生菌门广古生菌门-细菌界细菌界2.细菌的分类细菌的分类系统手册系统手册（一版，（一版，19841989年，共年，共4卷）卷）卷卷类型类型群（群（Section）主要代表主要代表Vol.1G-111section肠杆菌，假单孢肠杆菌，假单孢菌，菌，Vol.2G+1217section芽孢杆菌，梭菌，芽孢杆菌，梭菌，Vol.3古生菌等古生菌等1825section甲烷菌，嗜盐菌，甲烷菌，嗜盐菌，光合细菌光合细菌Vol.4产孢放线菌产孢放线菌2633section链霉菌链霉菌3.真菌（真菌（Fungi）的分类系统）的分类系统Ainsworth系统系统Thefungi,Ainsworth,1973AinsworthandBisbysDictionaryoftheFungi-7版，版，1983年，年，Hawksworth-8版，版，1995年，年，Hawksworth书书355一、经典分类鉴定方法一、经典分类鉴定方法（生理生化为主，形态为辅）（生理生化为主，形态为辅）通常指长期以来，在常规鉴定中普遍采用的（形态、通常指长期以来，在常规鉴定中普遍采用的（形态、生理、生化、生态、生活史、血清学反应等指标）生理、生化、生态、生活史、血清学反应等指标）传统分类的细菌鉴定程序传统分类的细菌鉴定程序细菌自动鉴定系统细菌自动鉴定系统API数值鉴定系统数值鉴定系统BBL鉴定系统鉴定系统Biolog鉴定系统鉴定系统程序：程序：1、辅助特征、辅助特征2、培养、培养菌悬液菌悬液加入生化反应板加入生化反应板培养培养自动扫描自动扫描自动鉴定自动鉴定打印结果打印结果二、现代分类鉴定方法二、现代分类鉴定方法细细菌菌化化石石二、现代分类鉴定方法二、现代分类鉴定方法1微生物遗传型的鉴定微生物遗传型的鉴定（1）DNA碱基比例的测定碱基比例的测定（G+C）mol%：(G+C)mol%值只能做否定判断；值只能做否定判断；（G+C）mol%值差别值差别5，属不同的种；，属不同的种；差别差别10，属不同的属。，属不同的属。（2）核酸分子杂交法核酸分子杂交法DNA-DNA分子杂交原理：分子杂交原理：DNA分子解链的分子解链的可逆性和碱基配对的专一性。可逆性和碱基配对的专一性。DNA-DNA杂交（固相杂交法）杂交（固相杂交法）单链单链DNA（待测菌株）（待测菌株）转硝酸纤维素膜转硝酸纤维素膜加入放射性标志参照菌加入放射性标志参照菌DNA（单链）（单链）洗去未杂交洗去未杂交DNA闪烁计数器计数测定放射强度闪烁计数器计数测定放射强度结论：结论：1.DNA同源性同源性60%（同种）（同种）2.DNA同源性同源性70%（同亚种）（同亚种）3.DNA同源性同源性6070%（不同亚种）（不同亚种）4.DNA同源性同源性2060%（同属）（同属）16srRNA分析作为细菌进化的分析作为细菌进化的计时器计时器生物共有的生物共有的一定的信息量（一定的信息量（1542个核苷酸）个核苷酸）一定的保守性一定的保守性便于比较研究便于比较研究（4）16srRNA核苷酸序列分析核苷酸序列分析DNA-PCR法法提取提取DNAPCR扩增扩增16SrRNAPCR产物纯化分析产物纯化分析16SrRNA序列测定序列测定递交递交Genbank检索检索相似性结果的相似性结果的一般一般判断：判断：1.SAB95%同种同种2.SAB为为8595%同属同属3.SAB85%不同属不同属2细胞化学组分的鉴定细胞化学组分的鉴定（放线菌）（放线菌）细胞结构细胞结构成分成分壁壁肽聚糖、化学组分肽聚糖、化学组分膜膜枝菌酸（棒杆菌酸；分枝菌酸）枝菌酸（棒杆菌酸；分枝菌酸）甲基萘醌甲基萘醌全细胞全细胞水解糖类水解糖类1.细胞壁化学类型（分为细胞壁化学类型（分为9种类型）种类型）-氨基酸：氨基酸：DAP（二氨基庚二酸）（二氨基庚二酸）、Gly、Lys、Asp、Orn-糖类：阿拉伯糖、半乳糖糖类：阿拉伯糖、半乳糖（2）全细胞水解液的糖型）全细胞水解液的糖型糖类型糖类型特征糖类特征糖类A半乳糖、阿拉伯糖、半乳糖、阿拉伯糖、B马杜拉糖马杜拉糖C无特征糖类无特征糖类D木糖、阿拉伯糖木糖、阿拉伯糖E半乳糖半乳糖3数值分类法（统计分类法）数值分类法（统计分类法）-相似系数的计算；相似系数的计算；（1）菌株选择（）菌株选择（OUT操作分类单位）操作分类单位）（2）选择实验项目）选择实验项目（3）数字编码）数字编码（4）计算机分析）计算机分析-列出相似度矩阵列出相似度矩阵-将矩阵图转换成树状谱将矩阵图转换成树状谱结果分析：结果分析：1.S（相似值）（相似值）85%（同种）（同种）2.S（相似值）（相似值）65%（同属）（同属）3.S（相似值）（相似值）65%（亲缘关系较远）（亲缘关系较远）数值分类法与传统分类法的比较数值分类法与传统分类法的比较。