资源条件保障系统数据上报规范试用版上海研发公共服务平台.doc

上海研发公共服务平台资源条件保障系统数据上报规范2007年8月资源条件保障系统数据上报规范文档异动历史版本号日期说明作者/审阅1.02007-8-21草案1.12007-8-24修改稿1.22007-9-04初稿1.32007-9-12初稿(第一次讨论修改)上海研发公共平台资源条件保障系统数据上报规范1、共性描述数据上报规范各资源单位请严格按照上海研发公共平台资源条件保障系统数据上报规范中规定和要求的内容上报数据，数据规范如下：1.1 资源保藏单位/人编号规则编号规则：SH + 资源分类编号（2位）+ 单位所在区域编号（2位）+单位性质代码（P或C）+单位序号（4位）说明：1. “资源分类编号”从1.1.1节的表格中选取；“单位所在区域编号”从1.1.2节的表格中选取；“单位性质代码”从1.1.3节中选取。2. “单位序号”由平台管理中心分配，请与平台管理中心联系索取。3. 已经参加国家自然科技资源平台的单位和个人，请在国家平台资源保藏单位/人编号前加上“SH” 作为基础条件保障系统编号。如某单位在国家平台编号为“1111C0001”则在基础条件保障系统的编号为“SH1111C0001”1.1.1 资源分类编号植物种质资源：11动物种质资源：13微生物菌种资源：15人类遗传资源：17实验材料资源：31化学试剂资源：411.1.2 单位所在区域编号代码省市名称代码省市名称11北京市44广东省12天津市45广西壮族自治区13河北省46海南省14山西省50重庆市15内蒙古自治区51四川省21辽宁省52贵州省22吉林省53云南省23黑龙江省54西藏自治区31上海市61陕西省32江苏省62甘肃省33浙江省63青海省34安徽省64宁夏回族自治区35福建省65新疆维吾尔族自治区36江西省71台湾省37山东省81香港特别行政区41河南省82澳门特别行政区42湖北省99不详43湖南省1.1.3 资源单位性质代码P （Person） 表示资源提供者是自然人；C（Corporation） 表示资源提供者是法人实体。1.1.4 资源保藏单位/人序号资源保藏单位/人序号排名不分先后，只依据数据进入资源保障系统的先后顺序来编号，对于已经成为国家自然科技资源平台加盟成员的单位和个人，采用在国家平台编号前加“SH”前缀的办法，对于未参加E-平台的用户和个人具体序号由上海研发公共服务平台给出。1.2 资源编号的编号规则编号规则：资源保藏单位/人编号 + 本单位/人保藏的资源流水号（9位）例如，中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所（SH1331C0001）：SH1331C0001000000001，SH1331C0001000000002，1.3 省/直辖市名称填写规范省/直辖市名称省/直辖市名称北京市广东省天津市广西壮族自治区河北省海南省山西省重庆市内蒙古自治区四川省辽宁省贵州省吉林省云南省黑龙江省西藏自治区上海市陕西省江苏省甘肃省浙江省青海省安徽省宁夏回族自治区福建省新疆维吾尔族自治区江西省台湾省山东省香港特别行政区河南省澳门特别行政区湖北省不详湖南省1.4 国家名称填写规范新增记录按照国际通用惯例填写，如：中国、美国。旧记录保留原来字段的值即可。1.5 资源归类编码按照国家自然科技资源平台采用的自然科技资源共性描述规范（试行）中的“附录 自然科技资源分级归类与编码表”中的“资源归类编码”填写。（编码表请见附件）1.6 字段赋值规范下表中的资源属性都要求填写中文，而不要求填写编码。资源类别共性描述表中资源属性植物种质资源资源类型、主要特性、主要用途、气候带、保存资源类型、实物状态、共享方式、获取途径动物种质资源资源类型、功能特性、主要用途、气候带、保存资源类型、保存方式、实物状态、共享方式、获取途径微生物菌种资源模式菌株、主要用途、生物危害程度、致病对象、资源保藏类型、保存方法、实物状态、共享方式、提供形式、获取途径人类遗传资源样本类型编码、性别、健康状况、疾病分类、民族、籍贯、用途、血型资料、流行病学资料、诊断资料、治疗资料、随访资料、样本保存条件、家系标本、生物安全级别、科技项目类别/经费来源、实物状态、共享方式、获取途径实验材料资源主要特性、主要用途、微生物质控、遗传特征、组织器官来源、保存资源类型、保存方式、保存条件、实物状态、共享方式、获取途径、运输条件、联系方式化学试剂资源注：在数据库中上述字段存放的是中文说明。