哺乳动物组织基因组DNA提取.ppt

单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,10 十一月 2026,.哺乳动物组织基因组DNA提取,*,2,一、,实验目的,(Experimental Purpose),After the experiment done,students should be able to know how to extract genomic DNA from mammal tissue.,掌握动物基因组DNA提取的操作方法。,*,3,细菌-原核细胞,(prokaryote),无真正的细胞核,真核细胞,(eukaryote),有真正的细胞核，还有很复杂的细胞器,*,4,动物细胞特有,中心体,，高等植物细胞特有,细胞壁，叶绿体和液泡,动物细胞,(animal cell),植物细胞,(plant cell),*,5,二、,实验原理,(Experimental Principle),In the procedure described here,the SDS(sodium dodecyl sulfate)are added to denature proteins and solubilize lipids in membranes leading to cell lysis.The cell lysate is often treated with enzymes that hydrolyze RNA and proteins.,本实验利用去垢剂SDS(十二烷基磺酸钠)是为了使蛋白变性并溶解细胞膜中的脂质从而导致细胞裂解，而细胞裂解物又常用蛋白酶K和RNA酶进行水解处理。,*,6,真核生物染色体DNA组装不同层次的结构,*,7,This is generally followed by phenol of phenol:chloroform extraction to remove the remaining proteins,which will either enter the organic phase or,if denatured,appear at the interphase.Chloroform treatment is used to remove the phenol,and alcohol precipitation concentrates the DNA while removing impurity.,随后用酚,氯仿进行抽提，以去除残留的蛋白质，这时蛋白质将进入有机相，或者假如己变性的话将呈现在有机相与水相之间。氯仿处理是为了去除苯酚，而乙醇沉淀处理则可以浓缩DNA，同时去除核苷酸、氨基酸以及低分子量的寡核苷酸和肽。,*,8,As a further precaution,ethylene diamine tetraace-tic acid(EDTA)is include-ed in the buffers to chelate Mg,2+,.This will reduce deoxyribonuclease(DNase)activity because of the Mg,2+,requirement of these enzymes.,为了进一步保护DNA样品的完整性，通常需要在缓冲液中添加乙二胺四乙酸(EDTA)以整合Mg,2+,，这样将会减少脱氧核糖核酸酶(DNase)的活性，因为该酶必须在有Mg,2+,存在时才会起作用。,*,9,The method described here result in DNA that is easily cut with restriction enzymes and,therefore,is useful for Southern Hybridization studies.If the DNA is to be used to construct a clone bank,higher molecular weight DNA is desirable,so the vortex step should be eliminated.,本实验方法分离得到的染色体DNA样品易被限制酶切割，因此，较适用于Southern杂交的研究。如果所制备的基因组DNA是用于构建克隆文库，要求得到较大分子量的DNA，则必须省略其中的振荡步骤。,*,10,核酸的分离纯化、测定及研究方法,一、,分离核酸的一般原则,因为遗传信息全部贮存在核酸的一级结构中，故完整的一级结构是保证核酸结构与功能研究的基础。,*,11,（一）核酸的分离和纯化时应遵循两个原则,保证核酸一级结构的完整性；排除其它分子的污染。