生存分析及cox比例风险模型.ppt

生存分析 生存分析的主要内容生存分析的主要内容n n生存过程的描述n n生存时间的分布特点n n估计生存率n n估计平均生存时间n n绘制生存率曲线n n生存过程的统计推断n n生存时间的影响因素研究生存分析需具备的资料生存分析需具备的资料n n生存时间或称时间变量n n观察结果或称截尾变量n n暴露变量及混杂因素肾移植例肾移植例一般手术(A组):3 9 15 20 3 9 15 20 2020 26 30 41 46 64+64 135 26 30 41 46 64+64 135 223 365 450 596+680+900+900+223 365 450 596+680+900+900+改进手术(B组):10 70+70+120 225 366 390+475+10 70+70+120 225 366 390+475+518+647+801+1001+1045+1045+518+647+801+1001+1045+1045+手术方式手术方式生存时间生存时间观察结果观察结果treattreattimetimeoutcomeoutcome1 13 31 11 19 91 11 141411 11 146461 11 164641 11 164640 01 19009000 02 210101 12 28018010 02 2100110010 02 2104510450 02 2104510450 0生存资料的定义生存资料的定义(1)将数据定义为生存资料格式n nstset 时间变量，failure(截尾变量)n nfailure(截尾变量)stata以所有不等于0的非缺失值为预期的出现结果；n n若failure选择项缺省，则stata默认所有纪录均出现结果生存资料的定义生存资料的定义(2)四个变量四个变量-定义数据库后，定义数据库后，statastata系统自动产生的系统自动产生的n n_ _st st/*/*数据库中该条记录是否被定义为生存资料数据库中该条记录是否被定义为生存资料n n_ _d d/*/*该条记录是否出现预期结果该条记录是否出现预期结果n n_ _t t/*/*观察对象被随访的时间观察对象被随访的时间n n_ _t0t0/*/*观观察察对对象象第第一一次次被被观观察察到到的的时时间间(开开始始过过程程的时间为的时间为0)0)stset time,failure(outcome)stset time,failure(outcome)failure event:outcome!=0&outcome .failure event:outcome!=0&outcome .failure event:outcome!=0&outcome .failure event:outcome!=0&outcome chi2=0.0096 Prchi2=0.0096例例8.8n n某临床试验比较A，B两治疗方案对某病的治疗效果，A组(group=0)12人，B组(group=1)13人。病人分组后检验其肾功能(kidney)，功能正常者记为0，不正常者记为1；治疗后生存时间为stime(天)；问不同治疗方案及肾功能对病人的生存时间是否有影响?编号编号NO.NO.治疗治疗生存生存观察观察肾功能肾功能kidneykidney编号编号NO.NO.治疗治疗生存生存观察观察肾功能肾功能kidneykidney方案方案时间时间结果结果方案方案时间时间结果结果GroupGroupstimestimecensorcensorgroupgroupstimestimecensorcensor1 10 08 81 11 113131 11801801 10 02 20 08528520 00 014141 16326321 10 03 30 052521 11 115151 1224022400 00 04 40 02202201 10 016161 11951951 10 05 50 063631 11 117171 176761 10 06 60 08 81 10 018181 170701 10 07 70 0197619760 00 019191 113131 11 18 80 0129612960 00 020201 123231 11 19 90 0146014600 00 021211 1129612961 10 010100 063631 11 122221 12102101 10 011110 0132813280 00 023231 17007001 10 012120 03653650 00 024241 118181 11 125251 1199019900 00 0例8.8CoxCox比例风险模型比例风险模型 (1)(1)估计Cox比例风险模型的命令格式为n nstcox 协变量,nohr 选择项n nnohrnohr /*/*指定输出回归系数指定输出回归系数b b而不是危险而不是危险 比比exp(b)exp(b)n nlevel(#)/*level(#)/*可信区间的可信度可信区间的可信度例例8.8Stset stime,failure(censor)Stset stime,failure(censor)Stset stime,failure(censor)Stset stime,failure(censor)Stcox group kidney,nolog nohrStcox