资源提供者也可以提供代码，由平台管理中心负责统一的代码和中文转换工作；如果需要，也可提供统一转换的程序在资源单位/人处做代码和文本的转换。1.7 复选属性值填写格式所有有复选值的字段值用“；”（分号）分割，如：动物种质资源中，某个资源的功能特性为“高繁殖力；优质；耐粗饲”。1.8 时间的填写格式如果自然科技资源共性描述规范（试行）中有格式要求，按规范要求填写；如没有格式要求，则按照YYYYMMDD HHMMSS，即：“年月日时分秒”的顺序来填写。1.9 共性描述数据中图像文件的命名资源编号+“-序列号”+“.jpg”。例：SH1111C0001000000001-1.jpg；SH1111C0001000000001-2.jpg；SH1111C0001000000001-3.jpg；有多张图片时，请用“；”（分号）分割1.10 记录地址如果有三级平台详情内容并可以公开，请填写可以通过外网直接访问到的资源详情信息链接地址；如果没有详情信息或不公开，则“记录地址”为空值，不输入任何字符。1.11 没有值的字段在此类字段上不输入任何字符，请不要用空格或者其它任何字符表示。1.12 保密字段如果字段为保密信息，在此类字段上需要填写“保密”两个字，以便与没有值的字段相区别。1.13 具有计量单位的字段若规范中有要求，请依据规范中要求的单位填写数值，如果不一致，请按照规范中单位的要求修改数值。如高度：规范单位为米，如果资源单位的数据中单位是英尺，请换算为米后上报。2、数据上报操作规程2.1 数据上报准备2.1.1 注册成为上海研发公共服务平台服务单位对于首次上报数据的资源单位/人，在上报数据前，需要注册成为上海研发公共服务平台的服务单位才具有数据上报资格。如何成为上海研发公共服务平台的服务单位，请参照加盟上海研发公共服务平台指南。2.1.2 人员建议建议资源单位设置一位专门的数据库或者信息管理的人员负责数据上报工作。2.2 数据上报形式1、 如果资源单位/人已经建立本单位的数据库体系，可选择将数据库转换成规定的ACCESS数据库文件，通过FTP上传到平台管理中心后，通过转换导入平台。2、 如果单位/人不具备上述条件，则可通过在线填报系统逐条添加数据。 3、 数据上报形式可以分为新增数据和更新数据两类： 新增数据：指的是资源单位提交全新的共性描述数据。资源单位可选择网上填报和FTP数据库文件上传两类方式。l 网上填报：资源单位登陆资源条件保障系统，在服务单位管理中心选择资源信息添加功能，选择新增数据模式，按照要求逐条填写资源信息，完成数据上报工作。l FTP上传：将本单位资源数据库转换成规定的ACCESS格式数据库文件，在本地经过格式审查软件处理后，将压缩文件上传到FTP服务器上指定的文件夹“资源单位编码/new”中，上报文件命名规则：“数据上报日期时间_new.rar”或“数据上报日期时间_new.zip”作为文件名，如：200711011430_new.rar，表示是2007年11月1日14点30分上报的新增的共性描述数据。这个压缩文件夹里包括一个共性描述数据文件和一个图片文件夹：共性描述数据文件的命名为“数据上报日期时间_new.mdb”；图片文件夹的命名为“pic”，文件夹中放置所有与本次上报的共性描述数据对应的图片文件。 更新数据：指的是对已上传并通过格式审查的共性描述数据，修改后再次上传，视为变更共性描述数据。资源单位可选择网上填报和FTP数据库文件上传两类方式。l 网上填报：资源单位登陆资源条件保障系统，在服务单位管理中心选择资源信息添加功能，选择更新数据模式，按照要求逐条修改资源信息，完成数据上报工作。