计算机集群-fluent计算说明.doc

(完整word)计算机集群 fluent计算说明东五楼计算机集群应用步骤一、 申请账户通过提交项目基本情况及所需资源来获得账户和密码二、 下载客户端SSH Secure Shell Client,账号连接 图1 客户端界面1、 edit-settings-connection,设置默认连接用户信息，见图2所示：host:211.69。198。201（学校计算机网络节点IP）user:申请的用户名port:端口号22设置好后，以后每次只要点击就可以通过输入密码连接. 图2 连接设置2、 连接后界面 图3 登陆后界面3、 之后就可以输入命令了。4、 基本常用命令学习ls 查看该路径下的文档 （注：是LS哦，不要搞成1S）vi +文件名 对该文件进行编辑cd+具体路径 进入该路径的文件夹下比如:cd /home/liugf/fluentcd空格. 进入上级文件夹cd 进入下级文件夹按键盘delete或者backspace 回删文字 表示所有东西i 编辑模式（用于更改job文件及oar文件,输入i才能更改文件内容）cp 复制cp ./文件名/ 复制所有东西到上一级文件夹里rm 删除Esc（键盘按键）: wq ：退出编辑并保存（用于用于更改job文件及oar文件)oarsub S 。/oar 提交任务（在计算文件存放路径下提交）oarstat 查看任务oardel job id（具体任务的ID号) 删除任务,用于计算过久或者计算出错时查看硬盘下还有多少空间 du sh 用户名三、 将linux版本的fluent上传到高性能计算机中心并安装(liugf的账号已经安装,后来人不用管安装的事了,要学的可以学学) 1、软件下载地址:ed2k:/|fileAnsys流体动力学系统.Ansys。Fluent.6。3.Linux。x64.zip|156044630|6cb356346568a23b15c0731378afb0f1/2、上传，通过点击进入如下界面： 该界面是一种ftp上传软件，可通过鼠标拖拽,把个人机的文件上传到计算结点给用户分配的存储空间上。左为个人电脑，右为计算结点. 图4 上传文件界面5、 安装fluent(1)建立安装目录/home/liugf/fluent，把安装文件放在该目录下，liugf为账户名，可根据需要更改。（注：盘符下的文件夹不能有中文名）（2）本例子中解压缩过程有两种文件，一种是zip文件，一种是tar文件， 解压zip文件：unzip 解压文件名（大小写保持一致) 解压tar文件:tar xvf 解压文件名 -x：提取文件；-v：处理过程中输出相关信息；-f：对普通文件操作。注:不同类型的压缩文件解压缩命令不同，可根据具体情况百度学习。（3）对tar文件解压缩后出现sh格式的文件，可以直接安装该文件。 安装命令:。/xxx.sh 注：XXX为文件名四、 运行计算程序1、 运行前要知道的东西（1） 一次最多只能提交12个任务（2） 每个任务不能计算超过120小时（3） 16个cpu是计算效果最好的,但也要视具体模拟情况而定,要的cpu越多，你的任务越有可能被排到后面。（4） 有四个重要文件host、hostib、job、oar（感谢煤燃烧王林同学的提供_）,其中job和oar是根据你具体的计算更改的。（5） 每计算一个算例，都要把上面四个文件放在计算文件所在路径下。（6） Job文件修改简介假设我的计算文件在这个路径下:/home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodesl 首先进入该路径cd /home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodesl 想看的话可以查看下该路径下有什么东东输入ls，就可以看到liugfnode01cd /home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodesliugfnode01 8nodes ls14cap0.002s.cas 14cap0。002s。dat host hostib job oarl 要编辑job文件，输入vi job，进入job文件，可以看到 图5 job文件的内容l 输入i，进入可以编辑的模式.稳态计算的job范例:命令解释/file/readcase-data /home/liugf/users/jiani/14cap/steady/8nodes/14cap。cas 读入case和data文件下一句是文件路径/grid/reorder/reorder-zones重组网格，有利于计算(待验证)/file/autosave/rootname /home/liugf/users/jiani/14cap/steady/8nodes/14cap设置自动保存的文件名/file/auto-save/casefrequency 1000/file/auto-save/data-frequency 1000每算100步保存一个case和data文件/solve/iterate 150000迭代150000步/file/write-casedata /home/liugf/users/jiani/14cap/steady/8nodes/14cap 计算完成，保存文件/exit y结束fluent运算非稳态计算的job范例：（经过俺的多次摸索，总算成功了。）命令解释/file/read-casedata /home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodes/14cap。cas 读入case和data文件下一句是文件的路径/grid/reorder/reorderzones重组网格，有利于计算（待验证）/file/auto-save/root-name /home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodes/14cap设置自动保存的文件名/file/autosave/case-frequency 200/file/autosave/data-frequency 200每算100步保存一个case和data文件/solve/set/timestep 0。