医学信息检索与利用.ppt

医学信息检索与利用总 论 中山大学医学文献检索教研室中山大学医学文献检索教研室罗淑莲罗淑莲一、一、学习医学信息检索课学习医学信息检索课的目的和意义的目的和意义（一）（一）提高信息素质与信息检索提高信息素质与信息检索（二）（二）科科技创新技创新与信息检索与信息检索（一）信息素质教育与信息检索（一）信息素质教育与信息检索信息素质信息素质(Information Literacy)Information Literacy)人人们们在在工工作作中中运运用用信信息息、学学习习信信息息技技术术、利利用用信信息息解解决决问问题题的的能力。能力。信息素质的构成要素：信息素质的构成要素：（1 1）信息意识信息意识 （2 2）信息能力信息能力 信息检索力信息检索力:指熟悉各种信息源，掌指熟悉各种信息源，掌握信息检索的握信息检索的基础理论基础理论和基本和基本技术技术，熟，熟练地利用各种手工练地利用各种手工检索工具检索工具和计算机检和计算机检索系统查找所需信息的能力索系统查找所需信息的能力 （3 3）信息道德信息道德信息素质能力的评价标准信息素质能力的评价标准“美国高等教育中美国高等教育中学生学生信息信息素质能力标准素质能力标准”：能能确定确定信息资源的特点和信息资源的特点和范围范围；能有效地能有效地获取获取所需信息；所需信息；能能评价评价信息及其来源，利用其知识基础和信息及其来源，利用其知识基础和价值系统价值系统选择选择适当的信息；适当的信息；能有效能有效利用利用所获得的信息实现特定的目标；所获得的信息实现特定的目标；在信息获取和利用时自觉遵守在信息获取和利用时自觉遵守道德规范道德规范和和有关的法律。有关的法律。（二）科技创新与信息二）科技创新与信息检检索索科技信息是知科技信息是知识创识创新的源泉：新的源泉：世界上任何一世界上任何一项项科研成果或科研成果或创创新都新都是在是在吸取吸取和和借借鉴鉴前人或他人研究成果前人或他人研究成果的基的基础础上，再加上自己的上，再加上自己的钻钻研研和和创创新新所所获获得的。得的。科技信息是科研的先决条件。科技信息是科研的先决条件。科研科研选题选题与信息与信息检检索索 科科研研选选题题就就是是形形成成、选选择择和和确确定定所要研究和解决的所要研究和解决的课题课题。科科研研选选题题是是科科学学研研究究的的起起始始步步骤骤。它它关关系系到到科科学学研研究究的的方方向向、目目标标和和内内容容，直直接接影影响响科科研研的的途途径径和和方方法法，决决定定着着科科研研成成果果的的水水平平，价价值值和和发发展展前前途。途。1 1、科研选题的步骤一般是：、科研选题的步骤一般是：文献文献调研调研和实际和实际考察考察提出提出选选题题初步初步论证论证评议和评议和确定确定课题。课题。2 2、选题选题的的过过程程是一个不断是一个不断反反馈调馈调整整的的过过程，常常需要程，常常需要反复文献调研和多次反复文献调研和多次论证，要继承已有的研究成果，并防论证，要继承已有的研究成果，并防止低水平重复。止低水平重复。3 3、科研选题应遵循的基本原则、科研选题应遵循的基本原则 科学性科学性原则原则 创造性创造性原则原则 需要性需要性原则原则 可行性可行性原则原则http:/ 1）科学性原科学性原则则：科科研研选选题题既既要要尊尊重重所所依依据据的的科科学学理理论论和和科科学学事事实实，同同时时还还要要随随着着基基础础事事实实和和背背景景理理论论的的改改变变而而对对选选择择的的课课题进行题进行调整调整。（2 2）创造性原则：）创造性原则：概念概念、理论理论、方法方法、或、或应用应用上的上的创新创新 创造性原则实质上是要求做到：创造性原则实质上是要求做到：在在选题选题时熟悉别人已经进行过的工作，时熟悉别人已经进行过的工作，避免重复劳动；避免重复劳动；课题论证课题论证时恰当估计课时恰当估计课题的意义和可能包含创造性成份。