计算机集群-fluent计算说明.doc

(完整word)计算机集群 fluent计算说明
东五楼计算机集群应用步骤
一、 申请账户
通过提交项目基本情况及所需资源来获得账户和密码
二、 下载客户端SSH Secure Shell Client,账号连接

图1 客户端界面
1、 edit———-settings-——connection,设置默认连接用户信息，见图2所示：
host:211.69。198。201（学校计算机网络节点IP）
user:申请的用户名
port:端口号22
设置好后，以后每次只要点击就可以通过输入密码连接.

图2 连接设置
2、 连接后界面

图3 登陆后界面
3、 之后就可以输入命令了。
4、 基本常用命令学习
ls 查看该路径下的文档 （注：是LS哦，不要搞成1S）
vi +文件名 对该文件进行编辑
cd+具体路径 进入该路径的文件夹下比如:cd /home/liugf/fluent
cd空格.. 进入上级文件夹
cd 进入下级文件夹
按键盘delete或者backspace 回删文字
＊ 表示所有东西
i 编辑模式（用于更改job文件及oar文件,输入i才能更改文件内容）
cp 复制
cp ＊ ../文件名/ 复制所有东西到上一级文件夹里
rm 删除
Esc（键盘按键）: wq ：退出编辑并保存（用于用于更改job文件及oar文件)
oarsub –S 。/oar 提交任务（在计算文件存放路径下提交）
oarstat 查看任务
oardel job id（具体任务的ID号) 删除任务,用于计算过久或者计算出错时
查看硬盘下还有多少空间 du –sh 用户名
三、 将linux版本的fluent上传到高性能计算机中心并安装
(liugf的账号已经安装,后来人不用管安装的事了,要学的可以学学)
1、软件下载地址:
ed2k://|file｜［Ansys流体动力学系
统].Ansys。Fluent.6。3.Linux。x64.zip|156044630|6cb356346568a23b15c0731378afb0f1｜/
2、上传，通过点击进入如下界面：
该界面是一种ftp上传软件，可通过鼠标拖拽,把个人机的文件上传到计算结点给用户分配的存储空间上。左为个人电脑，右为计算结点.

图4 上传文件界面
5、 安装fluent
(1)建立安装目录/home/liugf/fluent，把安装文件放在该目录下，liugf为账户名，可根据需要更改。（注：盘符下的文件夹不能有中文名）
（2）本例子中解压缩过程有两种文件，一种是zip文件，一种是tar文件，
解压zip文件：unzip 解压文件名（大小写保持一致)
解压tar文件:tar –xvf 解压文件名
-x：提取文件；
-v：处理过程中输出相关信息；
-f：对普通文件操作。
注:不同类型的压缩文件解压缩命令不同，可根据具体情况百度学习。
（3）对tar文件解压缩后出现sh格式的文件，可以直接安装该文件。
安装命令:。/xxx.sh
注：XXX为文件名
四、 运行计算程序
1、 运行前要知道的东西
（1） 一次最多只能提交12个任务
（2） 每个任务不能计算超过120小时
（3） 16个cpu是计算效果最好的,但也要视具体模拟情况而定,要的cpu越多，你的任务越有可能被排到后面。
（4） 有四个重要文件host、hostib、job、oar（感谢煤燃烧王林同学的提供^_^）,其中job和oar是根据你具体的计算更改的。
（5） 每计算一个算例，都要把上面四个文件放在计算文件所在路径下。
（6） Job文件修改简介
假设我的计算文件在这个路径下:
/home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodes
l 首先进入该路径
cd /home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodes
l 想看的话可以查看下该路径下有什么东东
输入ls，就可以看到
［liugf@node01~］＄cd /home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodes
[liugf@node01 8nodes]＄ ls
14cap0.002s.cas 14cap0。002s。dat host hostib job oar
l 要编辑job文件，输入vi job，进入job文件，可以看到

图5 job文件的内容
l 输入i，进入可以编辑的模式.
稳态计算的job范例:
命令
解释
/file/read—case-data

/home/liugf/users/jiani/14cap/steady/8nodes/14cap。cas
读入case和data文件
下一句是文件路径
/grid/reorder/reorder-zones
重组网格，有利于计算(待验证)
/file/auto—save/root—name /home/liugf/users/jiani/14cap/steady/8nodes/14cap
设置自动保存的文件名
/file/auto-save/case—frequency 1000
/file/auto-save/data-frequency 1000
每算100步保存一个case和data文件
/solve/iterate 150000
迭代150000步
/file/write-case—data /home/liugf/users/jiani/14cap/steady/8nodes/14cap
计算完成，保存文件
/exit y
结束fluent运算