00003设置时间步长/solve/dualtimeiterate 100000 50共计算100000个时间步，每个时间步最大迭代数为50/file/write-case-data /home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodes/14cap 计算完成，保存文件/exit y结束fluent运算用键盘移动光标，修改其中的命令，具体命令可学习fluent的命令手册。l 编辑oar文件，vi oar可以看到下面界面（涂色的可以修改）：#!/bin/sh# set current work directoryOAR cwd#reserve resource#OAR -l nodes=2/cpu=4， walltime=120：00:00 注:设置所需的计算资源及计算时间# Job NameOAR n 14capsteady （注:自己定一个区别与别人的作业名)# directory# OutputOAR -O outOAR E err# import the environment varialbes V# Script commandechoecho - Running on host hostnameecho - Start time is dateecho - Directory is pwdecho/home/liugf/fluent/Fluent.Inc/bin/fluent 3d g ssh cnf=$OAR_NODEFILE -t8 i job 注：你的fluent的安装路径，要选择二维还是三维求解器,几核，g是在后台计算的意思#fluent 3d g -pib mpi=mvapich -cnf=host -t1 -i job outputechoecho - End time is dateexit注:编辑并保存完oar文件后，还需对它进行一次编译，让他变成绿色,oar。编译命令:chmod 755 oar2、 开始计算（1） 把要修改的修改了，那四个文件放在你的计算文件所在文件夹下。（2） 提交作业l 输入命令：oarsub S 。/oar 注:S要大写l 好了，提交成功，那边会给你提供一个作业ID号 比如121345，如果有现成的空结点，就可以直接开始算了,如果没有，只能排队等了,如果排队时间很长，你又想把计算文件修改一些设置，可以抓紧时间把计算文件换了，重新上传，文件名不要变就好。l 如果你的计算出错，可以删除作业oardel 121345(作业id号)l 查看作业运行情况oarstat3、 可能遇到的问题l 如果你的某个程序变态了没法退出，只能用强制关闭命令：pgrep u 账户名 xargs kill 9l 如果你的出错文件err里面写了下面的东西，找管理员，让他帮你弄吧，我也不知道怎么回事,在这个问题上我折腾了很久。期间还遇上黑客攻击东五楼的情况。/home/liugf/fluent/Fluent。Inc/fluent6.3.26/cortex/lnamd64/cortex。3。7.3 f fluent -g i job (fluent ”3d -pethernet host -r6。3。26 t8 -mpi=hp -cnf=/tmp/oar_runtime/166754 path/home/liugf/fluent/Fluent。Inc -ssh)Starting /home/liugf/fluent/Fluent。Inc/fluent6。3。26/lnamd64/3d_host/fluent.6。3.26 host cx blade31。hust。：58970：42168 ”（list (rpsetvar (QUOTE parallel/function） ”fluent 3d -node r6。3。26 t8 -pethernet mpi=hp -cnf=/tmp/oar_runtime/166754 ssh） （rpsetvar (QUOTE parallel/rhost) ”） (rpsetvar （QUOTE parallel/ruser) ”） （rpsetvar （QUOTE parallel/nprocs_string) 8”) （rpsetvar （QUOTE parallel/autospawn?） t) (rpsetvar (QUOTE parallel/trace-level) 0) （rpsetvar (QUOTE parallel/remoteshell） 1) （rpsetvar （QUOTE parallel/path） ”/home/liugf/fluent/Fluent.Inc） （rpsetvar （QUOTE parallel/hostsfile) /tmp/oar_runtime/166754） ） Welcome to Fluent 6。3.26 Copyright 2006 Fluent Inc。 All Rights ReservedLoading /home/liugf/fluent/Fluent。Inc/fluent6。3.26/lib/flprim。dmp.111964”Done。Starting /home/liugf/fluent/Fluent.Inc/fluent6。3。26/multiport/mpi/lnamd64/hp/bin/mpirun TCP f /tmp/fluent-appfile。10892Host key verification failed。mpirun： Warning one more more remote shell commands exited with non-zero status， which may indicate a remote access problem。l 有时候产生了err文件，但是没什么大问题，还是可以计算，可以通过打开out文件,查看残差等信息。l 上面问题都解决的话,基本就没什么大问题了. 2010-6-6撰于化机所