题的意义和可能包含创造性成份。二、医学信息检索的基本概念二、医学信息检索的基本概念（一）信息（一）信息知识知识文献文献信息：信息：对现实世界事物的反映对现实世界事物的反映。在自然界、人类社会以及人类思维活在自然界、人类社会以及人类思维活动中动中普遍存在普遍存在，是物质存在方式及其运动，是物质存在方式及其运动的规律、特点的的规律、特点的外在表现外在表现。知识：知识：人们通过信息对世界的认识与掌握，人们通过信息对世界的认识与掌握，是人的大脑通过思维是人的大脑通过思维重新组合重新组合的的系统化信系统化信息息的集合。的集合。文献：文献：记录有记录有知识知识的一切的一切载体载体。（二）信息检索与文献检索二）信息检索与文献检索信息资源：信息资源：可供人类开发利用的各类可供人类开发利用的各类信息信息的的集集合。分合。分为为非文献信息非文献信息资资源源和和文献信文献信息息资资源源两大类。两大类。信息检索：信息检索：收集收集、组织组织、存储存储一定范畴的信息，一定范畴的信息，并可供用户按需要并可供用户按需要查询信息查询信息的技术和过程。的技术和过程。信息组织的方法即信息加工、标引等信息组织的方法即信息加工、标引等（主题词、分类（主题词、分类.）信息检索可分为三类信息检索可分为三类：事实型事实型信息检索信息检索数据型数据型信息检索信息检索文献型文献型信息检索信息检索文献检索：文献检索：以某些特定的以某些特定的文献文献信息资源信息资源为检为检索索对对象象，以，以获取文献信息获取文献信息为目的的信为目的的信息检索。息检索。检检索索结结果果是切是切题题文献文献或相关文献或相关文献的文献的文献线线索或具体的文献。索或具体的文献。根据根据检检出内容的祥略，文献出内容的祥略，文献检检索索又可以分又可以分为为书书目目检检索索和和全文全文检检索索。（三）文献信息资源的分类（三）文献信息资源的分类1、按文献的出版形式分、按文献的出版形式分图书图书 期刊期刊 报纸报纸 特特种种文文献献：科科技技报报告告、会会议议文文献献、专专利利文文献献、学学位位论论文文、档档案案资资料料、产产品品资料等。资料等。期期刊刊核心期刊：核心期刊：刊载刊载某学科某学科文献密度大、载文文献密度大、载文率、率、被引用率被引用率及及利用率利用率较较高高，深受本学，深受本学科专家和读者关注的期刊中的精华。科专家和读者关注的期刊中的精华。评价期刊的常用工具：评价期刊的常用工具：医学核心期刊指南医学核心期刊指南中文核心期刊要目总览中文核心期刊要目总览JCR（Journal Cition Report，期期刊刊引用报告）。引用报告）。确定确定核心期刊核心期刊和评价期刊质量的常用方和评价期刊质量的常用方法：载文率法和法：载文率法和引文法引文法。IF（影影响响因因子子）=某某年年内内SCI来来源源刊刊引引用用该该刊刊前前二二年年发发表表论论文文总总次次数数/该该刊刊前二年发表论文篇数前二年发表论文篇数II（当当年年被被引引率率）=某某刊刊当当年年发发表表的的论论文文被被SCI来来源源刊刊引引用用的的次次数数/该该刊刊当当年年发发表论文篇数表论文篇数 2、按文献的载体形式按文献的载体形式 印刷型文献印刷型文献缩微型文献缩微型文献声像资料声像资料机读型电子出版物机读型电子出版物电子期刊电子期刊电子期刊的定义：电子期刊的定义：指从指从投稿投稿、编辑编辑、出版出版、发行发行、订订购购、阅读阅读乃至读者意见乃至读者意见反馈反馈的全过程都的全过程都是在是在网上进行网上进行，任何阶段都不需用纸的，任何阶段都不需用纸的新型出版物，称网络电子期刊。新型出版物，称网络电子期刊。