蛋白质二级结构预测.ppt

第第3章章 蛋白质序列分析蛋白质序列分析3.1 蛋白质一级结构分析蛋白质一级结构分析3.2 蛋白质结构特性分析蛋白质结构特性分析3.3 蛋白质功能特性分析蛋白质功能特性分析3.4 蛋白质二级结构预测蛋白质二级结构预测3.5 蛋白质三级结构预测蛋白质三级结构预测3.4 蛋白质二级结构预测蛋白质二级结构预测164预测目的：看一看所提交的蛋白质序预测目的：看一看所提交的蛋白质序列在哪里会形成列在哪里会形成-螺旋和螺旋和-折叠？折叠？现阶段：准确率不高。现阶段：准确率不高。3.4.1 SOPMA网址：网址：http:/npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html 2)Click here.1)Paste your sequence here.Example 3-23对下面的蛋白质序列做二级结构预测分析对下面的蛋白质序列做二级结构预测分析MLMPKKNRIAIYELLFKEGVMVAKKDVHMPKHPELADKNVPNLHVMKAMQSLKSRGYVKEQFAWRHFYWYLTNEGIQYLRDYLHLPPEIVPATLRRSRPETGRPRPKGPEGERPARFTRGEADRDTYRRSAVPPGADKKAEAGAGSATEFQFRGGFGRGRGQPPQ Result of SOPMA(1/2)Result of SOPMA(2/2)3.4.2 PredictProtein(1/6)166网址：网址：http:/www.predictprotein.org/Click herePredictProtein(2/6)8879705988797059ShengwuJishuThen click herePredictProtein(3/6)Click herePredictProtein(4/6)88797059Then click herePredictProtein(5/6)Click herePredictProtein(6/6)Study 1Then click here.Paste your sequence here.Example 3-24165对下面的序列进行二级结构预测分析。对下面的序列进行二级结构预测分析。MLMPKKNRIAIYELLFKEGVMVAKKDVHMPKHPELADKNVPNLHVMKAMQSLKSRGYVKEQFAWRHFYWYLTNEGIQYLRDYLHLPPEIVPATLRRSRPETGRPRPKGPEGERPARFTRGEADRDTYRRSAVPPGADKKAEAGAGSATEFQFRGGFGRGRGQPPQ Wait.(about 5 minutes)Click hereTo receive your email将该网址复制后粘贴到网页浏览器中打开将该网址复制后粘贴到网页浏览器中打开预测结果目录预测结果目录图图3.87 对序列进行对序列进行PROSITE搜索搜索 蛋白激酶蛋白激酶C磷酸化位点磷酸化位点S/T-R/K酪蛋白激酶酪蛋白激酶II磷酸化位点磷酸化位点S/T-D/E酪氨酸激酶磷酸化位点酪氨酸激酶磷酸化位点十四烷酰化位点十四烷酰化位点图图3.88 SEG搜索的低复杂度序列搜索的低复杂度序列 是指编码这些氨基酸的是指编码这些氨基酸的DNA序列为低复杂度序列序列为低复杂度序列图图3.89 ProDom搜索结果搜索结果PSI-BLAST搜索结果搜索结果 图图3.90 以以MSF格式显示比对格式显示比对(1/2)图图3.90 以以MSF格式显示比对格式显示比对(2/2)图图3.91 PROF预测结果（普通）预测结果（普通）AA:氨基酸OBS_sec:二级结构的观测值PROF_sec:预测的二级结构Rel_sec:预测二级结构的可信度SUB_sec:预测的二级结构的集合H:螺旋E:折叠L:随机卷曲O_3_acc:相对亲水表面的观测值P_3_acc:预测的相对亲水表面(b=0 9%,i=9%36%,e=36%100%)Rel_acc:预测亲水表面的可信度SUB_sec:预测的亲水表面的集合PROF预测结果（详细）预测结果（详细）图图3.92 球蛋白预测球蛋白预测 Practice把刚才课堂上讲的内容练习一遍。把刚才课堂上讲的内容练习一遍。SummarySOPMAPredictProteinSOPMA网址：网址：http:/npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html 2)Click here.1)Paste your sequence here.PredictProtein166网址：网址：http:/www.predictprotein.org/Click here