PDB数据库中查找蛋白质结构数据.doc

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一、 PDB数据库中查找蛋白质结构数据
1.　http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
输入内容：比如2DC3
2. 查找蛋白质结构，在检索框输入关键字或名称。

二. 在线观看三维数据结构

4. 选择 3D view，可视化蛋白三维结构视图呈现。由于是远程计算机服务器进行图型构建，且数据量较大，需要较长的时间才能在窗口显示。

5.蛋白结构显示的参数设定：
自定义设定

脚本选项：

二、 下载三维数据文件
1. 在查询结果窗口的右边找到以下图型。
如图：选择Download Files。
2．确定下载的文件类型，一般根据你要使用蛋白质结构数据而定。
选择PDB File(Text).
3. 用写字板打开PDB文件，可以看到蛋白质数据库文件实质也是文本文件。

4. 下载Pymol，并安装。点DOWNLOAD进入下载，选择windows版本，并安装（需要pay money）。

或到此网站下载：http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol
选择win32，1.7.1.1版本。并安装，需要python编程软件的支持，可从360软件管件直接安装。安装如图：

使用详情参见教程，注意打开程序需要找到 python的安装目录：C:\Python27\PyMOL，找到PyMOL.exe文件，双击启动程序。

打开2DC3.pdb

或使用RasMol软件进行三维视图分析，步骤同上。

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