电子期刊的特点：电子期刊的特点：信息速发性信息速发性高高、信息量大信息量大、信息、信息共共享性强享性强、交互性强、可读性强、交互性强、可读性强、易检索易检索、良好的信息良好的信息扩展性扩展性、内容、形式多样、内容、形式多样 从网络获取电子期刊的方式：从网络获取电子期刊的方式：出版商出版商、代理商代理商、搜索引擎搜索引擎、其它网站的友好其它网站的友好链接链接、专门专门收集期收集期刊的刊的站点站点 3、按文献的内容加工级次、按文献的内容加工级次一次文献：一次文献：原始文献原始文献二次文献：二次文献：对一次文献进行加工整对一次文献进行加工整序后衍生得到的文献。主要是揭示和报序后衍生得到的文献。主要是揭示和报道一次文献，提供查找一次文献的线索。道一次文献，提供查找一次文献的线索。三次文献：三次文献：包括综述、评论、进展包括综述、评论、进展等。等。零次文献：零次文献：未经发表或进入社会交未经发表或进入社会交流、未经系统加工整理的原始文献记录。流、未经系统加工整理的原始文献记录。三、文献信息检索语言三、文献信息检索语言文献信息检索语言：文献信息检索语言：根据文献信息检索的需要而创根据文献信息检索的需要而创制的制的人工语言人工语言。检索语言检索语言分为描述文献分为描述文献外表特征外表特征的的语言和描述文献语言和描述文献内容特征内容特征的检索语的检索语言两大类。言两大类。描述文献外表特征的检索语言：描述文献外表特征的检索语言：题名索引、著者索引、引文索引、序号索题名索引、著者索引、引文索引、序号索引等。引等。描述文献内容特征的检索语言：描述文献内容特征的检索语言：分类分类检索语言检索语言主题主题检索语言检索语言代码代码检索语言：用代表事物的代码作为标检索语言：用代表事物的代码作为标识系统的索引语言。（化合物分子式索引、环识系统的索引语言。（化合物分子式索引、环状化合物环系索引、化学物质号索引等）状化合物环系索引、化学物质号索引等）。（一）分类语言及中图法（一）分类语言及中图法分类语言分类语言：一种用一种用分类号分类号表达文献中的各种概表达文献中的各种概念，按念，按学科、专业学科、专业对各种概念加以分类对各种概念加以分类和系统排列的文献信息检索语言。和系统排列的文献信息检索语言。（美国国会图书馆图书分类法、杜威（美国国会图书馆图书分类法、杜威十进分类法、国际十进分类法、中国图十进分类法、国际十进分类法、中国图书馆分类法、国际疾病分类等）书馆分类法、国际疾病分类等）我国文献分类的主要依据是中国我国文献分类的主要依据是中国图书馆分类法（简称图书馆分类法（简称中图法中图法）。）。中图法中图法定义：定义：依一定的思想观点，以依一定的思想观点，以学科分类学科分类为基础，综合图书资料的内容、特点，为基础，综合图书资料的内容、特点，分门别类组成的分门别类组成的分类表分类表。以以等等级级制制为标记为标记制度，依照从制度，依照从总总分、一般分、一般特殊、低特殊、低级级高高级级、简单简单复复杂杂的的逻辑逻辑次序，逐次序，逐层层展开各展开各门门学科知学科知识识的的类类目等目等级级体系，系体系，系统统地地组组织织文献文献。中图法中图法第四版第四版将文献知将文献知识识分分为为5 5大部大部类类，即，即马马、列、毛、列、毛泽东泽东思想；哲思想；哲学；社会科学；自然科学；学；社会科学；自然科学；综综合性合性图图书书。下分。下分2222个基本大个基本大类类。例如例如 O：数理科学、化学数理科学、化学Q：生物科学生物科学R：医医药卫药卫生生 每个每个类目类目采用采用拉丁字母和阿拉伯数字拉丁字母和阿拉伯数字相相结结合的混合号合的混合号码码R医药、卫生（医药、卫生（17个二级类目）个二级类目）1预防医学、卫生学预防医学、卫生学2中国医学中国医学3基础医学基础医学4临床医学临床医学5内科学内科学6外科学外科学71妇产科学妇产科学72儿科学儿科学73肿瘤学肿瘤学74神经病学与精神病学神经病学与精神病学75皮肤病学与性病学皮肤病学与性病学76耳鼻咽喉科学耳鼻咽喉科学77眼科学眼科学78口腔科学口腔科学79外国民族医学外国民族医学8特种医学特种医学9药学药学每个类目还可细分至六、七级类目，如每个类目还可细分至六、七