l FTP上传：将本单位需要更新的共性描述数据按照规定的ACCESS数据库格式存放到一个数据库文件中，在本地经过格式审查软件处理后，将压缩文件上传到FTP服务器上指定的文件夹“资源单位编码/upd”中，上报文件命名规则：“数据上报日期时间_upd.rar”或“数据上报日期时间_upd.zip”作为文件名，如：200711011630_upd.rar，表示是2007年11月1日16点30分上报的变更共性描述数据。这个压缩文件夹里至少包括一个变更共性描述数据文件，命名为“数据上报日期时间_upd.mdb”；如果与共性描述数据对应的图片也发生变更，则图片文件夹命名为“pic”，如果图片没有变更，则不用上传图片。附件1：各类资源共性描述数据上报示例每类资源推荐的必填字段，以保障数据的有效性和满足查询需要，在下面的表格中，此类字段后面带有星号（*）。表1 植物种质资源共性描述数据示例护照信息资源编号*（1）SH1111C0001000000001国家编号（2）ZM010082种质名称（3）青春4号种质外文名（4）Qing Chun 4 Hao科名*（5）Gramineae（禾本科）属名（6）Triticum L.（小麦属）种名（7）Triticum aestivum L.（普通小麦）原产地（8）西宁省（9）青海省国家（10）中国来源地（11）青海省标记信息资源归类编码*（12）11111113101资源类型*（13）选育品种主要特性*（14）抗病主要用途*（15）食用气候带*（16）寒温带基本特征特性描述信息生长习性（17）弱冬中熟；直立生育周期（18）越年生特征特性（19）抗条锈；抗旱；高蛋白具体用途（20）面条观测地点（21）西宁系谱（22）阿勃欧柔选育单位（23）青海省农科院选育年份（24）1978海拔（25）2441经度（26）10202纬度（27）3643土壤类型（28）中等肥力生态系统类型（29）农田年均温度（30）6.2年均降雨量（31）285.8其他描述信息图像（32）SH1111C0001000000001.jpg记录地址（33）收藏单位信息保存单位*（34）青海省农科院单位编号*（35）青4库编号（36）I1B11088圃编号（37）引种号（38）采集号（39）保存资源类型*（40）种子保存方式*（41）种质库实物状态*（42）好共享信息共享方式*（43）公益性共享获取途径*（44）邮件联系方式*（45）李四，中国农科院品资所，62180000，ls52189注：此示例只是针对某个单位的资源作的一个示例，请各资源单位根据本单位的实际情况进行填写。表2 动物种质资源共性描述数据示例护照信息资源编号*（1）SH1311C0001000000001国家编号（2）X-01-01-001-01资源名称（3）民猪资源别名（4）东北民猪、大民猪、二民猪、荷包猪资源外文名（5）Min科名*（6）Family.Suidae 猪科属名（7）Genus.Sus 猪属种名或亚种名（8）Species.S.Scrofa 猪原产地（9）辽宁省岫岩、建昌、复县、海城等省（10）黑龙江、吉林、辽宁国家（11）中国来源地(12)黑龙江标记信息资源归类编码*（13）13111111101资源类型*（14）地方功能特性*（15）耐高寒；抗逆；高繁殖力；耐粗饲主要用途*（16）肉气候带*（17）温带基本特征特性描述信息海拔（18）450经度（19）13212纬度（20）47154020年平均温度（21）10极端平均高温（22）32极端平均低温（23）35年平均湿度（24）25年平均降水量（25）667生活生态习性（26）舍饲繁殖周期（27）年产2窝性成熟期（28）8月龄生命周期（29）8形态特征（30）黑色、皮厚、粗造具体用途（31）肉用生态系统类型（32）其他描述信息记录地址（33）http:/www.cdad-图像（34）SH1311C0001000000001.jpg收藏单位信息保存单位*（35）黑龙江省兰西县种猪场单位编号*（36）1323C保存资源类型*（36）活体保存方式*（37）保护场实物状态*（38）正常共享信息共享方式*（39）知识产权性交易共享;资源纯交易性共享;行政许可性共享获取途径*（40）现场获取联系方式*（41）单位：中国农业科学院畜牧研究所；邮编：100094；电话：[phone]；联系人：张三注：此示例只是针对某个单位的资源作的一个示例，请各资源单位根据本单位的实际情况进行填写。