,（二）核酸的纯度要求,核酸样品中不应存在对酶有抑制作用的有机溶剂和过高浓度的金属离子；,其它生物大分子如蛋白质、多糖和脂类分子的污染应降低到最低程度；,排除其它核酸分子的污染，如提取DNA分子时，应去除RNA，反之亦然,。,*,12,（三）核酸分离纯化的注意事项,为保证分离核酸的完整性和纯度，在实验中应注意：,尽量简化操作步骤，缩短提取过程，以减少各种有害因素对核酸的破坏；,减少化学物质对核酸的降解，为避免过酸、过碱对核酸链中磷酸二酯键的破坏，操作多在pH410条件下进行；,防止核酸的生物降解。细胞内或外来的各种核酸酶水解核酸链中的磷酸二酯键，直接破坏核酸的一级结构。其中DNA酶需要金属二价阳离子Mg,2+,，Ca,2+,的激活，因此使用金属离子螯合剂，如,EDTA,或柠檬酸盐等基本上可以抑制DNA酶的活性。而RNA酶不但分布广泛、极易污染样品，而且耐高温、耐酸碱、不易失活，所以生物降解是RNA提取过程中的主要危害因素；,减少物理因素对核酸的降解，物理降解因素主要是,机械剪切力，其次是高温。,*,13,高温：,如长时间煮沸，除水沸腾带来的剪切力外，高温本身对核酸分子中的某些化合键也有破坏作用。核酸提取过程中常规操作温度为04以降低核酸酶的活性从而减少对核酸的生物降解。,机械剪切力：,包括强力高速的溶液振荡、搅拌，细胞突然置于低渗液中；细胞爆炸式地破裂及DNA样品的反复冻融等。这些操作细节在实验操作中应加倍注意。机械剪切作用的主要危害对象是大分子量的线性DNA分子，如真核细胞的染色体DNA等,。,*,14,二、核酸分离纯化的一般步骤,破碎细胞去除蛋白质、多糖、脂类等生物大分子沉淀核酸去除盐类、有机溶剂等杂质纯化干燥溶解。,核酸提取方案，应根据具体生物材料和待提取核酸分子的特点而定。对于某特定细胞器中富集的核酸分子，采用先提取细胞器后再提取目的核酸分子的方案，可获得完整性和纯度两方面质量均高的核酸分子。,*,15,三、试剂与器材,（Reagents and apparatus）,.,Instruments,High speed refrigerated centrifuge（高速冷冻离心机）、Glass homogenizer,（玻璃匀浆器）,、Electrophoresis System,（电泳系统）,、Ultraviolet transilluminator,（紫外透射仪）,、Ultra cold storage freezer,（超低温冰箱）,、,Autoclave,（高压灭菌锅）,、Pipettes,（微量加样器）,、,Electronic balance,（电子天平）,、,Acidometer,（酸度计）,*,16,.Materials,Liver of mice,*,17,.Reagents,Tris：Tris(Hydroxymethyl)aminomethane,（三羟甲基氨基甲烷）、SDS,sodium dodecyl sulfate,sodium salt,(十二烷基硫酸钠)、EDTA,Ethylene Diamine Tetraacetic Acid,(乙二胺四乙酸)、HCl,hydrochloric acid,（盐酸）、NaOH,Sodium hydroxide,（氢氧化钠）、,Sodium acetate(醋酸钠)、,Acetic acid（冰乙酸）、,Phenol（,平衡酚）,、Chloroform（,氯仿）,、Isoamylol（,异戊醇）,、Ethanol（,乙醇）,、TE buffer,Protease K（蛋白酶 K）、RNase A（,RNA酶）,、,Agarose（,琼脂糖）,、DNA molecular weight markers（,DNA相对分子质量标准物,Mark DNA,）,、Boric acid,硼酸,、Sugar,蔗糖,、Bromophenol blue,溴酚蓝,、Fluorescent dye(荧光染料),Gelview,*,18,溶液,的配制,摩尔质量的计算:,质量(g),分子量,例：,5 mol/L NaCl 分子量58.44 50ml,x,58.44,密度的计算：,0.05(L),5（mol/L）x 14.61（g）,体积(L)摩尔体积（mol/L）,质量(g),体积（V）,密度（g/ml）,*,19,(1)5mol/L氯化钠（NaCl）：,溶解292g氯化钠于足量的水中，定容至1000ml。,(2)0.5mol/L乙二胺四乙酸（EDTA）:,配制等摩尔的Na,2,EDTA和NaOH溶液（0.5mol/L），混合后形成EDTA的三钠盐。或称取186.2g的Na,2,EDTA2H,2,O和20g的NaOH，,pH调至 8.0,，并溶于约900ml水中，定容至1000ml。