级类目，如：R6外科学外科学R65外科学各论外科学各论R655胸部外科学胸部外科学R655.1胸壁胸壁R655.2胸膜胸膜R656腹部外科学腹部外科学R656.1急腹症急腹症R656.2腹部疝腹部疝R656.3腹壁腹壁R656.31腹壁炎症腹壁炎症R656.32腹壁损伤腹壁损伤（二）文献标识码（二）文献标识码文献标识码文献标识码与与中图法分类号中图法分类号不是一回事不是一回事根据中国学术期刊检索与评价数据规根据中国学术期刊检索与评价数据规范的规定，对范的规定，对文献标识码规定文献标识码规定如下：如下：A理论与应用研究学术论文（含理论与应用研究学术论文（含综述）综述）B实用性技术成果报告实用性技术成果报告C业务指导与技术管理性文章业务指导与技术管理性文章D一一般般动动态态性性信信息息（通通讯讯、报报导导、会议活动、专访等）会议活动、专访等）E文件、资料文件、资料（三）主题语言（三）主题语言主题检索语言：主题检索语言：一种采用一种采用描述文献主题描述文献主题内容内容的词语标识并按照字顺排检文献的的词语标识并按照字顺排检文献的检索语言。主要包括检索语言。主要包括主题词主题词和和关键词关键词两两种。种。叙词法：叙词法：严格严格规范化规范化、可进行概念组配、可进行概念组配、具有完善参照系统、具有范畴索引等。具有完善参照系统、具有范畴索引等。关键词法：关键词法：以出现在文献的标题、摘要以出现在文献的标题、摘要或全文中或全文中能表达文献实质内容的词能表达文献实质内容的词或关或关键性专业名词术语作为检索标识。键性专业名词术语作为检索标识。1 1、主题语言、主题语言主题词主题词 主题词主题词：又称又称叙词叙词，是以规范化的词汇来表，是以规范化的词汇来表达文献内容的主题。达文献内容的主题。规范化规范化也就是对文献中的也就是对文献中的同义词、同义词、近义词、多义词近义词、多义词等加以规范，同一主题等加以规范，同一主题概念的文献相对集中在一个主题词下。概念的文献相对集中在一个主题词下。采用采用参照系统参照系统间接反映主题概念之间的间接反映主题概念之间的关系关系 如：如：“肾功能衰竭肾功能衰竭”renalfailure或或KidneyfailureMESH:renalfailureseeKidneyfailure采用主题词检索，能实现采用主题词检索，能实现较高的查全率较高的查全率和和查准率查准率。2 2、主题语言、主题语言关键词关键词 关键词关键词：非规范化非规范化（未经严格规范化处理）检（未经严格规范化处理）检索语言，属于索语言，属于自然语言范畴自然语言范畴。能能够够及及时时反映文献的最新信息，用法反映文献的最新信息，用法简简便。便。如：如：Apoptosis 但但对对同同义词义词、近、近义词义词未未经严经严格格规规范，范，因此同一主因此同一主题题概念的概念的文献文献标标引相引相对对分散分散，容易容易导导致致漏漏检检和和误检误检。3 3、医学主题词词表、医学主题词词表MeSHMeSH MedicalSubjectHeadings（MeSH）美国国立医学图书馆编制的美国国立医学图书馆编制的权威性主权威性主题词表题词表。规范化的可扩充的规范化的可扩充的动态性叙词表动态性叙词表。汇集约汇集约18,00018,000多个医学主题词。多个医学主题词。MeSH附有各种附有各种参照和注释参照和注释，它是对生，它是对生物医学文献进行物医学文献进行标引和检索的依据标引和检索的依据。MeSH引入引入范畴表范畴表(树形结构树形结构,TreeStructure)，将主题词按其学科性质、将主题词按其学科性质、词义范围的词义范围的上下类属上下类属及派生关系，分别及派生关系，分别划为划为15大类大类，其中有，其中有9类又分若干子类类又分若干子类目，子类目下面又分若干更小的类目。目，子类目下面又分若干更小的类目。18,000多个主题词按其学科概念的性质多个主题词按其学科概念的性质分别列入各自所属的类目之下。