NCBI上下载基因序列.doc

一、 NCBI上下载基因序列、mRNA 、CDS序列的方法
1. 打开NCBI网站，第一个框选择Gene，第二个框输入基因名称，如ALK基因，点击 Search。

2. 进入第二页面后，会看到如下一系列跟ALK基因相关的信息，根据description 和location 的信息，找到自己需要的基因。空色框中表示的是物种，我需要的是人类的基因，故选择第一个。点击ALK,进入下一个页面。

3. 进入后，会看到以下关于ALK基因的详细信息：

这些信息可以略过，往下查看，点击下图红色框中的See ALK in Genome Data Viewer，进入下个页面。

4. 进入后会看到如下页面，：

将鼠标箭头放在图中红色框中的绿色线上2--5秒，不用点击。会看到下面的界面：
（有些基因会出现好几个，根据自己的要求选择）

第一个红色框中：

NP 004295.2 表示蛋白质序列，NP代表蛋白质，004295是编号，后面的 .2 代表更新状态，数值越大，版本越新。
NM 004304.4 表示mRNA 序列，NM表示mRNA，004304是编号，后面的 .4 代表更新状态，数值越大，版本越新。

第二个红色框中：
CCDS33172.1 表示CDS序列，CCDS表示CDS，命名规则同上。

第三个红色框中：
NC 000002.12(29,192,774...29,921,611) 表示完整的基因序列，NC表示基因组。括号中的数字表示这个基因的碱基长度，从29,192,774bp到29,921,611bp。
要下载蛋白序列、mRNA 序列、CDS序列、基因序列，直接点击红色框中的链接即可。

5. 这里下载基因序列，点击后出现如下界面：
点击右边的Send complete record file format（有好几种格式） Create File。
常用的是FASTA 格式和 GenBank 格式。
GenBank 格式保存的信息更全面。

至此就把ALK基因的序列下载了。

二． 几种代号的意思