蛋白同源建模及分子对接.ppt

单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,*,蛋白同源建模及分子对接,以,CueO,蛋白为例,1,基本策略,建立模型：,Swiss-model,、,Modeller,模型检测：,Save,模型优化：,Chiron,再次检测：,Save,分子对接：,Autodock,2,序列与模板相似度，,30%,模板可用,GMQE,（,Global Model Quality Estimation,）是一种基于目标模板对准结合性质的质量估计，数值在,0-1,之间，越接近于,1,表示模型越接近实验结果。,Swiss-model,同源建模,3,QMEAN(Qualitative Model Energy Analysis),QMEAN,对模型的质量估计是基于蛋白模型的局部和全局计分，包括四个结构描述符：,All atom,：成对原子距离依赖性电位,C-,：,C-,相互作用势能,Solvation,：残基包埋情况,Torsion,：扭转角分布,4,蛋白模型 局部,(,每个氨基酸,)Z-score,5,Z-score,在,pdb,数据库中所有蛋白中的分布,6,Modeller,软件,Modeller,是一种用,Python,语言编写的，可用于本地建立分子模型的软件。然而，很多人并不熟悉,Python,语言，因此有人编写了一个,Moldoller,的,GUI,界面的软件,Easymodeller,，,Easymodeller,科用于简单的单模板建模。目前,Modeller,最新版本为,9.16 Easymodeller,最新版本为,4.0,。,与在线建模软件相比，,Modeller,还可进行模型的修饰、多模版建模等操作。,7,Easymodeller,建模,确定模板,NCBI blast,，,blastp,选择,pdb,数据库，,identity30%,模板可用。也可用,Swiss-model,来寻找合适模板。,8,Easymodeller,界面,粘贴序列,添加模板，,3-10,个,建立模型,9,以,4e9q.A,为模板，建立了,CueO,的蛋白模型，左图为不含有铜辅基的模型，右图为含有,4,个铜辅基的模型。,铜离子,10,蛋白模型的检测与评价,以,Swiss-model,构建的,CueO,模型为例,Swiss-model,构建的,CueO,的蛋白模型,11,SAVE,网站评估蛋白模型,12,Procheck,红色：,核心区域,黄色：,允许区,浅黄色：,大致允许区,空白：,禁阻区,13,ERRAT,14,verify3d,15,Prove,16,结果总结,一,根据,SAVES,的检测结果，需要局部优化的部位如下：,Procheck,：位于,gener,区域的残基。,ERRAT,：错误建模区域（置信度高于,99%,），残基集中于,140160,，,300320,400420,之间。,Verify3d,：得分,90%,ERRAT,Overall quality factor,83.570,60.042,接近,91%,Verify3d,Averaged 3D-1D score0.2,87.45%,89.5%,80%,Prove,Z-score average,1.39,2.11,-0.10 0.10,Z-score RMS,31.83,38.13,1.0,20,Autodock 4.0,分子对接,受体：以,Swiss-model,构建的,CueO,模型为例，未经优化。,配体：文献中所给出的,CueO,的底物之一,二乙醇胺（,Diethanolamine,）,21,准备受体和配体,CueO,Diethanolamine,22,Grid box,参数设置,23,分子对接结果展示,24,待解决的问题,1.,蛋白模型的评估还需完善。,2.,蛋白模型的优化：因为在线网站,Chiron,的优化效果并不好，所以在查阅文献后，拟用本地软件,olex2,进行局部优化。,3.,分子对接的评价。,4.,为确定酶底物，最好补充一个虚拟底物筛选试验，拟用,Autodock Vina,软件完成。,25,