分别列入各自所属的类目之下。GASTROINTESTINALNEOPLASMS胃肠肿瘤胃肠肿瘤INTESTIINALNEOPLASMS肠肿瘤肠肿瘤CECALNEOPLASMS盲盲肠肿瘤肠肿瘤APPENDICEALNEOPLASMS阑尾肿瘤阑尾肿瘤COLONICNEOPLASMS结肠肿瘤结肠肿瘤COLONICPOLYPS结肠息肉结肠息肉.DUODENALNEOPLASMS十二指肠肿瘤十二指肠肿瘤ILEALNEOPLASMS回肠肿瘤回肠肿瘤.副主题词副主题词(Subheadings)又称限定词又称限定词，与与主题词进行组配，对某一主题词的概念进主题词进行组配，对某一主题词的概念进行行限定或复分限定或复分，使主题词具有更高的，使主题词具有更高的专指专指性性。如：诊断（如：诊断（Diagnosis，DI）、）、药物治疗药物治疗（DrugTheray，DT）。）。MeSH有副主题词有副主题词92个个在检索中，主题词与副主题词的组配（在检索中，主题词与副主题词的组配（主主题词题词/副主题词副主题词）须有）须有逻辑关系逻辑关系。如：如：阿司匹林治阿司匹林治疗疗感冒感冒阿司匹林阿司匹林/治治疗应疗应用；感冒用；感冒/药药物物疗疗法。法。四、医学信息检索的方法、途径四、医学信息检索的方法、途径检索途径检索途径 常用检索方法常用检索方法检索步骤及检索策略检索步骤及检索策略 检索效果评价指标检索效果评价指标 提高机检查全率、查准率的方法提高机检查全率、查准率的方法 1 1、常用的检索途径、常用的检索途径（1 1）主题主题途径途径（2 2）著者著者途径途径（3 3）代码代码途径途径（4 4）题名题名途径途径（5）分类分类途径途径 2 2、常用的检索方法、常用的检索方法顺查法顺查法倒查法倒查法抽查法抽查法追溯法追溯法 3 3、医学信息检索的一般步骤、医学信息检索的一般步骤检检索准索准备阶备阶段段检索实施阶段检索实施阶段检检索准索准备阶备阶段段分分析析课课题题，明明确确检检索索目目的的及及要要求求（课课题题所所属属的的学学科科范范围围、要要求求的的文文献献类类型型、年年限限、语种、需要的文献量等）；语种、需要的文献量等）；选择检索系统选择检索系统（包括检索工具或数据库）；（包括检索工具或数据库）；确定检索方法确定检索方法；选择检索用词及检索途径选择检索用词及检索途径。检索实施阶段检索实施阶段 包括实际包括实际检索操作检索操作，检索，检索策略优化策略优化与与反馈，检索反馈，检索结果的筛选结果的筛选和整理，获取原始和整理，获取原始文献等。文献等。4 4、检索效果评价指标、检索效果评价指标 被检出相关文献量被检出相关文献量查全率：查全率：R=R=相关文献总量相关文献总量 被检出相关文献量被检出相关文献量查准率：查准率：P=P=被检出文献总量被检出文献总量 未检出相关文献量未检出相关文献量漏检率：漏检率：M=M=相关文献总量相关文献总量 被检出非相关文献量被检出非相关文献量误检率：误检率：N=N=被检出文献总量被检出文献总量5 5、提高查全率、查准率的方法、提高查全率、查准率的方法 提高查全率的方法：提高查全率的方法：用用主题词主题词检索；检索；主题词、关键词、同义词间用主题词、关键词、同义词间用oror 组配；组配；用用上位词上位词（扩展扩展下位词）检索；下位词）检索；截词截词检索；检索；少用副主题词少用副主题词组配。组配。提高查准率的方法：提高查准率的方法：用用主题词主题词检索；检索；用用下位词下位词（专指度）检索（专指度）检索；检索词的检索词的字段限定字段限定；副主题词副主题词组配限制组配限制。五、计算机检索基础五、计算机检索基础文献文献检索检索的的技术手段技术手段手工检索：手工检索：利用各种印刷型检索工利用各种印刷型检索工具，人工查找所需的文献信息。具，人工查找所需的文献信息。