非稳态计算的job范例：（经过俺的多次摸索，总算成功了。。。。）
命令
解释
/file/read-case—data

/home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodes/14cap。cas
读入case和data文件
下一句是文件的路径
/grid/reorder/reorder—zones
重组网格，有利于计算（待验证）
/file/auto-save/root-name /home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodes/14cap
设置自动保存的文件名
/file/auto—save/case-frequency 200
/file/auto—save/data-frequency 200
每算100步保存一个case和data文件
/solve/set/time—step 0。00003
设置时间步长
/solve/dual—time—iterate 100000 50
共计算100000个时间步，每个时间步最大迭代数为50
/file/write-case-data /home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodes/14cap
计算完成，保存文件
/exit y
结束fluent运算
用键盘移动光标，修改其中的命令，具体命令可学习fluent的命令手册。
l 编辑oar文件，vi oar
可以看到下面界面（涂色的可以修改）：
#!/bin/sh
＃＃# set current work directory
＃＃OAR —cwd

#reserve resource
#OAR -l nodes=2/cpu=4， walltime=120：00:00 注:设置所需的计算资源及计算时间

＃## Job Name
＃OAR —n 14capsteady （注:自己定一个区别与别人的作业名)

＃＃# directory

#＃＃ Output
＃OAR -O out
＃OAR —E err

＃# import the environment varialbes
＃＃＄ —V

#＃＃ Script command
echo
echo ----— Running on host `hostname`
echo ——-—— Start time is `date`
echo —-——- Directory is `pwd`
echo

/home/liugf/fluent/Fluent.Inc/bin/fluent 3d —g —ssh —cnf=$OAR_NODEFILE -t8 —i job
注：你的fluent的安装路径，要选择二维还是三维求解器,几核，—g是在后台计算的意思
#fluent 3d —g -pib —mpi=mvapich -cnf=host -t1 -i job 〉 output

echo
echo ---—- End time is `date`

exit
注:编辑并保存完oar文件后，还需对它进行一次编译，让他变成绿色,oar。编译命令:chmod 755 oar
2、 开始计算
（1） 把要修改的修改了，那四个文件放在你的计算文件所在文件夹下。
（2） 提交作业
l 输入命令：oarsub –S 。/oar 注:S要大写
l 好了，提交成功，那边会给你提供一个作业ID号 比如121345，如果有现成的空结点，就可以直接开始算了,如果没有，只能排队等了,如果排队时间很长，你又想把计算文件修改一些设置，可以抓紧时间把计算文件换了，重新上传，文件名不要变就好。
l 如果你的计算出错，可以删除作业
oardel 121345(作业id号)
l 查看作业运行情况
oarstat
3、 可能遇到的问题
l 如果你的某个程序变态了没法退出，只能用强制关闭命令：pgrep –u 账户名 ｜ xargs kill —9
l 如果你的出错文件err里面写了下面的东西，找管理员，让他帮你弄吧，我也不知道怎么回事,在这个问题上我折腾了很久。期间还遇上黑客攻击东五楼的情况。
/home/liugf/fluent/Fluent。Inc/fluent6.3.26/cortex/lnamd64/cortex。3。7.3 —f fluent
-g —i job (fluent ”3d -pethernet —host -r6。3。26 —t8 -mpi=hp -cnf=/tmp/oar_runtime//166754 —path/home/liugf/fluent/Fluent。Inc -ssh")
Starting /home/liugf/fluent/Fluent。Inc/fluent6。3。26/lnamd64/3d_host/fluent.6。3.26 host —cx blade31。hust。：58970：42168 ”（list (rpsetvar (QUOTE parallel/function） ”fluent 3d -node —r6。3。26 —t8 -pethernet —mpi=hp -cnf=/tmp/oar_runtime//166754 —ssh"） （rpsetvar (QUOTE parallel/rhost) "”） (rpsetvar （QUOTE parallel/ruser) "”） （rpsetvar （QUOTE parallel/nprocs_string) "8”) （rpsetvar （QUOTE parallel/auto—spawn?） ＃t) (rpsetvar (QUOTE parallel/trace-level) 0) （rpsetvar (QUOTE parallel/remote—shell） 1) （rpsetvar （QUOTE parallel/path） ”/home/liugf/fluent/Fluent.Inc"） （rpsetvar （QUOTE parallel/hostsfile) "/tmp/oar_runtime//166754"） ）"

Welcome to Fluent 6。3.26

Copyright 2006 Fluent Inc。
All Rights Reserved

Loading "/home/liugf/fluent/Fluent。Inc/fluent6。3.26/lib/flprim。dmp.1119—64”
Done。
Starting /home/liugf/fluent/Fluent.Inc/fluent6。3。26/multiport/mpi/lnamd64/hp/bin/mpirun —TCP —f /tmp/fluent-appfile。10892
Host key verification failed。
mpirun： Warning one more more remote shell commands exited with non-zero status， which may indicate a remote access problem。
l 有时候产生了err文件，但是没什么大问题，还是可以计算，可以通过打开out文件,查看残差等信息。
l 上面问题都解决的话,基本就没什么大问题了.

2010-6-6撰于化机所