group kidney,nolog nohrStcox group kidney,nolog nohrStcox group kidney,nolog nohrfailure _d:censorfailure _d:censorfailure _d:censorfailure _d:censor analysis time _t:stime analysis time _t:stime analysis time _t:stime analysis time _t:stimeCox regression-Breslow method for tiesCox regression-Breslow method for tiesCox regression-Breslow method for tiesCox regression-Breslow method for tiesNo.of subjects=25 Number of obs =25No.of subjects=25 Number of obs =25No.of subjects=25 Number of obs =25No.of subjects=25 Number of obs =25No.of failures=17No.of failures=17No.of failures=17No.of failures=17Time at risk =15334Time at risk =15334Time at risk =15334Time at risk =15334 LR chi2(2)=22.67 LR chi2(2)=22.67 LR chi2(2)=22.67 LR chi2(2)=22.67Log likelihood =-35.707534 Prob chi2 =0.0000Log likelihood =-35.707534 Prob chi2 =0.0000Log likelihood =-35.707534 Prob chi2 =0.0000Log likelihood =-35.707534 Prob chi2 =0.0000-_t|_t|_t|_t|_d|Coef.Std.Err.z P|z|95%Conf.Interval _d|Coef.Std.Err.z P|z|95%Conf.Interval _d|Coef.Std.Err.z P|z|95%Conf.Interval _d|Coef.Std.Err.z P|z|95%Conf.Interval-+-+-+-+-group|1.243078 .5993177 2.07 0.038 .0684365 2.417719 group|1.243078 .5993177 2.07 0.038 .0684365 2.417719 group|1.243078 .5993177 2.07 0.038 .0684365 2.417719 group|1.243078 .5993177 2.07 0.038 .0684365 2.417719 kidney|4.105455 1.164533 3.53 0.000 1.823012 6.387898 kidney|4.105455 1.164533 3.53 0.000 1.823012 6.387898 kidney|4.105455 1.164533 3.53 0.000 1.823012 6.387898 kidney|4.105455 1.164533 3.53 0.000 1.823012 6.387898-n nCoxCox比例风险函数比例风险函数:n n(t)=t)=0 0(t)exp(1.243group+4.105kidney)(t)exp(1.243group+4.105kidney)n n肾功能正常者接受肾功能正常者接受B B治疗方案比接受治疗方案比接受A A治疗方案在某治疗方案在某时刻的相对危险度为：时刻的相对危险度为：RR=RR=(t|groupt|group=1,kidney=0)/=1,kidney=0)/(t|groupt|group=0,kidney=0)=0,kidney=0)=0 0(t)exp(1.243*1+4.105*0)/(t)exp(1.243*1+4.105*0)/0 0(t)exp(1.243*0+4.105*1)=3.466(t)exp(1.243*0+4.105*1)=3.466n n肾功能不正常者接受肾功能不正常者接受B B治疗方案比接受治疗方案比接受A A治疗方案在治疗方案在某时刻的相对危险度为某时刻的相对危险度为3.4663.466n n肾功能不正常者接受肾功能不正常者接受B B治疗方案比肾功能正常者接受治疗方案比肾功能正常者接受A A治疗方案在某时刻的相对危险度为治疗方案在某时刻的相对危险度为210.300210.300Weibull回归和指数回归n nstreg 协变量，选项n ndistdist（分布类型）（分布类型）/*/*拟合模型的分布类型。拟合模型的分布类型。exponentialexponential（指数分布）（指数分布）weibullweibull（weibullweibull分布）分布）n nnohrnohr /*/*指定输出回归系数指定输出回归系数b b而不是危险而不是危险 比比exp(bexp(b)n nlevel(#)/*level(#)/*可信区间的可信度可信区间的可信度