三维定量构效关系.ppt

LOGO三维定量构效关系（3D-QSAR）LOGOCADD基于机制基于结构受体结构（蛋白三维结构已知）分子对接法小分子（已知结构和活性）比较分子场分析法(CoMFA)2LOGO三维定量构效关系（3D-QSAR）一般研究过程受体拮抗剂或激动剂受体的活性部位形状及作用方式虚拟的受体模型计算3LOGO比较分子场分析法 CoMFA理论基础如果1组化合物以同样的方式作用于同一靶点，则其生物活性就取决于每个化合物周围分子场的差别，这种分子场可以反映药物分子和靶点之间的非键相互作用特性。用分子场研究药物与受体间的相互作用4LOGO比较分子场分析法 CoMFA操作过程前期准备1.逐一建造各化合物的分子2.结构优化3.研究药物的优势构象4.计算各原子的电荷密度5LOGO比较分子场分析法 CoMFA操作过程分子叠合 根据基于公共骨架的叠合、基于能量场的叠合、基于惯性距的叠合、基于药效团的叠合及基于复合物结构的叠合等规则把优势构象重叠在一个能包容全部化合物的空间网格31个甾体化合物的叠合图形6LOGO比较分子场分析法 CoMFA操作过程选择探针H2O分子疏水作用和氢键作用CH3探针立体作用（范德华力力场）H+探针电性作用（静电力场）7LOGO比较分子场分析法 CoMFA操作过程确定QSAR方程探针每移动一步长，计算其在网格上与各原子相互作用的立体能和静电能 +生物活性偏最小二乘法交叉验证8LOGO比较分子场分析法 CoMFA操作过程建立等高线红色 负电性基团蓝色 正电性基团绿色 增大基团体积黄色 减小基团体积9LOGOCoMSIACoMSIA是对CoMFA方法的改进与CoMFA 相比，CoMSIA 在力场中引入了与距离有关的高斯函数静电场立体场静电场立体场疏水场氢键供体场氢键受体场10LOGO新方法4D-QSAR(分子排列和构象选择）5D-QSAR和6D-QSAR11