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股东转让所持有的股份涉及个人所得税问题

转让股权的计税方法
根据国家税务总局《关于股权转让收入征收个人所得税问题的批复》（国税函[2007]244号）规定原股东取得股权转让所得，应按“财产转让所得”项目征收个人所得税。
对于原股东取得转让收入后，根据持股比例先清收债权、归还债务后，再对每个股东进行分配的，应纳税所得额的计算公式为：
应纳税所得额＝（原股东股权转让总收入－原股东承担的债务总额＋原股东所收回的债权总额－注册资本额－股权转让过程中的有关税费）×原股东持股比例。
其中，原股东承担的债务不包括应付未付股东的利润（下同）。
对于原股东取得转让收入后，根据持股比例对股权转让收入、债权债务进行分配的，应纳税所得额的计算公式为：应纳税所得额＝原股东分配取得股权转让收入＋原股东清收公司债权收入－原股东承担公司债务支出－原股东向公司投资成本。
转让过程中取得违约金收入征收个人所得税问题
根据国家税务总局《关于个人股权转让过程中取得违约金收入征收个人所得税问题的批复》（国税函[2006]866号）规定股权成功转让后，转让方个人因受让方个人未按规定期限支付价款而取得的违约金收入，属于因财产转让而产生的收入。转让方个人取得的该违约金应并入财产转让收入，按照“财产转让所得”项目计算缴纳个人所得税，税款由取得所得的转让方个人向主管税务机关自行申报缴纳。
以平价和低价转让股权
根据《国家税务总局关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》（国税函〔2009〕285号）文件规定，税务机关应加强对股权转让所得计税依据的评估和审核。对扣缴义务人或纳税人申报的股权转让所得相关资料应认真审核，判断股权转让行为是否符合独立交易原则，是否符合合理性经济行为及实际情况。对申报的计税依据明显偏低（如平价和低价转让等）且无正当理由的，主管税务机关可参照每股净资产或个人股东享有的股权比例所对应的净资产份额核定。
国家税务总局《关于于股权转让所得个人所得税计税依据核定问题的公告》 (国家税务总局公告2010年第27号) 规定对计税依据明显偏低且无正当理由的判定方法如下：
（一）符合下列情形之一且无正当理由的，可视为计税依据明显偏低：
1.申报的股权转让价格低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的；
2.申报的股权转让价格低于对应的净资产份额的；
3.申报的股权转让价格低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格的；
4.申报的股权转让价格低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格的；
5.经主管税务机关认定的其他情形。
（二）本条第一项所称正当理由，是指以下情形：
1.所投资企业连续三年以上（含三年）亏损；
2.因国家政策调整的原因而低价转让股权；
3.将股权转让给配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人；
4.经主管税务机关认定的其他合理情形。
对申报的计税依据明显偏低且无正当理由的，可采取以下核定方法：
（一）参照每股净资产或纳税人享有的股权比例所对应的净资产份额核定股权转让收入。
对知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达50%以上的企业，净资产额须经中介机构评估核实。
（二）参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格核定股权转让收入。
（三）参照相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格核定股权转让收入。
（四）纳税人对主管税务机关采取的上述核定方法有异议的，应当提供相关证据，主管税务机关认定属实后，可采取其他合理的核定方法。

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