Gaussview软件使用基础手册.doc

Gaussview软件使用手册
GaussView是一个被设计来帮助准备输入进入高斯软件文档和以图形形式来检验高斯软件完成并输出结果图形化用户界面。GaussView是不在高斯软件计算模块中，而是以前端/后端模式来帮助高斯软件运行。GaussView为高斯用户提供了三种关键便利。
首先，经过它优异可视化工具，GaussView使得用户能够很快做出大分子结构图甚至是很大分子，然后旋转，在这些分子基础上经过简单搜寻操作来编译和放大。它一样能够载入比如PDB类型标准分子结构文档。
第二，GaussView使得建立多个形式高斯计算变得轻易。它使得准备为一般工作模式和如ONIOM，QST2/OST3转变结构优化方法，CASSCF计算方法，周期边缘状态计算方法（PBC）和其它很多前沿方法复杂载入愈加简单。假如高斯软件被安装在了同一台电脑上话，用户一样能够使用GaussView来进行工作。
最终，GaussView使得用户能够经过多个图形技巧来检验高斯计算结果。高斯计算结果中能够用图形来表示有下列多个：
1. 经过优化分子结构；
2. 分子轨道
3. 任何估算密度电子密度表面；
4. 静电潜在表面；
5. 原子价；
6. 和振动频率相符通常模型；
7. IR,Raman,NMR,VCD和其它频谱；
8. 结构优化，IRC反应路径后续，能级表面扫描和ADMP和BOMD轨道模拟；
9. 整体能量小部分和其它来自于相同工作类型数据；
这本书为全部GaussView结构提供了一个参考。该软件每一个程序结构全部被具体统计。将项目根据通常目标分类。在每一个分类中，项目是根据逻辑结构来排列，开始于最简单项目，然后是引用最广泛项目，最终是愈加复杂和不常常使用项目。为了找出用户感爱好特殊信息，能够经过索引来打开相关专题或是特殊对话框。颜色搜集和对话在索引中专题菜单下（下面直接中英语）显示了出来。菜单项目经过菜单=>项目标格式显示出来。按钮在索引中显示为“名称按钮”。以下图（从图1开始）显示了一系列按钮名称，菜单路径—等价于按钮和键盘快捷键。
在多个GaussView结构基于指导帮助包含在了网上帮助中。在主帮助窗口中选择指导专题来打开她们。
GaussView指导
基础分子创建
分子创建例子和策略
下面举例说明怎样利用GaussView来创建分子。

创建维生素分子：利用不经典原子
下面是一个使用GaussView创建维生素分子例子：
1. 在View窗口中File菜单中选择New选项来创建一个新文件；
2. 在Builder窗口中选择好Rings；
3. 在Active Fragment button上面点击。在环碎片中选择苯。
4. 返回到View窗口。点击一下演示苯。
5. 在Builder窗口中点击Element选项，在氮上点击。
6. 点击Active Fragment，点击氮原子。
7. 在View窗口中，点击你想变成氮碳原子。注意：不要选择杂交原子中一个，通常选择不经典原子愈加轻易。
8. 在创建窗口中点击Delete Atom键。
9. 在View窗口上，经过点击该键删除和氮相连氢。
10. 在Builder窗口上点击Rebond按钮，然后点击Clean按钮。注意：通常在清除前应该重新成键。
维生素现在已经完成了。
创建芳环维生素：在环之间设置角度

下面例子展示了怎样在已存在文件上创建芳环维生素。在这个例子中，以维生素为基础来创建。
1、 你能够接着上述例子来做，创建维生素；
2、 在Builder窗口上点击Rings按钮。确保芳环已经被选中；
3、 在View窗口上点击氮原子对面碳原子上氢原子。另一个环就在屏幕上显示了出来；
4、 在Builder窗口上选择Dihedral按钮。确保Move Group被标识；
5、 选择两环之间原子，以下所表示：
更改角度
6、 移动光标来是各环所处平面相互垂直（或是在文本框中输入90.0）；
7、 点击Ok按钮；
芳环维生素现在完成了。

创建五价铁原子：在指定项目上选择最好构型
下面是创建五价铁原子一个例子
1、 打开一个新模型。选择铁分子然后选择双锥形铁构型：
2、 选择线形C-N构型然后将该基团连接在铁原子上。须注意是我们选择这种构型而不是选择一个C-O基团是因为其是线形。
3、 将氮原子转换成氧原子（选择氧元素以后再是自由电子模板）。
现在分子已经完成了。

创建初级紫染：悬挂结构
下面是一个展示怎样在GaussView上面创建一个初级紫染6，6’-dibromoindigo：
1、 创创建一个新文件；
2、 在Builder窗口上选择互联5和6元碳环（在左侧中插图中），然后再View窗口上点击来放置一个片段；
3、 在五元环中，点击适宜氧原子来将其换成氢原子；
4、 将和氧原子相正确碳原子改变成氮原子；
5、 将六圆环（在氮原子同一侧）中最外层碳原子上氢原子改成在相同形式溴原子；
6、 在Builder窗口上点击Clean按钮。不要重新成键。然后保留文件；
7、 在View窗口上展示刚刚保留文档；
8、 旋转和移动另一个环是两个碳原子近到足够成键，同时使得两结构方向适宜；
注意：假如只是要两个结构中一个，在按住Alt键同时拖动鼠标即可。在展示复杂结构同时使用另外一个窗口一样也是很有用处。在View菜单上经过Add View选项来创建。
9、 将两个成键碳原子上氢原子删除；
10、 在Builder窗口上选择Bond来创建一个C=C；
11、 点击Clean；
分子结构完成。
替换两种结构：创建二氯化二苯
下面例子给出了一个包含替换结构分子结构。
1、 创建一个新View窗口，然后在上面放置一个苯环。将其中一个碳原子换成氯原子。反复该过程创建另一个氯代苯环。