,（3)3mol/L乙酸钠（NaAc）：,溶解204g的三水乙酸钠于约450ml水中，用,冰乙酸,调溶液的,pH至 5.2,，再加水定容到500ml。,*,20,(4)10十二烷基硫酸钠（SDS）：,称取 10 g SDS 慢慢转移到约含 90 ml的水的烧杯中，用磁力搅拌器搅拌直至完全溶解定容至100 ml。,(5)5 mol/L氢氧化钠（NaOH）：,溶解20g氢氧化钠颗粒于约 90 ml 水的烧杯中（磁力搅拌器搅拌），完全溶解后用水定容至100 ml。,(6)1 mol/L盐酸（HCl）：,加 8.6 ml 的浓盐酸至 91.4 ml 的水中。,*,21,(7)20mg/ml蛋白酶K（proteinase K）：,将200mg的蛋白酶k加入到9.5ml水中，轻轻摇动，直至蛋白酶K完全溶解。不要涡旋混合。加水定容到10ml，然后分装成小份(1ml)贮存于-20。,(8)10mg/mlRnase（无DNase）（DNase-free RNase）：,溶解10mg的胰蛋白RNA酶于1ml的10mmol/L的乙酸钠水溶液中（pH 5.0）。溶解后于水浴中煮沸15min，使DNA酶失活。用1mol/L的Tris-HCl调pH至7.5，于-20贮存。（配制过程中要戴手套）,*,22,(9),1 molL,Tris缓冲液（Tris,HCl buffer）,将121g的Tris碱溶解于约0.9L水中，再根据所要求的pH（25下）加一定量的浓盐酸（11.6N），用水调整终体积至1L。,浓盐酸的体积（ml）,pH,14,8.6,2128.538,46,566671.376,9.0,8.88.68.48.2,8.0,7.87.67.47.2,*,23,四、实验步骤,(Experimental Procedures),冰浴处理生理盐水,玻璃匀浆器,冰冷的生理盐水清洗,配制工作液 处死小鼠 取出肝脏,组织匀浆液,酶解液,2ml匀浆液,组织细胞液,玻璃匀浆器匀浆 移至1.5ml离心管,5000rmin30,60s 加400ul 吹散 加400ul,离心 无菌水 酶解液,水浴处理（,55、1218h,）,*,24,工作液配置：,贮备液摩尔浓度,贮备液（体积）,工作液摩尔浓度工作液（体积）,例：,组织匀浆液（10ml）,贮备液摩尔浓度：5 molL NaCl,工作液摩尔浓度：100mmolL,5 molL x 0.1molL 10ml,x 0.2ml,*,25,组织匀浆液（装入10ml离心管中）,10ml,100 mmol/L NaCl：,0.2ml,（,5 mol/L NaCl,）,25 mmol/L EDTA：,0.5ml,（,0.5 mol/L EDTA pH8.0,),10 mmol/L Tris,HCl：,0.1ml,（,1 mol/L Tris,HCl pH 8.0,),加三蒸水:,9.2ml,*,26,酶解液（装入1.5ml离心管中）,1ml,200 mmol/L NaCl：,0.04 ml,（,5 mol/L NaCl,）,50 mmol/L EDTA：,0.1 ml,（,0.5 mol/L EDTA pH80,),20 mmol/L TrisHCl：,0.02 ml,（1 mol/L TrisHCl pH 80),1%SDS：,0.5 ml,（2%SDS）,200g/mL蛋白酶K：,0.02 ml,（,10 mg/ml,）,加三蒸水:,0.32ml,*,27,无DNA酶的RNA酶（-20保存）,10mmol/L TrisHCl,将胰RNA酶溶于 浓度10mgmL,15mmol/L NaCl,于100水浴处理15min以降解DNA,酶 缓慢冷却到室温。,*,28,四、实验步骤,(Experimental Procedures),等量分装在两支离心管内,加入,20ul,的RNase 加入等体积,提取液,4 10min,酶解样品 待抽提的样品,抽提,静置 离心,配制,TE缓冲液,加等体积,提取液,500ul,10000rmin离心10min,4 10min,移出水相 至离心管,抽提,静置,10000rmin离心10min 加1/10 加2倍 放入,离心 移出水相,NaAc,无水乙醇,-20 1-2h 12000rmin离心15min 加入,超低温冰箱 融化、离心 弃上清液,洗涤 12000rmin离心15min 干燥,4,75%冷乙醇 离心 弃上清液 加,TE,50,l,存放,DNA,*,29,平衡酚(pH8.0)：氯仿：异戊醇：25：24：1,(体积比),即配即用,每管加500ul,平衡酚(pH8.0)：250ul,氯仿：240ul,异戊醇：10ul,*,30,氯仿：异戊醇：24：1(体积比),即配即用,每支试管加 500,l,氯仿：480,l,异戊醇：20,l,*,31,TE缓冲液,1ml,10mmol/L Tris,HCl：,10l,（1 mol/L Tris,HCl pH 8.0),1mmol/L EDTA：,2l,（0.5 mol/L EDTA pH8.0),加三蒸水,0.988ml,至 1 ml,*,32,核酸的酚抽提,原理：交替使用酚、氯仿两种蛋白质变性剂，更有效去除蛋白质。