表3 微生物菌种资源共性描述数据示例护照信息资源编号*（1）SH1511C0004000001663菌株保藏编号*（2）CPCC 160031中文名称（3）属名*（4）Azospirillum种名加词（5）biarilenseleo其他保藏中心编号（6）来源历史（7）福建省微生物研究所收藏时间（8）2004-10-20原始编号（9）FIM100031原产国（10）俄罗斯标记信息资源归类编码*（11）15131136101模式菌株*（12）非模式菌株主要用途*（13）研究基本特征特性描述信息特征特性（14）具体用途（15）联合固氮生物危害程度*（16）四类寄主名称（17）致病对象（18）无致病名称（19）传播途径（20）分离基物（21）采集地（22）培养基编号*（23）CM0002培养温度*（24）30其他描述信息基因元器件（25）记录地址（26）图像（27）SH1511C0004000001663.jpg收藏单位信息机构名称*（28）药用微生物菌种保藏管理中心机构名称缩写（29）CPCC隶属单位名称*（30）中国医学科学院医药生物技术研究所资源保藏类型*（31）培养物保存方法*（32）其他实物状态*（33）无实物共享信息共享方式*（34）公益性共享；合作研究共享；资源纯交易性共享；资源交换性共享提供形式*（35）斜面培养物获取途径*（36）邮件；现场获取联系方式*（37）北京天坛西里一号，中国医学科学院医药生物技术研究所，邮编：100050，电话：[phone]，联系人：王五，E-mail：wwPUBLIC219.BTA.NET.CN注：此示例只是针对某个单位的资源作的一个示例，请各资源单位根据本单位的实际情况进行填写。表4 人类遗传资源共性描述数据示例护照信息资源编号*（1）SH1711C0001000000001国家编号（2）17131323101001013001样本类型*（3）新鲜组织基因组DNA标记信息资源归类编码*（4）17131323101性别*（5）女健康状况*（6）癌症资源分类*（7）乳房恶性肿瘤，乳房未特指（Malignant neoplasm of breast /breast, unspecified）民族*（8）汉籍贯*（9）北京出生年月（10）1960.12基本特征特性描述信息用途*（11）科学研究血型资料（12）无流行病学资料（13）无诊断资料（14）有治疗资料（15）不详随访资料（16）不详样本采集日期（17）2000.01.02样本保存期限（18）永久保存样本保存条件*（19）冷冻家系标本（20）无生物安全级别*（21）无传染性其他补充说明（22）无疾病别名（23）乳癌、乳腺肿瘤、乳腺癌其他描述信息图像（24）SH1711C0001000000001.jpg记录地址（25）收藏单位信息保存地*（26）国家计生委科研所成果类别（27）无科技项目类别/经费来源（28）其他实物状态*（29）可用共享信息共享方式*（30）合作立项研究共享获取途径*（31）现场获取联系方式*（32）张三，国家计生委科研所，010-60000070，zs11注：此示例只是针对某个单位的资源作的一个示例，请各资源单位根据本单位的实际情况进行填写。表5-1 实验材料资源（实验动物部分）共性描述数据示例护照信息资源编号*（1）SH3111C0001000000001国家编号（2）资源名称（3）BALB/c小鼠资源外文名（4）BALB/c mouse研制培育机构（5）Mac Dowell研制培育年代（6）1932来源（7）上海市标记信息资源归类编码*（8）31111100000代数（9）F?