计算机检索：计算机检索：根据信息特定的需求，根据信息特定的需求，利用计算机从相关利用计算机从相关数据库数据库中检索所需要中检索所需要的文献信息。的文献信息。网络信息检索：网络信息检索：通过互联网上提供通过互联网上提供的网络信息查询工具，从网上获取文献的网络信息查询工具，从网上获取文献信息。信息。计算机检索系统计算机检索系统包括文献包括文献存储存储和文献和文献检检索索两部分，分别对应数据库的建立和利两部分，分别对应数据库的建立和利用。用。计算机检索是目前广大计算机检索是目前广大医学临床与科研医学临床与科研工作者获取医学文献信息工作者获取医学文献信息最常用最常用的方法的方法和手段，具有和手段，具有信息量大信息量大、操作技能、操作技能容易容易掌握掌握、方便快捷方便快捷等特点。等特点。（一）数据库基本概念（一）数据库基本概念数据库的定义：数据库的定义：计算机计算机把大量的数据项有机地集中起来把大量的数据项有机地集中起来存放在数据文件中，构成一个存放在数据文件中，构成一个存放数据的整存放数据的整体体，即数据库。，即数据库。数据库文件：数据库文件：各项数据以各项数据以二维表格形式二维表格形式存放于数据文存放于数据文件中，一个以二维表格形式存放在磁盘上的件中，一个以二维表格形式存放在磁盘上的数据文件称为数据库文件（库文件）。数据文件称为数据库文件（库文件）。数据库文件示意（字段、记录、文档）数据库文件示意（字段、记录、文档）篇名 著者 来源 语种 文摘 医学文献光盘检索的重点和方法 王赴仪 中华医学图书馆杂志 中文 计算机光盘检索是一门 Long-Term follow-up of Unilateral Pallidotomy in PD John S.N Engl J Med English Although the short-term benefits 记记录录字段字段记记录录（二）字段、记录、文档（二）字段、记录、文档字段：字段：计计算算机机检检索索的的最最基基本本单单位位。计计算算机机检检索索的的重重要要字字段段包包括括篇篇名名(Title)、作作者者(Author)、作作 者者 地地 址址(Address)、刊刊 名名（Source,来来源源）、关关键键词词(Keyword)、主主题词题词(MeSH)、文摘文摘(Abstract)等。等。记录：记录：在在一一个个二二维维表表格格中中，每每一一栏栏称称为为一一个个字字段段(Field)，多多个个字字段段构构成成的的一一条条完完整整信息称为一条记录信息称为一条记录(Record)。文文档档(File)：数数据据库库中中一一部部分分记记录录的的集集合合。文文档档中中的的一一条条记记录录就就是是一一篇篇文献的题录或文摘。文献的题录或文摘。一一个个数数据据库库可可以以由由一一个个文文档档组组成成，也可以由也可以由多个文档多个文档组成。组成。（三）计算机检索的布尔逻辑运算符（三）计算机检索的布尔逻辑运算符 逻辑与逻辑与ANDAANDB，要求检出文献中同时包含概要求检出文献中同时包含概念念A和概念和概念B，其作用是其作用是缩小缩小检索范围，检索范围，提高查准率。提高查准率。逻辑或逻辑或ORAORB，要求检出文献中包含要求检出文献中包含概念概念A或或概念概念B或同时包含概念或同时包含概念A和概念和概念B，其作其作用是用是扩大扩大检索范围，增加命中文献数。检索范围，增加命中文献数。逻辑非逻辑非NOTANOTB，要求在检出的要求在检出的包含概念包含概念A的文献中的文献中去掉含有概念去掉含有概念B的文献，的文献，其作用是其作用是缩小缩小检索范围。检索范围。其它运算符其它运算符NEAR、WITH布尔逻辑运算符示意布尔逻辑运算符示意（四）关键词与主题词（四）关键词与主题词关键词检索：也叫自由词检索，关键词检索：也叫自由词检索，通过通过物理方式物理方式匹配匹配主题词检索：根据主题词检索：根据内容内容进行匹配进行匹配检索检索