2、 旋转其中一个环，使得氯原子处于另一换相反位置。用户能够经过按住Alt键同时按下鼠标左键拖动来完成该过程：
3、 将环放置使得它们重协议时碳原子成键位置正确；
4、 删除重合部位氢原子同时移动键；
5、 在两个碳原子之间创建一个键，完成份子结构：
分子结构完成。
ONIOM例子
在一个小缩氨酸链中ONIOM层上分配原子
注意：这个例子是为了愈加好说明而不是为了正确
1、 创建一个包含以下氨基酸缩氨酸链：Phe-Ala-Gly；选择氨基末端Phenylalanine，中心FragmentAlanine和有羰基末端甘氨酸。
2、 将全部院子分配在最底层，在Edit菜单上选择Assign Layer，然后点击Select All。确定目前层被设定为Low。结构大致以下：

点击Apply
3、 将下列原子分配到中间层：全部在Ala中原子，在Phe环上碳原子和甘氨酸双键上原子：选择Ala中中心碳原子。点击Expand Selection右端然后添加更多原子（两到三倍）。添加少许原子通常比添加很多更轻易。点击Apply。
在下列添加附加原子（选择然后点击Apply）直到结构正确是十分必需。依据需要利用中间鼠标键来给选项添加原子，然后点击Apply来固定结构，依据需要反复操作。下图中中间层轨道原子以棍状出现，底层则以线状出现：

4、 将下列原子分配到高层上：Ala上全部包含和之相连重原子在内全部原子。点击Ala中中间碳原子。将Using场转换成Distance。在Expand选项右端点击两次。结果以下：

点击Apply。然后结果以下：

已完成ONIOM分配原子
点击刚才放置到高层氢原子然后将其移动（放置）至中间层。
点击Close。
原子层分配完成。
运行一个ＯＮＩＯＭ工作
该例子使用了创建分子，层在创建程序中最终例子上被定义，然后接着以下步骤来。
１、 在Calculate菜单中选择Gaussian。
２、 点击Multilayer ONIOM Model。三种选项（High，Medium和Low）出现在了Method系列中，从这些选项中用户能够分别选择作用于不一样层原子方法。
３、 点击High选项，然后选择RHF/6-31G工作。
４、 点击Medium选项，然后选择受限制AM1工作。
５、 点击Low选项具体说明一个在使用Amber force区域原子结构计算方法。
６、 下列结构（高斯ONIOM工作运行例子）显示了在正常运行状态着三种选项（一个重合着一个）：
这些运行区域在工作route section显示：# ONIOM=（RHF/6-31G：RAM1：Amber）
用户现在能够继续填写剩下文本框，然后工作就能够准备好保留并运行了。

创建周期性结构
周期性束缚状态（PBC）
指示1——经过乙烯创建一个经过多元炔聚合体
PBC/1D
1-1 经过点击工具栏“New”按钮来创建一个新分子和一个对应视图窗口。
1-2 首先双击“R-Group Fragment”工具箱按钮，然后点击“Select R-Group Fragment”对话框中“vinyl”按钮来创建乙烯基（乙烯）（目前结构）。
1-3 在视图窗口中任意空白位置点击来创建一个乙烯分子。
1-4 点击“Center“工具箱按钮来使得视图窗口以该分子为中心。
1-5 在住窗口中“View” 菜单中点击“Labels”来打开该视图窗口原子标签。
1-6 在视图窗口中，点击乙烯原子5来创建一个穿过丁烷基分子
1-7 在主窗口“Edit”菜单中选择“PBC”来显示分子PBC对话框。
1-8 在PBC对话框“Symmetry”选项中，选择“Lattice Dimensions”多选框中“1”。
1-9 在PBC对话框“Cell”选项中，在确定“Vertex”被选择情况下按下“Place”按钮，这么就能够在视图窗口中使用鼠标来选择任何原子细胞起源定点（“0（0）”）。在视图窗口中，点击原子2.
1-10 在PBC对话框“Cell”选项上，用鼠标在View窗口中点击选择“a（1）”来替换“0（0）”使得a胞替换。在View窗口中，点击原子7。
1-11 在PBC对话框Cell选型上，在“Trim Contents”菜单中选择”Delete All Atoms Outside Cell”。
1-12 在PBC对话框”Cell”选项上，点击“Center Contents”按钮。
1-13 这么，我们就为穿越多乙炔聚合体PBC/1D模型定义了一个初始合成胞体。
1-14 在PBC对话框“View”选型上，使用”Cell Replication”旋转空间来显示两个沿着“a“轴胞体。特殊情况下，折叠胞体内容会显示在”底层“表格中。
1-15 在PBC对话框“View“选项上，从”Replicate Contents Format”多选框中选择”Normal”在同一个表格中显示出折叠胞体内容。
1-16 在PBC对话框“Contents”标签上，在“Bonds”菜单上选择“Rebond Intercell”选项来升级毗邻单元原子之间键。
1-17 全部特殊CC键长全部比试验数据要大得多。改变