+F45主要特性*（10）常用动物主要用途*（11）研究；生产；检定 基本特征特性描述信息微生物质控*（12）SPF级遗传特征（13）近交系组织器官来源*（14）理化指标*（15）特征特性*（16）体型小；成年体重：22-27g；白色其他描述信息图像（17）SH3111C0001000000001.jpg记录地址（18）保存单位信息保存单位*（19）国家啮齿类实验动物种子中心单位编号*（20）库编号（21）引种号（22）保存资源类型*（23）活体动物；胚胎 保存方式*（24）活体繁殖；冷冻保存 保存条件*（25）屏障环境；冷冻 实物状态*（26）可用共享信息共享方式*（27）合作立项研究共享获取途径*（28）邮寄托运；现场获取（包括定点送货）运输条件*（29）保温；通风换气；等级包装箱联系方式*（30）网上订购；电话；传真；电子邮件联系信息*（31）飞飞，国家啮齿类实验动物种子中心,10078,北京东铁营顺四条10号，Tel：[phone]，Fax：[phone]，E-mail：feifei注：此示例只是针对某个单位的资源作的一个示例，请各资源单位根据本单位的实际情况进行填写。表5-2 实验材料资源（实验细胞部分）共性描述数据示例护照信息资源编号*（1）SH3111C0002000000001国家编号（2）资源名称（3）人宫颈癌细胞资源外文名（4）HeLa研制培育机构（5）Gey 研制培育年份（6）1951 来源（7）引进标记信息资源归类编码*（8）31151115123代数（9）不祥主要特性*（10）贴壁生长主要用途*（11）研究基本特征特性描述信息微生物质控*（12）无外源微生物污染遗传特征（13）连续细胞系组织器官来源*（14）肿瘤组织理化指标*（15）基本特征特性描述信息特征特性*（16）HPV阳性其他描述信息图像（17）SH3111C0002000000001.jpg记录地址（18） SH3111C0002000000001保存单位信息保存单位*（19）中国医学科学院基础医学研究所基础医学细胞中心单位编号*（20）库编号（21）0011引种号（22）0011保存资源类型*（23）干细胞保存方式*（24）冷冻；活细胞保存条件*（25）液氮（-196）实物状态*（26）可用共享信息共享方式*（27）合作立项研究共享获取途径*（28）邮寄托运；现场获取 运输条件*（29）常温；其他联系方式*（30）网上订购；电话；传真；电子邮件联系信息*（31）刘二，中国医学科学院基础医学研究所，100005，Tel：[phone]，Fax：[phone]，E-mail：liuer表5-3 实验材料资源（微生物培养基部分）共性描述数据示例护照信息资源编号*（1）SH3111C0003000000001国家编号（2）资源名称（3）基础营养培养基资源外文名（4）Nutrient Agar研制培育机构（5）北京三药科技开发公司研制培育年份（6）2004来源（7）北京三药科技开发公司标记信息资源归类编码*（8）31131111101代数（9）主要特性*（10）固体主要用途*（11）研究；生产；检测；教学基本特征特性描述信息微生物质控*（12）大肠杆菌、粪肠球菌和铜绿假单胞菌为质控菌，均可生长良好遗传特征（13）组织器官来源*（14）空项理化指标*（15）性状：棕色可自由流动粉末；pH值：6.80.2；凝胶强度：500g/cm2 ； 澄清度：2.3%溶液应澄明无沉淀；色泽：淡黄色 ；干燥失重：5.0%基本特征特性描述信息特征特性*（16）空项其他描述信息图像（17）SH3111C0003000000001.jpg记录地址（18）保存单位信息保存单位*（19）北京三药科技开发公司单位编号*（20）库编号（21）引种号（22）保存资源类型*（23）干粉保存方式*（24）瓶装保存条件*（25）常温；避光；干燥实物状态*（26）可用共享信息共享方式*（27）合作立项研究共享获取途径*（28）邮寄托运；现场获取运输条件*（29）常温联系方式*（30）电话；传真 联系信息*（31）联系人：李子 单位：北京三药科技开发公司 邮编：100050地址：北京市崇文区天坛西里2号电话：[phone] 传真：[phone]注：此示例只是针对某个单位的资源作的一个示例，请各资源单位根据本单位的实际情况进行填写。