,氯仿还可加速有机相与水相的分层。,异戊醇：抑制界面泡沫的形成。,标准程序：酚酚-氯仿氯仿。,*,33,酚抽提除去蛋白质的示意图,*,34,四、实验步骤,(Experimental Procedures),等量分装在两支离心管内,加入,20ul,的RNase 加入等体积提取液,4 10min,酶解样品 待抽提的样品,抽提,静置 离心,配制,TE缓冲液,加等体积,提取液500ul,10000rmin离心10min,4 10min,移出水相 至离心管,抽提,静置,10000rmin离心10min 加1/10 加2倍 放入,离心 移出水相,NaAc,无水乙醇,-20 1-2h 12000rmin离心15min 加入,超低温冰箱 融化、离心 弃上清液,洗涤 12000rmin离心15min 干燥,4,75%冷乙醇 离心 弃上清液 加TE 50,l,存放,DNA,*,35,核酸的沉淀,原理：核酸与钠、钾、镁形成的盐在许多有机溶剂中不溶，也不会变性。,醋酸钠为沉淀DNA、RNA的最常用盐类。,有机溶剂：乙醇、异丙醇、聚乙二醇。,温度：冰水,*,36,四、实验步骤,(Experimental Procedures),等量分装在两支离心管内,加入,20ul,的RNase 加入等体积提取液,4 10min,酶解样品 待抽提的样品,抽提,静置 离心,配制,TE缓冲液,加等体积,提取液500ul,10000rmin离心10min,4 10min,移出水相 至离心管,抽提,静置,10000rmin离心10min 加1/10 加2倍 放入,离心 移出水相,NaAc,无水乙醇,-20 1-2h 12000rmin离心15min 加入,超低温冰箱 融化、离心 弃上清液,洗涤 12000rmin离心15min 干燥,4,75%冷乙醇 离心 弃上清液 加TE 50,l,存放,DNA,*,37,四、实验步骤,(Experimental Procedures),Agarose Gel Electrophoresis：,Preparation of the gel,制备,0.3,琼脂糖凝胶,Loading DNA samples,DNA samples,16,l,+Loading buffer,4,l,Gel,电压120V,Gel photography,*,38,1.制备 0.3 琼脂糖凝胶。称取 0.09 g 琼脂糖，放人锥形瓶中，加入 30 mL的,0.5TBE 缓冲液,，放入微波炉加热至完全溶化，则为 1 琼脂糖凝胶液。（,由于蒸发作用，溶解前在容量瓶上作一个记号，溶解后用三蒸水补足,）,2.制胶器的安装。,3.,将熔化的琼脂糖凝胶液转入,Gelview,专用的三角瓶,中，然后加入,Gelview,3,l,。,4.将冷到,60,左右，缓缓倒入制胶器(注意不要形成气泡)。,5.待胶凝固后（,80min,），轻轻拔掉梳子，将凝胶盘从制胶槽中取出，放入电泳槽内。,6.加入电泳缓冲液(,0.5,)至电泳槽中。,*,39,5TBE（电泳缓冲液）,100mL,5.4gTris，,2.75g硼酸，,2mL 0.5mol/L EDTA(pH8.0),加蒸馏水到100ml,pH8.0,0.5TBE,*,40,6上样缓冲液,025溴酚蓝：取60ml三蒸水，将250mg溴酚蓝溶解于其中,40(WV)蔗糖水溶液：在上述溶液中加入40g蔗糖,*,41,Illuminate the gel with UV light and then take pictures.By comparing product bands with bands from the known molecular-weight markers,you should be able to identify any product fragments which are of the appropriate molecular weight.,通过紫外透射仪检测凝胶，然后获取图片。并将产物条带与已知分子量的标淮条带进行比较，便可以对合适分子量大小的产物进行鉴定。,*,42,五、实验结果,(experimental results),图1 小鼠肝脏基因组DNA电泳图,*,43,加入二苯胺试剂2ml,乳白色,无色,沸水水浴10分钟。,无色,浅蓝色,二苯胺显色,