附件2：人类遗传资源共性描述规范字段赋值代码表表4-3 样本类型编码第一层码表大体标本A正常大体标本10病理大体标本20组织B新鲜组织10冰冻组织切片11冻存组织20石蜡包埋组织30石蜡包埋组织切片31血液C全血10全血滤纸片11血清20冻干血清21血浆30冻干血浆31红细胞40白细胞50血小板60精液D精子10精浆20分泌物E宫颈粘液10颈脱落细胞11细胞混悬液F脑脊液10脑脊液细胞11脑脊液上清12胸腔积液20胸腔积液细胞21胸腔积液上清22心包液30心包液细胞31心包液上清32腹腔积液40腹腔积液细胞41腹腔积液上清42关节腔液50关节腔液细胞51关节腔液上清52排泄物G尿液10粪便20干细胞H胚胎干细胞10成体干细胞20造血干细胞21神经干细胞22其它Z卵细胞10第二层码表细胞系10原代细胞系11转化细胞系12肿瘤细胞系13DNA 20基因组DNA 21线粒体DNA 22cDNA 23RNA 30组织总RNA（total）31信使RNA（mRNA）32核糖体RNA（rRNA）33转运RNA（tRNA）34非编码RNA 35蛋白40细胞总蛋白41核蛋白42膜蛋白43胞浆总蛋白44细胞器总蛋白45细胞总蛋白46组织液中的蛋白47表4-4 性别代码表代 码 性 别0 未知性别1 男 性2 女 性3 两 性（新增）9 未说明的性别表4-5健康状况代码表代码健康状况说明10健康或良好20一般或较弱30/40有慢性病31心血管病32脑血管病33慢性呼吸系统疾病34慢性消化系统疾病包括溃疡、肝炎和肝硬化35慢性肾炎36结核病37糖尿病38神经或精神疾病41癌症49其它慢性病60残疾61视力残疾62听力残疾63语言残疾64肢体残疾65智力残疾66精神残疾67多重残疾69其它残疾80*传染病81*病毒性传染病82*细菌性传染病83*螺旋体传染病84*立克次体传染病85*衣原体传染病86*支原体传染病87*真菌性传染病88*寄生虫病89*其它传染病99*资料不详*为新增内容表4-6 民族代码表代码民族民称代码民族名称1汉族31达斡尔族2蒙古族32仫佬族3回族33羌族4藏族34布朗族5维吾尔族35撒拉族6苗族36毛难族7彝族37仡佬族8壮族38锡伯族9布依族39阿昌族10朝鲜族40普米族11满族41塔吉克族12侗族42怒族13瑶族43乌孜别克族14白族44俄罗斯族15土家族45鄂温克族16哈尼族46德昂族17哈萨克族47保安族18傣族48裕固族19黎族49京族20傈僳族50塔塔尔族21佤族51独龙族22畲族52鄂伦春族23高山族53赫哲族24拉祜族54门巴族25水族55珞巴族26东乡族56基诺族27纳西族57未分类民族28景颇族30土族99资料不详表4-7 籍贯代码表代码省市名称代码省市名称11北京市44广东省12天津市45广西壮族自治区13河北省46海南省14山西省50重庆市15内蒙古自治区51四川省21辽宁省52贵州省22吉林省53云南省23黑龙江省54西藏自治区31上海市61陕西省32江苏省62甘肃省33浙江省63青海省34安徽省64宁夏回族自治区35福建省65新疆维吾尔自治区36江西省71台湾省37山东省81香港特别行政区41河南省82澳门特别行政区42湖北省99不详43湖南省表4-8 用途代码表129科学研究临床治疗其它表4-9 逻辑判断字段代码表（血性资料、流行病学资料、诊断资料、治疗资料、随访资料、家系资料均以此代码表为准）129是/有否/无不详表4-10 样本保存条件代码表123459常温冷藏低温冷冻（低温）超低温冷冻（超低温）液氮其它保存条件代码表补充说明：冷藏：2-8低温冷冻：-20到-40超低温冷冻：-70到-150表4-11 生物安全级别代码表129无传染性有传染性不详表4-12 科技项目类别/经费来源代码表代码项目类别1国家级科技计划（如“863”计划、“973”计划、国家科技攻关计划等）2省部级科技计划3国际合作项目4企业临床试验项目5无资助项目9其它表4-13 获取途径代码表代码1234途径邮件现场获取网上定购其它